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1 IDENTIFICACIÓN DE NUEVAS VARIANTES GENOTÍPICAS DEL SÍNDROME DE MARFAN, UN ESTUDIO DE CASO. KAREN XIOMARA CRUZ MENDOZA UNIVERSIDAD DISTRITAL FRANCISCO JOSÉ DE CALDAS FACULTAD DE CIENCIAS Y EDUCACIÓN PROYECTO CURRICULAR DE LICENCIATURA EN BIOLOGÍA BOGOTÁ 2017 2 IDENTIFICACIÓN DE NUEVAS VARIANTES GENOTÍPICAS DEL SÍNDROME DE MARFAN, UN ESTUDIO DE CASO. KAREN XIOMARA CRUZ MENDOZA Proyecto de trabajo de grado para optar al título de Licenciado en Biología. Modalidad Investigación-Innovación Director Dr. LUIS FRANCISCO BECERRA GALINDO UNIVERSIDAD DISTRITAL FRANCISCO JOSÉ DE CALDAS FACULTAD DE CIENCIAS Y EDUCACIÓN PROYECTO CURRICULAR DE LICENCIATURA EN BIOLOGÍA BOGOTÁ 2017 3 Artículo 117 Acuerdo 029 del Estatuto Estudiantil La Universidad Distrital Francisco José de Caldas No se hace responsable de las ideas, ni del contenido del presente trabajo, expuesto por sus autores. Expedido en Junio de 1988 por el Consejo Superior de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas. 4 AGRADECIMIENTOS Culminar este proceso no habría sido posible sin el acompañamiento de aquellas personas que aportaron a mi crecimiento personal y profesional. En primer lugar, quiero agradecer a mi familia por su apoyo incondicional y paciencia durante este ciclo de formación, principalmente en este último proceso para alcanzar mi sueño y título profesiona l. Al Profesor Luis Francisco Becerra quien desde el inicio de mi carrera me acogió con cariño, me dió la oportunidad de ingresar al grupo de investigación BIOMOL y me apoyó en el desarrollo de este trabajo. A mis compañeros del grupo de investigación y semillero por sus enseñanzas y el apoyo a este trabajo. A mis amigos, Dianny, Sebastián, Andrés, Stefany, Camilo, Angie, Juan, Asdrubbal y todos aquellos que me acompañaron y guiaron este recorrido, soportando y haciendo más amenas todas las situaciones vividas en este viaje. Finalmente, a la Universidad Distrital Francisco José de Caldas por su colaboración en este proyecto de investigación; por ser testigo y causante de todas las experiencias que me enriquecieron como persona. A todos ¡Gracias! 5 CONTENIDO RESUMEN…………………………………………………………………………………12 INTRODUCCIÓN…………………………………………………………………………13 1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA ......................................................................... 15 2. JUSTIFICACIÓN ............................................................................................................. 16 3. OBJETIVOS ..................................................................................................................... 17 3.1 OBJETIVO GENERAL.................................................................................................. 17 3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS ......................................................................................... 17 4. MARCO REFERENCIAL................................................................................................ 18 4.4 SINDROME DE MARFAN ........................................................................................... 18 4.4.1 Historia……………………………………………………………………………….18 4.4.2 Criterios diagnósticos para el síndrome de Marfan (MFS) ......................................... 19 4.4.3 Tratamiento y pronostico ............................................................................................. 23 4.4.4 Herencia………………………………………………………………………………24 4.5 FIBRILINA Y EL GEN FBN1 ....................................................................................... 24 4.6 TÉCNICAS DE SECUENCIACIÓN ............................................................................. 25 4.6.1 Secuenciación masiva de nueva generación (NGS) .................................................... 26 4.7 ESTUDIOS RELACIONADOS ..................................................................................... 27 5. METODOLOGÍA ............................................................................................................. 28 5.1 MATRIZ DE CARACTERES RELACIONADOS CON SINDROME MARFAN ...... 28 5.2 OBTENCIÓN DE ADN ................................................................................................. 29 5.2.1 Venopunción ………………………………………………………………………...29 5.2.2 Extracción de ADN a secuenciar ................................................................................. 29 5.2.3 Cuantificación .............................................................................................................. 31 6 5.2.4 Verificación de ADN ................................................................................................... 31 5.3 SECUENCIACIÓN MASIVA DE NUEVA GENERACIÓN (NGS) ........................... 31 5.4 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO .................................................................................. 31 5.4.1 Pretratamiento .............................................................................................................. 32 5.4.2 Mapeo ………………………………………………………………………………..34 5.4.3 Llamado de SNPs ........................................................................................................ 34 5.4.4 BLAST……………………………………………………………………………….34 6. RESULTADOS Y ANÁLISIS ......................................................................................... 36 6.1 MATRIZ DE CARACTERES SUGERENTES DE SINDROME DE MARFAN ........ 36 6.2 EXTRACCIÓN DE ADN............................................................................................... 43 6.2.1 Cuantificación de las muestras .................................................................................... 43 6.3 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO................................................................................... 47 6.3.1 Calidad de la secuencia................................................................................................ 48 6.4 VARIANTES GENOTÍPICAS....................................................................................... 55 7. CONCLUSIONES ............................................................................................................ 58 8. RECOMENDACIONES................................................................................................... 59 9. BIBLIOGRAFÍA .............................................................................................................. 60 10. ANEXOS ........................................................................................................................ 65 7 LISTA DE IMÁGENES Imagen 1 principales plataformas de secuenciación masiva (Metzker 2010) en Furió (2012) .............................................................................................................................................. 26 Imagen 2 Abrir el Programa FastQc. .................................................................................... 33 Imagen 3 Abrir archivo de lectura. ....................................................................................... 33 Imagen 4. Comparar secuencias en BLAST. ........................................................................ 35 Imagen 5. Verificación de ADN total en gel de agarosa al 2%. .......................................... 47 Imagen 6. Datos básicos de la secuencia en el programa FastQC ........................................ 49 Imagen 7. 287 secuencias sobre-representadas de 75000 totales. ........................................ 53 Imagen 8 BLASTx ............................................................................................................... 56 Imagen 9. Árbol genealógico. .............................................................................................57 Imagen 10. Secuencias definitivas para cada individuo del estudio de caso. ....................... 67 Imagen 11. BLASTn comparación de la secuencia query 01 con el GH Ch15 en NCBI. ... 68 Imagen 12. BLASTn comparación de la secuencia query 02 con el GH Ch15 en NCBI. ... 68 Imagen 13. BLASTn comparación de la secuencia query 03 con el GH Ch15 en NCBI. ... 69 Imagen 14. BLASTn comparación de la secuencia query 04 con el GH Ch15 en NCBI. ... 69 Imagen 15. BLASTn comparación de la secuencia query 05 con el GH Ch15 en NCBI. ... 70 8 LISTA DE FOTOGRAFÍAS Fotografía 1. Signo de Walker-Murdoch o signo de la muñeca positivo para Individuo 01, característica esquelética del síndrome de Marfan. .............................................................. 36 Fotografía 2. Signo de Gowers positivo (con protrusión del pulgar en oposición forzada, más allá del borde cubital con el puño cerrado) positivo para aranodactilia en Individuo 01. .... 37 Fotografía 3. Signo de Gowers positivo (con protrusión del pulgar en oposición forzada, más allá del borde cubital con el puño cerrado) positivo para aranodactilia en Individuo 02. .... 37 Fotografía 4. Signo de Walker-Murdoch o signo de la muñeca positivo para Individuo 02, característica esquelética del síndrome de Marfan. .............................................................. 38 Fotografía 5. Estrías atróficas criterio menor para síndrome de Marfan .............................. 38 Fotografía 6.. Individuo 02. Estrías atroficass criterio menor para síndrome de Marfan ..... 39 Fotografía 7. Individuo 04. Estrías atróficas ........................................................................ 39 Fotografía 8. Hiperextensión de rodillas se observa que la curvatura al extender la rodilla sobresale más de lo normal; también es evidente el pie plano, la contextura delgada y fina de las extremidades inferiores. .................................................................................................. 40 Fotografía 9. Individuo 01. Flexibilidad de la muñeca. Aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo ..................................................................................................... 40 Fotografía 10. Individuo 02. Flexibilidad de la muñeca. Aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo………………………………………………………………..41 file:///C:/Users/Duvan/Documents/Karen/1.TRABAJO%20DE%20GRADO/IDENTIFICACION%20DE%20NUEVAS%20VARIANTES%20GENOTIPICAS%20DEL%20SM%20(proyecto).docx%23_Toc487838729 9 LISTA DE TABLAS Tabla 1 Resumen de los criterios de Ghent. Criterios de diagnóstico para cada sistema de órganos afectados por el Síndrome de Marfan Tomado de Loja et al. (2001). .................... 22 Tabla 2. Modelo de la matriz de características del síndrome de Marfan. ........................... 29 Tabla 3. Alteraciones musculoesqueléticas presentes en el grupo familiar de estudio. ....... 41 Tabla 5. Relación de la brazada con respecto a la estatura de cada individuo. .................... 42 Tabla 4. Criterios de Beighton (1973). Tomada de Institut Ferran de Reumatología (2013) .............................................................................................................................................. 43 Tabla 6. Cuantificación de ADN (concentración de ADN por muestra ng/μL). .................. 44 Tabla 7. Mapeo de la secuencia tratada. Resultados arrojados por Bowtie2. ....................... 54 Tabla 8 Variantes genotípicas obtenidas con la herramienta BLASTn de NCBI ................. 55 Tabla 9. Variaciones registradas para el Síndrome de Marfan.Tomado de OMIM (2017). . 71 10 LISTA DE GRAFICAS Gráfica 1. Extracción de DNA. Muestra 3 utilizando el kit del grupo BIOMOL. ............... 45 Gráfica 2. Extracción de DNA. Muestra 9 utilizando el kit del grupo BIOMOL ................ 46 Gráfica 3. Extracción de DNA. Muestra 33 utilizando el kit del grupo BIOMOL ............. 46 Gráfica 4 Calidad de las Bases. ............................................................................................ 50 Gráfica 5. Índice de calidad por secuencia ........................................................................... 50 Gráfica 6.Calidad de secuencia por Tile. .............................................................................. 51 Gráfica 7. Contenido de bases por secuencia.. ..................................................................... 51 Gráfica 9 Contenido de Bases N casi nulo para las llamadas de bases. ............................... 52 Gráfica 10 Distribución de la Longitud de las Secuencias. .................................................. 53 Gráfica 11.Contenido de adaptadores .................................................................................. 54 11 LISTA DE ANEXOS ANEXO A. PCR INDIVIDUO 01 ............................................................................ 65 ANEXO B. SECUENCIAS QUERY FORMATO FASTA .................................... 67 ANEXO C. BLASTn ................................................................................................ 68 ANEXO D. VARIANTES GENETICAS DEL SINDROME DE MARFAN .......... 71 ANEXO E. AMPLIACIÓN DEL ÁRBOL GENEALÓGICO ................................. 72 12 RESUMEN El síndrome de Marfan es uno de los trastornos fibrinógenos que modifican a las proteínas estructurantes del tejido conectivo al presentarse mutaciones en el Gen FBN1 ocasionando desordenes que generalmente son hereditarios. La diversidad de variantes genéticas que puede presentar este gen dificulta el diagnóstico de la enfermedad; por lo tanto, esta investigación tuvo como objetivo realizar un estudio a un grupo familiar con características afines al síndrome con el fin de identificar más variantes genotípicas que influyen en la expresión de los fenotipos compatibles con el Marfan para incluir en el diagnostico a pacientes con rasgos leves de la enfermedad; Para ello se hizo un anális is molecular, partiendo de la obtención de ADN con la técnica Salting out. Las muestras obtenidas fueron secuenciadas a través del método secuenciación masiva de nueva generación (NGS) en la plataforma Illumina 1.9 que permitió conseguir las secuencias del grupo de estudio. Obtenidas las secuencias se les realizó un análisis bioinformático para relacionar las variantes genéticas resultantes con el Síndrome de Marfan por medio de herramientas como: FastQc de análisis de calidad, Bowtie2 para el mapeo de secuencias , SamTools para el llamado de variantes, BLASTn para la comparación de las secuencias obtenidas con lo reportado en las bases de datos; Finalmente, se utilizó BLASTx para observar si las proteínas codificadas por dichas secuencias tienen cambios afines con la enfermedad de Marfan. Obteniendo la localización de 5 variantes entre transiciones y tranversiones no reportadas en la base de datos OMIM, una de esta hallada en todo el grupo familiar. Al dar la lectura proteica se comprobó la existencia de un cambio en la codificación de la proteína dada por FBN1 lo que puede explicar los rasgos fenotípicos característicos del Marfan que la familia expreso. PALABRAS CLAVE: Síndrome de Marfan, Secuenciación masiva de nueva generación (NGS), Análisis bioinformático, Variantes genéticas. 13 INTRODUCCIÓN El síndrome de Marfan es un trastorno genético de herencia mendeliana, clasificado por el Ministerio de Salud de Colombia como una de las enfermedades huérfanas; es decir, una enfermedad rara y/o desatendida (Mateus, s.f). Este síndrome afecta al tejido conectivo de los organismos pues ocasiona anormalidades en genes que codifican las proteínas estructurantes de este tejido, donde se ve principalmente comprometido el gen FBN1. Diversos estudios han demostrado que este gen tiene una ampliavariabilidad genética, registrándo 1847 mutaciones tanto benignas como patológicas y 1096 variantes proteicas hasta el momento; siendo algunas de ellas únicas por grupo familiar (Tjeldhorn, et al., 2015). Por tanto, es relevante hallar el mayor número de variantes posibles y determinar si estas son patológicas o no. La secuenciación masiva de nueva generación (NGS) permite observar los cambios en los nucleótidos que presentan los genomas, los cuales pueden ser analizados mediante herramientas bioinformáticas para establecer cuáles de estos cambios son patológicos o cuales no han sido reportados. Y así, facilitar futuros diagnósticos diferenciales en las enfermedades genéticas, que permitan otorgar a los pacientes una atención médica adecuada y oportuna. En el caso de esta investigación se utilizaron seis herramientas bioinformáticas a fin de determinar la calidad de la secuencia cruda y el tratamiento de esta para obtener una secuencia limpia y fácil de analizar en formato Fasta, realizando la comparación contra la base de datos OMIM para cumplir con el objetivo de investigación. El grupo familiar de estudio tiene una F3 con características fenotípicas relacionadas con el síndrome de Marfan, hecho que motivo la realización de esta investigación. El individuo principal de estudio o probando fue una mujer de 25 años que porta una mutación en el gen FBN1 cuyo diagnostico patológico fue inconcluso. Por consiguiente, se relacionaron a sus familiares directos para el estudio genético, en este caso haciendo una identificación de Polimorfismos de Nucleótidos Simples (SNPs) Estas variaciones se han identificado en diversas especies incluyendo al hombre, siendo de gran importanc ia biológica; ya que, determinan la mayor parte de la variabilidad genética de los individuos 14 (Frazer et al. 2009). Al desarrollar investigaciones en estos polimorfismos se promueve el avance de las nuevas tecnologías médicas, pues la susceptibilidad, resistencia individual y los cambios proteicos relacionados con distintas enfermedades son ocasionados principalmente por estas variantes y con menor frecuencia por inserciones, deleciones, secuencias repetitivas y/o arreglos cromosómicos (Harismendy et al. 2009). 15 1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA El diagnóstico para el Síndrome de Marfan está relacionado con el gen FBN1; sin embargo, es difícil de conceder; ya que, se han encontrado diversas variaciones en este gen relacionadas con el síndrome; tal como menciona Faiver et al. (2007) en el texto “Effect of Mutation Type and Location on Clinical Outcome in 1,013 Probands with Marfan Syndrome or Related Phenotypes and FBN1 Mutations: An International Study” donde indica que se han reportado 559 mutaciones patológicas del FBN1 siendo en su mayoría mutaciones únicas por grupo familiar. Por ende, es necesario identificar la mayor cantidad posible de variantes genotípicas causales o potencialmente causales del Síndrome para realizar un rápido diagnóstico y un seguimiento clínico adecuado para los pacientes y su descendencia. Por lo tanto, se realizó un estudio a un grupo familiar en el que uno de sus miembros presenta una mutación del FBN1, pero cuyo análisis de PCR realizado por The John Welsh Cardiovasculary Diagnostic Laboratory resultó inconcluso (ver Anexo A.). En consecuencia, al evaluar al grupo familiar mediante la secuenciación masiva del DNA de los individuos cabe preguntarse: ¿Cuantas variables genotípicas relacionadas con el Síndrome de Marfan tiene este grupo familiar? 16 2. JUSTIFICACIÓN Este trabajo surge de la necesidad de ampliar la información acerca del síndrome de Marfan; debido a que en la actualidad no se encuentran registros completos de las variantes del gen FBN1; Pues, con el tiempo las variables genéticas cambian acorde a cada grupo familiar. Teniendo en cuenta lo escrito anteriormente este trabajo extiende el conocimiento sobre la genética molecular del gen FBN1 y el síndrome de Marfan al aportar nuevos Polimorfismos de Nucleótidos Simples (SNPs) para robustecer las bases de datos sobre las variantes genotípicas en que modifiquen las proteínas estructurantes del tejido conectivo y de esta manera facilitar el diagnóstico de la enfermedad para mejorar la calidad de vida de los individuos. Con el avance de la biotecnología y la generación de nuevas herramientas informáticas aplicadas a la biología molecular se pueden establecer nuevos estándares que permitan el desarrollo de la investigación no sólo en el campo de la genética médica sino de la biología en general. 17 3. OBJETIVOS 3.1 OBJETIVO GENERAL 3.1.1 Identificar las variantes genotípicas que influyen en la expresión de fenotipos compatibles con el síndrome de Marfan en un grupo familiar. 3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 3.2.1 Extraer ADN en Sangre mediante el método Salting out disminuyendo los niveles de contaminación en los individuos pertenecientes a un grupo familiar con características que corresponden a fenotipos relacionados con el Síndrome de Marfan. 3.2.2 Realizar un análisis Bio-informático de la secuenciación de ADN de individuos con caracteres fenotípicos afines con de Síndrome de Marfan pertenecientes al mismo grupo familiar. 18 4. MARCO REFERENCIAL 4.4 SINDROME DE MARFAN El síndrome de Marfan es un trastorno hereditario autosómico dominante del tejido conectivo cuyas manifestaciones clínicas más prominentes se producen en los sistemas esquelético, ocular y cardiovascular (Kainulainen, 1990). Los individuos con este síndrome presentan alteraciones faciales como: una forma facial (cara larga) y paladar ojival (paladar profundo) y articulaciones hiperlaxas (De Coster, 2002). El defecto es causado por la alteración del gen FBN1, ubicado en el brazo largo del cromosoma 15 (15q21.1); el FBN1 es el responsable de la síntesis de fibrilina-1, proteína que compone las microfibrillas del tejido conectivo (Malambo & Mora, 2011). Sin embargo, este síndrome se encuentra asociado mutaciones en otros genes como el FBN2 causante de aranodactilia contractural (MFS; OMIM 154700). Se estima que el 90% de las mutaciones documentadas son de tipo único y afectan a un individuo o familia. Se calcula que su incidencia es de 2 a 3 casos por cada 10.000 individuos siendo un trastorno estructural frecuente que no afecta a una población o género en específico (Muñoz et al., 2014). 4.4.1 Historia El Síndrome de Marfan fue informado por primera vez alrededor de unos 100 años atrás por el médico pediatra Antoine-Bernard de Marfan en 1896, quien se percató de la asociación de dígitos largos y delgados y otras anormalidades esqueléticas en una paciente de 5 años. Como muchos de los descubrimientos hoy día este trastorno monogénico lleva su nombre (Judge & Dietz 2005). Sin embargo, fue descrito en detalle muchas décadas después; a lo largo de la historia se fueron asociando signos y sintomatologías de este síndrome hasta establecer unos criterios de diagnóstico por De Paepe y colaboradores en 1996 para que en la actualidad se haga uso de las técnicas moleculares como ayuda diagnostica del Marfan (OMIN). Debido a que las afecciones que conlleva tener esta enfermedad son multisistémicas se han realizado gran variedad de investigaciones clínicas y moleculares entorno a esta en busca de una mejor calidad de vida para estos individuos (Domínguez et al., 2000). http://europepmc.org/search?page=1&query=AUTH:%22De+Coster+PJ%22 19 4.4.2 Criterios diagnósticos para el síndrome de Marfan (MFS) El síndrome de Marfan se diagnostica actualmente mediante criterios basados en una evaluación de la afectación de diferentes sistemas de órganos, antecedentes familiares y los datos moleculares de individuo (Radonic et al., 2011). Los criterios de Ghent constande criterios mayores y menores. Los criterios mayores son las características o síntomas que son comunes en las personas con síndrome de Marfan, siendo de gran importancia para el diagnóstico. cabe aclarar que se debe distinguir entre un criterio mayor presente en un sistema y que el sistema esté involucrado sin presentar un rasgo relevante de la enfermedad (De Paepe et al., 1996). Los criterios menores son características o síntomas que están presentes en las personas con síndrome de Marfan, pero también están presentes en las personas que no lo tienen. Según los criterios de Ghent para ser diagnosticado con el síndrome el paciente debe tener presente algunas de las siguientes características: Antecedentes familiares de síndrome de Marfan, tener uno de los criterios mayores y uno de los criterios menores que afectan a diferentes sistemas del cuerpo, como el esqueleto y los vasos sanguíneos. Si no tiene antecedentes familiares de síndrome de Marfan, tendrá que tener dos criterios mayores y uno de los criterios menores que afecten a diferentes sistemas del cuerpo (De Paepe et al., 1996). Para diagnosticar el Síndrome de Marfan en un caso índice el paciente debe tener criterios mayores en dos sistemas de órganos diferentes; y el compromiso de un tercer sistema de órganos. Mientras que en un caso relativo debe tener: un criterio mayor en historia familiar, un criterio mayor en un sistema de órganos, más el compromiso en un segundo sistema de órganos (De Paepe et al., 1996). Los siguientes ítems son los presentados en 1996 por De Paepe y colaboradores como los criterios de Ghent para el diagnóstico de Síndrome de Marfan: 4.4.2.1 Rasgos esqueléticos: Criterio mayor (presencia de al menos 4 de las siguientes manifestaciones): • Pectus carinatum. • Pectus excavatum que requiere cirugía. 20 • Relación entre segmentos superior e inferior reducido o relación envergadura y estatura elevado (>1,05). • Signos del pulgar y muñeca positivos. • Escoliosis >20° o espondilolistesis. • Reducida extensión de los codos (<170°). • Desplazamiento medial del maléolo medial causando pie plano. • Protrusión de acetábulos de cualquier grado (comprobado en radiografías). Criterio menor: • Pectus excavatum de moderada severidad. • Hiperlaxitud articular. • Paladar ojival con aglomeración de dientes. • Apariencia facial característica. • Dolicocefalia. Hipoplasia malar. Enoftalmos. • Retrognatia. • Fisuras palpebrales bajas. 4.4.2.2 Afección ocular: Criterio mayor: Ectopia lentis. Criterio menor: • Córnea plana. • Aumento de la longitud axial del globo. • Hipoplasia del iris o del músculo ciliar hipoplásico causando miosis disminuida. 4.4.2.3 Sistema Cardiovascular Criterio mayor: • Dilatación de la aorta ascendente, con o sin regurgitación aórtica y comprometa al menos los senos de valsalva. 21 • Disección de la aorta ascendente. Criterio menor: • Prolapso de la válvula mitral con o sin regurgitación de la válvula mitral. • Dilatación de la arteria pulmonar, en ausencia de estenosis valvular o pulmonar periférica por debajo de los 40 años la edad. • Calcificación del anillo mitral por debajo de 40 años. • Dilatación o disección de la aorta torácica descendente o abdominal por debajo de 50 años. 4.4.2.4 Sistema Pulmonar Criterio menor: • Neumotórax espontáneo. • Bullas apicales. 4.4.2.5 Piel y tegumentos Criterio menor: • Estrías atróficas. • Hernia recurrente o incisional. 4.4.2.6 Duramadre Criterio mayor: • Ectasia dural lumbosacra por Tc o rnm. 4.4.2.7 Historia familiar/genética Criterio mayor • Familiar de primer grado que cumpla independientemente el criterio diagnóstico. • Presencia de la mutación en FBN1 conocida que causa el Síndrome de Marfan. • Presencia del haplotipo alrededor del fbn1 heredado por la descendencia e inequívocamente asociada con el Síndrome de Marfan diagnosticado en la familia. 22 La presencia de dos criterios importantes en diferentes sistemas de órganos y la participación de un tercer sistema son suficientes para establecer el diagnóstico. Los criterios mayores: dilatación de la raíz aórtica o disección, ectopia lentis o luxación del cristalino, en combinación de al menos cuatro de las ocho principales características del esqueleto, la ectasia dural y una mutación en el gen FBN1 o un familiar de primer grado en cumplimiento los mismos criterios para el diagnóstico pueden establecerse como un diagnóstico diferenc ia l del Síndrome (Radonic et al., 2011). Como resumen se puede presentar la siguiente tabla de criterios propuesta por Loja et al. (2001): Tabla 1 Resumen de los criterios de Ghent. Criterios de diagnóstico para cada sistema de órganos afectados por el Síndrome de Marfan Tomado de Loja et al. (2001). Criterios de GHENT I. Esqueleto A.- Criterios mayores: 1.- Pectus carinatum. 2.- Pectus excavatum quirúrgico. 3.- S ignos de la muñeca y de Gowers. 4.- Segmento inferior > segmento superior o brazada/talla >1,05 5.- Escoliosis >20º o espondilolistesis. 6.- Extensión del codo <170º. 7.- Pie plano. 8.- Protrusión del acetábulo. B.- Criterios menores: 1.- Pectus excavatum moderado. 2.- Hipermovilidad articular. 3.- Paladar ojival con apelotonamiento dental. 4.- Dolicocefalia, hipoplasia malar, enoftalmos, retrognatia y abertura palpebral oblicua. II. Cardiovascular A.- Criterios mayores: 1.- Dilatación de la aorta ascendente con o sin regurgitación aórtica o compromiso del seno de Valsalva. 2.- Disección de la aorta ascendente. B.- Criterios menores: 1.- Prolapso valvular mitral con o sin regurgitación mitral. 2.- Dilatación de la arteria pulmonar, en ausencia de estenosis pulmonar valvular o periférica en <40 años. 3.- Calcificación del anillo mitral en <40 años. 4.- Dilatación o disección de la aorta torácica descendente o de la aorta abdominal en <50 años. III. Ojos A.- Criterio mayor: 1.- Luxación del cristalino B.- Criterios menores: 1.- Córnea plana. 2.- Globo ocular elongado. 3.- Iris o músculos ciliares hipoplásicos. IV. Pulmones A.- Criterio mayor: 1.- Ninguno B.- Criterios menores: 1.- Neumotórax espontáneo. 2.- Bulas apicales V. S istema nervioso A.- Criterio mayor: 1.- Ectasia dural lumbosacra B.- Criterio menor: 1.- Ninguno VI. Piel y faneras A.- Criterio mayor: 1.- Ninguno B.- Criterios menores: 1.- Estrias atróficas. 2.- Hernia o eventración recurrente. VIII. Historia familiar/genética A.- Criterios mayores: 1.- Padre, hijo o sobrino que reúna estos criterios independientemente. 2.- Mutación en FBN-1. 3.- Haplotipo heredado en FBN-1. B.- Criterio menor: 1.- Ninguno 23 Existen caracteres subjetivos que dependen del examinador y no son patognomónicos del síndrome de Marfan siendo así se realizó una revisión de los criterios de diagnóstico de Ghent se le otorgó más relevancia peso a dos características cardiacas, dilatación de la aorta y ectopia lentis (EL), que se consideró suficiente para hacer el diagnóstico (Loeys et al., 2010). De igual modo se les asignó un papel importante en el diagnostico a las mutaciones en el FBN1, así como a las mutaciones con genes relacionados como el del factor de crecimiento transformante beta (Loeys et al., 2010). De acuerdo con la revisión de los criterios de Marfan en 2010, Radonic et al. (2011) resalta las siguientes características como criterios de diagnóstico : “El diagnóstico de MFS en un individuo afectado puede establecerse en la presencia de: a. Dilatación de la raíz aórtica (Z-score ≥ 2) y EL. b. Dilatación de la raíz aórtica (Z ≥ 2) y la mutación FBN1. c. Dilatación de la raíz aórtica (Z ≥ 2) y sistémico anotar ≥7 puntos. d. EL y FBN1 mutación conocida que se asocia con dilatación aórtica en miembros de la familia. “pág. 347 Sin embargo, es importante realizar pruebasdiagnósticas adicionales en caso de hallazgos sospechosos de trastornos relacionados, para diferenciar estas enfermedades como y así mismo establecer los riesgos de salud y hacer el seguimiento médico adecuado (Loeys et al., 2006). 4.4.3 Tratamiento y pronostico La expectativa de vida de un individuo con Síndrome de Marfan varía dependiendo de la severidad del mismo pues dependiendo de la mutación que se tenga se van a ver afectados los sistemas en mayor o menor gravedad. Los individuos con cardiopatías severas tienen una expectativa de vida menor a la de aquellos que presentan únicamente afecciones musculoesqueléticas u oculares (Gray et al., 1998). Pues en su mayoría las muertes son dadas por muerte cardiovascular; ya sea por disección aórtica, insuficiencia cardíaca congestiva o enfermedad de la válvula cardíaca (Gatzoulis et al., 2007). Sin embargo, al avanzar la investigación en esta enfermedad se han reportado datos de supervivencia acumulativa media entre los 53,4 años para los hombres y 71,8 años para las mujeres en el año 1998 (Gray et al., 1998), que en comparación con el año de 1972 era de 41 y 49 años, respectivamente 24 (Murdoch et al. 1972). Como es observado la mejora en la tasa de supervivencia y la esperanza media de vida de la población con Marfan en general es cada vez mayor dados los avances producidos en el área de diagnóstico médico, la terapia médica y el avance en técnicas quirúrgicas y la realización de las mismas como las cirugías cardiovasculares por dilatación aortica de 5,15 mm o regurgitación valvular progresiva (Silveman et al., 1995). Sin embargo, no hay estudios realizados minuciosamente pues la inclusión de sujetos con síndrome de Marfan severo con rasgos de menor severidad en la misma estadística contribuye al sesgo de la información (Silveman et al., 1995). Pero no por ello se desconoce el avance científico y por ende la mejora en la calidad de vida de los individuos con síndrome de Marfan. Actualmente se trata quirúrgicamente la dilatación aortica grave con sustitución que dependiendo del grado puede ser sustitución del anillo aórtico o sustitución de la mayor parte de la válvula; para casos leves se recomienda realizar evaluaciones regulares (ecocardiogramas) y/o tratamiento con betabloqueantes, en algunos casos es dejada a consideración del paciente la cirugía electiva (Gatzoulis et al., 2007). También se recomienda profilaxis de endocarditis cuando hay prolapso e insuficiencia de la válvula mitral tras la sustitución valvular aórtica y después de la sustitución del anillo aórtico (por 6 meses); como recomendaciones se deben evitar deportes de contacto y actividad física isométrica para reducir la tensión en la aorta. En cuanto al embarazo existe el riesgo de la progresión de los trastornos cardiovasculares sumado a la probabilidad que el bebé podrá de heredar este desorden es del 50% (Gatzoulis et al., 2007). 4.4.4 Herencia El síndrome de Marfan es clasificado como un trastorno monogénico mendeliano, es decir que, existe la alteración de un gen; dicha alteración puede condicionar la producción de la proteína de forma anormal o en la reducción de la cantidad (Kumar et al., 2010). 4.5 FIBRILINA Y EL GEN FBN1 La fibrilina es una glucoproteína extracelular que compone las microfibrillas, estas fibrillas aportan un andamiaje sobre el cual se deposita la tropoelastina para formar las fibras elásticas. De esta proteína existen dos formas homologas, la fibrilina 1 y la fibrilina 2 codificadas por los genes FBN1 (cromosoma 15q21.1) y FBN2 (cromosoma 2q23.31) 25 respectivamente (Kumar & Aster, 2010). Como se dijo anteriormente las mutaciones en el gen FBN1 son las responsables del desarrollo del síndrome de Marfan debido a cambios en las propiedades mecánicas de la matriz extracelular dadas por mutaciones en sentido erróneo, de las cuales se han reportado alrededor de 600 diferentes; la anormalidad en las microfribrillas puede dar lugar a la activación del factor de crecimiento transformante β (TGF – β) cuyo exceso tiene efectos sobre el musculo liso vascular resultando en cardiopatías congénitas (Kumar et al., 2010). El gen FBN1 es responsable de la producción correcta de la proteína esencial para una fibrogénesis elástica normal; tiene la particularidad de ser rico en secuencias de cisteína siendo estas homólogas al factor de crecimiento epidérmico (EGF); en cuanto a su tama ño se puede decir que este gen consta de 65 exones de los cuales 47 exones codifican un dominio completo de EGF (Barriales-Villa et al. 2011). 4.6 TÉCNICAS DE SECUENCIACIÓN La secuenciación del ADN consiste en determinar el orden de las bases de A, C, G y T en un fragmento de ADN, el primer método utilizado para ello y que aún se maneja es la secuenciación Sanger la cual permite obtener la secuencia de un fragmento determinado de ADN, un gen o parte de un exoma. Sin embargo, tras la necesidad de secuenciar múltip les secuencias paralelamente surgió la secuenciación masiva NGS siendo está más rápida y económica que la de Sanger. Cuando se tienen ensambladas estas secuencias a un genoma de referencia, se puede secuenciar, en lugar de un gen, múltiples genes o incluso un genoma completo y aunque contiene más errores que la de Sanger la habilidad de repetición permite una calidad de la secuencia plena (Jiménez et al. 2012) En la actualidad existen diferentes plataformas de secuenciación masiva que permiten obtener datos de mayor cantidad y calidad, bajo costo y menor tiempo (Metzker 2010). De estas nuevas plataformas se destacan tres: Illumina, 454 (Roche) y SOLiD (Applied Biosystems) (ver Imagen 1); no obstante, existen otras como: PacBio (Pacific BioSciences), el Personal Genome Machine y el Ion Proton (Ion Torrent), así como, de forma muy reciente, el Oxford Nanopore (Furió, 2012). 26 Imagen 1 principales plataformas de secuenciación masiva (Metzker 2010) en Furió (2012) 4.6.1 Secuenciación masiva de nueva generación (NGS) Es una técnica de alta especificidad y sensibilidad para la detección de mutaciones puntuales como pequeñas delaciones e inserciones lo que la hace una herramienta eficaz para el diagnóstico de enfermedades genéticas (Martínez-Barrios et al. 2014); este proceso se realiza mediante plataformas automáticas para este caso se hará uso de la plataforma Illumina utilizando el kit “Truseq Rapid Exome Library Prep Kit” el cual proporcionará un método sencillo, eficaz para realizar llamadas de variantes exónicas de alta confianza entregando las bibliotecas en 1 día sin necesidad de equipo adicional (Illumina, 2017). 27 4.7 ESTUDIOS RELACIONADOS EXOME SEQUENCING IDENTIFIED NEW MUTATIONS IN A MARFAN SYNDROME FAMILY (Li et al. 2014) Este estudio identificó dos nuevas variantes en el grupo familiar ya diagnosticado, en el cual fue alta la heredabilidad de la enfermedad, se corroboró el diagnostico mediante los criterios de Ghent y se procedió a realizar una secuenciación al azar de los genomas de los individuos mediante la plataforma Illumina HiSeq 2000 (Illumina, CA, EE.UU.). los resultados fueron analizados mediante herramientas informáticas donde ser realizoó un llamado de variantes para seleccionar aquellas que estuvieran relacionadas con el síndrome, estas fueron validadas mediante PCR y secuenciación Sanger. De esta investigación se concluyó: “el análisis de secuenciación del exoma nos ofrece una nueva visión de los eventos moleculares que regulan el mecanismo molecular del síndrome de Marfan. Las variantes que hemos identificado aquí pueden proporcionar nuevas dianas terapéuticas para las posteriores investigaciones.” 28 5. METODOLOGÍA Este trabajo se centra en la descripción de las variantes del gen FBN1 relacionadas con el Síndrome de Marfan (Cazau, 2006) la secuenciación de ADN permite ver el ordenen que se encuentran cada uno de los nucleótidos lo cual es útil para observar los cambios específicos en una cadena; por lo tanto, se secuenció el ADN de los 5 individuos de un grupo familiar con características fenotípicas sugerentes de síndrome de Marfan que se evidenciaron al construir una Matriz siguiendo la nosología de Ghent. El ADN fue obtenido al seguir dos procedimientos el primero fue la venopunción para la extracción de sangre de cada uno de los individuos; y el segundo, la extracción de ADN mediante el proceso de Salting Out que se describe en párrafos posteriores. Las muestras obtenidas fueron secuenciadas en la plataforma Illumina 1.9 obteniendo una biblioteca de datos que fueron tratados con herramientas bioinformáticas para determinar la relación de estás secuencias con la enfermedad. 5.1 MATRIZ DE CARACTERES RELACIONADOS CON SINDROME MARFAN Se desarrolló una matriz para evidenciar los criterios positivos que corresponden a caracteres del síndrome de Marfan o MASS, basándose en la nosología de Ghent, los criterios enunciados por Domínguez (2000) y la revisión de Radonic (2011). La tabla construida muestra dos columnas principales: la primera corresponde al criterio evaluado y las segunda al individuo, marcando con rojo los criterios positivos de los individuos tomando como base la historia clínica del individuo 01.A continuación se muestra la Matriz construida para tal propósito. 29 Tabla 2. Modelo de la matriz de características del síndrome de Marfan. 5.2 OBTENCIÓN DE ADN Para obtener las muestras de ADN de la familia estudio fue necesario realizar varios procedimientos con el consentimiento de cada uno de los individuos. 5.2.1 Venopunción La venopunción o flebotomía es un proceso en el que se realiza una punción en una vena usando una aguja para extraer sangre o inyectar algo en la vía parenteral; para el caso de este estudio se realizó extracción de sangre, pues de este tejido se realizó la extracción de ADN. La sangre fue colectada en tubos con EDTA siendo este procedimiento el paso inic ia l para realizar la extracción como se muestra en la Figura 1 (Ventura et al. 2010). 5.2.2 Extracción de ADN a secuenciar Para este procedimiento se utilizó el Kit de extracción del grupo BIOMOL. Como primer paso se almacenaron las muestras de sangre en tubos colectores con anticoagulante EDTA de los cuales se tomarán 300 µl de las muestras para realizar la extracción. Luego como indica la Figura 1 se llevó a cabo la lisis celular con 900 µl de LISIS 1, se agitó por inversión 10 veces; posteriormente se centrifugó por 12 minutos 12000 rmp durante 10 minutos y luego se descartó el sobrenadante; se limpió el pellet con la micropipeta y se agregaron de 300 µl a 900 µl de LISIS 1 para obtener el mega-pellet, se repitió la inversión y el centrifugado. Luego, se descartó nuevamente el sobrenadante. Seguido a esto se calentó la LISIS 2 entre los 40 – 65 °C cuando esta se encontraba precipitada hasta que tomara un color transparente, al estar lista se agregaron 300 µl de LISIS 2 al tubo ependorff con el pellet; se agitó en el vórtex durante 2 minutos o más hasta disolver el pellet; se agregaron 300 µl de LISIS 3 al tubo y se agitó durante 2 minutos en el vórtex. La mezcla se llevó a la INDIVIDUO CRITERIO 01 02 03 04 05 Hiperlaxitud de las articulaciones Pie plano Aranodactilia Escoliosis Estrías Anomalías cardiacas Mutación en el FBN1 30 centrifuga durante 10 minutos a 12000 rpm esta vez se recolectó el sobrenadante en un tubo colector de 1.5 ml; consecutivamente se agregaron 300 µl de isopropanol en grado molecular (99.9%) frio y se agito por inversión 10 veces dejando incubar a temperatura ambiente por 2 minutos (MO BIO, 2016); seguido a esto se centrifugó por 10 minutos a 12000 rpm. Después el sobrenadante fue descartado en un papel absorbente, para dejar el pellet intacto se dejó secar durante 10 minutos; cumplido el tiempo se añadieron 300 µl de etanol 70% se agito por inversión 5 veces para lavar el pellet, se llevó a la centrifuga a 12000 rpm como sugiere Riera et al. 2010 para mejorar la pureza de la extracción; Después, se descartó el residuo, se dejó secar el tubo por 20 minutos; Al cumplir este tiempo se agregaron de 15-20 µl de la solución 6 para re-suspender el ADN. Finalmente se almacenaron las muestras a -20 °C. Figura 1 Extracción de ADN Modificada de (Alejos et al. 2014) 31 5.2.3 Cuantificación Una vez re-suspendido el pellet se cuantificó, es decir, se determinó el rendimiento mediante una espectrofotometría usando el Nanodrop 2000c thermo scientific; debido a que el ADN absorbe la luz UV que está en un rango de 260 nm – 280 nm el equipo pudo indicar si el ADN se encuentró puro o contaminado y la cantidad en ng/µl que contenía el mismo (Leninger 1975). 5.2.4 Verificación de ADN Las muestras 6,21,19,8 y 33 fueron evaluadas en gel de agarosa al 2%, usando como tampón una solución TBE 1X (Tris base, ácido bórico y EDTA), teñidas con 1.0 μl GEL RED. Para la separación se utilizó una fuente de poder a 110 V y 70 mA durante un periodo de tiempo que osciló entre los 30 a 40 minutos, este gel fue fotografiado bajo luz ultravio leta con el equipo mini sub cell GT BIORAD y con la fuente de poder power pac basic BIORAD. 5.3 SECUENCIACIÓN MASIVA DE NUEVA GENERACIÓN (NGS) Se utilizó la plataforma automática Illumina 1.9 mediante el kit “Truseq Rapid Exome Library Prep Kit” siendo el método más sencillo y eficaz para realizar llamadas de variantes exónicas de alta confianza obteniendo las bibliotecas en corto tiempo sin necesidad de equipo adicional (Illumina). 5.4 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO Se usaron varias herramientas bioinformáticas para analizar los datos que otorga el secuenciador. En primer lugar, se hizo un pretratamiento con el uso de FastQC para comprobar la calidad de las lecturas crudas, es decir, recién salidas del secuenciador y Un trimming con Trimomantic para cortar las bases de baja calidad; en seguida se realizó un alineamiento contra genoma de referencia (Mapeo) mediante la herramienta Bowtie 2 de TopHat; posteriormente, se usó el paquete de SAMtools para seleccionar las variantes mpileup y GIB para el llamado de SNPs de donde se obtuvieron las secuencias definit ivas que fueron analizadas por la herramienta BLASTn para identificar los SNPs reconocidos en las bases de datos OMIM , finalmente se realizó un BLASTx para observar la relación de estos SNPs con la enfermedad al cambiar esta secuencia de nucleótidos por la codificac ión proteica en NCBI. 32 5.4.1 Pretratamiento Antes de analizar los datos se debe asegurar que estos son correctos y si no lo son eliminar los datos defectuosos para ello se hizo uso del programa FastQc restringiendo el control de calidad con un largo mínimo de 55 pb y un phred score de 33 lo que se refiere a una aceptación de un 0,000631% de error. Este programa es una herramienta libre que puede obtenerse del sitio web de Babraham Bioinformatics (http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/), en esta página se descarga el archivo rar que se utilizó con la aplicación Java Versión 8 Update 131 con JRE para Windows 10 disponible en https://www.java.com, se descomprimió el archivo, se corrió el programa (ver imagen 2) y se cargó el archivo de la secuencia (ver imagen 3) desplegando el menú file, open, y buscando el archivo en la carpeta correspondiente seleccionando la opción abrir. Para finalizar el pretratamiento se hizo un trimming para eliminar los nucleótidos de baja calidad de la secuencia cruda, estos corresponderán a los adaptadores de la secuencia cruda, este proceso se realizó con el sistema operativo Linux ejecutando la siguiente línea de comandos: Paired End Mode: java -jar <path to trimmomatic.jar> PE [-threads <threads] [-phred33| -phred64] [- trimlog <logFile>] <input 1> <input 2> <paired output 1> <unpaired output 1> <paired output 2> <unpaired output 2> <step 1> ... Terminado el proceso anterior se volvió a correr FastQc para evaluar la secuencia recortada que fue la utilizada para el mapeo por sus rangos de calidad. http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/ https://www.java.com/ 33 Imagen 2 Abrir el Programa FastQc. Imagen 3 Abrir archivo de lectura. 34 5.4.2 Mapeo Se realizó un mapeo contra la nueva referencia de del Genoma Humano versión 38 cromosoma 15 utilizando la herramienta Bowtie2 es una herramienta rápida y eficiente para alinear lecturas secuenciales a secuencias de referencia largas como son las de los mamíferos (SOURCEFORGE.NET, 2017). utilizando un phred score de 30 para el mapeo. Los datos del mapeo se observan utilizando IG, previamente se transformaron las librerías mapeadas al formato sorted.bam. 5.4.3 Llamado de SNPs Una vez que cada genotipo fue mapeado con el genoma de referencia creado de HG 38 cr15, se utilizaron diferentes herramientas de SAMTools, para identificar las variantes. Mediante la herramienta –mpileup se realizó el llamado de SNPs. El primer filtro realizado con vcfutils.pl se basó a los datos de profundidad de mapeo (-d5). Posteriormente mediante el software 18 vcftool, se realizó un segundo filtro eliminando los InDels (--indels), y un tercer filtro, de aquellas variantes que no están presentes en el 1% de cada población (MAF >0,01) dejando solo aquellos SNPs informativos. 5.4.4 BLAST Para realizar la comparación de las secuencias definitivas contra la base de datos se utilizó BLAST, una herramienta de búsqueda de alineación local; es decir que, encuentra regiones de similitud entre secuencias biológica al comparar las secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos de secuencias para deducir las relaciones funcionales y evolutivas entre las secuencias, así como ayudar a identificar a los miembros de las familias de genes (The National Library of Medicine, 2017). En primer lugar, se hizo una comparación entre nucleótidos con BLASTn para ver la posición de los SPNs de las secuencias definitivas se ingresando a la página https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi, seleccionando la opción de nucleótidos e ingresando la secuencia en formato fasta, siendo el genoma humano la referencia, finalmente se hizo clic en el botón BLAST para correr la herramienta (ver Imagen 4), este proceso se repite seleccionando la herramienta BLASTx para ver la relación causal de las proteínas generadas por los nucleótidos. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 35 Imagen 4. Comparar secuencias en BLAST. 36 6. RESULTADOS Y ANÁLISIS 6.1 MATRIZ DE CARACTERES SUGERENTES DE SINDROME DE MARFAN La tabla Matriz de Caracteres sugerentes de Síndrome de Marfan se obtuvo al evaluar cada uno de los criterios enunciados en esta, los cuales son mostrados a continuación con evidencia fotográfica para aquellos que pertenecen a rasgos físicos. Fotografía 1. Signo de Walker-Murdoch o signo de la muñeca positivo para Individuo 01, característica esquelética del síndrome de Marfan. 37 Fotografía 2. Signo de Gowers positivo (con protrusión del pulgar en oposición forzada, más allá del borde cubital con el puño cerrado) positivo para aranodact ilia en Individuo 01. Fotografía 3. Signo de Gowers positivo (con protrusión del pulgar en oposición forzada, más allá del borde cubital con el puño cerrado) positivo para aranodactilia en Individuo 02. 38 Fotografía 4. Signo de Walker-Murdoch o signo de la muñeca positivo para Individuo 02, característica esquelética del síndrome de Marfan. SIGNOS DE SINDROME DE MARFAN EN PIEL Y TEGUMENTOS . Fotografía 5. Estrías atróficas criterio menor para síndrome de Marfan 39 Fotografía 6.. Individuo 02. Estrías atróficas criterio menor para síndrome de Marfan Fotografía 7. Individuo 04. Estrías atróficas 40 Fotografía 8. Hiperextensión de rodillas se observa que la curvatura al extender la rodilla sobresale más de lo normal; también es evidente el pie plano, la contextura delgada y fina de las extremidades inferiores. Fotografía 9. Individuo 01. Flexibilidad de la muñeca. Aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo 41 Fotografía 10. Individuo 02. Flexibilidad de la muñeca. Aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo. Tabla 3. Alteraciones musculoesqueléticas presentes en el grupo familiar de estudio. La Tabla 3. muestra los criterios positivos para cada uno de los individuos, tomando como referencia al individuo 01 que presenta una mutación en el gen FBN1 según su historia clínica, pero cuya PCR no fue suficiente para el diagnóstico del Síndrome (ver Anexo A); 02 Hermano;03 Padre; 04 Madre y 05 Abuela Materna. en la columna CRITERIO se exponen algunas características relacionadas con el Marfan tomadas de Loja (2001), utilizados en el diagnóstico de Ghent y señalados en la revisión de los criterios de Marfan de Radonic et al. (2011). INDIVIDUO CRITERIO 01 02 03 04 05 Hiperlaxitud de las articulaciones Pie plano Aranodactilia Escoliosis Estrías Estatura vs Envergadura <1cm Anomalías Cardiacas Mutación en FBN1 42 La aranodactilia como criterio positivo se determinó utilizando el signo de Gowers que es la protrusión del pulgar en oposición forzada, más allá del borde cubital con el puño cerrado y el signo Walker-Murdoch que corresponde a la sobre-posición de los dedos pulgar y meñique en más de 1 cm, en prensión proximal de la muñeca proximal a nivel de la apófisis estiloides radial con la otra mano (ver fotografía 1 y 4) (Aviña Fierro & Hernández Aviña, 2011). Estrías atróficas: son aquellas marcas o estrías en la piel espontáneas sin causa definida (Aviña Fierro & Hernández Aviña, 2011). Este tipo de marcas son hereditarias y no corresponden a cambios bruscos en la piel como los causados por el aumento de peso o el embarazo como se evidencia en las fotografías 5-7, resaltando la fotografía 6 pues allí es observable la espalda de un hombre que muestra dichas marcas. La envergadura o brazada corresponde a la relación entre la estatura y la longitud de los brazos abiertos que teóricamente en adultos debe ser la equivalente; sin embargo, en todos los individuos se presenta la longitud mayor a la estatura respectiva (ver Tabla 5) (Aviña Fierro & Hernández Aviña, 2011). Tabla 4. Relación de la brazada con respecto a la estatura de cada individuo. Individuo Estatura (cm) Envergadura (cm) Estatura/Envergadura 01 162 169 7 cm 02 179 180,5 1,5 cm 03 166,5 173 6,5 cm 04 156 164 8 cm 05* No aplica No aplica No aplica * No fue posible hacer la medición de estos criterios debido a que el paciente falleció durante el desarrollo de esta metodología. La hiperlaxitud de las articulaciones es un criterio positivo cuando presentan 4 signos menores siendo el primero obtener una Puntuación de Beigthon (ver Tabla 4) de 1-3 (Bulbena et al. 2008). Esta puntuación corresponde a un punto por cada una de las siguientes características (ver Fotografías 8-10): la aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo, la hiperextensión de las rodillas que sobrepase los 10º, la flexión del tronco hacia adelante con las rodillas en extensión de modo que las palmas de las manos se apoyen sobre 43 el suelo; el segundo la dislocación en más de una articulación o en una articulación en más de una ocasión; el tercero hábito marfanoide (alto, delgado, aracnodactilia) y el ultimo estrías o hiperextensibilidad de la piel (Grahame, 1998) de los cuales la F3 presenta varios de puntos incluyendo la dislocación de algunaarticulación en más de una ocasión y la la flexión del tronco hacia adelante con las rodillas en extensión de modo que las palmas de las manos se apoyen sobre el suelo. Tabla 5. Criterios de Beighton (1973). Tomada de Institut Ferran de Reumatología (2013) Criterios de Beighton Dorsiflexión pasiva del 5 o dedo que sobrepase los 90º. (un punto por cada mano) Aposición pasiva de los pulgares a la cara flexora del antebrazo. (un punto por cada lado) Hiperextensión activa de los codos que sobrepase los 10º. (un punto por cada lado) Hiperextensión de las rodillas que sobrepase los 10º. (un punto por cada lado) Flexión del tronco hacia adelante, con las rodillas en extensión, de modo que las palmas de las manos se apoyen sobre el suelo. (un punto) 6.2 EXTRACCIÓN DE ADN Las extracciones de ADN en sangre se realizaron con el protocolo para el kit de extracción del grupo de investigación BIOMOL, de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas similar al de la casa comercial MO BIO variando las cantidades y el uso de la Lisis, así como el tiempo de suspensión en isopropanol y de secado develando que al realizar un nuevo lavado con 900 μL de la LISIS 1 se obtiene un mega pellet; sin embargo dicho mega pellet no cumplió con los niveles de contaminación para obtener muestras de calidad. Las extracciones fueron evaluadas y cuantificadas por el Nanodrop 2000 c. arrojando los siguientes resultados de lectura, cantidad de ADN extraído (ver Tabla 6) y calidad (ver Gráficas 1 -3). 6.2.1 Cuantificación de las muestras En la siguiente tabla se muestran las concentraciones obtenidas por cada muestra y su calidad; es decir, si se encontraron contaminadas. Las muestras señaladas con color azul fueron las escogidas para realizar la secuenciación de cada individuo; la flecha negra indica la repetición del uso de la LISIS 1 una vez más de lo descrito en la metodología y la flecha roja la repetición del uso de la LISIS 1 dos veces más. 44 Tabla 6. Cuantificación de ADN (concentración de ADN por muestra ng/μL). Concentración de ADN por Muestra Número de la Muestra Número Asignado en el estudio Concentración de ADN ng/μL 1 01 Contaminado 2 01 Contaminado 3 01 1485.6 4 01 1605.2 5 01 748.8 6 01 11508,3 7 01 Contaminada 8 02 757.9 9 02 781.2 10 02 788.5 11 01 121.4 contaminado 12 01 31.0 13 02 344.4 14 01 547.1 15 01 60.9 16 01 8.3 17 01 8.1 18 03 13.2 →19 03 26.7 →20 04 51.1 →21 04 28.1 →22 03 30.5 →23 03 11.3 →24 02 68.9 →25 02 131.6 →26 01 35.5 →27 01 23.2 45 →28 05 Isopropanol →29 01 Contaminado →30 04 772.6 →31 03 456.8 →32 02 1.7 contaminado →33 05 23.8 contaminado Se observaron diferencias entre las muestras con variaciones en la aplicación de la LISIS 1. En la Grafica 1 y 2 se observan las lecturas de los individuos 01 y 02 respectivamente, a estas muestras se les aplico 900 μL de LISIS 1 y se les llevo a centrifugar por 10 minutos a 12000 rpm, posteriormente se descartó el sobrenadante y se les aplicó 300 μL de esta Lisis nuevamente. Diferente de las muestras 32 y 33 a las que se les aplicó 900 μL de LISIS 1 tres veces, centrifugando y descartando el sobrenadante entre cada aplicación; arrojando lecturas de concentración de ADN y revelando una contaminación del ADN al mostrar una curva imperfecta e irregular (ver Gráfica 3). Gráfica 1. Extracción de DNA. Muestra 3 utilizando el kit del grupo BIOMOL, en la parte superior se observa el espectro de lectura mostrando una curva de absorbancia óptima. En la parte superior derecha se encuentran los datos de lectura del Nanodrop 2000c. la lectura de esta muestra es de 1485.6 ng/ul. 46 Gráfica 2. Extracción de DNA. Muestra 9 utilizando el kit del grupo BIOMOL, en la parte superior se observa el espectro de lectura mostrando una curva de absorbancia óptima. En la parte superior derecha se encuentran los datos de lectura del Nanodrop 2000c. la lectura de esta muestra es de 781.2 ng/ul. Gráfica 3. Extracción de DNA. Muestra 33 utilizando el kit del grupo BIOMOL, se observa el espectro de lectura mostrando una curva de absorbancia irregular indicando contaminación de la muestra. En la parte superior derecha se encuentran los datos de lectura del Nanodrop 2000c. La lectura de esta muestra es de 23.8 ng/ul. 47 La imagen 5 es el resultado del gel de agarosa al 2% que muestra la iluminación del gel red positivo para la verificación de la presencia de ADN en las muestras, con los carriles A y D muy brillantes debido a la alta concentración de ADN en estas muestras (11508,3 ng/ul y 757.9 ng/ul respectivamente); así mismo, los otros pozos se iluminan tenues, pero corroboran la presencia de ADN y son consistentes con la Tabla 6. Imagen 5. Verificación de ADN total en gel de agarosa al 2%.los pozos o carriles están numerados por las letras A-E cada una correspondiendo a una muestra: A, 6: B,21; C,19; D,8 y E,33. 6.3 ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO Se obtuvieron 75000 secuencias en la plataforma Illumina 1.9 las cuales fueron tratadas para obtener unas secuencias conceso definitivas, donde se evaluó la calidad de la secuencia en FastQc se realizó un mapeo en Bowtie 2 contra la referencia del genoma humano en su versión 38 teniendo en cuenta el cromosoma 15 que es donde se encuentra la anomalía correspondiente al Síndrome de Marfan obteniendo las secuencias definitivas (ver Imagen 8), luego se obtuvieron los SNPs Polimorfismo de Nucleótido Simple usando el paquete de herramientas de SamTools. A B 48 6.3.1 Calidad de la secuencia Las secuencias obtenidas presentan un largo entre los 35 y 151 pares de bases con un porcentaje global de 35 bases como se observa en la Imagen 6; la calidad de cada secuencia se observa en la Gráfica 5 cuya media tiene un puntaje de calidad mayor a 27 mostrándose de mejor calidad de manera exponencial. En cuanto a la calidad del llamado de bases es bastante alta para cada lectura de base, ubicándose la mayoría en la franja superior color verde (ver Gráfica 4) siendo esta la franja de alta calidad y la franja roja representa mala calidad, siendo evidente que la mayoría de llamados de base son de alta calidad. En el mismo lugar, se encuentra la línea media de calidad soportando la calidad óptima de cada base. Esta evaluación también es mostrada por la gráfica de calidad de secuencia Tile (ver Gráfica 6) que consiste en baldosas o pixeles de colores cálidos a fríos para mostrar la calidad de las cualidades para cada base, entre más fría sea la coloración de cada pixel mayor será la calidad; por lo tanto, una Gráfica totalmente azul es la de mejor calidad como la que se obtuvo en los resultados (FastQc, 2017). En el llamado de las bases también se evaluó la proporción de cada base para el archivo mostrando una diferencia evidente en la relación entre Adeninas y Timinas y/o Guaninas y Citocinas (ver Gráfica 7) de lo que se puede interpretar. Para indicar la contaminación de alguna biblioteca se midió el contenido de GC a lo largo de toda la longitud de la secuencia siendo visible la distribución irregular de GC en las secuencias obtenidas indicadas con color rojo y comparadas con una distribución normal modelada señalada con azul en la Gráfica 8. También fue posible hacer un monitoreo a las sustituciones de llamadas N las cuales resultaron se mínimas con un valor cercano a 0 como muestra la Gráfica 9; esto quiere decir que no fue necesario reemplazar ninguna base por una base N; ya que, el llamado y la calidad de las llamadas de base fue óptimo. En la Grafica 10 se muestra la proporción del largo de todas las secuencias manifestando en la curva que la longitud no es uniforme en las secuencias; Sin embargo, obtener este resultado no representa contaminación de la muestra como señala el manual de FastQc. De las secuencias totales (75000) la imagen 7 revela la existencia287 secuencias que representan más del 0.1% que para este caso representan que las secuencias adaptador 49 son muy similares entre sí por lo que puede obtener una advertencia al ejecutar el programa mostrándose como duplicados de las secuencias (FastQc, 2017). Se evaluó si la biblioteca contiene una cantidad significativa de adaptadores, es decir las uniones entre cada uno de los Kmers que son sub-secuencias o definido de otro modo el conjunto de posibles fragmentos de una longitud dada (De Santis, y otros, 2011) para decidir si estos necesitaban ser modificados. La Gráfica 11 muestra el porcentaje acumulativo de proporción de adaptadores en cada posición y las secuencias mostrando que la proporción no es elevada, es casi nula; por lo que, se puede determinar que no es necesario hacer cambios en los adaptadores. Imagen 6. Datos básicos de la secuencia en el programa FastQC 50 Gráfica 4 Calidad de las Bases. La caja amarilla representa el rango intercuartílico (25-75%), la línea azul es la calidad media del llamado y el color de las franjas representan la calidad del llamado de la base. Para este caso la gráfica muestra alta calidad en el llamado de las bases. Gráfica 5. Índice de calidad por secuencia, en el eje X se muestra el puntaje de calidad de cada secuencia y el eje Y el número de lecturas de las secuencias. 51 Gráfica 6.Calidad de secuencia por Tile. Todas las baldosas se observan de tono azul para cada calidad de base Gráfica 7. Contenido de bases por secuencia. Indica el porcentaje de cada base T (rojo), C (azul), A (verde) y G (negro). Aumento del porcentaje de Adenina y Guanina. 52 Gráfica 8 Contenido de GC por secuencia. La distribución de GC (X) por Lectura (Y) se muestra mayor a la distribución teórica. Gráfica 9 Contenido de Bases N casi nulo para las llamadas de bases. 53 Gráfica 10 Distribución de la Longitud de las Secuencias. Las secuencias obtenidas en la plataforma son de diversas longitudes como se observa en la parte derecha de la gráfica. Imagen 7. 287 secuencias sobre-representadas de 75000 totales. 54 Gráfica 111.Contenido de adaptadores Después del recorte de adaptadores de la secuencia cruda se utilizó Bowtie2 contra la nueva referencia del genoma humano versión 38 cromosoma 15, el cual mostró una cobertura de 0,28 y mapeo 762049 lecturas con una calidad de 2,5 (ver Tabla 7) valor que indica alta calidad pues el valor considerado como superior parte de 1,7 (Bowtie2, 2017). Los datos del mapeo se observan en IGV arrojando las secuencias definitivas o query (ver ANEXO B) con el llamado de SNPs. Tabla 7. Mapeo de la secuencia tratada. Resultados arrojados por Bowtie2. MAPEO BOWTIE2 READ ALIGNMENT ENSAMBLE CON REFERENCIA PROMEDIO DE READS A MAPEAR NÚMERO DE READS MAPEADOS PORCENTAJE READS MAPEADOS DUPLICACIÓN COBERTURA CALIDAD DE MAPEO GH 38 Chr15 1.172.240 762.049 53% 35,29 0,28 2,5 55 6.4 VARIANTES GENOTÍPICAS A continuación, se presentan las variantes genotípicas obtenidas al realizar el BLASTn; es decir, la comparación de las secuencias query con la referencia del GH Chr 15 (ver ANEXO C). Tabla 8 Variantes genotípicas obtenidas con la herramienta BLASTn de NCBI INDIVIDUO POSICIÓN DE REFERENCIA EN CRH15 VARIACIÓN (REF.VS OBS.) TIPO DE SNP ANOTACIÓN EN OMIN 01 48838744 G/A Transición No 02 48838744 G/A Transición No 02 48838662 T/A Transversión No 03 48838744 G/A Transición No 03 48838611 A/G Transición No 04 48838744 G/A Transición No 04 48838623 G/C Transversión No 04 48838624 A/T Transversión No 05 48838744 G/A Transición No 05 48838623 G/C Transversión No 05 48838624 A/T Transversión No De tal comparación se obtuvo un total de 5 variantes diferentes en todo el grupo de estudio que se pueden observar señalas en rojo en la Tabla 8, estas variaciones en estas ubicaciones no están reportadas en ninguna base de datos para el síndrome de Marfan (ver ANEXO D). Esto puede deberse a que las mutaciones suelen ser diferentes para cada grupo familiar (Faiver et al. 2007); encontrando que una de las variantes localizada en el Chr 15: 48,838,744 es presentada por todos los individuos del grupo familiar mostrando la conservación de esta cambio en la familia por la línea maternal. 56 Al comparar la secuencia query en BLASTx se encontró una referencia correspondiente al síndrome de Marfan como se observa en la imagen 8, aunque la cobertura de la secuencia de aminoácidos producida por la secuencia query no es idéntica a la referencia “Fibrillin 1 (Marfan syndrome), isoform CRA_a [Homo sapiens]” los marcos de lectura alcanza ser similar a la proteína de esta isoforma en un puntaje de 36; ya que, esta herramienta sirve para identificar productos proteicos potenciales codificados por una consulta de nucleótidos; es decir, que traduce la secuencia de nucleótidos query en los posibles marcos de lectura y contrasta la traducción con las base de datos para proteínas (The National Library of Medicine, 2017) se puede decir que la proteína Fibrillin-1 en la familia si ha sido modificada. Dado el llamado de SNPs y debido a que la consulta a las bases de datos fue infructuosa solo fue posible determinar el tipo de SNP con la información obtenida del alineamiento en BLASTn. Los SNPs suelen tener dos alelos que están representados por una sustitución de una base por otras como lo son el cambio de purina-purina (A-G) o pirimidina- pirimidina (C-T) nominado como las transiciones y de purina-pirimidina o pirimidina-pur ina (A-C, A-T, G-C o G-T) como las transversiones (Rao & Gu, 2008) como es evidente en la columna 4 de la Tabla 8 se encontraron 2 transiciones y 3 transversiones. Imagen 8 BLASTx se observa la coincidencia de la secuencia query con una isoforma de Síndrome de Marfan. La expresión fenotípica encontrada en el grupo de estudio se puede deber a la presencia de estos SNPs; ya que, cuando se encuentran en regiones codificantes y alteran la secuencia de https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_119597759 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_119597759 https://es.wikipedia.org/wiki/Marco_abierto_de_lectura 57 aminoácidos como mostro el BLASTx (ver Imagen 8) generan un cambio en la función de la proteína o en la expresión de esta (Ramensky et al. 2002). Por esta razón, la posibilidad de que algunas variaciones funcionales en las proteínas produzcan alguna patología es muy amplia, pues estas variaciones SNPs en general pueden estar localizadas de diversas regiones como: “en la región promotora del gen, alterando la actividad transcripcional del gen (modulando la unión de factores de transcripción), en intrones (modulando la estabilidad de la proteína) o en sitios de splicing o en regiones intragénicas” (MUNNIER GONZÁLEZ, 2015). Obtenidas las variantes se construyó un árbol genealógico teniendo como característica principal la variación ubicada en: Chr15: 48,838,744. Como se observa la variación ha sido transmitida en todas las generaciones (ver Imagen 9) expresada más agresiva en la F3. Lo anterior se puede explicar en la posibilidad de que los alelos sean heterocigotos pues se han presentado dominancia y conservación en el tiempo (Urbina & Lerner, 2009). Imagen 9. Árbol genealógico. Se muestra el pedigree de la familia; los cuadrados y los círculos indican los hombres y las mujeres respectivamente, y los símbolos oscurecidos representan a los miembros afectados. El paciente sobre la flecha es el individuo 01 (ver ampliación en ANEXO E) . 58 7. CONCLUSIONES Se identificaron 5 variantes en el grupo familiar, 2 de tipo transición y 3 de tipo transversión no descritas en la base de datos OMIM. La variante localizada en Chr15:48,838,744 se halló en todos los individuos del grupo familiar,incluyendo al Padre lo que puede explicar la expresión más agresiva en el individuo 01. Al realizar el BLASTx se comprobó la existencia de un cambio leve en la lectura de la proteína codificada por FBN1. El hallazgo de Polimorfismos de Nucleótidos Simples (SNP) puede explicar las características fenotípicas observadas en del grupo familiar señaladas en la Tabla 3, siendo estos la razón de la modificación de la Proteína. 59 8. RECOMENDACIONES Para futuros estudios de genética molecular se recomienda utilizar un kit de extracción de ADN comercial pues este facilita la realización de este procedimiento con altos niveles de concentración y libres de contaminación acelerando los procesos consecutivos a la extracción. De no ser posible el uso de un Kit comercial para la extracción de ADN sólo se debe repetir una vez el lisado celular con la LISIS 1 en volúmenes de 900 µL y 300 µL pues de este modo se evita la contaminación de la muestra con sales. En futuras investigaciones sobre el Síndrome de Marfan se recomienda ampliar la búsqueda de SNPs en otros genes codificantes de proteínas estructurantes del tejido conectivo, ya que en ocasiones se encuentra asociado a otros genes como el FBN2. 60 9. BIBLIOGRAFÍA Alejos - Velázquez, L., Aragón - Martínez, M., Cornejo- Romero A. (Julio de 2014). Herramientas moleculares aplicadas en ecología: aspectos teóricos y prácticos. México D.F, México. Aviña Fierro, J. A., & Hernández Aviña, D. A. (2011). Síndrome con hábitos marfanoides. Revista Mexicana de Pediatría, 236-241. Barriales-Villa, R., García-Giustianiani, D. & Monserrat, L. (2011) Genética del síndrome de Marfan. CARDIOCORE;46(3),101-104. Barrios, E., Martinez, A., Roset, A., Zambón. D. 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