TAXONOMIA_Y_METODOS_DE_IDENTIFICACION

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Luz Marina Lizarazo Forero Ph.D 
 
TAXONOMÍA Y MÉTODOS DE IDENTIFICACIÓN 
Taxonomía: (del griego taxis, "ordenamiento", y nomos, "norma" o "regla") 
Ciencia que trata de los principios, métodos y fines de la clasificación, se aplica, en especial, 
dentro de la biología para la ordenación jerarquizada y sistemática de los grupos de animales 
y de vegetales 
Especie: integrada por un grupo de individuos que comparten cierto número de 
características destacadas o un grado elevado de semejanza fenotípica o presentan un gran 
parecido. 
Género: está formado por un grupo de especies relacionadas 
Familia: grupo de géneros estrechamente relacionados 
Cepa: Una cepa es un cultivo puro derivado de una sola bacteria (un solo individuo). 
Cepa tipo: cepa representante de la especie y actúa como ejemplo permanente de la 
especie. 
Clon: es un cultivo puro formado por los descendientes de una sola bacteria. Población de 
células genéticamente idénticas entre si 
 
Colecciones y cepas de referencia 
La colección certifica que la cepa es un cultivo puro, y que se le han realizado las pruebas 
morfológicas, bioquímicas y moleculares correspondientes. 
 CEPAS ATCC American Type Culture Collection (colección de cultivo tipo americano), 
Manassas, Virginia EU. 
 Se inició en 1925, con base a una colección de bacteriología iniciada en 1911. 
 Es una organización en la que participan actualmente 21 sociedades científicas. 
 En la actualidad tiene colecciones de Bacteriología, Cultivos celulares, Plásmidos, 
Ácidos nucleicos y Genotecas, Micología y Botánica, Protistología y Virología 
 CEPAS NCTC: National Collection of type Cultures (Colección Nacional de Cultivos 
Tipo) Salud Pública Inglaterra. 
 CEPAS DSMZ Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkulturen (Colección 
alemana de microorganismos y cultivos celulares), Braunschweig, Alemania 
 CEPAS CIP (Colección del Instituto Pasteur) o CEPAS CCTM: Collection Nationale de 
Cultures de Microorganismes. Institut Pasteur. Paris, Francia. 
 CEPAS CNCM: Colection Nationale de Cultures of Microorganismes. Paris, Francia 
 CEPAS BCCM: Bélgica Colección Coordinada de Microorganismos. Gante, Bélgica 
 CEPAS CECT: Colección española de cultivos tipos. Valencia, España 
 CEPAS NCCB: Países Bajos Colección de Cultivos de bacterias. Utrecht, Países Bajos. 
 CEPAS NCIBM: National Collections of industrial and Marine Bacteria 
 CEPAS NCIMB: Colección Nacional de Bacterias Industriales, Alimentarias y Marinas. 
Aberdeen, Escocia. 
 CEPAS JCM: Colección de Microorganismos, Saitama, Japón 
 CEPAS ICMP: Colección Internacional de Microorganismos a partir de plantas. 
Auckland, Nueva Zelanda. 
Métodos de identificación Taxonómica 
1. CLÁSICA (caracteres fenotípica, % G+C y Ponderación de caracteres (llaves 
dicotómicas) 
a. Caracteres fenotípicos 
 Morfología (forma, tamaño y tinción). 
 
 
 Movilidad: tipo y disposición de flagelos 
 Nutrición y Fisiología (fotótrofo, quimiótrofo…., aerobio o anaerobio.., temperatura y 
pH óptimos). 
 Metabolismo (fermentación de azúcares, fuentes alternativas de C, N y S). 
 Ecología. 
 Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a antibióticos, patogenicidad 
 Análisis genético (capacidad transferencia por transformación). 
 
b. % G+C 
 Contenido GC o Porcentaje GC (contenido de guanina y citosina) es una característica 
del genoma o de cualquier pedazo de ADN o ARN. 
 La fracción restante de cualquier molécula de ADN contendrá bases A (adenina) y T 
(timina), de forma que el contenido GC da también el contenido AT (por ejemplo, un 
GC del 58% implica un contenido AT del 42%). 
 Los pares GC en el ADN están conectados por tres enlaces de hidrógeno en vez de los 
dos de los pares AT. Esto hace el enlace GC más fuerte y más resistente a la 
desnaturalización por efecto de la temperatura por lo que el contenido GC tiende así a 
ser mayor en los hipertermófilos. 
 El GC se puede medir por varios métodos, siendo uno de los más simples la 
temperatura de desnaturalización de la doble hélice del ADN con un 
espectrofotómetro. La respuesta del ADN en la longitud de onda de 260 nm aumenta 
cuando la doble hélice se separa en las dos hebras cuando se calienta 
suficientemente. Alternativamente, si la molécula ADN o ARN ha sido secuenciada 
entonces el GC se puede obtener exactamente contando el número de bases. 
 El contenido GC es expresado usualmente como porcentaje, aunque algunas veces 
como una razón (llamada razón G+C o razón GC). El contenido GC en porcentaje 
se calcula 
 
 
c. Ponderación de caracteres (llaves dicotómicas) 
 
2. MOLECULARES (caracteres fenotípica, caracteres genotípicos) 
 
a. Caracteres Fenotípicos 
 Pared: peptidoglicanos en Gram + 
 Membrana externa de Gram negativas: lipopolisacáridos 
 Membrana citoplasmática: ácidos grasos (Fatty Acid Methyl Ester), ácidos micólicos en 
bacterias Gram positivas (Actinomicetes), pigmentos carotenoides en bacterias 
fotótrofas anoxigénicas. 
 Citoplasma: poliaminas en metanogénicas y Gram negativas 
 Cadena de transporte electrónico: citocromos, quinonas. Sistema fotosintético: 
bacterioclorofilas. 
 Secuencia de aminoácidos de proteínas con la misma función. 
 Movilidad electroforética 
 
b. Caracteres Genotípicos 
 Comparación de ácidos nucleicos: % G+C = [(G+G) / (A+T+G+C)] 100 
 
 
 Hibridación de ácidos nucleicos: La semejanza genética entre dos bacterias se 
determina mediante la técnicas de hibridación DNA/DNA; es decir, enfrentando el 
ADN extraído de una bacteria al de otra y determinando el porcentaje de reasociación 
(hibridación) que se produce entre ellas. Mediante esta técnica se considera que 
forman parte de la misma especie aquellas bacterias que presentan una hibridaoón( 
similitud) entre sus respectivos DNA superior al 70%. 
 Secuenciación de ácidos nucleicos 
 
3. POLIFÁSICA (caracteres fenotípica, caracteres genotípicos y caracteres 
filogenéticos) 
a. Caracteres Fenotípicos 
 Análisis de ácidos grasos: Ésteres metílicos de ácidos grasos (FAME) 
 Las condiciones de crecimiento (placa de agar, Biolog) 
b. Caracteres Genotípicos 
 Hibridación ADN-ADN 
 Los perfiles de ADN 
 Secuencia 
 % G+C 
c. Caracteres filogenéticos 
 Gen del ARNr 16S 
 Análisis de la secuencia de genes múltiples 
 Análisis basada en la secuencia de todo el genoma 
Gen del ARNr 16S 
Esta subunidad pequeña (SSU) de rRNA es adecuada para este tipo de estudios por varias 
razones: 
 Son moléculas que tienen regiones altamente conservadas y regiones con variación 
considerable en su secuencia 
 Debido a estas tasas de evolución diferentes se pueden establecer relaciones a 
diferentes niveles jerárquicos en un análisis comparativo de secuencias 
 La tercera razón es que el rADN puede amplificarse fácilmente por PCR y ser 
secuenciado. Varios estudios han demostrado que más del 90% de los 
microorganismos que pueden observarse microscópicamente in situ, pueden ser 
extraídos y analizados, en comparación con menos del 0.1% que pueden cultivarse. 
 Una vez amplificado el gen de rRNA por PCR es posible analizar la diversidad de este 
gen en la comunidad para tener una idea de la complejidad de la misma. 
CONSULTA 
¿Qué es Candidatus? 
BIBLIOGRAFIA 
 Brock. BIOLOGÍA de los MICROORGANISMOS. M.T. Madigan, J.M. Martinko, J. Parker. 
2003. 10ª edición. Prentice Hall. 
 MICROBIOLOGÍA.L.M. Prescott, J.P. Harley, D.A. Klein.2004. 5ª edición. McGraw-
Hill/Interamericana de España. 
 http://rdp.cme.msu.edu/ 
 https://www.arb-silva.de/documentation/ 
http://rdp.cme.msu.edu/