Filosofia da Biologia - Paulo C Abrantes-100

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carentes de un sistema nomenclatural preciso. La nomenclatura de genes y regiones
cortas no codificantes del genoma empezó a concertarse décadas después de la secuen-
ciación de genes y genomas y del reconocimiento de la presencia de secuencias cortas
no codificantes del genoma. Los retos de clasificación y nomenclatura de genes son
incalculables a las puertas de los avances en genómica, donde a cada secuencia y cada
nombre se asocian múltiples funciones e interacciones que solo pueden ser interpretadas
involucrando numerosas escalas biológicas. La interpretación de los datos queda en
manos del investigador, pero un sistema de clasificación y nomenclatura no puede ser
personalizado y debe ser estandarizado y aplicado con urgencia por la comunidad
científica moderna:
Of course, significant scientific labors await anyone pursuing this approach.
Biologists will have to choose which standardized attributes are important
enough to explore in any given high-throughput experiment. They must
decide how best to cluster genes and their products to illuminate the truly
important connections. Such challenges —opportunities really — are among
the fruits genomics brings to biology (SERINGHAUS; GERSTEIN, 2008, p.
472)
5 Conclusiones
A lo largo de la historia de la clasificación de taxones se puede apreciar
(a) la tendencia a retirar el esencialismo del proceso de clasificación (cf. HULL, 1965);
(b) el reemplazo de sistemas a manera de escalas ascendentes o descendentes, lineares
(Fig. 1 a) o no (Fig. 1 b), en sistemas jerárquicos (Fig. 1 d-e);
(c) el uso de caracteres intrínsecos;
(d) la búsqueda de sistemas naturales y objetivos que reemplacen a los sistemas
artificiales y subjetivos, respectivamente;
(e) la implementación de la sistemática filogenética como la única aproximación
capaz de reconstruir grupos monofiléticos con base en caracteres derivados y
compartidos, y de detectar aquellos grupos polifiléticos o parafiléticos — y los
caracteres plesiomórficos, convergentes o paralelos que los han producido.
No obstante la mayoría de análisis filogenéticos actuales están basados en los que au-
tores tales como Wägele (2005) y otros han denominado cladística fenética, un híbrido
originado por la aplicación de técnicas numéricas a teorías cladísticas. La teoría de la
clasificación y de la sistemática debe también considerar la necesidad de analizar siste-
mas reticulados tanto a nivel de taxones (ej. especies híbridas) como a nivel molecular
(p. ej. interacción de genes o de proteínas).
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La clasificación de genes es particularmente problemática debido a su inmensa
diversidad en un solo individuo, a la variación y diversificación de los linajes de genes
en diferentes individuos y a la presencia de los mismos linajes de genes en diferentes
especies. Los genes pueden ser agrupados basados en criterios diferentes para su
clasificación, según la especie a la que pertenecen, según las secuencias que comparten,
la función que desempeñan, los dominios proteicos para los que codifican, los sitios en
los que se expresan a nivel celular o a nivel estructural solo por nombrar algunos. El
problema principal radica en que estos criterios independientemente son insuficientes
para reconocer genes individuales, particularmente aquellos que hacen parte de grandes
linajes presentes en un rango taxonómico grande, que son el resultado de procesos
de duplicación y que poseen funciones parecidas si no idénticas y en consecuencia se
expresan en los mismos sitios a nivel celular y a nivel estructural. Por otra parte estos
criterios resultan en la mayoría de los casos arbitrarios y artificiales y no necesariamente
reflejan relaciones evolutivas cercanas entre genes.
Como resultado de la adquisición descentralizada de secuencias génicas de nu-
merosísimos organismos coincidente con los avances tecnológicos en los procesos de
secuenciación, la explosión de datos ocurrió antes o simultáneamente con los intentos de
nomenclatura génica. De alguna forma el periodo de recopilación de datos, comparación
de secuencias y la toma de decisión de centralizar un modo de nomenclatura similar
al de la época lineana en la clasificación de organismos no ha ocurrido (y no ocurrió a
tiempo) en el mundo de la clasificación de genes. Ninguna otra ciencia, ni la física, ni la
química aunque con entidades moleculares similares ha sufrido de la falta de criterios de
clasificación tan drásticamente como la biologíamolecular. En resumen, la nomenclatura
de genes es comparable al caos nomenclatural existente antes de Linneo, la comparación
de genes mediante similitud de secuencias nos recuerda el sistema de Adanson basado
en criterios de similitud numérica, y la clasificación de genes con base en la función es
remembranza de la adoptada en su momento por Cuvier y sus seguidores.
Finalmente, el descubrimiento de secuencias cortas que se esconden en intrones
de secuencias mas grandes o en regiones poco conocidas (o aún no exploradas) de
un genoma requiere de sistemas de categorización diferentes a las establecidas para
los genes. La clasificación de estas entidades intenta capturar en la nomenclatura la
homología de secuencias idénticas. La evolución de los elementos móviles del genoma
es más difícil de entender debido al alto número de copias que el mismo elemento
puede tener en un genoma. Aun así la nomenclatura busca reflejar las propiedades de
replicación, la estructura y la biogénesis de la secuencia, características que aun no han
sido adoptadas en la nomenclatura de genes6.
6 Posterior a este artículo, el autor desarrolló algunos puntos pertinentes para la teoría evolucionista de la
cooperación en las siguientes publicaciones: Pabón-Mora et al. (2012); Pabón-Mora, Bharti et al. (2013);
Pabón-Mora, Hidalgo et al. (2013); Pabón-Mora et al. (2014); Arango-Ocampo et al. (2016); Madrigal et
al. (2017); Zumajo-Cardona et al. (2016); Zumajo-Cardona et al. (2017); Ortíz-Ramírez et al. (2018).
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	Capítulos
	La clasificación biológica: de especies a genes 
	Conclusiones