Filosofia da Biologia - Paulo C Abrantes-98

Vista previa del material en texto

Sin embargo, a pesar del esfuerzo por categorizar diferentes tipos de secuencias
cortas aún no existe un consenso en la diversidad de estas secuencias en el genoma y
en la variación de funciones o precursores que éstas puedan tener. Este es por ejemplo
el caso de los siRNAs (small interference RNAs; AMBROS et al. 2003; XUE et al. 2005),
secuencias que también regulan expresión demRNApero que a diferencia de losmiRNA
varían en sus precursores. Asimismo, Seringhaus & Gerstein (2008) notan que:
Since genetic nomenclature is keyed to discrete genes, short transcribed re-
gions located outside of identified genes are troublesome. They sometimes
end up listed in sequence of databanks sporting identifiers similar to those
of genes, which can be confusing. To further complicate things, experiments
on non-gene transcription show that some of this activity occurs in pseu-
dogenes, regions of the genome long considered fossils of past genes. In a
transcriptional sense, dead genes appear to come to live, with some clues
even suggesting that they might help regulate other genes (SERINGHAUS;
GERSTEIN, 2008, p. 468).
Es evidente que la dificultad de clasificar secuencias de ADN que no constituyen genes
aplica también a los transposones, que son regiones del genoma que son capaces de
moverse y autoreplicarse. Estas secuencias pueden ser muy abundantes en algunos
genomas, pueden replicarse de diferente forma, y producen mutaciones en el genoma y
en los genes según las regiones donde se insertan. Wicker et al. (2007) propusieron un
sistema de clasificación de transposones basado en los mecanismos de transposición, la
similitud de secuencias y las relaciones estructurales entre transposones que incluye en
orden jerárquico: clases, subclases, órdenes, superfamilias, familias y subfamilias con la
intención de hacerlo comparable a la clasificación de organismos. Según este sistema,
existen transposones clase I, los cuales requieren un RNA intermediario para su proceso
de transposición, y clase II, los cuales pueden moverse en forma de DNA. Las subclases
distinguen transposones cuya copia se reintegra al genoma de aquellos que no se copian
y cuya secuencia original es la que se mueve. Los órdenes difieren según los mecanismos
de inserción de los transposones. Las superfamilias se diagnostican por una misma
estrategia de replicación pero varían según la secuencia a nivel de aminoácidos interna
(debido a que muchas veces los transposones codifican para proteínas de transposición)
y las secuencias que flanquean al transposón luego de su transposición. Las familias
comparten similitud a nivel de secuencia de DNA. Las subfamilias se definen con base en
relaciones de ancestría-descendencia entre transposones dentro de un mismo genoma y
pueden distinguir entre poblaciones de transposones que se mueven autónomamente y
los que no. En realidad la asignación de un transposón a una familia y a una subfamilia
es problemática, como lo notan Wicker et al.:
The precise definition of a family is problematic because groups of transposa-
182
ble elements with similar features sometimes form a continuum of sequence
homology; elements from one end of the spectrum have little DNA sequence
identity with those at the other end. . . we define a family as a group of trans-
posable elements that have DNA sequence similarity in their coding region
(if present) internal domains or their terminal repeat region. For practical
reasons, we specify strong sequence similarity as 80% or more in at least 80%
of the aligned sequence (WICKER et al., 2007, p. 977).
Wicker et al. reconocen que el uso de un porcentaje de similitud para formar grupos de
transposones posee el riesgo inminente de confundir similitud con homología:
A natural taxonomic classification for transposable elements therefore requi-
res their continuing evolutionary and functional analyses. At present even if
such analyses can be made within superfamilies, they remain difficult for
the upper levels of the classification (classes and subclasses). In other words,
the question of a common origin of all classes, subclasses and superfamilies
remains open (WICKER et al., 2007, p. 981).
4.5 Difícil de clasificar, difícil de nombrar
Aunque las características que distinguen un gen de otro están relativamente bien
delimitadas, la nomenclatura de genes es confusa y ambigua, carece de convenciones
apropiadas, es informal, descentralizada y en consecuencia variable según el grupo de
organismos. Existe controversia en cuanto a la falta de criterios en biología molecular
para nombrar y clasificar genes, generada por la producción masiva de secuencias, por
la asociación de la nomenclatura de genes con su función y por las diversas escalas
biológicas en las que se pueden categorizar las funciones de un solo gen (LYON et al.
2002; DIMMER et al. 2008).
Most disciplines know how to handle the naming of newly discovered objects.
Not so the molecular biologists, whose profligate and undisciplined labe-
ling is hampering communication. . . access to and communication within
that discipline will be greatly hindered unless more systematic and com-
prehensible systems of nomenclature are developed (Nature 389 (6646), p. 1,
comentario editorial).
Los avances experimentales han jugado un papel crucial en la nomenclatura y cla-
sificación de genes. Inicialmente, los genes que podían ser aislados, identificados y
caracterizados funcionalmente eran tan escasos, que los investigadores tuvieron la
oportunidad de nombrar los genes para hacer referencia al fenotipo/función del gen
(SERINGHAUS; GERSTEIN, 2008; véase también http://tinman.nikunnakki.info/). Así
se empezaron a nombrar genes como SUPERMAN (SUP) y KRYPTONITE (KYP), el
183
http://tinman.nikunnakki.info/
	Capítulos
	La clasificación biológica: de especies a genes 
	Conceptos y clasificación de genes
	Difícil de clasificar, difícil de nombrar