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Porque E=mc^2 es la forma popular de la ecuación pero no es la ecuación completa.

La fórmula completa es esta:

La pieza que te hacía falta es p, que representa el momento de la partícula.

E=mc^2 es para partículas en reposo. Además, es mucho más popular decir “E igual a eme ce cuadrado” que decir “E cuadrado igual a eme ce cuadrado al cuadrado más pe ce al cuadrado”, o como quieras decirlo.

Cierto, la masa m del fotón es cero pero el fotón tiene momento, el cual está dado por la frecuencia del fotón.