Si la Guardia Pretoriana fue responsable de la muerte de varios emperadores ¿Por qué no fue disuelta?

Por dos razones sencillas:

1. No había pelotas. Así, tal cual. La Guardia Pretoriana no sólo era una "fuerza militar de élite" sino que cuando empezó a matar emperadores fue porque era ya también una fuerza política a tener en cuenta, muy influyente… y como la misma pregunta implica, no se cortaban de liquidar a quien fuera contra sus intereses, no digamos ya disolverlos.
2. La Guardia Pretoriana no mataba (o derrocaba) emperadores porque le daba por ahí, sino para poner a otro emperador más de su gusto. Por tanto, el "emperador puesto" estaba ahí gracias a la Guardia Pretoriana y se llevaba bien con la misma. Por la cuenta que le tenía.

Finalmente, el emperador Constantino logró disolverlos unos 300 años después de su fundación, pero no sin una especie de guerra civil con una batalla previa: la batalla del puente Milvio entre las fuerzas del "emperador pretoriano" Majencio (incluyendo elementos de la Guardia) y las de Constantino.

Como dato adicional curioso… Category:Roman emperors murdered by the Praetorian Guard - Wikipedia