¿Por qué después de tantas batallas por mantener el dominio de la corona española en Flandes y Borgoña, Felipe II dejó Holanda y el Franco Condado...

Felipe II otorgó como dote a Isabel Clara Eugenia los Países Bajos españoles, el Franco Condado de Borgoña y el Charolais en su próximo matrimonio con su primo hermano el archiduque Alberto de Austria, nieto de Carlos I de España,​ quedando ambos como soberanos de dichos territorios. Felipe II trató así de resolver el problema generado por la insurrección de los Países Bajos, que dio lugar a la guerra de los Ochenta Años, mediante el establecimiento de una rama autóctona de los Habsburgo.

Isabel Clara Eugenia discutía cuestiones políticas con su padre, Felipe II, y asistía a los Consejos donde demostraba tener una mente preclara y poseedora de una inteligencia superior.

La rebelión en los Países Bajos había estallado el mismo año del nacimiento de Isabel Clara Eugenia. Tras duros enfrentamientos y años de lucha, en 1576 se firmó la pacificación de Gante que desembocaría en la división del territorio tres años después. El sur católico y fiel al Rey Español, creaba la Unión de Arrás. El norte calvinista constituía la Unión de Utrecht.

Resignado a perder el norte, Felipe creía que el gobierno de su hija y el Archiduque Alberto, aseguraría su dominio bajo una aparente concesión de autonomía. Isabel y su primo trabajaron durante años para restablecer la paz, mientras esperaban la llegada de un ansiado heredero que afianzara su situación política. El 1631, el Archiduque Alberto dejaba sola a su prima, sin descendencia, en la difícil tarea de gobernar un territorio inestable. Defensora de la autonomía de los Países Bajos, Isabel se enfrentó al nuevo monarca español, su sobrino, Felipe IV, hasta el fin de sus días, sabedora de que la falta de descendientes devolvería Flandes al gobierno español. El 1 de diciembre de 1633 moría Isabel Clara Eugenia, amada y respetada por los que fueron sus súbditos.