Las áreas de investigación de interés del Programa Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación en Salud en Colombia incluyen Neurociencias y Salud mental, Enfermedades transmisibles e infecciosas, Enfermedades no transmisibles y factores de riesgo, Salud ambiental, Inmunología, Enfermedades autoinmunes, raras y huérfanas, Discapacidad, habilitación y rehabilitación, y muerte por causas externas, Tecnologías en Salud, y Salud pública.
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