La estructura organizativa del centro debe garantizar la participación en la toma de decisiones para la obtención de un buen clima de convivencia. Dado que una organización de centro que no presta atención a la igualdad de oportunidades puede generar la violencia estructural (Galtung, 1985; 1998). Un ejemplo de violencia estructural, se observa en los centros educativos que organizan a sus alumnos en dos grupos: el grupo de chicos en el edificio de la derecha y el grupo de chicas en el edificio de la izquierda. En este proceso organizativo, el Plan de convivencia debe ser el vehículo para la optimización de los recursos, la resolución de los conflictos y el impulso de medidas proactivas que ayuden a mejorar la convivencia. La organización del centro mediante estructuras flexibles debe fomentar la participación para garantizar una buena convivencia (Departament, 2011). La participación del alumno en la toma de decisiones que atañen a la convivencia en el centro escolar se considera una vía esencial para ayudar a los alumnos a interiorizar las normas. Cuando el alumno participa en el proceso de elaboración, cumplimiento y aplicación de la normativa, también actúa solidariamente en el seno de una estructura social con unos fines comunes, contribuyendo al mantenimiento de un clima participativo, positivo y creativo (Departament d’Educació, 2007, 2011).