Al igual que con los registros de mortalidad, existen importantes deficiencias en los registros públicos de morbilidad. El reporte de enfermedades de notificación obligatoria es la única fuente de datos para el análisis de la magnitud y distribución de las enfermedades, sin embargo su cobertura está limitada a instituciones del sector público y sólo en caso de que demanden atención médica.