La forma flagelada del T. cruzi se encuentra en la sangre circulante de las personas o animales infectados, especialmente en los periodos agudos o iniciales de la infección. A esta forma se le conoce como Tripomastigotes, de forma alargada, fusiforme y su tamaño es de alrededor de 20 µm de longitud. Presenta un núcleo grande cerca de la parte central y a lo largo de su cuerpo tiene una membrana ondulante bordeada por un flagelo que se inicia en el quinetoplasto y sale del parásito por el extremo anterior. El quinetoplasto es una red fibrosa que contiene aproximadamente 20% de ADN. Los parásitos presentan marcada variedad de tamaños y formas, incluyendo formas anchas, formas delgadas e intermedias.
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