PRACTICA 6

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PRACTICA 6 
 
REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) 
 
INTRODUCCION 
 
La reacción en cadena de la polimerasa (PCR por las siglas en inglés de Polymerase Chain 
Reaction), es una técnica de biología molecular que busca replicar/amplificar millones de veces un 
fragmento del material genético. La técnica PCR tiene un sinnúmero de aplicaciones en los campos 
de la ciencia de los alimentos, salud y ambiente. 
El proceso se lleva a cabo en tres fases: desnaturalización, hibridación y elongación. La 
desnaturalización se realiza para la separación a altas temperaturas (94° C) de las dos cadenas de 
DNA. Después, se realiza el proceso de hibridación que consiste en el descenso de la temperatura 
(45 a 60 °C) para permitir que los cebadores/primers se unan por complementariedad al DNA 
molde. Por último, se lleva a cabo la fase de elongación o extensión a una temperatura de 72 °C, 
donde la enzima polimerasa incorpora nucleótidos complementarios a la cadena molde 
comenzando del extremo 3’ libre de la región en que han hibridado los cebadores. 
Los productos de PCR pueden ser detectados principalmente por electroforesis para lo cual se 
prepara un gel de agarosa y se corren las muestras correspondientes a los productos de 
amplificación de la PCR convencional. Sin excluir a la electroforesis, en el Real Time PCR o qPCR se 
usan sondas marcadas que generan fluorescencia, además que existen otros métodos de 
separación (matrices) y detección de los productos de PCR (sistemas Laser). 
OBJETIVOS 
• Describir el procedimiento de amplificación de PCR 
• Realiza la amplificación in silico de fragmentos de DNA. 
 
METODOLOGIA 
Procedimiento de amplificación de PCR 
 
Se le encarga que haga una búsqueda en internet de artículos y videos especializados a fin de que 
ayuden a explicar detalladamente la metodología de PCR. En el mismo debe incluir: fases, 
preparación de materiales y reactivos, equipos usados. Redacte el procedimiento: considerando 
las recomendaciones/criterios de primers, dNTPs, ddNTPs, temperatura, pH, gradientes, etc. 
Amplificación in silico de fragmentos de DNA 
En la actualidad, los trabajos de amplificación de PCR en los laboratorios pasan previamente por 
una amplificación in silico para seleccionar los primers más idóneos para que se puedan pegar 
correctamente a las regiones del genoma de los organismos en estudio, así como para saber el 
tamaño teórico del fragmento de DNA que se va amplificar. Se trabaja con programas en línea (e. 
g., UCSC In-Silico PCR: https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr; In silico PCR amplification: 
http://insilico.ehu.es/PCR/) y con programas para instalarlos en un ordenador (e. g., AmplifX: 
https://inp.univ-amu.fr/en/amplifx-manage-test-and-design-your-primers-for-pcr; FastPCR: 
http://primerdigital.com/fastpcr.html). En esta parte de la práctica, se le pide que seleccione un 
gen que quiere estudiar en un organismo de interés, para lo cual puede trabajar con el NCBI 
haciendo uso de los formatos FASTA y programas Blast, clustal y pick primers, a fin de encontrar 
los cebadores forward y reverse que se van a correr en los programas en línea disponibles para 
PCR in silico. 
Recomendación: 
• Primero asegúrese que los genomas de los organismos están disponibles en las bases de datos 
de los programas PCR in silico y después haga la búsqueda de los primers en el NCBI. 
• Diseñe 5 pares de primers para la selección de los mejores cebadores para su estudio. 
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr
http://insilico.ehu.es/PCR/
https://inp.univ-amu.fr/en/amplifx-manage-test-and-design-your-primers-for-pcr
http://primerdigital.com/fastpcr.html