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• UNIDAD 2. • Crecimiento bacteriano • Academia de Biología de los microorganismos 2020. • 2.1 Ciclo celular bacteriano y aspectos regulatorios Acontecimientos identificables que ocurren en una secuencia fija, desde que surge una nueva célula hasta que ésta se divide en dos hijas ( fisión binaria). En el ciclo existen diferentes períodos: – replicación del ADN cromosómico – formación del septo y división celular – formación de los nuevos componentes celulares CICLO CELULAR BACTERIANO Serie de eventos coordinados pero independientes. PERIODO B → entre la división e iniciación de la replicación de cromosomas PERIODO C → período requerido para la replicación PERIODO D → Fin de la replicación y división completa (segregación del cromosoma fase C (equivalente a la S eucariótica): replicación del ADN cromosómico; fase D (equivalente a G2 + M): se distingue porque su terminación coincide con el final de división celular; Fase B, equivalente a la G1 eucariótica. • Crecimiento celular • Replicación del cromosoma (control metabólico); acoplada a la tasa de crecimiento que depende de la concentración de nutrientes y la síntesis de DnaA . • Segregación del cromosoma; inhibida por (p)ppGpp, regulada por disponibilidad de nutrientes. • Formación del divisoma • División celular; inhibida por UDP-glucosa • En la replicación del cromosoma, hay dos eventos importantes de regulación metabólica; • A) Inicio de la replicación • B) Elongación de la replicación (el proceso de replicación) Eventos «Crecimiento» del material genético «Crecimiento» del citoplasma «Crecimiento» de la membrana y pared celular 1. La bacteria alcanza un tamaño crítico 2. Replicación del DNA. Los cromosomas hermanos viajan hacia los polos. Cada célula recibe un cromosoma 3. Formación del septum 4. El septum se completa 5. División celular o citoquinesis Acumulación de DNA → DnaA Síntesis del DNA durante el ciclo de división * Crecimiento superficie celular * Si no hay replicación del DNA no hay división celular La replicación está acoplada a la tasa de crecimiento • La replicación empieza en el cromosoma circular único →OriC Disponibilidad de nutrientes → Efecto en la acumulación de DnaA Concentración de DnaA intracelular incrementa con la velocidad del crecimiento ‘multifork replication’ “how cells balance largely constant rates of replication fork progression with nutrient-dependent changes in mass doubling time, by initiating replication and dividing more frequently when growing faster”. Ocurre cuando el tiempo requerido para la duplicación de la masa supera a C+D. Asegura, que al menos se termine una ronda de replicación antes de la citokinesis, y garantiza que cada célula hija reciba al menos un cromosoma completo. Las CONDICIONES NUTRICIONALES determinan la velocidad del crecimiento celular y el tamaño celular. El incremento de la disponibilidad de nutrients, a temperatura constante, trae como consecuencia; la duplicación de la masa y decrece el tiempo de división E. coli y B. subtilis → modelos de estudio Nutrientes→ DnaA → replicación del cromosoma La disponibilidad de nutrientes afecta cada paso, desde la iniciación, elongación y segregación . Asegura la integridad del genoma en condiciones de innanición. DnaA; se acumula dependiendo de la tasa de crecimiento y alcanza un umbral cuando las células tienen cierto tamaño, para luego disparar la replicación. • Inhibidores de DnaA • (p)ppGpp inhibe la transcripción de DnaA • DnaA autorregula su transcripción • SeqA secuestra el origen de DNA hemimetilado • Regulación de la actividad de DnaA, por las proteinas DiaA en E. coli y Soj in B. • Mecanismos dependientes de la elongación. Una vez que DnaA ha disparado la iniciación, los mecanismos dependientes de la elongación de la replicación, inhiben a actividad de DnaA y evitan una sobreiniciación. Las células pequeñas deben retrasar su crecimiento hasta que alcancen la talla requerida. Se piensa que deben existir dos factores que disparan la activación de oriC; “X”, para las células de crecimiento rápido, y “Y” (YabA inhibidor en este caso) para las de crecimiento lento. Nutrientes Tasa de crecimiento DnaA oriC Aa RelA (spoT) (p)ppGpp dnaA DnaN, HdA Altas concentraciones de dNTP´s (p)ppGpp, arrestan ciclo celular. No termina la replicación Rel A disminución de aa. La producción de la proteína de iniciación DnaA, es proporcional a la disponibilidad de carbono y a la tasa de crecimiento. La carencia de amino ácidos inhibe directamente la iniciación de la replicación afectando la producción de (p)ppGpp) Figura 3. Regulación espacial y temporal de la división, a| El ensamblaje de FtsZ se coordina con replicación y segregación del DNA y asegura que cada hija lleve su copia. b| En B. subtilis, la síntesis de glucolípidos es sensor metabólico de la disponibilidad de C y tasa de crecimiento (concentración de UDP–glucosa) al aparato de división. Si el sensor es funcional; la división se acopla a una talla específica (masa crítica), y a la tasa de duplicación de la masa ( en tiempo) . Si el sensor es defectuoso, (división no acoplada), no se sense la masa crítica, pero permanece sensible al tiempo de división que toma su incremento. Por tanto se producen células pequeñas. Efecto de la disponibilidad de nutrientes Replicación de cromosomas *Acumulación de DnaA→ Inicia la replicación cromosomal Ausencia de aa se expresa Rel A Ausencia de carbono se expresa SpoT *No se inicia la replicación hasta que se alcanza el doble del tamaño de la bacteria División celular *Inhibición de la replicación cromosomal → retraso en la división debido a la represión de FtsL dependiente de DnaA Anillo de FtsZ acéntrico *Replicación es dispensable para la citocinesis (E. coli) Coordinación del tamaño celular *Disponibilidad de carbono → Acumulación de UDP-glucosa → Se inhibe la división a través de UgtP → inhibe ensamblaje de FtsZ, retrasa la citocinesis hasta que la célula alcanza la longitud apropiada *Condiciones pobres de C→no se presenta efecto→ vía indep de UDP-glucosa Generación (p)ppGpp ETAPAS DE LA CITOCINESIS 1. Ensamblado del anillo FtsZ en la membrana citoplasmática, regulado temporal y espacialmente 2. Formación del divisoma (Reclutamiento de proteínas, componentes del divisoma). 3. Síntesis coordinada de la pared celular transversal e invaginación de la membrana citoplásmica 4. Activación del divisoma para la síntesis del peptidoglicano y separación de las células hijas. 5. Formación del septo y constricción del anillo; desensamblaje del divisoma, fusión de membrana • Fts : Proteínas filamentosas sensibles a T • FtsZ, FtsA, ZipA, FtsK, FtsQ, FtsL, FtsB, FtsW, FtsI (PBP3) las dos primeras citoplasmáticas y las otras asociadas a membrana • Fts Z : Forma un anillo en el centro de la célula presente en eubacteria, arquea, mitocondria y cloroplasto. Está relacionada con tubulina de eucariotas • Las proteínas Fts interaccionan con el aparato de división celular formando el divisoma. Proteínas requeridas para la formación del septo y división celular ( presentes en todas las bacterias) DIVISIÓN CELULAR DIVISOMA Large macromolecular complexes that are comprised of peptidoglycan synthases (pink), peptidoglycan hydrolases (green), structural proteins (yellow) and regulatory factors (blue) coordinate cell elongation and cell division. a | The multiprotein elongation complex drives polar elongation and is anchored at the poles by Wag31, which is stabilized by cell wall synthesis protein A (CwsA). The peptidoglycan synthase PonA1 incorporates new peptidoglycan subunits into the spaces that are created by the hydrolases. PonA2 and the non-classical transpeptidases LdtA and/or LdtB might coordinate peptidoglycan synthesis with PonA1, which would generate the two different types of crosslinks (4–3 and 3–3 crosslinks) that are observed in mycobacterial peptidoglycan. Protein cofactors may coordinate thisactivity or activate the peptidoglycan synthases. Peptidoglycan hydrolases are required to open the mesh-like peptidoglycan wall for the insertion of new material; however, the identity of these hydrolases is currently unclear. b | Another large macromolecular machine, known as the divisome, is responsible for cell division. Septation is initiated by polymerization of FtsZ, and the subcellular placement of the Z ring is regulated by several factors, including ClpX, ChiZ and Rv3660c, as well as phosphorylation of FtsZ by PknA. FhaB stabilizes the Z ring, and then the structural proteins FtsW, FtsQ, CrgA and CwsA assemble to form the divisome. The peptidoglycan synthases penicillin-binding protein B (PBPB), PBPA and PonA1 synthesize the septum, and the hydrolases RipA and RpfB (and possibly other hydrolases) cleave the septum to separate the daughter cells. Septal hydrolysis might also be facilitated by FtsE and FtsX, but this remains to be confirmed. Ensamblaje del divisoma En B. subtilis 18 prot. participan en este proceso DivIB, DivIC, FtsA, FstL, FtsW, FstZ, PBP2B, SepF, SpoIIE, SpoIIIE ClpX, DivIVA, EzrA, MinC, MinD, Noc, YneA y ZapA Proteínas que forman el divisoma Proteínas reguladoras del ensamblaje del divisoma FtsZ interactúa con proteínas del divisoma: FtsA, EzrA, ZapA → prot. tempranas En E. coli→ FstA, ZipA FtsA – une el anillo a la membrana, promueve la formación del anillo recluta proteínas del anillo Z ZapA y EzrA – reguladores de la polimerización de FtsZ SpoIIIE – segregación del cromosoma y elementos móviles de conjugación E.coli→ FtsK Forman el septo: DivIB, DivIC y FstL en E. coli→ FstQ y FstB – FstL Forman un complejo ternario FstW se acompaña de PBP2B como integrante de septación, RodA de PBP’s para la elongación SpoVE para la síntesis del cortex del peptidoglicano Constricción del anillo Z • Consecuencia indirecta del crecimiento de una pared de peptidoglicano rígida. • Fuerza de constricción, resultado del comportamiento dinámico del citoesqueleto Una vez formado el septo, se lleva a cabo la HIDRÓLISIS de la porción interna de la pared de peptidoglicano permitiendo la separación de las hijas Síntesis del peptidoglicano 3 pasos: 1) Síntesis de lípido II → citoplasma 2) Transferencia de lípido II → lado extracelular de la membrana citoplásmica 3) Polimerización de las subunidades en macromoléculas Degradación de PG por PGHs Autolisinas→ enzimas que hidrolizan enlaces específicos en la pared celular • N-acetilmuramidasa – enlace β 1-4 entre MurNAc y GlcNAc • N-acetilglucosaminidasa – enlace β 1-4 entre GlcNAc y MurNAc • N-acetil muramil-L-Ala amidasas – enlace entre grupo lactil de MurNAC y gpo α-amino de L-Ala • Peptidasas – endopeptidasa y carboxipeptidasas Control de hidrólisis de PG • Proteasas como PrtP y HtrA • A nivel transcripcional – expresión de proteínas que regulan la transcripción de genes que codifican PGHs endógenos. The N-Acetylglucosamine (UDPGlcNAc) is converted to UDP-MurNAc) by MurAB. MurCEDF then catalyze the addition of an amino acid side chain to UDPMurNAc through the sequential addition of L-Ala,(D-Glu, meso-Dap; and two DAla. This UDP-MurNAc-pentapeptide is then anchored to the inner membrane via the transport lipid undecaprenyl phosphate by MraY to form Lipid I. A UDP-GlcNAc moiety is attached to Lipid I via glycosidic bond by MurG to form the disaccharidepentapeptide precursor known as Lipid II, the basic building block of the PG. The disaccharide-pentapeptide is flipped across the inner membrane to the periplasmic space by a flippase (MurJ, where it is incorporated into the nascent PG chain by penicillin-binding protein (PBP) transglycoslylase activity. Once incorporated, PBP transpeptidases crosslink meso-Dap of one pentapeptide to D-Ala of an opposing pentapeptide, concomitant with the cleavage of the terminal D-Ala, thus incorporating a new chain into the PG sacculus. Due to the crucial roles of these enzymatic activities in PG synthesis, PG transpeptidases, also known as Penicillin-Binding Proteins (PBPs), remain the best targets for antibiotics. In addition to the synthesis machinery, numerous enzymes also exist to remodel the existing PG structure. Síntesis del peptidoglicano REGULACIÓN DE LA DIVISIÓN BACTERIANA Regulación de la división celular bacteriana Serie de proteínas que actúan directamente sobre FtsZ, estimulando o inhibiendo su polimerización o la estabilidad de los polímeros ensamblados. FtsZ mantiene su comportamiento dinámico de ensamblaje y desensamblaje que se requiere para la correcta función del anillo Z en citocinesis. 1. Regulación de la estabilidad del anillo Z ZapA – estabiliza el anillo, estimula su polimerización y reduce la actividad GTPasa de FstZ ZapB – modulador de FstZ en E.coli , necesita de FstZ pero no FstA ni ZapA para su reclutamiento al sitio de división celular EzrA – inhibe la polimerización de FstZ in vitro; su ausencia provoca disminución de la concentración de FstZ y la capacidad inhibitoria de MinC y MinD CplX – chaperona que regula la forma del anillo Z negativamente, degrada FstZ Regulación de la división celular bacteriana Las bacterias disponen de una serie de sistemas que regulan la división de acuerdo con las circunstancias del ciclo celular. La división celular puede detenerse o posponerse cuando las condiciones no son las óptimas. FtsZ es el componente principal del divisoma y del que dependen, directa o indirectamente, el resto de proteínas del divisoma para ensamblar, por lo cual es la diana de algunos de estos mecanismos reguladores. 2.- Regulación dependiente del ciclo celular SulA – proteína activada durante la respuesta SOS de E.coli , daño al DNA, bloquea la formación del anillo Z B.subtilis→ YneA UgtP – mantenimiento en la relación tamaño celular nutrientes, forma parte de una ruta biosintética de glucolípidos UDP-Glucosa presente – UgtP se reparte por todo la célula, retrasa la división celular en situaciones del alta disponibilidad de nutrientes MciZ – Regulador negativo, impide formación de anillo Z durante el proceso de esporulación Regulación de la división celular bacteriana 3. Regulación espacial Sistema MinCD: MinC – proteína efectora, sobreexpresión suprime la división MinD – regulación negativa de polimerización de FstZ, actúa en presencia de MinC, oscila de polo a polo regulación espacial con MinE, regulador negativo de MinCD Unión MinE (DivIVA en B.subtilis) con MinD resulta su separación de la membrana MinD se ensambla en el polo opuesto con MinC, concentración mayor en los polos, menor en el ecuador Regulación de la división celular bacteriana 3. Regulación espacial Oclusión nuclear Evita la formación del anillo Z en lugares donde se encuentra el ADN cromosómico En E.coli → SlmA en B. subtilis→ Noc Interaccionan con el ADN cromosómico MipZ→ ATPasa, encontrado en C. crescentus, interacciones con ParB, desestabiliza a los polímeros de FstZ. The morphogenesis of different bacterial shapes requires the spatiotemporal modulation of the PG synthesis machinery. La forma celular está influida por diversos factores ambientales; nutrientes, adherencia, estrategias de dispersión, requeriemiento para movilidad, depredación. La forma puede conferir ventajas de sobrevivencia. • La forma de Helicobacter pylori permite atravezar la mucosa estomacal? • Streptomyces coelicolor, encuentra un ambiente favorable, forma un micelio vegetativo ramificado que le permite introducirse profundamente en el sustrato. Cuando el ambiente es desfavorable, las hifas se extienden a la superficie, para formar hifas aereas. Estas últimas se diferencian y forman esporas para su dispersión. El caso Epulopiscium El caso Bacillus
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