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Unidad 4 Metabolismo Energético Metabolismo Degradativo 1. Metabolismo de Carbohidratos GLICOLISIS Reacciones en la glucólisis • 1. Fosforilación de la glucosa y fructosa-6-fosfato por ATP • 2. Ruptura de la fructosa-1,6-bifosfato hasta triosas mediante una aldolasa específica • 3. Rearreglos estructurales • 4. Reacciones de óxido-reducción y asimilación de fosfato inorgánico Enzimas glicolíticas 1. Phosphorylase. Degradation of glycogen or starch to G-1-P. 2. Phosphoglucomutase. Isomerization of G-1-P to G-6-P. 3. Hexokinase. Phosphorylation of glucose to G-6-P, using ATP Hexokinase also phosphorylates fructose to F-6-P using ATP (reaction 3a). 4. Phosphoglucoisomerase (pgi). Isomerization of G-6-P to F-6-P. 5. Phosphofructokinase (pfkA). Phosphorylation of F-6-P to FBP using ATP. 6. Fructose bisphosphate (FBP) aldolase (fbaA). Cleaves FBP to GA-3-P and dihydroxyacetone phosphate. 7. Triose phosphate isomerase (tpi ). Interconverts GA-3-P and dihydroxyacetone-P. 8. Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gap). Oxidizes GA-3-P to 1,3-diphosphoglycerate using nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) and inorganic phosphate (Pi) to form NADP + H+. 9. Phosphoglycerokinase (pgk). Generates ATP from ADP. 10. Phosphoglyceromutase (pgm). Uses 2,3-diphosphoglycerate to convert 3-phosphoglycerate to 2-phosphoglycerate. 11. Enolase (eno). Enolization of 2-phosphoglycerate forms high-energy phosphate bond (∼P; encircled P) in phosphoenolpyruvate (PEP). 12. Pyruvate kinase (pykA; pykF). Generates ATP from ADP. Enzimas de Gluconeogénesis 14. Pyruvate carboxylase. Converts pyruvate to oxaloacetic acid (OAA) via carbon dioxide (CO2) fixation using ATP. 15. PEP carboxykinase. Forms phosphoenolpyruvate from OAA using GTP. 16. Fructose-1,6-bisphosphatase. Removes Pi from F-1,6-bisP to form F-6-P. 17. Glucose-6-phosphatase. Removes Pi from G-6-P to form glucose. 18. ATP-glucose pyrophosphorylase. Forms ADP-glucose from G-1-P and ATP. 19. Glycogen synthase. Adds α-1,4-glycan to ADP-glucose to form glycogen or starch. Formación o utilización de glicerol 20. Glycerophosphate dehydrogenase. Reduces dihydroxyacetone-P to glycerol-3-P. 21. Phosphatase. Removes Pi from glycerol-3-P to form glycerol. 22. Glycerol kinase. Phosphorylates glycerol using ATP. Via Embden-Meyerhof-Parnas Aceptor temporal de electrones (Difusible) 4 e- + 4 H+ + 2 NAD+ 2 NADH + 2 H+ 1 glucosa 4 e- 2 piruvatos + 2 ATP OXIDACION (Embden-Meyerhof path) La vía alterna del metilglioxal (MG) proporciona un alternativa para el catabolismo de BPA a piruvato en muchas bacterias, incluyendo E. coli, otras enterobacterias y Pseudomonas spp., junto con levaduras (por ejemplo, S. cerevisiae) y Archaea halófila. En esta vía, el BPA se convierte en piruvato a través de los intermediarios DHAP MG (un 2-oxo-aldehído altamente tóxico), y lactato, sin generación de ATP. Esta serie de reacciones evita los pasos energéticos de la porción de la triosa fosfato de la vía de la EMP, en particular el paso de fosforilación mediada por GAPDH. Una función fisiológica propuesta para este bypass es permitir la conversión de GAP en piruvato en condiciones de limitación de fosfato cuando la actividad de la GAPDH se ve disminuida por la escasez de uno de sus sustratos, el fosfato inorgánico. Aunque no se genera ATP durante el bypass de MG el posterior catabolismo del piruvato puede conducir a la generación de ATP. Via alterna del metilglioxal Regulación de la Glicólisis GLUCONEOGENESIS Vía de las pentosas Otros nombres: Via del fosfogluconato Vía hexosa monofosfato La vía se desarrolla con una primera parte oxidativa con la descarboxilación de la glucosa-6- P, produciendo un azúcar de 5 carbonos, la ribulosa 5-P. Posteriormente ocurre un rearreglo de azúcares con la intervención de dos enzimas claves, transaldolasa y transcetolasa CO2 Vía de las pentosas La glucosa-6-fosfato deshidrogenasa cataliza la oxidación del aldehido del C1 de la glucosa-6-fosfato, hasta un acido carboxílico, con un enlace éster (lactona). NADP+ sirve como aceptor de electrones. H O OH H OHH OH CH2OPO3 2 H H OH H O OH H OHH OH CH2OPO3 2 H O 23 4 5 6 1 1 6 5 4 3 2 C HC CH HC HC CH2OPO3 2 O O OH HO OH OH NADPH + H + NADP + H2O H + 1 2 3 4 5 6 Glucose-6-phosphate Dehydrogenase 6-Phospho- glucono- lactonase glucose-6-phosphate 6-phoshogluconolactone 6-phosphogluconate La 6-fosfogluconolactonasa cataliza la hidrólisis del enlace éster, resultando en la apertura del anillo. El producto es el 6-fosfogluconato. Aunque la apertura del anillo también ocurre en ausencia del catalizador, la 6-fosfogluconolactonasa acelera la reacción disminuyendo el tiempo de vida media de la 6- fosfogluconolactona, producto altamente reactivo y tóxico H O OH H OHH OH CH2OPO3 2 H H OH H O OH H OHH OH CH2OPO3 2 H O 23 4 5 6 1 1 6 5 4 3 2 C HC CH HC HC CH2OPO3 2 O O OH HO OH OH NADPH + H + NADP + H2O H + 1 2 3 4 5 6 Glucose-6-phosphate Dehydrogenase 6-Phospho- glucono- lactonase glucose-6-phosphate 6-phoshogluconolactone 6-phosphogluconate La fosfogluconato deshidrogenasa cataliza la descarboxilación oxidativa del 6-fosfogluconato, hacia la ribulosa-5-fosfato, una cetosa. El OH en el C3 (C2 del producto) es oxidado hasta una cetona. Esto promueve la pérdida de el carboxilo del C1 como CO2. NADP+ sirve como oxidante. C HC CH HC HC CH2OPO3 2 O O OH HO OH OH 1 2 3 4 5 6 CH2OH C HC HC CH2OPO3 2 OH OH 1 2 3 4 5 O NADP + NADPH + H + CO2 Phosphogluconate Dehydrogenase 6-phosphogluconate ribulose-5-phosphate NADPH, un producto de la via de las pentosas funciona como un reductor en las vías de síntesis. NAD+ sirve como un aceptor de electrones en las vías catabólicas, en las cuales los metabolitos son oxidados. El NADH resultante es reoxidado en la cadena respiratoria, produciendo ATP. N R H C NH2 O N R C NH2 O H H + 2e + H + NADP + NADPH La reducción del NADP+ involucra la transferencia de 2 e y 1 H+ hacia la molécula de nicotinamida NAD+ & NADP+ difieren solo en la presencia de un extra fosfato en la ribosa adenosínica del NADP+. Esta diferencia tiene poco quehacer en la actividad redox, pero es reconocida por los sitios de ligazón al sustrato en las enzimas. Este es un mecanismo para la separación de las vías catabólicas de las vías de síntesis. H C NH2 O CH2 H N H OH OH H H O OP O HH OH OH H H O CH2 N N N NH2 OP O O O + N O nicotinamide adenine esterified to Pi in NADP + Nicotinamide Adenine Dinucleotide Regulación de la Glucosa-6-fosfato deshidrogenasa: La glucosa-6-fosfato deshidrogenasa es una enzima fundamental en la vía de las pentosas. Esta enzima es regulada por la disponibilidad de NADP+. Como el NADPH es utilizado en las vías de síntesis, el incremento de NADP+ estimula la vía de las pentosas para que reponga NADPH. El resto de la vía convierte la ribulosa-5-P en distintos azúcares de 3, 4, 5, 6, y 7 carbonos. Las enzimas adicionales incluyen una Isomerasa, Epimerasa, Transcetolasa, y Transaldolasa. La epimerasa inter- convierte los estereo- isómeros ribulosa-5-P y xilulosa-5-P. La isomerasa convierte la cetosa ribulosa-5-P a la aldosa ribosa-5-P. C C C CH2OPO3 2 O OHH OHH CH2OH C C C CH2OPO3 2 O HHO OHH CH2OH C C C CH2OPO3 2 OH OHH OHH HC O H ribulose-5- phosphate xylulose-5- phosphate ribose-5- phosphate Epimerase Isomerase La transcetolasa y la transaldolasa catalizan la transferencia de fragmentos moleculares de 2-C o 3-C respectivamente, en cada caso utilizando una cetosa como donador y una aldosa como aceptor. Mecanismo de acción de la Transcetolasa y Transaldolasa La transcetolasatransfiere un fragmento de 2-C desde la xilulosa-5-fosfato ya sea hacia la ribosa-5-fosfato o eritrosa-4-fosfato. C C C CH2OPO3 2 O HHO OHH CH2OH C C C CH2OPO3 2 OH OHH OHH HC O H C C C CH2OPO3 2 OH OHH OHH C H H HC C CH2OPO3 2 O OHH C CH2OH O HO + + xylulose- ribose- glyceraldehyde- sedoheptulose- 5-phosphate 5-phosphate 3-phosphate 7-phosphate Transketolase La transaldolasa cataliza la transferencia de 3-C desde la sedoheptulosa-7-fosfato al gliceraldehido-3-fosfato. CH2OH C CH HC HC HC H2C OH OH OPO3 2 OH HO O HC HC HC H2C O OH OPO3 2 OH HC HC H2C O OPO3 2 OH H2C C CH HC HC H2C OH OPO3 2 OH OH HO O sedoheptulose- glyceraldehyde- erythrose- fructose- 7-phosphate 3-phosphate 4-phosphate 6-phosphate Transaldolase + + En la transaldolasa, el grupo e-amino de un residuo lisina reacciona con el C carbonil de la sedoheptulosa-7-P para formar un intermediario protonado (base Schiff). CH2OH C CH HC HC HC H2C OH OH OPO3 2 OH HO O Enz-Lys NH2 CH2OH C CH HC HC HC H2C OH OH OPO3 2 OH HO Enz-Lys N OH + HC HC HC H2C O OH OPO3 2 OH CH2OH C CHO N + H + H + H H Enz-Lys sedoheptulose- 7-phosphate Schiff base intermediate Transaldolase erythrose-4- phosphate Ocurre una ruptura aldólica y se libera Eritrosa 4-P. La base Schiff estabiliza el carbanion en el C3. El carbanión estabilizado por resonancia unido a la enzima, se adiciona al átomo del C carbonílico del GAP formando F6P El flujo de 15 atomos de C en la vía de las pentosas IS = Isomerasa EP = Epimerasa TK = Transcetolasa TA = Transaldolasa (3) ribulose-5-P ribose-5-P (2) xylulose-5-P glyceraldehyde-3-P sedoheptulose 7 P fructose-6- P erythrose-4-P fructose-6-P glyceraldehyde-3-P IS EP TK TK TA El balance general en el flujo de los 15 átomos de carbono a través de la vía de las pentosas. C5 + C5 C3 + C7 (Transcetolasa) C3 + C7 C6 + C4 (Transaldolasa) C5 + C4 C6 + C3 (Transcetolasa) ____________________________ 3 C5 2 C6 + C3 (Total) La glucosa-6-fosfato puede ser regenerada a partir de gliceraldehido-3-fosfato o de fructosa-6- fosfato, via enzimas de Gluconeogenesis. 1.-La ribulosa-5-P puede ser convertida en ribosa-5- fosfato, un sustrato para la síntesis de nucleótidos y ácidos nucleicos. La vía también produce NADPH. Dependiendo de los requerimientos celulares de ribosa-5- fosfato, NADPH, y ATP, la vía de las pentosas puede operar de varios modos para maximizar diferentes productos. Existen tres principales escenarios: 2 NADP + 2 NADPH + CO2 glucose-6-P ribulose-5-P ribose-5-P Pentose Phosphate Pathway producing NADPH and ribose-5-phosphate 2.- El gliceraldehido-3-P y la fructosa-6-P pueden ser convertidos hasta glucosa-6-P para reingresar a la porción lineal de la via maximizando la formación del NADPH. 2 NADP + 2 NADPH + CO2 glucose-6-P ribulose-5-P ribose-5-P fructose-6-P, & glyceraldehyde-3-P Pentose Phosphate Pathway producing maximum NADPH • 3.- El gliceraldehido 3-P y la fructosa 6-P pueden acoplarse a la glicólisis para producir ATP 2 NADP + 2 NADPH + CO2 glucose-6-P ribulose-5-P ribose-5-P fructose-6-P, & glyceraldehyde-3-P to Glycolysis for production of ATP Pentose Phosphate Pathway producing NADPH and ATP Via de la fosfocetolasa Hexosa y pentosa fosfocetolasas Microorganismos que utilizan la Vía fosfocetolasa • Bifidobacterium globosum • Bifidobacterium lactis • Leuconostoc mesenteroides • Lactobacillus plantarum • Lactobacillus lycopersici • Lactobacillus pentoaceticus • Lactobacillus brevis • Acetobacter xylinum • Streptococcus • Lactococcus • Pediococcus • Microbacterium Vía Entner -Doudoroff Microorganismos que utilizan la Via Entner Doudoroff • Pseudomonas saccarophila • Pseudomonas aeruginosa • Zymomonas mobilis • Azotobacter sp. • Rhizobium sp. • Xanthomonas campestris • Acetobacter xylinum • Gluconobacter sp. • Rhodopesudomonas sp. • Hydrogenomonas sp. • Agrobacterium • Distribución de las vías Embden-Meyerhoff- Parnas (EMP) y Entner –Doudoroff (ED) en ciertas bacterias. ______________________________________________________ • Bacterias EMP ED • Arthrobacter species + - • Azotobacter chroococcum + - • Alcaligenes eutrophus - + • Bacillus sp. + - • Escherichia coli y otras bacterias entéricas* + - • Pseudomonas sp. - + • Rhizobium sp. - + • Thiobacillus sp. - + • Xanthomonas sp. - + ______________________________________________________ *Organismos que sintetizan las enzimas ED cuando crecen en gluconato Generación de Energía Formación de moléculas con fosfatos en alta energía involucradas en las reacciones de fosforilación a nivel de sustrato Cadena transportadora de electrones Respiración aerobia Respiración anaerobia Completando el metabolismo degradativo……… Tres sistemas enzimáticos que convierten el piruvato • Piruvato deshidrogenasa. En condiciones aeróbicas. Produce Acetil-CoA, NADH +H+ y CO2 . • Piruvato formato liasa. En condiciones de ausencia de oxígeno para anaerobios facultativos y fermentadores. Produce Acetil- CoA, y formato • Piruvato ferredoxin óxido reductasa. Para anaerobios estrictos. Produce Acetil CoA , CO2 y Ferredoxina reducida. Piruvato deshidrogenasa Dihidrolipoato transacetilasa Complejo piruvato deshidrogenasa Dihidrolipoato deshidrogenasa Regulación de la piruvato deshidrogenasa en E.coli CICLO TCA EN ANAEROBIOS FACULTATIVOS Ciclo del Glioxilato Utilización de azúcares diferentes de glucosa Hazel M. Holden et al. J. Biol. Chem. 2003;278:43885-43888 galactosa mutarotasa galactokinasa galactosa-1-P uridililtransferasa UDP-galactosa 4-epimerasa En bacterias lácticas la vía de utilización de galactosa depende del mecanismo de transporte por el que ingresa a la célula GalactosaH+ H+ Galactose Permease Galactosa Galactosa Galactosa-6-PO4 PEP Piruvato EIEI Via Leloir Galactosa-1-PO4 Glucosa-1-PO4 Glucosa-6-PO4 ATP ADP F. Homoláctica, u Heteroláctica Tagatosa-1,6-diPO4 ATP ADP (2) Gliceraldehide- 3-fosfato Dihidroxiacetona- fosfato Via Tagatosa Tagatosa-6-PO4 F. Homoláctica Vías para el Catabolismo de Galactosa y Lactosa en Bacterias Lácticas Galactosa Lactosa Galactosa PEP-PTSPEP-PTS Permeasa Lactosa-P P-beta-Gal Glucosa Gliceraldehido-3P +DHAP Glicolisis Galactosa Gal-1P Glu-1PGlucosa-6P Galactosa-6P Tagatosa-6P Tagatosa 1,6-diP Via Leloir Algunas bacterias lácticas toman la lactosa en un sistema antiporte con eflujo de galactosa Lactosa Lactosa Galactosa Galactosa Permeasa AFUERA ADENTRO Ejemplo: S. thermophilus TS2 y L. delbrueckii subsp. bulgaricus Galactosa es exportada via sistema antiporte Glucosa F. Homoláctica, u heteroláctica Gráfico 1. Degradación de maltosa por enzimas de la maltosa. Las enzimas amilomaltasa (MalQ), maltodextrina fosforilasa (MalP) y maltodextrina glucosidasa (MalZ) están indicadas por sus genes. Fuente: Maltose/Maltodextrin System of Escherichia coli: Metabolism, Transport and Regulation. 1998 Productores de Manitol: Staphylococcus aureus E.coli, Lactobacillus brevis, Leuconostoc mesenteroides, Agaricus bisporus E.Coli Salmonellaenterica Klebsiella pneumoniae Bacteroides ovatus Bacterias entéricas (Melibiosa y Rafinosa) Degradación de la Pectina -Enzimas Pectinolíticas – Pectin metilesterasas (PME). Remueven grupos metil de las cadenas pectínicas, no afecta la longitud, altera la solubilidad de la pectina. – Poligalacturonasas (PG,PMG). Rompen las cadenas pécticas y pectínicas hidrolizando el enlace entre dos moléculas del ac. poligalacturónico o polimetilgalacturónico – Pectin liasas (PTE, PATE). Rompen las cadenas pécticas removiendo una molécula de agua y liberando productos con un enlace insaturado Catabolismo de la Pectina Microorganismos pectinolíticos • Achromobacter, Aeromonas, Arthrobacter, Agrobacterium, Enterobacter, Bacillus, • Clostridium, Erwinia, Flavobacterium, Pseudomonas, Xanthomonas y diversas levaduras, Tres enzimas principales: 1) Endo-β-1,4 glucanasa 2) Exo- β-1,4 glucanasa 3) Beta glucosidasa o celobiasa Degradación de la celulosa Hongos filamentosos : Trichoderma reesei , Phanaerochete chrysosporium, Fusarium solani, Chaetomium Actinomicetos: Cellulomonas, Microbispora, Thermomonaspora Bacterias aerobias : Pseudomonas sp., Cytophaga sp. Bacterias anaerobias : Ruminococcus flavofaciens , Fibrobacter succinogenes, Bacteroides cellulosolvens Anaerobios gram-positivos : Clostridium thermocellum, C. cellulovorans, C. cellulolyticum, Microorganismos celulolíticos Microorganismos amilolíticos • Las amilasas secretadas por una variedad de especies de Bacillus han sido estudiadas intensivamente por sus aplicaciones industriales. Las α-amilasas de B. subtilis son enzimas de sacarificación que producen mayormente glucosa y maltosa a partir de almidón. • Las α-amilasas producidas por B. licheniformis y B. amyloliquefaciens son enzimas de liquefacción que rinden mayormente maltosacáridos. • Especies termofílicas como B. acidocaldarius y B. stearothermophilus, producen amilasas que son estables a temperaturas que van desde 58 ◦C a 80◦C. Sin embargo, especies mesofílicas como B. licheniformis y B. amyloliquefaciens, también producen amilasas que son activas a temperaturas arriba de 75 ◦C. • Entre los hongos destacan las amilasas producidas por Aspergillus oryzae Ejm: Areobasidium pullulans Bacillus stearothermophilus degrada almidon y sintetiza ciclodextrinas por medio de una ciclodextrina glucanotransferasa Bacillus macerans, B. coagulans, B. sphaericus, y C. thermohydrosulfuricum producen una ciclodextrinasa que puede hidrolizar maltodextrinas lineales así como ciclodextrinas. Las ciclodextrinas son ampliamente usadas en la industria alimentaria y farmacéutica como agentes de solubilización y estabilización CICLODEXTRINAS
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