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LA CONTINUIDAD DE LA VIDA Expresión del genoma Expresión genética Algunos conceptos centrales: Gen: segmento de ADN que posee información para un producto celular con función específica, por ejemplo proteínas. Es la unidad informativa del ADN, responsable de una característica transmisible. Genoma: conjunto de genes de una especie. Expresión genética: es el desciframiento o decodificación de la información contenida en el ADN. La expresión genética se da en dos etapas, representadas por el “dogma central de la biología” (concepto acuñado en 1958), tal como se diagrama en la Figura 1, donde se representa que el flujo de la información es unidireccional y va desde el ADN al ARN y a la proteína. Actualmente se conoce que además hay otros mecanismos y direcciones posibles, como la transcripción reversa, proceso en el que la información se da desde ARN al ADN. Figura 1. Proceso secuencial que explica cómo fluye la información desde el ADN, según el dogma central de la biología, pasando por el ARN hasta llegar a la proteína. Posteriores descubrimientos muestran que en el caso de la transcripción inversa, la información pasa del ARN al ADN. Transcripción: pasaje de la información contenida en el ADN al ARN. Traducción: pasaje de una secuencia de nucleótidos, contenida en el ARN, a una secuencia de aminoácidos (o sea una proteína). Duplicación del ADN: cada molécula de ADN genera dos copias idénticas (este proceso no tiene que ver directamente con la expresión genética sino que lo https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/gene_expression.mp3 https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/translation.mp3 https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/translation.mp3 https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/amino_acids.mp3 relacionamos como algo necesariamente previo a la división celular ya que una célula duplicará su ADN para luego repartirlo equitativamente entre las células hijas). Transcripción inversa: es un paso no contemplado en el dogma, ya que la enzima que lo lleva a cabo se descubre años después (1970) de que se crea el dogma tal como lo expresa la Figura 1 y solamente pueden hacerlo cierto tipo de virus (retrovirus). Transcripción Implica la síntesis de moléculas de ARN a partir de una molécula de ADN molde. Esta síntesis la realiza la enzima ARN polimerasa, que “lee” los nucleótidos del ADN, busca ribonucleótidos complementarios a éstos, y construye una cadena nueva en base a la información de una de las hebras del ADN (Figura 2). La enzima ARN polimerasa se caracteriza porque: - la hebra de ADN que toma como molde es la 3´ 5´, es decir que leerá esa cadena molde en dirección 3´ 5´. - sintetiza la cadena de ARN en dirección 5´ 3´, que será por lo tanto antiparalela y complementaria a la hebra molde de ADN. Figura 2. Secuencia de nucleótidos de ADN (hebra molde), su hebra antimolde (complementaria y antiparalela) y la molécula de ARN resultante luego de la transcripción. Proceso de la transcripción Es muy similar en organismos eucariontes y en procariontes. Por eso, describimos el proceso en líneas generales y luego veremos las diferencias entre eucariontes y procariontes. 5´ATTCGACCGAATTT 3´ 3´TAAGCTGGCTTAAA 5´ Hebra antimolde Hebra molde 5´AUUCGACCGAAUUU 3´ Molécula de ARN transcripción Figura 3. Proceso de transcripción en el cual se detalla la dirección de la acción de la enzima ARN polimerasa sobre la cadena molde de ADN. A medida que esta enzima avanza sobre las dos cadenas de ADN, lee la cadena molde y sintetiza la cadena de ARN hasta que reconoce las secuencias de terminación y se finaliza el proceso. En la Figura 3 se representan las siguientes etapas: 1- La ARN polimerasa reconoce una secuencia específica de nucleótidos de ADN: el promotor. El promotor será reconocido específicamente por la ARN polimerasa y de algún modo marcará el punto de inicio de la transcripción de un gen. 2- La ARN polimerasa comienza a avanzar separando las dos cadenas del ADN (rompiendo los puentes de hidrógeno entre ellas) y simultáneamente va leyendo la hebra molde y sintetizando la cadena de ARN complementaria. Los sustratos de la transcripción serán los ribonucleótidos trifosfatados (al incorporarse al ARN rompen 2 enlaces fosfatos y liberan la energía necesaria para unirse al ARN en crecimiento) 3- La ARN polimerasa avanza hasta que reconoce secuencias específicas del ADN: las secuencias de terminación, que señalan el fin de la transcripción. Comparación de la transcripción en eucariontes y procariontes PROCARIONTES EUCARIONTES Un solo tipo de ARN polimerasa (con varias subunidades) 3 tipos de ARN polimerasa: ARN pol I, ARN pol II, ARN pol III (cada una transcribe cierto tipo de ARN) Promotor típico procarionte Promotor típico eucarionte Sin factores de transcripción Con factores de transcripción En el citoplasma En el núcleo Secuencias de terminación procariontes Secuencias de terminación eucariontes ARNm no maduran ni se procesan ARNm siempre se procesan Figura 4. Tabla comparativa del proceso de transcripción en organismos procariontes y eucariontes. Otra diferencia entre los ARN mensajeros, consiste en que los organismos procariontes son policistrónicos (cada ARNm tiene información para más de una proteína) mientras que los ARNm de los eucariontes son monocistrónicos ( cada ARNm tiene información para solo una proteína). En el caso de células eucariotas, el ARNm recién transcripto se llama “transcripto primario” o transcripto de ARNm, tal como lo expresa la Figura 5. Se caracteriza porque contiene dos tipos de secuencias: los exones (secuencias codificantes, tienen información para la síntesis proteica) y los intrones (secuencias no codificantes, es decir sin información y que luego, serán eliminadas). En la Figura 4 se detallan otras diferencias entre el proceso de transcripción en procariontes y eucariontes. Maduración de ARNm en eucariontes Son 3 modificaciones que ocurren en el núcleo, que podemos apreciar en la Figura 5: 1- Capping al extremo 5´se le agrega un nucleótido modificado o CAP (protege al extremo 5´ y luego en la traducción permitirá el reconocimiento del ribosoma) 2- Poliadenilación agregado al extremo 3´de una sucesión de adeninas, la cola poli-A (protege al extremo 3´) 3- Splicing Eliminación de intrones y empalme de exones. El resultado es un ARNm maduro. Figura 5. Proceso de maduración del ARN mensajero en organismos eucariontes. Traducción Implica el desciframiento del ARNm a una secuencia de aminoácidos. ¿Por qué “traducción”? Porque entre ARN y proteína hay un cambio de lenguaje: de los nucleótidos (lenguaje del ADN) pasamos a los aminoácidos (lenguaje de las proteínas). Debe haber entonces, como en toda traducción, un “diccionario o traductor” que permita hacer equivalencias entre ambos lenguajes. Es decir, que establezca relaciones de correspondencia entre los nucleótidos y los aminoácidos. Estamos hablando del Código genético. Si hacés click en el siguiente concepto, podrás escuchar un audio descriptivo: código genético. El código genético, relaciona codones (secuencias de 3 nucleótidos consecutivos presentes en el ARNm) con aminoácidos. El código genético tiene 3 características: - es universal: el mismo código es aplicable a todos los seres vivos. - es degenerado: existen varios codones distintos que codifican el mismo aminoácido (ej: CCA – CCC – CCU – CCG codifican todos para prolina). Estos codones son sinónimos. - no es ambiguo: a cada codón le corresponde un y sólo un aminoácido. https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/genetic_code_acgt.mp3 De todos los codones que presenta el código, destacamos: - AUG que codificapara metionina. Es el codón que marcará el inicio de la traducción. - UAG, UGA, UAA que son los codones de terminación, señalan el fin de la traducción. Repasemos algunas características de los tres tipos de ARN: Como se representa en la Figura 6, tenemos: ARNm ✔ lleva en su secuencia de nucleótidos, la información para una secuencia de aminoácidos. ✔ a cada conjunto de tres nucleótidos consecutivos se los llama codón o triplete. Un codón codifica para un aminoácido. ARNr ✔ hay distintos tipos de ARNr que se distinguen fundamentalmente por su tamaño. ✔ se asocian con proteínas ribosomales y constituyen así los ribosomas. ✔ los ribosomas están formados por dos subunidades, la mayor y la menor. Son el lugar físico de la síntesis proteica. ARNt ✔ tiene bases modificadas químicamente. ✔ está plegado en forma de trébol. ✔ tiene un anticodón (audio definición del “anticodón”), que será complementario a algún codón del ARNm. ✔ transporta los aminoácidos hacia el ribosoma. https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/anticodon.mp3 https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/es/narration/anticodon.mp3 Figura 6. Diferentes tipos de ácidos ribonucleicos (ARN). A la izquierda, se presenta el ARN mensajero, en el centro el ARN de transferencia dispuesto en forma de hoja de trébol y a la derecha el ARN ribosómico o ribosomal compuesto por la subunidad mayor de 60s y la subunidad menor de 40s. ¿En qué consiste la traducción? Dado un cierto ARNm, la secuencia se comienza a leer desde el extremo 5´ hacia el 3´ buscando el primer codón AUG que aparezca: allí comenzará la traducción (Figura 7). Se irán leyendo progresivamente los codones y traduciendo a aminoácidos hasta que aparezca un codón de terminación. Veamos un ejemplo: Figura 7. Ejemplo de secuencia de ARNm que es traducida a una proteína desde el primer codón AUG (codón de iniciación) hasta el codón de terminación. 5´CCUAGAUGCCCUUUGCAGGCUAACCCU 3´ Met- pro – fen –ala – gli – terminación ARNm Proteín a traducción Proceso de síntesis de proteínas a- Aminoacilación implica cargar a cada ARNt con el aminoácido específico que deberá transportar. Esto se lleva a cabo por enzimas específicas que son las aminoacil ARNt sintetasas que hacen esto con consumo de ATP. b- Traducción se divide en tres etapas: iniciación, elongación y terminación (Figura 8). 1. Iniciación: a la subunidad menor del ribosoma se une el ARNm y el primer ARNt o ARNt iniciador, que reconocerá al codón inicio (lleva metionina). Luego se acopla la subunidad mayor del ribosoma. Quedan así definidos dos lugares contiguos en el ribosoma: sitio P y sitio A. En el P queda orientado el ARNt iniciador. 2. Elongación: al sitio A ingresa un ARNt. El aminoácido del sitio P se libera del ARNt y se une al aminoácido que está en sitio A. La enzima que cataliza esta unión es la peptidil transferasa. El ARNt del sitio P está “descargado” y sale del ribosoma. Luego se produce un corrimiento del ribosoma hacia el extremo 3´ del ARNm: la traslocación. Como consecuencia lo que estaba en A pasa a estar en P. Con lo cual ahora el sitio P vuelve a estar ocupado y el A libre (igual a como empezó esta etapa). Al sitio A llegará otro ARNt, se formará otra unión peptídico, traslocación, etc. Se repite hasta que al sitio A ingresa un codón de terminación. 3. Terminación: el codón de terminación es reconocido por factores de terminación. La cadena de aminoácidos unidos se libera del ARNt que la transporta, el ARNm ya leído completamente se disocia del ribosoma y finalmente las dos subunidades ribosomales se desacoplan. Figura 8. Proceso de traducción y sus etapas: iniciación, elongación y terminación. Diferencias en la traducción procariontes y eucariontes: En procariontes la traducción es co-transcripcional. Esto significa que es simultánea con la transcripción debido a que ambos procesos (transcripción y traducción) ocurren en el mismo lugar (el citoplasma) y a que los ARNm no sufren maduración ni procesamientos. En eucariontes la traducción es post-transcripcional, es decir que ocurre una vez que la transcripción terminó porque en este caso transcripción y traducción ocurren en Ribosoma (subunidad Ribosoma (subunidad ARNt Iniciador Iniciación Elongación Terminación Polipéptido Aminoácido lugares diferentes (núcleo y citoplasma respectivamente) y además porque los ARNm siempre sufren modificaciones antes de traducirse. Regulación de la expresión genética En los organismos pluricelulares, todas las células de un mismo individuo son genéticamente idénticas (tienen las mismas moléculas de ADN). A lo largo del desarrollo, las distintas células van pasando por un proceso de diferenciación celular, algo así como la especialización de los distintos tipos celulares. Pero estas células tan diferentes unas de otras, con funciones tan diversas, son genéticamente iguales. ¿Cómo se produjo esa diferenciación celular si todas son genéticamente iguales? La respuesta tiene que ver con la expresión diferencial de los genes. Es decir que, si bien todas las células de un mismo individuo tienen los mismos genes, en cada una de ellas no necesariamente se expresan exactamente los mismos genes. Y esa expresión diferencial es lo que hace la diferencia entre un tipo celular y otro. Veamos un ejemplo ficticio pero sencillo. Supongamos que el genoma humano consistiera solamente en cuatro genes: gen 1, gen 2, gen 3 y gen 4. Una neurona tendría esos cuatro genes y una célula epitelial también. Son dos tipos de células bien diferentes y con funciones distintas también. ¿Qué las hace diferentes si sus genes son los mismos? Por ejemplo, en la neurona podrían expresarse el gen 1, gen 3 y gen 4. En la célula epitelial el gen 1 y el gen 2. Vemos que en ambos casos partimos de la misma información, pero la expresión de los genes es diferencial en cada caso. A continuación, podrán escuchar un programa de radio (2009), relacionado con la diferenciación celular. ¿Cómo se logra la expresión diferencial de los genes? Por mecanismos de regulación de la expresión genética. Regulación de la expresión genética en procariontes La regulación es muy simple y se da a nivel de la transcripción. En procariontes los genes que participan de una misma vía metabólica se expresan en forma conjunta, bajo un único promotor y una única secuencia reguladora para todo el conjunto. A este conjunto se lo llama operón (Figura 9). https://www.ubaxxicampusvirtual.uba.ar/pluginfile.php/499951/mod_resource/content/2/PGM%2005%20-%20Diferenciacion%20celular.mp3 Gen regulador: gen cuya expresión es una proteína represora o represor Promotor: secuencia de ADN que será reconocida por la ARN polimerasa Operador: secuencia de ADN a la que puede unirse el represor Genes estructurales: genes que se expresan en conjunto y que participan de una misma vía metabólica. Operón: conjunto formado por promotor + operador + genes estructurales. Veamos un ejemplo de regulación de este tipo: el Operón lactosa. Figura 9. Secuencia de ADN en procariotas: se señala su regulador y operón (compuesto por el promotor, el operador y los genes estructurales). El regulador codifica para una proteína “represora”. Este operón tiene la misma estructura de todos los operones. Sus genes estructurales, en este caso, cuando se expresan generan como producto enzimas que son necesarias para degradar la lactosa. Los procariontes pueden degradar lactosa para así obtener energía. Para ello necesitan de enzimas que les permitan hacer esa degradación. Si hay lactosa presente, serán necesarias las enzimas que permitan degradarla. Si no hay lactosa presente esas enzimas no hacen falta. Por lo tanto la regulación de la expresión de los genesestructurales en este ejemplo dependerá de si hay o no lactosa presente para degradar. ¿Qué ocurriría en ambas situaciones? Proteína represora OPERÓN Sin lactosa presente Sin lactosa, la proteína represora activa se une al operador del operón lac. De esta forma inhibe la síntesis de la enzima que degrada la lactosa (Figura 10). El gen regulador produce una proteína represora activa. Esto significa que puede unirse al operador. Cuando esto ocurre, la ARN polimerasa ve impedido su acceso a los genes estructurales que como consecuencia no se transcriben, o sea, no se expresan. Figura 10. Representación del operón lac sin lactosa presente y el mecanismo por el que se inhibe la síntesis de la enzima que degrada la lactosa. Con lactosa presente El gen regulador produce una proteína represora activa, pero, como hay lactosa presente, la lactosa se une al represor. El efecto de esto es que el represor se inactiva, es decir que ya no puede unirse al operador. De este modo la ARN polimerasa puede acceder a los genes estructurales que de este modo pueden expresarse. Se sintetizarán así las enzimas que permitirán degradar la lactosa (Figura 11). Figura 11. Con lactosa presente, la proteína represora se inactiva. La ARN polimerasa accede a los genes estructurales e inicia la transcripción. El ARN obtenido se traduce a una enzima capaz de degradar la lactosa. Regulación de la expresión genética en eucariontes La regulación de la expresión genética en los eucariontes se da a muchos más niveles que en los procariontes. Tenemos: 1) Regulación a nivel de la transcripción - por factores de transcripción. Hay de dos tipos, los factores de transcripción basales permiten que la ARN pol reconozca eficazmente al promotor. Los factores de transcripción específicos se relacionan o unen en secuencias reguladoras del ADN y regulan la intensidad de la transcripción. - heterocromatinización: las porciones de cromatina que estén más condensadas, en forma de heterocromatina, no se transcribirán. - metilación del ADN: modificación química que puede hacerse a ciertas secuencias de ADN que de este modo ya no se expresarán. 2) Regulación a nivel del procesamiento del ADN por ejemplo, el splicing alternativo que consiste en otras formas de splicing posibles diferentes a la “tradicional”. Por ejemplo, un exón puede ser eliminado como si fuera un intrón. Este mecanismo permitiría generar, a partir de un mismo ARN transcripto primario, varios ARNm maduros distintos según el splicing y la selección de exones que queden o se eliminen. 3) Regulación del transporte del ARNm desde el núcleo hacia el citoplasma. 4) Regulación de la traducción del ARNm. 5) Regulación de la actividad y estabilidad proteica.
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