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347 Cap í tu lo © 2014. Elsevier España, S.L. Reservados todos los derechos 25 Código genético y síntesis de proteínas Guillermo Sáez Tormo y Concha Cerdá Micó OBJET IVOS DEL APRENDIZAJE ● Comprender las características del código genético. ● Estudiar los mecanismos implicados en la traducción del mensaje codificado en el mRNA a la secuencia aminoacídica de las proteínas. ● Entender los factores y mecanismos implicados en la síntesis proteica. ● Describir los cambios postraduccionales que acontecen en las cadenas polipeptídicas y los mecanismos que regulan de la traducción. 25.1. INTRODUCCIÓN El dogma central de la biología molecular establece un flujo de información desde el DNA hasta las proteínas que se sinte- tizan en los organismos vivos (v. cap. 22). En el primer paso, la secuencia del DNA es copiada, transcrita o convertida a una cadena de mRNA. Determinadas secuencias en el DNA sirven para regular la síntesis de proteínas (fig. 25.1) que a su vez actúan como promotores, estimuladores o represores de la transcripción. Son como interruptores on/off en este proceso inicial de la transmisión génica (v. cap. 24). El último paso en la transmisión del mensaje génico consiste en la traducción. Traducir significa cambiar las palabras de un lenguaje a otro, y esto es precisamente en lo que consiste la función de la maquinaria genética al traducir un lenguaje codi- ficado en forma de nucleótidos en otro en clave de aminoácidos. La traducción de la secuencia de los polímeros de ácidos nucleicos en la estructura polipeptídica de las proteínas es uno de los procesos más deslumbrantes y trascendentes de la biología. Su entendimiento ha sido crucial para conocer mejor la función de las células e incluso explicar el mecanismo de las enfermedades a nivel molecular. Las secuencias nucleotídicas de los genes que dan lugar a su producto final están organizados en tripletes, y se conocen como codones. Los codones son, por lo tanto, palabras de tres letras formadas por la combinación de los cuatro nucleótidos, dATP, dTTP, dGTP y dCTP. El conjunto de estos codones cons- tituye el código genético. Inicialmente fue necesario elucidar el código genético, des- cifrando los secretos del mensaje contenido en la secuencia del DNA y los mecanismos para su traducción. Solo así fue posible entender la transmisión de la herencia y explicar las mutaciones genéticas. En el proceso de traducción intervienen varios tipos de moléculas, como son las secuencias nucleotídicas en el DNA, el RNA y múltiples proteínas específicas colaboradoras. Pero además también intervienen distintos tipos de RNA, como el RNA mensajero (mRNA), que almacena el mensaje a traducir, el de transferencia o tRNA encargado de la localización y el transporte de aminoácidos al lugar de síntesis proteica, la cual se lleva a cabo en el RNA ribosómico o rRNA. La traducción requiere, además de las subunidades ribosómicas, el mRNA y los aminoacil-tRNA, un aporte energético en forma de GTP y una amplia gama de factores proteicos. Las diferencias que existen entre procariotas y eucariotas en términos de traducción genética se deben fundamentalmente a las características y la función de estos factores de traducción. 25.2. EL CÓDIGO GENÉTICO Y SUS CARACTERÍSTICAS Aunque son cuatro los nucleótidos de los que se compone la secuencia de DNA y 20 los aminoácidos posibles que pueden formar parte de una proteína, cada unidad codificadora es- tá formada por la combinación de tres nucleótidos o tripletes (fig. 25.2). Esto proporciona 64 (43) posibilidades codificadoras. Tres de estos 64 codones no codifican para ningún aminoácido. Son los conocidos como codones sin sentido o de terminación. El resto de los 61 codones, o tripletes, codifican los 20 amino- ácidos proteicos comunes. Esto significa que un mismo ami- noácido puede estar codificado por varios codones diferentes. Esta propiedad del código genético se conoce como degenera ción. Esta característica no se cumple para todos los aminoáci- dos, y así, por ejemplo, la metionina o el triptófano sólo cuentan con un triplete para su codificación. Otra característica del código genético es que no es ambiguo, lo que quiere decir que un codón específico solamente se corresponde con un aminoácido. Esta dualidad de características aparentemente contradictorias del código genético, la degeneración y la no ambigüedad se explica por el mismo mecanismo y las moléculas implicadas en el proceso de traducción. Cada codón complementario del DNA en el mRNA reconoce a un tRNA específico. Así, cada molécula de tRNA contiene una secuencia específica, com- plementaria a un codón, que se denomina su anticodón. Para un codón determinado en el mRNA sólo existe un tRNA con el anticodón apropiado. A su vez, cada tRNA sólo puede unir 348 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica a un determinado aminoácido. Por lo tanto, dado un codón específico, sólo es posible codificar un aminoácido para su incorporación a la cadena polipeptídica; sin embargo, para un aminoácido específico pueden utilizarse varios codones. Otra característica del código genético corresponde al mar- co de lectura. En la traducción del mensaje genético no hay solapamientos. Una vez iniciada la lectura, ésta es continua, es decir, sin interrupciones entre los codones. La secuencia empieza a leerse, y acaba cuando lo determinan los codones es- pecíficos de finalización. En otras palabras, es como un texto de un libro que no tuviera comas, pero conservando sus párrafos. La última característica del código genético es su universali- dad. El código genético puede considerarse parcialmente univer sal, un concepto que obedece a recientes observaciones a nivel molecular que muestran diferencias importantes al comparar el genoma mitocondrial con el nuclear. Por ejemplo, en el mRNA humano mitocondrial, el UGA codifica por el aminoácido triptófano, en lugar de actuar como codón de finalización, o AUA que codifica por metionina en lugar de isoleucina. En este mismo genoma mitocondrial, AGA y AGG sirven de señales de terminación de la cadena, los cuales en el genoma nuclear codifican para el aminoácido arginina. Además, las mitocon- drias sólo tienen 22 moléculas de tRNA, mientras que en el citoplasma existen 31 especies de tRNA. Otro aspecto a tener en cuenta es la frecuencia de utilización de los codones de aminoácidos, ya que pueden variar en función de la especie y el tejido dentro de una misma especie. El conocimiento de esta frecuencia es fundamental para el diseño y la producción a gran escala de proteínas con propiedades terapéuticas, como es el caso de la insulina o la eritropoyetina, cuya síntesis se consigue gracias a la tecnología del DNA recombinante (v. cap. 27). 25.3. ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL RNA DE TRANSFERENCIA (tRNA) Aunque la estructura de los tRNA se ha detallado en el capítu- lo 22, conviene destacar aquí aquellas características que son más relevantes para el proceso de la traducción, las cuales se presentan en la figura 25.3. Como ya se ha comentado, el tRNA tiene cuatro extensiones o brazos bien diferenciados: TψC, D y los brazos del anticodón, aceptor y variable. El brazo TψC, formado por citidina, pseudouridina y ribotimidina, es la estructura encargada de la unión del aminoacil-tRNA a la superficie ribosómica en el lugar de síntesis y prolongación de la proteína. El brazo D, que contiene dihidrouracilo, base poco frecuente, interviene en la unión del aminoacil-tRNA al ribosoma y en el reconocimiento del tRNA por la aminoaciltRNA sintetasa. El extremo o brazo aceptor termina con la secuencia de nucleótidos CCA y el grupo hidroxilo de esta última base es el encargado de la unión a un aminoácido específico para formar el aminoacil-tRNA. El brazo anticodón está constituido por una secuencia de bases que se lee en sentido 39 a 59, al contrario del codón en el Fig. 25.2 Código genético. Codones en mRNAy aminoácidos codifi- cados. La sucesión ordenada de nucleótidos en la primera, segunda y tercera columna forma distintos tripletes en el mRNA y su asignación a un aminoácido (segunda columna), representados con los nombres abreviados. Stop representa los codones de terminación en el genoma nuclear (UAA, UGA y UAG). AUG codifica para el aminoácido Met y es el codón de iniciación en mamíferos. Fig. 25.1 Flujo de la información genética, donde destaca el proceso de traducción de mRNA a proteínas. Capítulo 25 Código genético y síntesis de proteínas 349 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. mRNA, cuyo sentido de lectura es 59 a 39. La segunda y tercera base del anticodón forman enlaces de hidrógeno con la primera y segunda base del codón, determinando la especificidad codón/ anticodón. Sin embargo, la primera base del anticodón (posición 59 del tRNA) puede orientarse de formas ligeramente distintas que permiten la introducción de distintas bases en dicha posi- ción; a este fenómeno se lo denomina balanceo. Este fenómeno es importante en la función de los tRNA y está relacionado con la propiedad degenerativa del código genético. Como se ha comentado, la degeneración del código se sitúa en su mayor parte en el último nucleótido del triplete codón, que condiciona un apareamiento no estricto según la regla de la complementa- riedad. El balanceo se produce al intervenir otros nucleótidos no específicos en la unión del triplete del codón del mRNA y el anticodón del tRNA. Existen varios casos concretos que ilus- tran mejor este fenómeno. De entre ellos cabe citar el caso de la glicina, cuyos codones son GGU, GGC y GGA. Estos codones pueden aparearse con el anticodón 39CCI59; por lo tanto, el nucleótido inosina (I) puede unirse a los nucleótidos U, C y A. Cada tRNA se une a un aminoácido específico. Esto se con- sigue gracias a la participación de una enzima específica capaz de reconocer tanto a la molécula de tRNA como a su correspon- diente aminoácido. Para ello es necesaria la existencia de 20 en- zimas específicas en esta labor de reconocimiento y fijación de los 20 aminoácidos existentes en las proteínas. Las enzimas encargadas de esta función, reconocimiento y fijación son las aminoacil-tRNA sintetasas. 25.3.1. Formación del aminoacil-tRNA El proceso requiere una reacción con dos pasos y gasto energé- tico (fig. 25.4). Ambos pasos se producen dentro del sitio activo de la enzima. En el primer paso tiene lugar la activación del ami- nóacido al reaccionar su grupo carboxilo con el ATP, formando el complejo enzima-AMP-aminoácido y liberándose pirofosfato Fig. 25.3 Esquema de la estructura del tRNA unido a la cadena de mRNA. En el mRNA el triplete UUU codifica para la Phe, que se unirá con el tRNA mediante el anticodón AAA. Representación de los brazos anti- codón, TψC, D, variable y aceptor, que enlaza con el aminoácido en la molécula de tRNA. Fig. 25.4 Formación del aminoacil-tRNA. El aminoácido es enlazado de forma específica en el brazo aceptor del tRNA gracias a la participación de las enzimas aminoacil-tRNA sintetasas en una reacción de dos pasos que requiere aporte energético en forma de ATP. La enzima, el aminoácido y el AMP forman un complejo intermediario E-AMP-aminoácido previo a su unión con el tRNA. 350 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica (PPi). Así, se forma un enlace anhidro de elevada energía. Esta reacción aprovecha la energía de la hidrólisis del ATP, mientras que la acción de una pirofosfatasa que cataliza la ruptura del PPi liberado mantiene el desplazamiento de la reacción hacia la formación del complejo enzima-AMP-aminoácido. En el reconocimiento de cada tRNA por su aminoácido específico, las tRNA sintetasas utilizan frecuentemente la secuencia anticodón en el tRNA. Sin embargo, existen otras secuencias situadas a lo largo de la estructura del tRNA que también sirven como señales de reconocimiento para estas enzimas. De cualquier forma, es el enlace entre el anticodón del tRNA y el codón del mRNA lo que determina la fidelidad de esta unión. En el segundo paso de la reacción, el aminoácido es trans- ferido a un grupo hidroxilo en posición 29 o 39 de la ribosa del residuo de la adenosina (A) 39 terminal del tRNA, liberando AMP. De hecho, todos los tRNA tienen un CCA en su extre- mo 39 y la utilización del grupo hidroxilo en 29 o 39 depende de la enzima que interviene en la reacción. En esta reacción tiene lugar la liberación de energía como consecuencia de la for- mación del enlace éster aminoacil-tRNA, que es aprovechada posteriormente para la síntesis peptídica. La suma de las reacciones de la formación del aminoacil- tRNA es la siguiente: donde el producto PPi se hidroliza a dos Pi, lo que asegura la irreversibilidad de esta reacción. En este mecanismo de activación es fundamental la especi- ficidad de las aminoacil-tRNA sintetasas para la fidelidad del proceso de traducción. Los aminoácidos pueden distinguirse por su tamaño o por su carga, por sus cadenas laterales y otras características de su estructura. Dada la posibilidad de error en la incorporación de uno de estos aminoácidos, existe un mecanismo de revisión y corrección de errores. El codón de iniciación preciso viene determinado por las secuencias consenso denominadas Kozak que flanquean al codón AUG con bases de purina en posición −3 y +4. El equi- valente en los procariotas de dicha secuencia se conoce como secuencia Shine-Dalgarno. Se trata de una secuencia situada unos 6 o 7 nucleótidos upstream del codón de iniciación de la traducción, y regula el inicio de ésta. Precisamente, las secuen- cias de Shine-Dalgarno (rica en purinas) permiten diferenciar el codón de iniciación (AUG) de cualquier otro que codifique para la metionina. De hecho, cada gen en un mRNA policis- trónico posee su propia secuencia Shine-Dalgarno y su propio codón de iniciación. El primer codón que se traduce (AUG) se corresponde, por lo tanto, con el aminoácido metionina en eucariotas. En procariotas es la formilmetionina. En las célu- las eucarióticas no existe esta enzima, por lo que no es posible formilar el tRNAMet para iniciar la síntesis de proteínas. Se de- duce que todas las cadenas polipeptídicas empiezan con me- tionina. Sin embargo, este residuo de metionina es escindido una vez la cadena polipeptídica alcanza cierta longitud y las proteínas aisladas de las células contienen aminoácidos distintos de la metionina en sus extremos amino terminales. 25.4. SÍNTESIS DE LA CADENA POLIPEPTÍDICA La síntesis de una cadena polipeptídica en una proteína trans- curre en tres etapas conocidas como iniciación, alargamiento o elongación y terminación. En estas son imprescindibles las unidades ribosómicas donde tiene lugar la traducción de la secuencia de ribonucleótidos del mRNA a una secuencia de aminoácidos específica para cada proteína. El mensaje conte- nido en el mRNA se lee en sentido 59 a 39. El proceso comienza en el extremo 59 con la incorporación del primer aminoácido de la cadena polipeptídica o residuo amino terminal y concluye con la del carboxilo terminal de la proteína. En organismos eucariotas, el mRNA se sintetiza en el interior del núcleo, de la célula, y una vez realizada su maduración (v. cap. 24) se trans- porta al citoplasma, que es donde tiene lugar el proceso de traducción. En organismos procariotas la transcripción y la tra- ducción pueden realizarse de forma simultánea, ya que en la mayoría de los casos no se requiere la maduración del mRNA. 25.4.1. Mecanismo de iniciación La iniciación de la síntesis proteica es un mecanismo muy preciso que requiere la colaboración de distintos factores en la maquinaria de la traducción. Intervienen distintas moléculas iniciadoras y otros componentes, entre los que se encuentran tRNA, rRNA, mRNA, GTP y ATP, y aminoácidos. Los factores de iniciación facilitan el ensamblaje de los componentesque forman parte del complejo de iniciación. En los procariotas son sólo tres los que intervienen (IF-1, IF-2 y IF-3). En eucariotas el mecanismo es más complejo y requiere la participación de más de 10 factores de iniciación (eIF). Estos factores actúan como catalizadores o estabilizadores de las estructuras moleculares que se van formando. Hay dos mecanismos clave en todo este proceso: la activación del mRNA y la formación del complejo de iniciación. La iniciación requiere que los ribosomas se disocien en sus subunidades 40S y 60S (fig. 25.5A). Para evitar su reasociación, los factores eIF3 y eIF1A se unen previamente al 40S. En un primer paso, el GTP se une al eIF2 formando un complejo binario encargado de unirse al met-tRNA y dar lugar a un complejo ternario que, a su vez, se une a la subunidad 40S y da lugar al complejo 43S o complejo de preinicio (fig. 25.5A). El factor eIF-2 está formado por las subunidades a, byg, y es importante para el control del inicio de la síntesis proteica en eucariotas. Cuatro proteína quinasas conocidas como HCR (hemecontrolled repressor kinase), PKR (dsRNAdependent protein kinase), PERK (protein kinase RNAlike endoplasmic reticulum kinase) y GCN2 (general control nonderepressible 2 kinase) son las encargadas de la fosforilación de eIF2 en un residuo de serina en la subunidad a. La fosforilación de eIF-2 evita la formación del complejo de preinicio 43S y bloquea la síntesis de la proteína. Una vez unido al mRNA, este com- plejo debe integrar el codón de iniciación para dar lugar al macrocomplejo 48S. El triplete AUG en el mRNA sirve como identificación del marco de lectura al que se une el met-tRNA. La consecución del proceso de la traducción requiere una activación previa del mRNA para su unión al complejo de preini- cio 43S. El extremo 59 de la mayoría de las moléculas de mRNA en las células eucariotas presentan la caperuza o cap (v. cap. 24), necesaria para su unión a la subunidad 40S del complejo. Esta unión transcurre con la hidrólisis de ATP y el concurso de varios factores de iniciación que son el eIF-4E y el complejo eIF-4G- eIF-4A, cuyo conjunto constituye el complejo proteico eIF-4F (fig. 25.5B). Una vez formado este complejo que incluye el mRNA, se realiza la unión, con gran afinidad entre el factor eIF4G y el eIF3, previamente unido a la subunidad 40S. El reconocimiento del cap del mRNA por parte del factor eIF4E se regula por mecanismos de fosforilación a nivel de un residuo de la serina en posición 209 o de la treonina en 210. Aminoácido+ATP+tRNA→ami- noacil-tRNA+AMP+PPi Capítulo 25 Código genético y síntesis de proteínas 351 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. El factor eIF4E en su forma fosforilada se une con gran afinidad al cap del mRNA y comienza así la iniciación de la síntesis proteica. La fosforilación de elF-4E es estimulada por la in- sulina y factores de crecimiento mitogénicos, como el IGF-1 (insulinlike growth factor 1), el PDGF (plateletderived growth factor), la interleucina-2 y la angiotensina II, y participa en dicho mecanismo un componente de la vía de las MAP quinasa. Existe otro mecanismo de regulación de la actividad de eIF-4E a través de su unión a una serie de proteínas, como 4F-BP1, y su posterior inhibición. El complejo de unión elF-4E-BP1 impide la interacción entre este y eIF-4G para formar eIF-4F, lo que conduce a la inhibición de la iniciación de la traducción. La fosforilación de BP-1 por la insulina y otros factores de crecimiento permite su disociación de elF-4E, lo que explica el efecto inductor que tiene esta hormona sobre la etapa postranscripcional de la síntesis proteica en tejidos como el hígado, el músculo y el tejido adiposo. Una vez unido el complejo de preinicio 43S con el cap de mRNA, se produce una reducción de la estructura secundaria próxima al extremo 59, mediante la unión del factor eIF4B y de la acción de una helicasa 4B (fig. 25.5C). Una vez estabilizado el complejo, se inicia la búsqueda del codón de iniciación AUG Fig. 25.5 Formación del complejo de iniciación en la síntesis de proteínas. A. Formación del complejo ternario met-tRNA-GTP-eIF2 y unión a la subunidad 40S con los factores eIF3 y eIF1A. B. Activación de la cadena de mRNA con el cap y cola de poliA, mediante reacción con los factores eIF4A, 4E, 4B y 4G, y PAB1 para la formación del complejo de preinicio. C. Complejo 48S, unido al complejo ternario Met-tRNA-eIF2-GTP, asociado a la subunidad 40S. D. Localización del triplete de inicio AUG y unión del Met-tRNA. Mediante el factor eIF5 se realiza la hidrólisis de GTP y la unión del complejo 48S a la subunidad 60S para formar el complejo definitivo y activo 80S. 352 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica en el mRNA, localizado cerca del extremo 59, produciéndose la unión codón-anticodón mediante enlaces de hidrógeno entre bases complementarias. En el extremo 39 del mRNA existe la cola de poliA (véase cap. 24) que se combina con la proteína PAB1 y con eIE-4G de eIF-4F, unido al cap del extremo 59. Esto estimula y contribuye a la unión de la subunidad 40S al extremo 59 del mRNA, de forma sinérgica a la unión favorecida por el cap (fig. 25.5C), por ello cubierta y cola actúan sinérgicamente para la síntesis de proteínas. El complejo 48S se combina con la subunidad 60S, for- mándose el complejo de iniciación 80S definitivo y activo (fig. 25.5D). Esta interacción utiliza la hidrólisis de GTP unido al eIF-2 por eIF-5, y se liberan los factores de iniciación unidos al complejo de 48S (estos factores se reciclan), y las subunidades 40S y 60S se unen formando el ribosoma 80S (fig. 25.5D). 25.4.2. Formación del enlace peptídico y elongación de la cadena polipeptídica Como se muestra en la figura 25.6, en el complejo ribosómico 80S existen tres sitios de interacción con el aminoacil-tRNA entrante, el saliente y el sitio peptidil-tRNA unido a la cadena polipeptídica en crecimiento. Estos lugares se conocen como A, E y P, respectivamente, y están situados sobre tripletes cam- biantes a medida que la maquinaria ribosómica se desplaza a lo largo de la cadena de mRNA en sentido 59 → 39. La secuencia de la cadena polipeptídica en la etapa de elon- gación viene determinada por el orden de codones del mRNA. Este proceso comprende varios pasos cíclicos que requieren la acción de diferentes actividades enzimáticas, además de la presencia de factores de elongación (eEF). Una vez situado el aminoacil-met-tRNA sobre el codón de iniciación AUG en el sitio P del ribosoma (complejo de inicia- ción funcional), se incorporan de forma progresiva el resto de los aminoacil-tRNA, situándose en el sitio A, según secuencia del mRNA. Para la unión del correspondiente aminoacil-tRNA al sitio A, es necesaria la participación del factor de elonga- ción eEF1A, que forma un complejo ternario con GTP y el aminoacil-tRNA recién incorporado. La actividad GTPasa de la subunidad 60S del ribosoma produce la hidrólisis del GTP, proporcionando la energía necesaria para inducir un cambio conformacional en el ribosoma que aumenta así su afinidad de unión por el aminoacil-tRNA. Una vez situado correctamente en el sitio A se libera el complejo eEF1A-GDP y fosfato inor- gánico (fig. 25.6). El grupo carboxilo del met-tRNA o aminoacil-tRNA (de- pendiendo si es en el primero o en ciclos consecutivos de elon- gación) situado en el sitio P sufre un ataque nucleofílico por parte del grupo a-amino del aminoacil-tRNA entrante que acaba de situarse sobre el sitio A. La reacción es catalizada por una peptidil tansferasa que se localiza en la subunidad 60S del ribosoma (actividad ribozima del RNA). El resultado de esta reacción es la transferencia de la metionina del met-tRNA al aminoacil-tRNA en el sitio A, formándose así el primer dipeptidil-tRNA. El tRNA que estaba unido a la metionina queda libre sobre el sitio P y se prepara para sutranslocación hacia el sitio E o lugar de salida. El complejo ribosómico se desplaza avanzando a lo largo de la secuencia de la cadena del mRNA y cambiando la posición del peptidil-tRNA que pasa Fig. 25.6 Elongación de la cadena polipeptídica. Sobre el sitio P se sitúa la cadena proteica en crecimiento. El si- tio A recibe al aminoacil-tRNA entrante con la ayuda del factor de elongación eEF1A y GTP. La cadena polipeptídica se enlaza con el aminoácido recién incorporado en el sitio A y el tRNA desacilado pasa al sitio E de salida. El factor de elongación eEF2 facilita el desplazamiento del peptidil-tRNA con el nuevo aminoácido del sitio A al sitio P. La hidrólisis de eEF2-GTP genera la energía necesaria para la traslación ribo- sómica de tres nucleótidos en sentido 39 sobre la cadena de mRNA y dejándolos al descubierto para recibir al siguiente aminoacil-tRNA. Capítulo 25 Código genético y síntesis de proteínas 353 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. del sitio A al P, dejando a la vista otro nuevo codón para la recepción y la unión del siguiente aminoacil-tRNA, que será engarzado al extremo C-terminal de la cadena polipeptídica en crecimiento. En el desplazamiento del peptidil-tRNA al sitio P y la formación del enlace peptídico interviene el factor de elongación eEF2, previamente unido al GTP (eEF2-GTP), de modo que la hidrólisis del GTP para formar eEF2-GDP es la responsable del desplazamiento sobre la cadena de mRNA. 25.4.3. Terminación de la síntesis proteica En el código genético existen tres codones de terminación o stop (fig. 25.2) que no reconocen ningún aminoacil-tRNA, no permitiendo la incorporación de ningún aminoácido. Estos codones son UAA, UAG y UGA (fig. 25.2). Cuando alguno de estos codones aparece sobre el sitio A del ribosoma 80S, el factor de liberación eRF1 se sitúa sobre el codón incorporándose al complejo el eRF3 unido previamente a GTP. A continuación se produce la hidrólisis del peptidil-tRNA y la liberación de la cadena polipeptídica recién sintetizada. La peptidil transferasa con actividad esterasa es la encargada de hidrolizar el enlace que une la cadena polipeptídica ya completada con el tRNA del lugar P. Es entonces cuando tiene lugar la disociación del ribosoma 80S en sus dos subunidades 60S y 40S, así como la liberación de la cadena de mRNA (fig. 25.7). Una misma cadena de mRNA puede unirse a distintas unidades ribosómicas para su traducción simultánea. Los ri- bosomas van avanzando a lo largo de la secuencia de mRNA, uno detrás de otro, formando una cadena. El tamaño de los distintos complejos 80S asociados a una cadena de mRNA es considerable, por lo que debe existir y mantenerse una dis- tancia aproximadamente de 100 nucleótidos entre ellos. Así, el conjunto de varios ribosomas unidos a una cadena de mRNA se denomina polirribosomas o polisoma (fig. 25.8). Los ribosomas activos pueden estar unidos a la membrana del retículo endo- plásmico rugoso (RER), llamado así precisamente por el aspecto que estos le confieren cuando se observa al microscopio elec- trónico. Es aquí donde se sintetizan las proteínas lisosómicas. Por el contrario, las proteínas citosólicas, mitocondriales, nu- cleares y peroxisómicas se sintetizan en ribosomas libres. 25.5. PROCESAMIENTO POSTRADUCCIONAL DE LAS PROTEÍNAS Los distintos tipos de proteínas sintetizadas como una larga cadena de aminoácidos (estructura primaria) deben ser modi- ficadas en menor o mayor grado antes de adquirir su funciona- bilidad biológica. Algunos polipéptidos recién sintetizados se pliegan adoptando una estructura final sin más modificación. Sin embargo, la mayor parte de las proteínas experimentan modificaciones notables en su estructura. Esto afecta a proteínas enzimáticas, hormonas peptídicas, moléculas transportadoras y extracelulares con función estructural. Entre las modificaciones postraduccionales más frecuentes se encuentran las siguientes: j Eliminación en el extremo Nterminal de la metionina y los péptidos señal. Este mecanismo se observa en aque- llas proteínas que son sintetizadas y liberadas en forma de proteínas inactivas o preproteínas que adquieren su función biológica por proteólisis específica. Es frecuente encontrar este mecanismo de regulación en diversos tipos de enzimas conocidas como proenzimas o zimógenos. j Glucosilación. La unión de residuos de carbohidratos a las cadenas polipeptídicas una vez traducidas constituye otra forma de modificación postraduccional, aunque este tipo de modificación no siempre se traduce en una ganancia de la función de la proteína. j Hidroxilación. La incorporación de grupos hidroxilo (–OH) en la estructura de determinados aminoácidos es esencial para completar la maduración y la función de ciertas Fig. 25.7 Proceso de terminación de la cadena polipeptídica. Sobre los codones de terminación aparecidos en el sitio A se sitúan los factores de liberación eRF1 y eRF3 unido a GTP, que proporciona la energía para la re- acción de hidrólisis de la liberación de tRNA y la cadena polipeptídica recién sintetizada. 354 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica proteínas. La hidroxilación de prolina a 4-hidroxiprolina o de lisina a hidroxilisina se lleva a cabo por hidroxilasas muy es- pecíficas localizadas en el RER que reconocen secuencias específicas de aminoácidos para llevar a cabo esta reacción. Este tipo de modificación adquiere especial importancia en las proteínas del tejido conjuntivo, tales como el colágeno y la elastina. La vitamina C (ácido ascórbico) es un mediador en este tipo de reacciones, por lo que su deficiencia, por ingesta insuficiente (escorbuto) es causa de fragilidad en los vasos sanguíneos y retraso en la cicatrización de las heridas, al fallar la síntesis correcta de las proteínas de sostén. j Fosforilación. Los mecanismos de modificación por fos- forilación son imprescindibles para la adecuada función y regulación de numerosas proteínas del metabolismo in- termediario. En la transmisión de señales entre moléculas, las fosforilaciones de aminoácidos específicos desempeñan un papel muy importante para la activación de receptores e interacción proteína-proteína. De esta función se encargan varias proteinquinasas localizadas en distintos compar- timentos celulares y que fosforilan normalmente Tyr, Ser o Thr. j Metilación. Diversas enzimas del grupo de las metiltrans- ferasas son las encargadas de incorporar grupos metilo en determinados aminoácidos. La metilación es una forma de marcaje de proteínas previamente dañadas para su de- gradación. Los aminoácidos frecuentemente metilados son el aspartato, la lisina y la histidina. j Acilación. La acilación de péptidos y proteínas representa un mecanismo destinado a su ubicación en determinados compartimentos celulares. La acilación consiste en estable- cer enlaces amida entre un ácido graso, normalmente al ácido mirístico (14:0), en cuyo caso se llama miristilación, y un residuo de glicina en el extremo aminoterminal de la cadena polipeptídica. Este tipo de modificación lipídica se asocia a la activación de proteínas G, ya que incrementan la afinidad de la subunidad alfa de la proteína G por las subu- nidades beta y gamma unidas a la membrana celular. Otra modalidad de este tipo de modificaciones es la prenilación. j Enlaces disulfuro. Se establecen enlaces disulfuro entre residuos de cisteínas más o menos alejadas a lo largo de la estructura primaria de una proteína, y desempeñan una fun- ción importante en la estabilidad de su estructura terciaria. Los enlaces disulfuro se producen de forma espontánea en el lumen del retículo endoplásmico liso (REL). Las proteínas con este tipo de enlaces suelen localizarse en las membranas celulares o ser segregadas al especio extracelular, donde el ambiente es más oxidante. En el interior de la célula, debido a la presencia de agentes reductores y antioxidantes,tales como el glutatión reducido o la tiorredoxina, el manteni- miento de los enlaces disulfuro se encuentra dificultado. j Splicing. Es un mecanismo por el se corta de forma precisa una secuencia peptídica dentro de una proteína, separando dicho fragmento intermedio, con la posterior unión entre los ex- tremos N-terminal y C-terminal de los fragmentos colindantes. En el direccionamiento de las proteínas hacia el destino final donde ejercen su función biológica intervienen diversos meca- nismos moleculares que, a decir verdad, son a día de hoy poco conocidos. Quizá el más explorado haya sido el papel del péptido señal que dirige el camino de aquellas proteínas que forman parte de las membranas celulares y de orgánulos, o bien de aquellas que se sintetizan para ser exportadas. Un péptido señal es una cadena de aminoácidos unida a las proteínas en la fase de elongación y que de esta forma facilita el ensamblaje de esta proteína en una estructura membranosa determinada. La partícula de reconoci- miento señal (PRS) es un complejo formado por seis proteínas y una fracción pequeña de RNA. Esta estructura permite la unión del ribosoma al RER a través de una proteína de atraque o proteí- na receptora de PRS. Con ello se consigue la unión del ribosoma al complejo denominado traslocón en la membrana del RER. Cuando finaliza la traducción de la proteína, el péptido señal es eliminado por una peptidasa del RER. Las proteínas, en su estado de estructura primaria, pueden adoptar la configuración tridimensional o plegada bajo deter- minadas condiciones favorables. Este plegamiento, así como la direccionalidad de las proteínas, está regulado por un grupo de proteínas colaboradoras que reciben el nombre de chaperonas. Fig. 25.8 Esquema de la estructura de un polirribosoma. Varios ribosomas se unen a la cadena del mRNA para traducir simultáneamente su mensaje genético. Capítulo 25 Código genético y síntesis de proteínas 355 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. Estas moléculas guardan mucha relación con las proteínas de choque térmico (heat shock proteins, Hsp) y están presentes en todos los organismos (v. cap. 2). Las chaperonas se han aislado de distintos orgánulos intracelulares, como las mitocondrias, los cloroplastos o el retículo endoplásmico, y la homología entre ellas es bastante alta. Las familias de chaperonas más destacadas son las Hsp70 y las Hsp60, cuya actuación en el proceso de plegamiento proteico es secuencial. Las chaperonas promueven el plegamiento de las proteínas nacientes y además dirigen el replegamiento de la proteína parcialmente desnaturalizada por situaciones o maniobras agresivas. Si el replegamiento ya es imposible, las chaperonas promueven la degradación de la proteína afectada. 25.6. FACTORES REGULADORES DE LA TRADUCCIÓN Como es de esperar, los mecanismos que controlan la traducción genética en los seres eucariotas son bastante más complejos que en los procariotas. En las células eucariotas, no obstante, quedan muchos aspectos por resolver, aunque existe consenso sobre una serie de factores bastante bien establecidos y aceptados. Uno de los puntos de control de la traducción reside en el hecho de ser un mecanismo compartimentado y de la necesidad de la translocación del mRNA, desde el núcleo hacia el citoplas- ma. De hecho, el transporte desde el núcleo y la estabilidad del mRNA en el citoplasma son aspectos de gran importancia. Este fenómeno es selectivo para aquellas moléculas de mRNA que son finalmente traducidas a proteínas y excluye a las secuencias intrónicas de la molécula. No todos los mRNA producidos en el interior del núcleo son exportados hacia el citoplasma. El proceso está controla- do y también es costoso desde el punto de vista energético, y requiere la presencia de una caperuza en 59 y una cola Poli A en 39 en el mRNA. En el control de la traducción intervienen proteínas represoras que bloquean este mecanismo al unirse a regiones específicas del mRNA, generalmente próximas a la región 59 y que se conocen como elementos de respuesta a un determinado factor. Un ejemplo muy representativo es el que se da cuando aumenta la concentración de hierro en el hepa- tocito y se produce la liberación de la proteína que reprime la traducción del mRNA de la ferritina. Al liberarse esta proteína inhibidora se activa la síntesis de ferritina encargada de unirse al metal evitando así su acúmulo intratisular y la generación de lesiones por acúmulo de radicales libres hidroxilo (–OH) inductores del estrés oxidativo. Otras situaciones estresantes o agudas, como los golpes de calor, las infecciones víricas o la ausencia de factores de crecimiento activan la fosforilación del factor eIF-2, y como consecuencia, disminuye la traducción de determinadas proteínas mientras otras se ven estimuladas. RESUMEN 1. El código genético guarda una información de ex traordinario valor biológico, cifrada en la secuencia nucleotídica del DNA como dogma universal de los seres vivos. 2. En el proceso de la transmisión genética, el mensaje codificado en el DNA se transforma en un transcrito de mRNA como paso previo de la traducción de un lenguaje en clave de nucleótidos a una secuencia de aminoácidos que conforman una cadena polipeptí dica. 3. En el proceso de iniciación, elongación y terminación de la síntesis de proteínas intervienen numerosos facto res proteicos y coenzimáticos, y tiene lugar el consumo de energía en forma de ATP. 4. Durante la traducción, el mRNA es procesado por las subunidades ribosómicas para la lectura de la secuencia de codones que definen el orden de llegada de los dis tintos aminoaciltRNA al lugar diseñado para el es tablecimiento del enlace peptídico. 5. Una vez finalizada la síntesis de una proteína, su es tructura primaria experimenta diversas modificaciones postraduccionales que definirán su destino y función biológica. Bibliografía Aitken CE, Lorsch JR. A mechanistic overview of translation in eukaryotes. Nat Struct Mol Biol. 2012;19:568-78. Crick FH, Barnett L, Brenner S, Watts-Tobin RJ. General nature of the genetic code for proteins. Nature. 1961;192:1227-32. Harding JJ, Crabbe MJC, editors. Post-Translational modification of proteins. Boca Raton: CRC Press; 1992. Hinnebusch AG. Molecular mechanism of scanning and start codon selection in eukaryotes. Microbiol Mol Biol Rev. 2011;75:434-67. Jackson RJ, Hellen CU, Pestova TV. Termination and post-termination events in eukaryotic translation. Adv Protein Chem Biol. 2012;86:45-93. Jenni S, Ban N. The chemistry of protein synthesis and voyage through the ribosomal tunnel. Curr Opin Struct Biol. 2003;13:112-219. Klaholz BP. Molecular recognition and catalysis in translation termination complexes. Trends Biochem Sci. 2011;36:282-92. Koonin EV, Novozhilov AS. Origin and evolution of the genetic code; the universal enigma. IUBMB Life. 2009;61:99-111. Lorsch JR, Dever TE. Molecular view of 43S complex formation and start sit selection in eukaryotic translation initiation. J Biol Chem. 2010;285:2123-7. Zahler HS, Green R. Fidelity at the molecular level: lessons from protein synthesis. Cell. 2009;136(4):746-62. Capítulo 25 Código genético y síntesis de proteínas 355.e1 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. AUTOEVALUACIÓN 1. Se dice del código genético que es parcialmente degenerado. ¿Cuál es el significado de esta característica? a. No existe una estrecha relación entre el mensaje genético y la estructura primaria de proteínas. b. La iniciación de la traducción del mensaje es ambigua y aleatoria. c. La mayoría de los aminoácidos están codificados por varios co- dones. d. Un solo codón puede codificar para varios aminoácidos. e. Las señales de identificación de los aminoácidos en el proceso de la traducción difiere de unas especies a otras. Correcta: c. Esto significa que un mismo aminoácidopuede estar codificado por varios codones diferentes. Esta propiedad del código genético se conoce como degeneración. 2. De los siguientes procesos de transformación, indique el que se refiere a la traducción. a. DNA a RNA. b. Proteína a RNA. c. RNA a proteína. d. Aminoácido a RNA. e. RNA a DNA. Correcta: c. La transmisión de la información genética comprende varias etapas que traducen el mensaje codificado en la estructura del DNA en una secuencia polipetídica. El DNA produce una copia de su cadena en forma de RNA, proceso que se conoce como trans- cripción. A continuación la secuencia de nucleóticos de éste se traduce en una secuencia de aminoácidos que forman las proteínas mediante el proceso conocido como traducción. 3. Uno los siguientes componentes no forman parte del complejo de preiniciación 43S en la traducción del mRNA: a. met-tRNA. b. Subunidad ribosómica 40S. c. Complejo binario GTP-eIF-2. d. mRNA. e. eIF3-eIF1A. Correcta: d. La iniciación de la síntesis proteica requiere que los ribosomas se disocien en sus subunidades 40S y 60S. Esta disociación es mantenida por los factores eIF3 y eIF1A. En una primera etapa, el GTP se une a eIF2 que posteriormente se une a al met-tRNA cons- tituyendo el complejo ternario encargado de unirse a la subunidad 40S y formar así el complejo de preinicio 43S. La unión del mRNA tiene lugar con posterioridad a la formación de este complejo. 4. ¿Que consecuencia tiene la fosforilación del factor de iniciación eIF-2? a. Activación de su función catalizadora. b. Unión a la subunidad ribosómica 43S. c. Inhibición de la formación del complejo de preinicio 43S y blo- queo de la síntesis de proteína. d. Reagrupación de las subunidades 40 y 60S. e. Identificación del codón AUG de iniciación. Correcta: c. El factor de iniciación eIF-2 está formado por tres su- bunidades a, b y g. Cuatro proteinquinasas conocidas como HCR, PKR, PERK y GCN2 se encargan de su fosforilación en un residuo de serina en la posición 51 de la cadena polipeptídica. Al fosforilarse eIF-2 evita la formación del complejo de preinicio 43S y por lo tanto se inhibe la síntesis de proteínas. 5. El orden de llegada de los aminoacil-tRNA al sitio A en el ribosoma lo predice: a. La secuencia nucleotídica del DNA. b. La subunidad ribosómica 60S. c. El factor de iniciación eIF-4. d. La secuencia de codones en el mRNA. e. Las distintas aminoacil-tRNA sintetasas. Correcta: d. En el complejo ribosómico 80S existen tres lugares de interacción conocidos como sitio A, para la unión del aminoacil-tRNA entrante, el E, para el t-RNA saliente y el P donde se sitúa el peptidil- tRNA. Estos están situados sobre tripletes cambiantes a medida que la maquinaria ribosómica se desplaza a lo largo de la cadena de mRNA en sentido 59 a 39. La secuencia de la cadena polipeptídica en la etapa de elongación viene determinada por el orden de los codones que quedan al descubierto en el sitio A del mRNA.
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