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323 Cap í tu lo © 2014. Elsevier España, S.L. Reservados todos los derechos 23 DNA: replicación y reparación Marta Viana Arribas OBJET IVOS DE APRENDIZAJE ● Entender la importancia de la transmisión de la información genética. ● Comprender los mecanismos de replicación del DNA, tanto en procariotas como en eucariotas, con toda la maquinaria enzimática y no enzimática necesaria. ● Reconocer los posibles daños que puede sufrir el DNA, así como sus mecanismos de reparación. 23.1. INTRODUCCIÓN Un aspecto que distingue a los seres vivos es la capacidad de transmitir sus características a la descendencia, y de reprodu- cirse para generar nuevos organismos que son esencialmente idénticos al progenitor, si bien poseen algunas propiedades individuales que los diferencian del resto. Es decir, aunque todos los seres vivos se diferencian entre sí, existe una uniformidad de características entre los individuos de la misma especie que se mantiene y transmite de generación en generación. Para conseguir la formación de un nuevo ser vivo, funcional y con toda su complejidad, la célula progenitora debe sufrir sucesivas divisiones. Es evidente que la célula progenitora debe poseer toda la información, denominada información genética, necesaria para generar un individuo de su misma especie. La información genética debe ser estable y transmitirse en cada proceso de división celular, completa y con suficiente exactitud para que el nuevo individuo posea las propiedades fundamenta- les idénticas a las de la célula progenitora, pero con cierto grado de flexibilidad que permita las variaciones interindividuales. La replicación (fig. 23.1) tiene como objetivo la transmisión de la información genética de célula a célula y de generación en generación. Es, por tanto, un proceso previo a la división celular en el que se duplica el DNA de una célula para formar nuevas moléculas, las cuales se reparten equitativamente entre cada una de las dos células hijas que se forman en el proceso de la división celular. La replicación debe ser un proceso extremadamente preciso, para garantizar que la transmisión de la información a las células hijas sea fundamentalmente idéntica a la de la célula parental. Pero a la vez, es flexible como para permitir una pequeña tasa de mutaciones que propician el proceso evolutivo, y determinan las diferencias individuales de los organismos. El DNA debe ser copiado de forma precisa en el proceso de replicación, pero también debe mantenerse estable durante toda la vida de la célula. Sin embargo, a pesar de su alta estabilidad química, el DNA está sometido a múltiples agresiones capaces de dañarlo, por lo que existen también mecanismos concretos para su reparación. A su vez, la diversidad génica se favorece por reordenación de la información genética mediante procesos denominados recombinación del DNA (v. cap. 27), en los que se intercambian segmentos de DNA entre cromosomas homólogos. 23.2. CARACTERÍSTICAS GENERALES DE LA REPLICACIÓN La replicación está ligada al ciclo celular, y debe ser completa y precisa a la vez que flexible. La fidelidad de la copia del DNA está facilitada por el modelo de estructura del DNA propues- to por Watson y Crick en 1953. El hecho de que el DNA esté formado por dos cadenas de desoxirribonucleótidos unidos por enlaces de hidrógeno entre bases complementarias permite que la secuencia de una cadena sirva como molde para la síntesis de su cadena complementaria. De esta forma se completa una doble cadena de DNA idéntica a la progenitora, formada por hebra parental y otra de nueva síntesis (utilizando la primera como molde). Este proceso se denomina replicación semiconser vativa, ya que cada una de las cadenas parenterales permanece intacta (conservada), aunque ahora ensamblada con una cadena de nueva síntesis. Fueron Meselson y Stahl, en 1858, los que me- diante el uso de dos isótopos de nitrógeno, 14N (la forma común) y 15N (forma pesada) y centrifugación en gradiente de densidad (fig. e23.1) demostraron experimentalmente en E. coli que la replicación seguía un modelo semiconservativo (fig. 23.2A) y no conservativo (fig. 23.2B) ni dispersivo (fig. 23.2C). La replicación es bidireccional, y en el caso de los proca- riotas comienza en un sitio específico denominado origen de replicación (ORI), mientras que en eucariotas existen varios orígenes de replicación. En el origen o los orígenes se produce la apertura de la doble hélice, y desde este punto comienza la síntesis simultánea de las dos nuevas hebras a la misma veloci- dad y en ambos sentidos, generando una burbuja de replicación, que va aumentando de tamaño según avanza el proceso de replicación, formándose unas estructuras que recuerdan a la letra griega theta (u) (fig. 23.3). A cada una de las zonas de intersección entre las regiones no replicadas y las ya replicadas del DNA se le denomina horquilla de replicación. A partir de este punto, la replicación podría producirse en una sola dirección hasta completarse la copia al llegar de nuevo al sitio de origen, o en ambas direcciones, de forma simultá- nea hasta llegar al punto diametralmente opuesto al origen. La bidireccionalidad del proceso fue determinada a través de experimentos de marcaje radiactivo utilizando timina tritiada 324 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica (3H), que al ser un compuesto que solo se incorpora al DNA, produce un marcaje muy específico que permite localizarlo por medio de autorradiografía (fig. e23.2). El DNA se replica mediante la acción de enzimas denomi- nadas DNA polimerasas (DNApol). Éstas catalizan la síntesis de la hebra complementaria, utilizando una hebra simple de DNA como molde, al ir incorporando los desoxirribonucleótidos adecuados siempre en dirección 59 → 39, ya que como casi todas las polimerasas, sólo pueden incorporar nuevos nucleótidos en el extremo 39–OH libre de un polinucleótido ya existente. Dado que la DNA polimerasa sólo puede sintetizar la hebra de DNA en dirección 59 → 39, la copia de la hebra parental que se extiende en dirección 59 → 39 tiene lugar mediante la denominada replicación semidiscontinua (fig. 23.4). Las dos hebras parentales se replican en sentidos opuestos, de modo que la hebra continua o conductora es la que se sintetiza de forma continua a medida que avanza la horquilla de replicación, y la hebra discontinua o retrasada, la que se sintetiza de forma dis- continua también en dirección 59 → 39. Los fragmentos que se generan, denominados fragmentos de Okazaki, posteriormente se unen covalentemente. Fig. 23.2 Posibles modelos de replica- ción. A. Semiconservativo, donde cada célula hija posee una cadena de la célu- la progenitora y otra de nueva síntesis. B. Conservativo, donde un célula hija posee toda la información de la célula parental, y la otra posee la doble cadena de nueva síntesis. C. Dispersivo, ambas células hijas poseen fragmentos de la célula proge- nitora y fragmentos de nueva síntesis. Fig. 23.3 Esquema de la burbuja de replicación en el DNA de origen procariota, donde se observa la formación de las dos horquillas de replicación que avanzan en ambos sentidos de forma simultánea. Estructura que recuerda a la letra griega theta (u). Fig. 23.1 Flujo de la información genética, donde se representan los procesos en los que está implicado el DNA, resaltando el proceso de replicación. Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 325 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. 23.3. REQUERIMIENTOS PARA LA REPLICACIÓN En todos los organismos, los requerimientos generales para la síntesis de DNA son los mismos: una cadena sencilla de DNA molde, para garantizar que la secuencia de la cadena de nueva síntesis sea idéntica a la complementaria y que, por tanto, la nueva molécula de DNA sea igual que la de DNA original. Los cuatro desoxirribonucleótidos en su forma trifosfato (dNTP, donde N puedeser la adenina, la guanina, la citosina o la ti- mina). Un cebador o iniciador es un fragmento de RNA que sirve como punto de arranque. Para la síntesis del cebador se requieren, por tanto, los cuatro ribonucleótidos en su forma trifosfato (NTP, donde N puede ser la adenina, la guanina, la citosina o el uracilo). Además, para completar el proceso de replicación se requiere Mg2+, que actúa como cofactor metálico estabilizando la estructura de los dNTP, y ATP. De hecho, la replicación es energéticamente muy costosa, y requiere energía no sólo para formar los enlaces covalentes de polimerización de nucleótidos, sino también para desenrollar la doble hélice del DNA y permitir así que cada una de las cadenas sirva como molde para la construcción de sus correspondientes cadenas complementarias. La maquinaria enzimática para la replicación del DNA es muy compleja, y la principal acción enzimática requerida es la de la DNA polimerasa encargada de la unión de los dife- rentes nucleótidos, siguiendo la secuencia del DNA molde. Además, existen otras muchas enzimas y proteínas necesarias para completar el proceso. En la tabla 23.1 se enumeran las principales enzimas necesarias para que se lleve a cabo el pro- ceso de replicación del DNA en organismos procariotas, con la función que realizan cada una de ellas, así como otras proteínas necesarias, como las proteínas de iniciación, o las proteínas de unión a DNA de cadena sencilla. 23.4. PROCESO DE REPLICACIÓN El proceso de replicación es complejo. Inicialmente se describió en organismos procariotas, concretamente en E. coli, y pos- teriormente se propusieron las diferencias más significativas con los sistemas eucariotas. Aquí se describen en este orden. El proceso consta de varios pasos: reconocimiento del origen de replicación y apertura de la hélice de DNA; síntesis de una pequeña cadena de RNA que actúa como cebador; la síntesis de la cadena de DNA complementaria a su molde; unión de los fragmentos de Okazaki de la hebra discontinua; y/o posterior superenrollamiento del DNA. A continuación se describen estas etapas. 23.4.1. Reconocimiento del origen de replicación y apertura de la hélice de DNA El proceso se inicia con el reconocimiento del origen de re- plicación en el DNA circular de procariotas (varios orígenes de replicación en el DNA lineal de eucariotas) denominado Ori C, y que consta de un mínimo de 245 pares de bases. El Fig. 23.4 Replicación semidisconti- nua del DNA, donde se observa que ambas cadenas son sintetizadas en dirección 59 → 39, pero en el caso de la cadena discontinua, a través de la formación de fragmentos de Okazaki. Tabla 23.1 Proteínas y enzimas implicadas en el proceso de replicación del DNA en organismos procariotas Proteínas y enzimas Función Proteínas de iniciación (dnaA, dnaB, dnaC, HU, n, n9, n0 e i) Se unen al origen de replicación y separan las cadenas de DNA para iniciar la replicación Helicasas (helicasa II y proteína rep) Desenrollan el DNA en cada horquilla de replicación Proteínas de unión a cadena sencilla (SSB) Se unen al DNA de cadena sencilla impidiendo que se vuelva a enrollar Topoisomerasa II (DNA girasa) Libera las tensiones generadas al abrirse la doble hélice Primasa (dnaG) Sintetiza los cebadores que proporciona el extremo 39-OH necesario para síntesis DNA polimerasas III Sintetiza la hebra complementaria a partir del cebador DNA polimerasa I Elimina los cebadores sustituyéndolos por desoxirribonucleótidos Repara errores DNA ligasa Une los fragmentos de Okazaki generando un enlace fosfodiéster 326 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica Ori C es reconocido por la proteína iniciadora, dnaA, que pro- mueve la unión progresiva y altamente cooperativa de todas las enzimas y proteínas necesarias para continuar el proceso de replicación. En primer lugar, en este complejo, junto con la proteína HU, se inicia la apertura de las dos hebras de DNA, para posteriormente, con la participación de la proteína dnaC, añadirse al complejo la proteína dnaB (una helicasa), que por su actividad helicasa, crea una pequeña burbuja de inicio, utili- zando la energía de hidrólisis del ATP. La burbuja es estabilizada por la interacción de otras proteínas denominadas de unión a DNA monocatenario o SSB (Single Strand Binding Proteins). 23.4.2. Síntesis del cebador e iniciación del proceso de síntesis del DNA La síntesis del cebador se inicia con la formación de un com- plejo que incorpora las proteínas dnaB y dnaC, al cual se añaden cuatro proteínas adicionales (n, n9, n0 e i). Al incorporarse la primasa, o proteína dnaG, el complejo se convierte en un pri- mosoma (fig. 23.5). El primosoma interacciona con un molde en cada una de las dos horquillas del DNA comenzando la síntesis del cebador, que aporta un extremo 39–OH sobre el que la DNA polimerasa incorpora los desoxirribonucleótidos. El cebador es un fragmento de 1 a 60 ribonucleótidos (depen- diendo de la especie), complementarios a la cadena molde de DNA (fig. 23.6), sintetizado por la primasa, que a diferencia de la DNA polimerasa, no necesita un extremo 39–OH para unir el primer nucleótido. Para la síntesis de la hebra discontinua se requieren numerosos cebadores, mientras que solo se necesita uno para la síntesis de la hebra continua. Sin embargo, el DNA maduro no contiene ningún fragmento de RNA, porque el cebador debe ser reemplazado por DNA. Para continuar con la síntesis es necesaria la presencia de dos helicasas, la helicasa II y la proteína rep, cuya función es la desestabilización de las interacciones entre los pares de bases complementarias a expensas de ATP. Cada una de ellas avanza asociada a una hebra al frente de cada horquilla, generando re- giones con DNA parental monocatenario, el cual se estabiliza con las proteínas SSB, manteniendo abierta la horquilla que permite que las polimerasas continúen con el proceso de replicación. 23.4.3. Síntesis del DNA La síntesis de una cadena de DNA es catalizada por una familia de enzimas denominadas DNA polimerasas o DNApol, que comparten un mismo mecanismo catalítico, y son dependientes de iones Mg2+. La polimerización se realiza siempre en dirección 59 → 39 mediante la formación de enlaces fosfodiéster entre los dNTP que se van incorporando, según el orden indicado en la cadena molde, de forma secuencial y a partir del extremo 39–OH del cebador o fragmento previamente sintetizado (fig. 23.7A). Fig. 23.5 Primosoma de E. coli que incorpora, entre otras, las pro- teínas dnaB, dnaC, junto con la primasa (dnaG). Fig. 23.6 Cebador de RNA, comple- mentario a la cadena molde de DNA, tanto en la cadena continua como en la discontinua. Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 327 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. La incorporación se realiza por la unión del dNTP com- plementario al nucleótido de la cadena molde próximo al ex- tremo 3’–OH libre de la cadena en crecimiento. Una vez que ha quedado situado el dNTP entrante, se produce el ataque nu- cleofílico del hidroxilo libre del extremo 39–OH de la cadena en crecimiento, sobre el átomo de fósforo más interno (fósforo a) en el extremo 59 del desoxirribonucleósido trifosfato entrante, formándose el enlace fosfodiéster entre la cadena ya existente y el desoxirribonucleótido entrante. Dado que se rompe un enlace fosfodiéster para generar otro, la reacción debería encontrarse en equilibrio termodinámico; sin embargo, está favorecida en el sentido indicado, ya que se produce la hidrólisis pirofosfatolítica del dNTP liberándose pirofosfato (PPi). Éste es hidrolizado inmediatamente a dos fosfatos inorgánicos (Pi) por acción de la pirofosfatasa, lo que produce un desplazamiento del equili- brio en el sentido de polimerización del DNA y no en el de la hidrólisis (fig. 23.7B). Las DNApol presentan una elevada procesividad (es de- cir, no se separan del molde después de cada ciclo catalítico),permitiendo que el proceso sea secuencial. Esto minimiza el tiempo de polimerización, confiriendo a la enzima una gran eficacia catalítica, de modo que, en algunos casos, puede llevar a cabo la replicación completa sin separarse en ningún momento del molde. Sin embargo, a pesar de su elevada eficacia catalítica, las DNApol deben ser muy precisas en la realización de la copia del DNA, por lo que también están dotadas de una actividad exonucleasa 39 → 59, que permite la corrección de errores des- pués de cada ciclo de polimerización. Así, si detecta un error, puede hidrolizar el enlace fosfodiéster repitiendo el ciclo, pero esta vez insertando el desoxirribonucleótido correcto. En todos los organismos existen varios tipos de DNApol, que se diferencian en sus características tanto estructurales como funcionales y cinéticas. En el caso de E. coli han sido aisladas varias formas, entre las que destacan las DNA polimerasas I, II y III, cuyas similitudes y diferencias se detallan en la tabla 23.2. Las DNA polimerasas se caracterizan por su actividad polimera- sa 59 → 39 (función sintética) y por su actividad exonucleasa 39 → 59 (función correctora) y, en el caso de la DNApol I, por Fig. 23.7 A. Incorporación de dNTP a la cadena de DNA en crecimiento mediante la acción de la DNA polimerasa. La reacción esta favorecida por la hidrólisis de PPi. B. Mecanismo de acción de la DNA polimerasa. 328 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica su actividad exonucleasa 59 → 39 (función correctora). Estas actividades condicionan su función principal, que en el caso de la DNApol III es fundamentalmente la de polimerizar. Como puede verse en la tabla 23.2, su número de recambio (nucleótidos polimerizados por minuto y molécula de enzima a 37 °C) es muy elevado comparado con las otras dos DNApol. En el caso de la DNApol I, además de participar en la síntesis, también participa en la reparación, mientras que la DNApol II participa en la reparación aunque con una función altamente especializada. La DNApol III es la que presenta la función principal de polimerización, y está formada por al menos 10 subunidades. Las principales subunidades se representan en la figura 23.8, y sus principales funciones en la tabla 23.3. La DNApol III presenta un núcleo formado por tres sub- unidades: la a, cuya principal función es la de polimerizar en dirección 59 → 39; la subunidad ε, con actividad exonucleasa en dirección 39 → 59, y la subunidad u, cuya función hasta el momento es desconocida. Además del núcleo, la DNApol III está formada por la subunidad b, también llamada pinza deslizante, formada a su vez por dos subunidades, que forma un anillo que se coloca alrededor de la cadena molde de DNA favoreciendo su unión a él. La DNApol III integra el complejo g-d, que a su vez está formado por las subunidades g, d, d9, χ y ψ, de las cuales, g, d y d9 presentan un dominio con actividad ATPasa, que impulsado por la hidrólisis de ATP produce la unión de la pinza (subunidad b) al DNA molde, además de promover la mayor procesividad, es decir, impide la disociación de la polimerasa del DNA molde. Por último, la subunidad τ favorece la formación de un dímero asimétrico, ya que el com- plejo g-d sólo aparece en uno de los monómeros (fig. 23.8). Al conjunto formado por el dímero de la DNApol III y el primosoma se le denomina replisoma. Por su parte la DNApol I es una enzima encargada princi- palmente de la reparación del DNA, que participa también en la eliminación del cebador al finalizar el proceso de replicación, encargándose de sustituir los ribonucleótidos por desoxirribo- nucleótidos. Además de la actividad polimerasa, la DNApol I posee dos actividades hidrolíticas independientes: la exonucleasa 39 → 59, que le permite corregir sus errores, hecho que explica, al igual que ocurre con la DNApol III, la fidelidad en la replicación; y la exo- nucleasa 59 → 39, que a través de su unión al DNA de doble hebra, reconoce las roturas en una de las cadenas eliminando el Tabla 23.2 Características de las diferentes DNA polimerasas en E. coli Propiedades DNApol I DNApol II DNApol III Función: – Polimerización: 59 → 39 Sí Sí Sí – Exonucleasa: 39 → 59 Sí Sí Sí – Exonucleasa: 59 → 39 Sí No No Tamaño (kDa) 103 90 a: 130 ε: 27,5 u: 10 Moléculas por célula 400 − 10-20 Número de recambio (NT/min/enzima) 600 30 9.000 Principal función Síntesis Repara Repara Reemplaza cebadores Fig. 23.8 Estructura de la DNApol III en E. coli. Tabla 23.3 Funciones de las principales subunidades de la DNApol III DNApol Subunidad Función DNApol III Núcleo a ε u Polimerasa 59 → 39 Exonucleasa 39 → 59 Desconocida (¿unión entre a y ε?) τ Ensamblaje al DNA b Pinza deslizante, procesividad Complejo g-d g d d9 χ ψ Ayuda a ensamblar el replisoma, mejorando la procesividad Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 329 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. fragmento y sustituyéndolo por uno nuevo. Es por ello que su principal función sea la eliminación de los cebadores, reempla- zándolo por DNA. Esta función la realiza gracias a sus funciones exonucleasa 59 → 39 y polimerasa 59 → 39, que al actuar de forma sincronizada, eliminan los fragmentos de RNA (cebador) del extremo 59 en el hueco entre los fragmentos de Okazaki, reempla- zándolos por desoxirribonucleótidos que se agregan al extremo 39 del fragmento de Okazaki. Ello hace que el hueco se vaya des- plazando hacia el extremo 39 de la hebra de DNA en un proceso denominado traslación de hueco o nick translation (fig. 23.9A). Cuando el RNA cebador es eliminado por completo se procede al sellado mediante la DNA ligasa (v. apartado 23.4.4). La DNApol II también tiene un importante papel en la reparación, al igual que la DNApol I, aunque carece de activi- dad exonucleasa 59 → 39, y es capaz de reiniciar la replicación después de que el DNA dañado detenga la síntesis. Tanto la DNApol I como la II presentan una velocidad de síntesis muy bajas como para ser utilizadas para la síntesis del DNA, por lo que su función principal es la reparación. 23.4.4. Unión de los fragmentos de Okazaki Una vez que la DNApol I ha eliminado el cebador, sustituyendo los ribonucleótidos por desoxirribonucleótidos, la DNA ligasa es la enzima encargada de unir los dos nucleótidos contiguos mediante la formación del enlace fosfodiéster, sin necesidad de añadir un nuevo nucleótido. La DNA ligasa obtiene la energía necesaria para catalizar la reacción a través del acoplamiento a la hidrólisis de NAD+ (procariotas) o ATP (eucariotas) (fig. 23.9B). 23.4.5. Modelo de replicación en E. coli. Síntesis simultánea de las hebras continua y discontinua En la figura 23.10 se representa el modelo completo de la sín- tesis de DNA en una horquilla de replicación. En primer lugar, tras el reconocimiento del origen de replicación, la apertura de la doble hélice por las helicasas y la estabilización de la burbuja por las proteínas de unión a hebra sencilla (SSB), la primasa (que forma parte del primosoma) sintetiza el cebador. En la hebra conductora o continua sólo será necesario un cebador por cada horquilla de replicación, mientras que en la hebra retrasada o discontinua serán necesarios un cebador por cada fragmento de Okazaki. Por ello, la primasa debe desplazarse moviéndose a lo largo de la hebra, deteniéndose e invirtiendo su dirección en intervalos para la síntesis de todos los cebadores. Posteriormente, la DNApol III comienza la síntesis del DNA a partir del extremo 39 de los cebadores de forma simultánea en ambas hebras. Este proceso de síntesis simultánea es posible porque las dos subunidades que forman el dímero asimétrico de la DNApol III actúan en tándem. Para ello es necesario que la cadena retrasada forme un bucle alrededor del replisoma hasta Fig. 23.9 A. Eliminación del cebador por la DNApol I (nick translation). B. Mecanismo de acción de la DNAligasa. 330 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica que termina la síntesis del fragmento de Okazaki, momento en el que se separa del DNA, para volverse a unir al RNA cebador adyacente recién sintetizado por el primosoma y volver a repetir la acción con el siguiente fragmento. 23.4.6. Terminación de la replicación La replicación finaliza cuando las horquillas de replicación se encuentran en el otro extremo del cromosoma circular (proca- riotas), en el sitio de terminación denominado también región ter o locus τ. En E. coli, la región ter está formada por varias secuencias de 20 pares de bases sobre las que se une la proteína tus, formando un complejo asimétrico tuster que hace que se detenga la replicación (fig. 23.11). Una vez que se termina la replicación, los replisomas se desensamblan y las dos moléculas de DNA resultante son separadas por una topoisomerasa II. 23.4.7. Superenrollamiento del DNA Durante el proceso de replicación, la apertura de la doble hélice implica un superenrollamiento en sentido opuesto al de la héli- ce, por lo que es necesario liberar la tensión que se acumula en la molécula. Las topoisomerasas son un grupo de enzimas que se encargan de que el DNA superenrollado pase a un estado más relajado, actuando por delante de la maquinaria de replicación y evitando así el enlentecimiento del proceso (fig. 23.12). Concre- tamente, en E. coli, la topoisomerasa II o DNA girasa, mediante la producción de roturas transitorias en la doble hélice del DNA, induce la formación de superenrollamientos negativos, a expensas de ATP, al girar el DNA en sentido levógiro, liberando tensiones en la molécula. Fig. 23.10 Modelo de replicación del DNA en E. coli. Fig. 23.11 Terminación de la replicación del DNA en E. coli, donde interviene la proteína Tus que forma un complejo con las regiones Ter del DNA. Fig. 23.12 Acción de la topoisomerasa en el superenrollamiento del DNA en el proceso de replicación. Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 331 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. 23.5. DIFERENCIAS ENTRE PROCARIOTAS Y EUCARIOTAS EN EL PROCESO DE REPLICACIÓN A pesar de que el proceso de replicación en procariotas y euca- riotas es muy similar, en cuanto a sus características principales (completa, precisa, flexible, semiconservativa, bidireccional, semidiscontinua) y en cuanto a la maquinaria y el mecanismo (formación de horquillas de replicación, síntesis de cebadores, for- mación de fragmentos de Okazaki, eliminación de los cebadores, y relleno y sellado de los huecos), existen diferencias significativas, relacionadas con el tamaño y la complejidad de los genomas. Una diferencia importante entre las células eucariotas frente a las procariotas es que el DNA, además de ser de mayor tama- ño, es lineal y con mayor complejidad en cuanto a la estructura de la cromatina. Ello hace que la velocidad de replicación en eucariotas sea considerablemente menor (del orden de 20 veces menor que en procariotas). De hecho, para agilizar el proceso de replicación y compensar esa lentitud, la célula eucariota contiene más de 20.000 moléculas de enzimas y proteínas que intervienen en el proceso, generando fragmentos de Okazaki más pequeños y existiendo múltiples orígenes de replicación, lo que hace que globalmente la velocidad que se alcanza sea incluso mayor que en procariotas. En el hombre existen unos 30.000 orígenes de replicación, y por lo tanto múltiples replicones, cuyas secuencias son ricas en A y T. Ello hace que exista un menor número de enlaces de hidrógeno que deben romperse para abrir la doble hélice (fig. 23.13). Además, se forma un complejo de origen de replica ción, ORC (Origin Recognition Complex), con función análoga a dnaA de procariotas, que se unirá a las secuencias específicas del origen de replicación, para comenzar la apertura de la hélice, la cual se mantiene abierta por la proteína de replicación A (PRA), equivalente a las SSB de procariotas. La existencia de múltiples orígenes de replicación hace imprescindible la exis- tencia de una perfecta coordinación, ya que el genoma se debe replicar de forma precisa una sola vez en cada ciclo celular. Para ello, los múltiples orígenes se sincronizan en los momentos iniciales del ciclo celular, mediante la unión a ellos del factor permisivo de la replicación (licensing replication factor), para que posteriormente se puedan unir las proteínas de iniciación y comience la apertura de la burbuja de replicación. Una vez que las horquillas de replicación avanzan, se desprende el factor permisivo de la replicación, para evitar que vuelva a iniciarse la replicación y así garantizar que el proceso se desarrolle sólo una vez en cada ciclo de replicación. Otra diferencia importante entre eucariotas y procariotas estriba en la maquinaria enzimática empleada. En ambos tipos de células existe gran variedad de enzimas y proteínas, que en la mayoría de los casos presentan funciones muy similares. Sin embargo, las enzimas más complejas son las DNA polimerasas, que presentan diferencias en cuanto a número y funciones que desempeñan. En la tabla 23.4 se describen las principales proteínas y enzimas que forman parte de la maquinaria de replicación del DNA en eucariotas, así como sus respectivas funciones. Las células animales contienen al menos trece DNA polime- rasas diferentes identificadas por letras griegas según el orden de descubrimiento, aunque las principales implicadas en la replicación del DNA son las DNApol a, d, ε, b y g. Fig. 23.13 Orígenes de replicación múltiples en organismos euca- riotas. Tabla 23.4 Proteínas y enzimas implicadas en la replicación del DNA en organismos eucariotas Componente Tipo Función DNApol a Polimerasa 59 → 39 Primasa b Reparación DNA g Polimerasa 59 → 39 Exonucleasa 39 → 59 (DNA mitocondrial) d Polimerasa 59 → 39 Exonucleasa 39 → 5 9 ε Polimerasa 59 → 39 Exonucleasa 39 → 59 , , u, ι … Función poco establecida Otras proteínas Complejo ORC Reconocimiento orígenes de replicación Helicasa Proteína de replicación A (PRA) Proteínas de unión a banda simple Factor de replicación C Cambio DNApol a por d o ε Antígeno nuclear de proliferación celular (PCNA) Aumento de procesividad de DNApol d o ε Factores de ensamblado de la cromatina (acetilasas y desacetilasas de histonas) Adición de histonas y formación de cromatina Enzimas RNAasa H1, FEN1 Eliminador del cebador DNA ligasa (ATP) Unión de fragmentos Topoisomerasas Enrollamiento y desenrollamiento del DNA Telomerasa Replicación de telómeros 332 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica La DNApol a posee dos actividades enzimáticas: la pri- masa, que sintetiza un cebador de RNA, y la polimerasa, que prolonga el cebador desde el extremo 39–OH, siguiendo un DNA molde de banda sencilla. Además, es moderadamente procesiva y carece de actividad exonucleasa. Una vez que ha completado su acción, y a través del factor de replicación C, cede el relevo a las DNApol d y ε, que se encargan de la elongación de la cadena. La DNApol d, además de su actividad polimerasa 59 → 39, presenta actividad exonucleasa 39 → 59, y no se asocia con la primasa. Presenta una procesividad ilimitada, pero sólo cuando se encuentra asociada a una proteína que le sirve de abrazadera deslizante (muy similar a las subunidades b del DNApol III), que es al antígeno nuclear de proliferación celular (PCNA, del inglés Proliferating Celular Nuclear Antigen), y que sirve de ayuda a la DNApol d, para desplazar a a y continuar de forma procesiva la síntesis de las dos hebras (conductora y retrasada). La DNApol ε es muy similar a d, pero no necesita el PCNA para su elevada procesividad. Su función es desconocida, y existe la posibilidad de que ambas polimerasas desempeñen la misma función. La DNApol b no interviene en el proceso de replicación,sino que está implicada, junto con las DNApol d y ε, en los procesos de reparación del daño al DNA. La DNApol g es la encargada de la replicación del DNA mitocondrial, la cual presenta, además de una elevada pro- cesividad, actividades polimerasa 59 → 39 y exonucleasa 39 → 59. La eliminación del RNA cebador en eucariotas se realiza por la acción de dos enzimas: la RNasa H1, elimina la mayoría de los RNA y deja sólo un ribonucleótido en 59, adyacente al DNA, que es posteriormente eliminado por la acción de la endonucleasa flap1 (FEN1). Sin embargo, como se ha comen- tado anteriormente, la DNApol a prolonga el cebador con una secuencia de alrededor de 15 desoxirribonucleótidos, y carece de actividad exonucleasa 39 → 59, por lo que FEN1 proporciona esta función correctora a la pol a. Debido a que el DNA eucariota está organizado en forma de cromatina, otra diferencia es que la replicación exige dos pasos adicionales: la disociación previa de las histonas y su unión inmediatamente después de que haya finalizado el proceso. Dado que el DNA en eucariotas es lineal, una vez com- pletada la replicación se debe resolver el problema de la replicación en los extremos del cromosoma, los telómeros. Las DNA polimerasas no pueden sintetizar el extremo 59 de las cadenas (fig. 23.14), ya que requieren un extremo 39–OH. Como consecuencia, en cada ciclo de replicación, los cromosomas lineales son acortados en ambos extremos en una longitud equivalente al RNA cebador. Por ello, la enzima telomerasa (ribozima con una parte proteica y una parte de RNA) es la encargada de rellenar ese espacio. Los telómeros presentan secuencias repetitivas ricas en G, com- plementarias a una región de DNA de la telomerasa, la cual sirve de molde para que la actividad polimerasa de la telomerasa sintetice el DNA complementario al de la propia enzima. De esta forma se prolonga el DNA impidiendo que se acorte en cada proceso de replicación. La actividad de la telomerasa es elevada en células en crecimiento, mien- tras que es más baja en células somáticas, las cuales van sufriendo acortamiento en sus cromosomas hasta que la célula muere. 23.6. DAÑO Y REPARACIÓN DEL DNA Durante la división celular, la información genética debe trans- mitirse de forma exacta. Sin embargo, en ocasiones se producen errores en la polimerización (aproximadamente una de cada 107 bases añadidas), que de no corregirse pueden alterar la secuencia de genes. También pueden producirse alteraciones químicas del DNA por agentes que se encuentran en la célula o en su entorno. En muchos casos, el DNA puede repararse, aunque en otros el daño es irreversible, lo que conduce a la alteración o pérdida de la información genética, e incluso a la muerte celular. Pero aun así, a veces, los sistemas de repara- ción fallan, generando una alteración permanente y hereditaria de la información genética, conocida como mutación, que pueden ser letales no sólo para la vida de la célula, sino para el organismo completo. Las mutaciones más comunes son las puntuales y se pue- den clasificar según su naturaleza molecular en sustituciones, inserciones y deleciones (fig. 23.15). La sustitución consiste en el cambio de una base por otra, alterando el nucleótido, y el de su cadena complementaria, que puede ser la sustitu- ción de purina por purina, o pirimidina por pirimidina, que se denomina transición, o bien una sustitución de purina por pirimidina, o viceversa, que se denomina transversión. Las inserciones y deleciones consisten en la adición o eliminación de uno o un par de nucleótidos, que puede conducir a cambios en la pauta de lectura. Ello puede no tener consecuencias en la proteína que se sintetiza (mutación silenciosa), o puede suponer un cambio de un aminoácido por otro, dando lugar a proteínas anómalas con alteración de su actividad biológica, dependiendo de la posición donde se produce la mutación dentro del gen. Las mutaciones no sólo pueden ser generadas de forma espontánea en el proceso de replicación, sino que también pueden producirse de forma inducida por agentes ambientales tanto físicos (radiación ultravioleta o ionizante) como químicos (especies reactivas de oxígeno, análogos de bases, agentes inter- calantes o alquilantes, o carcinógenos). Además de las mutaciones, otras alteraciones que puede sufrir el DNA son modificaciones químicas de las bases, roturas de enlaces fosfodiéster o entrecruzamientos. A pesar de ser múltiples las alteraciones que pueden pro- ducirse en el DNA, la existencia de sistemas reparadores hacen que finalmente sean muchas menos. Entre estos sistemas se Fig. 23.14 Terminación de la replicación del DNA en organismos eucariotas. Acción de la telomerasa que presenta una secuencia com- plementaria al extremo 39 de la cadena molde de DNA rica en G. Parte del RNA que forma parte de la telomerasa aparea las bases complementarias de la región 39 del DNA, de modo que su actividad transcriptasa inversa es la que extiende la cadena molde. La telomerasa se transfiere al nuevo extremo 39 del DNA, repitiendo el proceso hasta que el DNA de cadena sencilla es suficientemente largo para incorporar la maquinaria de re- plicación, sintetizando un nuevo segmento de Okazaki. Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 333 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. encuentra la reversión directa del daño, como es el caso de los dímeros de pirimidina, entre bases adyacentes, que pueden volver a su disposición original por una reacción de foto- rreactivación catalizada por unas enzimas que absorben luz denominadas DNA fotoliasas (fig. 23.16A). Cuando las bases no pueden ser reparadas de forma directa, pueden eliminarse y ser reemplazadas mediante reparación por escisión de una base, que comienza por la acción de las DNA glucosilasas, encargadas de escindir el enlace glucosídico que une la base dañada y la desoxirribosa generando sitios abásicos (AP). Sobre estos sitios actúan las endonucleasas AP, que eliminan la desoxirribosa, para que finalmente la DNApol y la DNA ligasa reemplacen los nucleótidos y sellen el enlace fosfodiéster (fig. 23.16B). La reparación por escisión de nucleótidos es una vía más compleja de la que disponen las células para corregir los dímeros de pirimidina y otros daños al DNA, en los que las bases están desplazadas de su posición normal o tienen sus- tituyentes muy voluminosos o incluso distorsiones de la hélice. En seres humanos, éste es el principal mecanismo de respuesta a carcinógenos, tales como la luz solar y el humo del tabaco. En E. coli intervienen las proteínas UvrA, UvrB y UvrC (endonu cleasas) en un proceso dependiente de ATP. Básicamente, el proceso consiste en la escisión de la zona dañada, desplazando el fragmento con la ayuda de UvrD (helicasa) y reemplazándolo por la acción de la DNApol y la DNA ligasa (fig. 23.16C). Por último, la reparación de apareamientos erróneos sirve para reparar aquellos errores de apareamiento que han elu- dido la acción de las polimerasas con funciones reparadoras, pudiendo también corregir inserciones y deleciones. Las en- zimas encargadas de eliminar estos nucleótidos reconocen una deformidad y utilizan la cadena molde para reemplazar el nucleótido erróneo. Fig. 23.15 Tipos de mutaciones puntuales más frecuentes. Fig. 23.16 A. Reparación del daño al DNA (dímero de timina) por reversión directa. B. Reparación por escisión de una base mediante la acción de DNA glucosidasas, seguidas de endonucleasas y DNApol y DNA ligasa. C. Reparación por escisión de nucleótidos de DNA en E. coli. 334 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica Bibliografía Angert ER. DNA replication and genomic architecture of very large bacteria. Annu Rev Microbial. 2012;66:197-212. Bell SP. The origin recognition complex: from simple origins to complex functions. Genes Dev. 2002;16:659-72. Brown TA. Genomes 3. 3rd ed. Oxford: Bios ScientificPublishers Ltd; 2007. Herráez A. Texto ilustrado e interactivo de Biología Molecular e Ingeniería Genética. Concepto, técnicas y aplicaciones en ciencias de la salud. 2ª ed. Barcelona: Elsevier; 2012. Kornberg A, Baker TA. DNA replication. 2nd ed. USA, University Science Books; 2005. Lodish HF, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, et al. Biología Celular y Molecular. 5ª ed. Madrid: Editorial Médica Panamericana; 2005. Macneill S. Composition and dynamics of eukariotic replisome: a brief overview. Subcell Biochem 2012;62:1-17. Prakash A, Borgstahi GE. The structure and function of replication protein in DNA replication. Subcell Biochem. 2012;62:171-96. Shen Z, Prasanth SG. Emerging players in the initiation of eukariotic DNA replication. Cell Division. 2012;7:22. Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. Biología Molecular del Gen. 5ª ed. Madrid: Editorial Médica Panamericana; 2006. RESUMEN 1. El objetivo de la replicación es la transmisión de la información genética de célula a célula y de generación en generación, y por tanto, está asociada al ciclo celular. Es un proceso completo y preciso que garantiza la trans misión de la información, pero a su vez debe ser flexible para propiciar el proceso evolutivo. 2. La replicación del DNA es semiconservativa y bidi reccional, y tiene lugar a partir de uno (procariotas) o varios (eucariotas) orígenes, generando una burbuja integrada por dos horquillas de replicación donde se produce la síntesis del DNA en dirección 59 → 39, siendo la copia de una hebra continua y la otra discontinua a través de la formación de los fragmentos de Okazaki. 3. Los requerimientos necesarios para que se lleve a cabo la replicación, además del DNA molde son dNTP, NTP para la síntesis del cebador de RNA, Mg2+, ATP, NAD+, proteínas de reconocimiento del origen de replicación, de unión a DNA monocatenario, y proteínas de termi nación; en lo referente a enzimas, se requieren las DNA polimerasas, helicasas, primasas, ligasas y las topoiso merasas. 4. En organismos eucariotas el proceso de replicación es muy similar al de procariotas en cuanto a características y requerimientos, pero presenta algunas diferencias, ta les como la presencia de varios orígenes de replicación, la necesidad de múltiples polimerasas con acciones más complejas que en procariotas, la complejidad de la organización del DNA en forma de cromatina, y la presencia de los telómeros. 5. Dado que el DNA puede sufrir daños por agentes externos, que alterarían su secuencia, es necesaria la presencia de sistemas de reparación, como los de rever sión directa, por escisión de una base o por escisión de nucleótidos y reparación de apareamientos erróneos. Capítulo 23 DNA: replicación y reparación 334.e1 © E lse vi er . F ot oc op ia r s in au to riz ac ió n es u n de lit o. AUTOEVALUACIÓN 1. ¿Qué significa que el proceso de replicación del DNA es semiconservativo? a. Que ninguna de las cadenas de cada nueva molécula de DNA derivaría del DNA parental. b. Que las dos cadenas de cada nueva molécula de DNA derivarían del DNA parental. c. Que la replicación no es semiconservativa. d. Que, de las dos cadenas de cada nueva molécula de DNA, una derivaría del DNA parental y la otra sería la recién sintetizada. e. Que la replicación es conservativa. Correcta: d. La replicación es semiconservativa, ya que cada una de las cadenas parenterales permanece intacta (conservada), aunque ahora ensamblada con una cadena de nueva síntesis. 2. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones acerca del proceso de la replicación en procariotas es correcto? a. Las helicasas catalizan el desenrollamiento del DNA. b. Las proteínas de iniciación de la replicación sintetizan el RNA cebador. c. La primasa produce la apertura de la doble hélice de DNA. d. Las SSB eliminan los superenrollamientos. e. Las topoisomerasas mantienen separadas las cadenas del DNA. Correcta: a. Una vez reconocido el origen de replicación en procario- tas se requiere la apertura de la doble hélice de DNA, la cual se llevará a cabo mediante proteínas con actividad helicasa, formando la burbuja de replicación que posteriormente será estabilizada por las SSB. 3. ¿Qué significa que la DNApol de organismos procariotas es altamente procesiva? a. Que tiene una actividad 39 a 59 endonucleasa. b. Que permanece unida a la cadena del DNA hasta que la re- plicación ha concluido. c. Que tiene actividad 59 a 39 exonucleasa. d. Que comete pocos errores durante la síntesis del DNA. e. Que se asocia y disocia rápidamente del DNA. Correcta: b. La DNApol de organimos procariotas es una enzima altamente procesiva, lo cual implica que permanece unida al DNA ejerciendo su función de polimerización 59 a 39, hasta que se com- pleta la copia, sin liberarse del mismo. 4. Con respecto al proceso de replicación de organismos eucariotas, ¿cuál de las siguientes afirmaciones es correcta? a. Es completa, precisa, flexible, semiconservativa y unidireccional. b. La velocidad de replicación es mayor que en organismos proca- riotas, por lo que los eucariotas presentan múltiples orígenes de replicación. c. La DNApol a posee una única actividad enzimática: la primasa, que sintetiza un cebador de DNA. d. La DNApol d, además de su actividad polimerasa 59 a 39, presenta actividad exonucleasa 39 a 59. e. La DNApol g es la encargada de la replicación del DNA nuclear. Correcta: d. En organismos eucariotas intervienen varias polimerasas en el proceso de replicación, a diferencia de lo que ocurre en los procariotas, y es la DNApol d la que presenta actividad polimerasa 59 a 39, y además exonucleasa 39 a 59. 5. ¿Cuál de las siguientes enzimas participa en el proceso de reparación por escisión de una base? a. DNA topoisomerasa. b. DNA primasa. c. DNA glucosidasas. d. Helicasas. e. Proteínas SSB. Correcta: c. El proceso se inicia con la acción de las DNA glucosi- dasas, encargadas de escindir el enlace glucosídico que une la base dañada y la desoxirribosa generando sitios abásicos (AP). Sobre estos sitios actúan las endonucleasas AP, que eliminan la desoxirribosa, para que finalmente la DNApol y la DNA ligasa reemplacen los nu- cleótidos y sellen el enlace fosfodiéster. 334.e2 Parte VII Procesos implicados en la transmisión de la información génica Fig. e23.2 Experimentos de marcaje radiactivo con timina tritiada (3H) que demostraron el avance simultáneo de las dos horquillas de replicación. Fig. e23.1 Experimentos de Meselson y Stahl, donde se demuestra que la replicación del DNA es semiconservativa, utilizando dos isótopos de nitrógeno (14N y 15N).