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SEMINARIO 4 BIOLOGIA CELULAR Y MOLECULAR AÑO 2020 Regulación de la expresión génica – parte II A la hora de jerarquizar información presten siempre atención a los objetivos planteados por el plantel. Objetivos específicos Los seminarios 3 y 4 (Regulación de la expresión genética, partes I y II), forman una unidad temática. Los objetivos generales de la misma están listados en el seminario 3. 3- Identificar los procesos moleculares del procesamiento del ARN mensajero, de transferencia y ribosomal. Que los estudiantes puedan: 2- Relacionar las propiedades de las moléculas de ARN (labilidad, formación de estructuras secundarias) con los procesos biológicos que permiten regular su estabilidad e interacción con otras biomoléculas. 1- Reconocer diferentes aspectos sobre los que opera la regulación de la expresión génica: cantidad, actividad y tipo de producto génico, y controles calidad de esos productos. A la hora de jerarquizar información presten siempre atención a los objetivos planteados por el plantel. Objetivos específicos 4- Entender al corte y empalme alternativo de exones (splicing alternativo) como un proceso que aumenta la capacidad codificante del genoma y conocer los mecanismos moleculares que lo posibilitan. Que los estudiantes puedan: 5- Conocer los mecanismos de regulación de la expresión génica sobre los polipéptidos: Regulación de la traducción, estabilidad y actividad de proteínas. Los seminarios 3 y 4 (Regulación de la expresión genética, partes I y II), forman una unidad temática. Los objetivos generales de la misma están listados en el seminario 3. Se analizarán en el este seminario Puntos de regulación de la expresión genética Diversas manifestaciones de la regulación de la expresión génica Ejemplos: Regulación pre-transcricional, regulación del inicio de la transcripción (vistos en el Seminario 3), regulación de los niveles de ARNm mediante microARNs ¿Qué aspectos están sujetos a la regulación? 2- Mecanismos que regulan la actividad de un producto génico Ejemplos: Regulación de la actividad de proteínas mediante modificaciones post-traduccionales. 1- Mecanismos que regulan el nivel (cantidad) de un producto génico Algunos conceptos generales importantes en este Seminario Diversas manifestaciones de la regulación de la expresión génica Ejemplos: Corte y empalme alternativo de exones (Splicing alternativo). ¿Qué aspectos están sujetos a la regulación? Ejemplos: Modificaciones de los extremos 5’ y 3’ del ARNm, degradación del ARNm por secuencias de terminación prematura (NMD), degradación de proteínas mal plegadas. 3- Mecanismos que regulan el tipo (cualidad) de producto génico 4- Control de calidad de un producto génico Algunos conceptos generales importantes en este Seminario • Las células poseen agrandes cantidades de enzimas que degradan ARN (endo- y exonucleasas). • La estabilidad de las moléculas de ARN es regulada a través de diversos mecanismos moleculares que activamente confieren protección o desprotección frente a esas enzimas Propiedades de las moléculas de ARN A diferencia de las moléculas de ADN, las moléculas de ARN son lábiles Ejemplos de endo- y exonucleasas de ARN: Algunos conceptos generales importantes en este Seminario • Gracias a su conformación tridimensional compleja, las moléculas de ARN pueden ser reconocidas por diversas enzimas y proteínas de manera específica • Además, pueden reconocer específicamente otros ácidos nucleicos mediante la complementariedad de bases Propiedades de las moléculas de ARN Las moléculas de ARN adoptan forman tridimensionales relativamente estables denominadas ‘estructuras secundarias’ Algunos conceptos generales importantes en este Seminario Clase de ARN Función Síntesis de proteínas mARN Mensajero. Codifica proteínas tARN Transferencia. Transfiere aminoácidos al ribosoma durante la síntesis proteica rARN Ribosomal. Forma parte de la estructura de los ribosomas y catalizan la síntesis de proteínas Procesamiento de otros ARNs snARNs ‘Small nuclear’ (pequeños* nucleares), catalizan las reacciones del splicing del mARN. snoARNs ‘Small nucleolar’ (pequeños* nucleolares).Procesan y modifican químicamente al rARN … *pequeños: Menos de 200 nucletidos Las células poseen distintas clases de ARN Clase de ARN Función Con funciones reguladoras de la expresión génica miARN MicroARNs (~20nt). Regulan negativamente la traducción y estabilidad de los mARNs. piARNs ARNs asociados a proteínas Piwi (~28nt). Participan del silenciamiento de transposones. lncARN ‘Long non-coding’ (largos no codificantes). Regulan la expresión génica. Participan, entre otros procesos, en la inactivación del cromosoma X y en el imprinting. Otros SRP-ARN ARN de la ‘Signal recognition particle’ (Partícula de reconocimiento de la señal), participa del proceso de localización de proteínas. TERC ‘Telomerase RNA component’. Componente de ARN de la telomerasa Las células poseen distintas clases de ARN Los ARNs largos no codificantes (lncARNs) participan de la regulación pre- transcripcional guiando a la maquinaria epigenética a lugares específicos del genoma. Un ejemplo de gran relevancia biológica es la inactivación epigenética del cromosoma X mediada por el lncARN denominado Xist La regulación pre-transcripcional mediada por ARNs lncARN Relacionar con los procesos epigenéticos analizados en el seminario 3 El complejo represivo Polycomb 2 (PRC2) posee actividad de metiltransferasa de histonas. Esta actividad enzimática reside en la subunidad EZH2 Ejemplos de lncARNs: • Hotair • ANRIL • Xist Genes regulados Procesamiento del ARNm eucariota Procesamiento del mARN eucariota ▪ Modificación del extremo 5’ ▪ Corte y emplame de exones (Splicing) ▪ Modificación del extremo 3’ Referido al conjunto de modificaciones que sufre el transcripto primario (producto de la transcripción por la ARN polimerasa II) hasta convertirse en el transcripto maduro, que es ARNm listo para ser exportado al citosol. Consta de tres procesos moleculares: Procesamiento del mARN eucariota El procesamiento es co-transcripcional: Las enzimas y proteínas que intervienen en el procesamiento están acopladas a la ARN polimerasa II y actúan de manera simultánea al proceso de transcripción. Modificación del extremo 5’ del transcripto primario Agregado de la caperuza (Capping) Unión covalente 5’ a 5’ de 7-metilguanosina (caperuza o cap) ▪ Evita la degradación por exonucleasas ▪ Permite el transporte a través de los poros nucleares ▪ Interactúa con la subunidad menor del ribosoma durante la traducción Modificación del extremo 5’ del transcripto primario Agregado de la caperuza (Capping) CBC: Complejo de unión a la caperuza Corte y empalme de exones: Splicing del mARN Los genes eucariotas son discontinuos En promedio los exones poseen un tamaño de 120 nucleótidos. En cambio, los intrones suelen ser más largos y variables respecto de su longitud (100 – 100.000 nucleótidos). Secuencias consenso del splicing Exón ExónIntrón Corte y empalme de exones: Splicing del mARN Estructura del snRNP U6 • Los ARNs pequeños nucleares (snARNs) U1, U2, U4, U5 y U6, reconocen por complementariedad de bases las secuencias consenso del splicing. El spliceosoma reconoce las secuencias consenso y cataliza las reacciones del splicing Corte y empalme de exones: Splicing del mARN Ejemplos de ARNs pequeños nucleares • Se denomina spliceosoma al conjunto de los 5 snRNPs • Los snARNs se asocian con proteínas formando ribonucleoproteínas pequeñas nucleares (snRNPs o ‘snurps’) Mecanismos moleculares Cada evento de splicing remueve un intrón, e involucra dos reacciones secuenciales conocidas como transesterificaciones. En cada una de ellas hay una ruptura y una formación de enlaces covalentes. Corte y empalme de exones: Splicing del mARN El complejo de unión a exones (EJC) es un complejo proteicoque queda asociado al sitio de empalme entre exones Splicing alternativo • Es muy frecuente: Ocurre en más del 75% de los genes humanos • Se generan isoformas de una proteína El splicing puede ocurrir con variaciones entre distintos tejidos o en momentos diferentes del desarrollo Splicing alternativo Ejemplo: Gen de tropomiosina Las variantes de splicing son usualmente tejido específicas o características de distintas etapas del desarrollo (fetal vs. adulto, por ejemplo) El splicing alternativo aumenta la capacidad codificante del genoma Splicing alternativo Tipos de splicing alternativo Salteo de exón Utilización de sitio consenso 5’ alternativo Retención de intrón Utilización de sitio consenso 3’ alternativo Exones mutuamente excluyentes Splicing alternativo Los mecanismos del splicing alternativo: Proteínas reguladoras del splicing En la regulación negativa la presencia de un represor (R) tejido específico impide la remoción de un intrón. TEJIDO 1 TEJIDO 2 TEJIDO 1 TEJIDO 2En la regulación positiva, un activador (A) tejido específico induce la remoción de un intrón que no se produciría en ausencia de dicho activador. Modificación del extremo 3’ del transcripto primario Clivaje y poliadenilación Las PABPs (poly-A binding proteins) regulan la estabilidad del mARN y el inicio de la traducción Secuencias presentes en el ARNm maduro 5’UTR: región 5’ no traducida (UnTranslated Region) 3’UTR: región 3’ no traducida (UnTranslated Region) Secuencia codificante (CDS): Comprende desde el codón de inicio de la traducción (AUG) hasta el codón STOP Cola de poli-A Caperuza Las regiones 5’UTR y 3’UTR contienen secuencias que regulan la estabilidad del mARN Exportación del mARN maduro al citosol • Las proteínas asociadas al mARN luego de su procesamiento permiten la correcta exportación al citosol y el inicio de la traducción. • Una consecuencia del procesamiento del mARN es su asociación con diferentes proteínas. Por ejemplo, el CBC se une luego de la modificación del extremo 5’, las proteínas de unión a poli-A (PABPs) luego de la modificación del extremo 3’ y EJC luego de cada evento de splicing. • En particular, los factores de inicio de la traducción (eIF4G y eIF4E) interactúan con los factores proteicos en extremos opuestos del mARN, permitiendo que sólo los mARN completos y correctamente procesados sean traducidos (control de calidad del producto génico). Procesamiento del ARNs ribosomales y ARNs de transferencia Los rARNs en los ribosomas Los rARNs en los ribosomas Poseen funciones estructurales y catalíticas Transcripción y procesamiento de los rARNs Ocurren en el nucleolo Precursor 45S transcripto por ARN pol I 5S transcripto por ARN pol III Transcripción y procesamiento de los rARNs Los snoARNs guían el procesamiento del rARN snoARNs (small nucleolar RNAs) Genes de rARNs Hay aprox. 200 copias de genes de rARN por genoma haploide El nucleolo Expresión morfológica de la transcripción del rARN desde los organizadores nucleolares y su maduración posterior • Componentes de tinción pálida: ADN del organizador nucleolar • Componente fibrilar: transcriptos 45S • Componente granular: zona ensamblaje de ribosomas Transcripción y procesamiento de los tARNs Son transcriptos por la ARN polimerasa III Transcripción y procesamiento de los tARNs Los cuatro pasos del procesamiento del tARN ocurren en el nucleolo Regulación de la estabilidad de los ARNm mARN de c-myc 15 min Los mARN eucariotas poseen diferentes estabilidades Inestables (vidas medias de pocos minutos) Muy estables (vidas medias de varias horas) Proteínas de control de ciclo celular, Proto-oncogenes, citoquinas Proteínas abundantes de importancia funcional mARN de ciclina D1 30 min mARN de colágeno α1 (I) >24 hs mARN de β-globina 10-20hs La degradación del mARN está mediada por diversas endo- y exo-ARNasas codificadas en el genoma • La union de proteínas de union a ARN (RBPs) a los elementos ricos en AU (AREs) situados en los 3’-UTR regulan la estabilidad y/o la traducción de los mARNs Elementos que regulan la estabilidad y la traducción del mARN • PABPs unidas a cola de poli-A • Caperuza (Cap) en extremo 5’ Degradación Inhibición de la traducción Estabilización RISC (RNA induced silencing complex): Complejo efector guiado por el miARN AGO AGO AAAAA 21 nucleotidos Los efectos de la unión de RISC al mARN diana son: • Represión de la traducción • Degradación del mARN El genoma humano posee alrededor de 2300 genes de diferentes miARNs microARNs Familia de ARNs pequeños que funcionan como reguladores post-transcripcionales de la expresión génica • Los miARNs contribuyen a la regulación fina de los niveles de expresión de ARNm específicos • El mecanismo de regulación se denomina fenómeno de interferencia de ARN • Los sitios de unión de los miARNs se encuentran frecuentemente en los 3’UTR de los mARN diana. • Cada miARN guía al complejo efector RISC a mARN diana específicos mediante complementariedad de bases. Biogénesis: Transcripción y procesamiento de los miARNs microARNs PARA PROFUNDIZAR NMD (Nonsense-mediated decay) ▪ Codones STOP prematuros, producidos por mutaciones o errores fortuitos en la transcripción, inducen una degradación rápida del mARN ORF 5’ 3’-UTRstop Estabilidad normalAAAAAAAA NMDORF 5’ 3’-UTRstop AAAAAAAA stop prematuro Degradación del ARNm por secuencias de terminación prematura ▪ Es un mecanismo de ‘control de calidad’ del mARN EJC : Exon junction complex Mecanismo molecular de NMD: La falla en la remoción de algunos EJC durante el primer evento de traducción en aquellos ARNm con codones STOP prematuros, induce la desestabilización y degradación del transcripto. Degradación del ARNm por secuencias de terminación prematura Regulación de la traducción, de la estabilidad y actividad de proteínas Inicio de la traducción Las funciones de los factores de iniciación de la traducción (eIFs) Traducción simultánea de un mARN Polisoma o polirribosoma Saber qué es y cómo se produce el proceso de traducción es un conocimiento previo requerido para abordar este contenido, que está centrado en la REGULACIÓN de ese proceso. Control traduccional negativo mediado por proteínas que se unen al mRNA La proteína aconitasa unida al extremo 5’UTR impide la traducción del mRNA de ferritina Ejemplo: Regulación de la traducción de la proteína ferritina (almacenadora de iones Fe2+) por medio de la proteína regulatoria aconitasa, dependiente de las concentraciones de hierro AUSENCIA DE HIERRO PRESENCIA DE HIERRO La unión del hierro a la aconitasa reduce la afinidad de la proteína por el mARN, permitiendo la traducción de la ferritina El plegamiento de las proteínas Las chaperonas son una clase especial de proteínas que aceleran el plegado correcto de otras proteínas La mayoría de las chaperonas eucariotas pertenece a dos familias proteicas: hsp 70 hsp 60 (‘heat shock protein’) hsp 70 hsp 60 El plegamiento de las proteínas Las proteínas que no se pliegan correctamente son finalmente degradadas Regulación post-traduccional ubiquitina ubiquitin-ligasas Degradación por la vía ubiquitina-proteasoma Regulación post-traduccional Degradación por la vía ubiquitina-proteasoma Complejo proteico con actividades de proteasa ATP-dependiente, muy abundante en las células Regulación post-traduccional Degradación por la vía ubiquitina-proteasoma Ejemplo: La degradación de ciclinas -que regulan la actividad de las kinasas que promueven progresión del ciclo celular- está mediada por la vía ubiquitina-proteasoma. La regulación de la estabilidad de las proteínas tiene efectos rápidos en las células (en el rango temporal de los minutos) En general, las regulaciones post-traduccionales suelen ser tener efectos en el corto plazo Regulación post-traduccional Mecanismosmoleculares que regulan la actividad de las proteínas Regulación post-traduccional Mecanismos moleculares que regulan la actividad de las proteínas Ejemplo: La fosforilación de las helicasas (Mcm2-7) las activa y permite la apertura de la burbuja de replicación durante la fase S del ciclo celular. La kinasa responsable de la fosforilación de la helicasa es la kinasa dependiente de ciclina característica de la fase S (S-Cdk) En general, las regulaciones post- traduccionales suelen ser tener efectos en el corto plazo Otro ejemplo es la modificación de la afinidad de la aconitasa por el mARN de ferritina dependiente de la unión de iones de hierro, visto en la diapositiva 47 FIN SEMINARIO 4 BIOLOGIA CELULAR Y MOLECULAR AÑO 2020 Portada de la revista Science del año 2015 cuando se reportó la estructura molecular del spliceosoma
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