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Michaelis y Menten se basaron en otros estudios para establecer un modelo matemático de la actividad enzimática. Uno de esos estudios fueron los del científico Fisher, a quien le sorprendió se sobremanera la especificidad de las enzimas, ya que aunque ponía sustratos muy parecidos, la enzima no cataliza la reacción si no era el sustrato específico. De hecho, incluso diferenciaba isómeros. Fue entonces cuando a Fisher se le ocurrió pensar que estos compuestos funcionan como funciona una llave y una cerradura, comprendiendo que en aquellos tiempos todavía no se había determinado que las enzimas son proteínas y que presentan una estructura tridimensional. Con los avances científicos se determinó que una enzima, efectivamente, sólo admite a un sustrato específico. Esto sucede porque tridimensionalmente el “huequito”, la “hendidura”, el “bolsillito”, o cualquier denominación con la que se facilite identificar a lo que científicamente se conoce como sitio activo, es un espacio físico , formado por aminoácidos, donde se va a pegar el sustrato. Entonces, la enzima se pega al sustrato por interacciones electrostáticas de las cadenas laterales de los aminoácidos del sitio activo. Si bien el sitio activo está formado por aminoácidos, si se estira la cadena se observará que éstos no están uno al lado de otro. Sin embargo, en la enzima están juntos debido a la estructura tridimensional que ésta ha adquirido. Resumiendo, un sitio activo es un espacio físico formado por aminoácidos no consecutivos, donde se va a pegar el sustrato debido a interacciones electrostáticas con las cadenas laterales de dichos aminoácidos. Enzima Sustrato Aminoácidos Para que el sustrato calce en el sitio activo, debe existir afinidad isomérica. Por lo tanto, la enzima y el sustrato deben acoplarse geométricamente. Si el sustrato calza en el sitio activo, se lleva a cabo la reacción. Es esa la causa por la cual las enzimas presentan una gran especificidad, conocida también como isoestereoespecificidad. Si se cambia el pH del medio, se cambia su estado iónico y, por tanto, se puede denaturar a la enzima alterándose los sitios activos. A partir de estas premisas, Michaelis y Menten propusieron que si el sistema funciona como Fisher lo predijo, entonces el sustrato interacciona con la enzima formando el complejo enzima – sustrato, a partir del cual se obtiene el producto. Así, llegaron a proponer la siguiente ecuación química, en la que se hizo una primera suposición: 𝑆 + 𝐸 𝑘1 ← 𝑘−1 → 𝐸𝑆⏟ 𝑪𝑶𝑴𝑷𝑳𝑬𝑱𝑶 𝑬𝑵𝒁𝑰𝑴𝑨−𝑺𝑼𝑺𝑻𝑹𝑨𝑻𝑶 𝑘2 →𝑃 + 𝐸 La primera suposición consiste en que la primera reacción es reversible mientras que la segunda o no lo, y si lo es, su aporte es insignificante. Una vez obtenido esta ecuación, Michaelis y Menten llevaron a cabo un montón de experimentos con los cuales se pretendía determinar el modelo matemático de la actividad enzimática.Uno de dichos experimentos consistió en medir lo que sucede con la velocidad inicial de la reacción cuando se varía la concentración del sustrato. [𝑆] 𝑣0 ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ Sin embargo, medir la velocidad inicial no resulta nada fácil. Michaelis y Menten lograron determinar este valor mediante otro experimento que consistía en medir la concentración del producto en función del tiempo manteniendo la concentración del sustrato constante. Repitieron esta experiencia para las diferentes concentraciones de sustrato de la tabla anterior, y así se obtuvieron las velocidades iniciales necesarias. [𝑆]1 [𝑆]2 [𝑆]3 [𝑆]𝑛 [𝑃] 𝑡 [𝑃] 𝑡 [𝑃] 𝑡 [𝑃] 𝑡 ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ ⎯⎯⎯ Así, obtuvieron dos gráficas: Entonces se pudo determinar cómo varía la reacción enzimáticamente catalizada con la concentración del sustrato. Aunque se variaron las cantidades, la forma de la curva simpre fue la misma: una hipérbola rectangular. 𝑣0 = 𝑎[𝑆] 𝑏 + [𝑆] Entonces, a partir de este modelo Michaelis y Menten empezaron a resolver la ecuación inicialmente propuesta para determinar a y b. 𝑆 + 𝐸 𝑘1 ← 𝑘−1 → 𝐸𝑆 𝑘2 →𝑃 + 𝐸 𝑑[𝐸𝑆] 𝑑𝑡 = 𝑘1[𝑆][𝐸] − 𝑘−1[𝐸𝑆] − 𝑘2[𝐸𝑆] Para resolver este modelo matemático se hicieron, además de la suposición inicial (que consistía en que la primera reacción es reversible mientras que la segunda no), tres suposiciones más: • Dentro de un tiempo relativamente corto, el modelo llega a un estado estacionario. Por lo tanto: 𝒅[𝑬𝑺] 𝒅𝒕 = 𝟎 • La concentración de la enzima total es igual a la suma de la enzima unidad al sustrato más la enzima libre. [𝐸]𝑡 = [𝐸𝑆] + [𝐸] [𝑬] = [𝑬𝑺] − [𝑬]𝒕 • Si a la reacción no se la describe con su mecanismo completo, sino más se escribe una reacción global: 𝑣0 [𝑆] 𝑦 = 𝑎𝑥 𝑏 + 𝑥 𝑣0 = 𝑎[𝑆] 𝑏 + [𝑆] Hipérbola Rectangular [𝑃] 𝑡 [𝑺]𝟏 [𝑺]𝟐 [𝑺]𝟑 𝑆 + 𝐸 𝑘𝑐𝑎𝑡𝑎𝑙𝑖𝑧𝑎𝑐𝑖ó𝑛 →⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯ 𝑃 + 𝐸 En el estado estacionario, la constante de catalización es igual a la constante del catalizador. Esto significa que toda la enzima participó en la reacción y, por tanto, se tiene en el estado estacionario la velocidad máxima: 𝒗𝒎𝒂𝒙 = 𝒌𝟐[𝑬]𝒕 Como lo que se desea obtener es la velocidad de formación del producto (𝑣0) en función del a concentración del sustrato ([𝑆]): 𝒗𝟎 = 𝒅[𝑷] 𝒅𝒕 = 𝒌𝟐[𝑬𝑺] 𝑑[𝐸𝑆] 𝑑𝑡 = 𝑘1[𝑆][𝐸] − 𝑘−1[𝐸𝑆] − 𝑘2[𝐸𝑆] 𝑘1[𝑆][𝐸] − 𝑘−1[𝐸𝑆] − 𝑘2[𝐸𝑆] = 0 [𝑬] = [𝑬𝑺] − [𝑬]𝒕 𝑘1[𝑆]([𝐸𝑆] − [𝐸]𝑡) − 𝑘−1[𝐸𝑆] − 𝑘2[𝐸𝑆] = 0 𝑘1[𝑆][𝐸𝑆] − 𝑘1[𝑆][𝐸]𝑡 − 𝑘−1[𝐸𝑆] − 𝑘2[𝐸𝑆] = 0 (−𝑘1[𝑆] − 𝑘−1 − 𝑘2)[𝐸𝑆] + 𝑘1[𝑆][𝐸]𝑡 = 0 (𝑘1[𝑆] + 𝑘−1 + 𝑘2)[𝐸𝑆] = 𝑘1[𝑆][𝐸]𝑡 [𝐸𝑆] = 𝑘1[𝑆][𝐸]𝑡 𝑘1[𝑆] + 𝑘−1 + 𝑘2 ÷ 𝑘1 𝑘1 [𝐸𝑆] = [𝑆][𝐸]𝑡 [𝑆] + 𝑘−1 + 𝑘2 𝑘1 Al término 𝑘−1+𝑘2 𝑘1 se lo ha definido como la constante de Michaelis y Menten (𝑘𝑀). 𝑘𝑀 = 𝑘−1 + 𝑘2 𝑘1 [𝑬𝑺] = [𝑺][𝑬]𝒕 [𝑺] + 𝒌𝑴 𝒗𝟎 = 𝒅[𝑷] 𝒅𝒕 = 𝒌𝟐[𝑬𝑺] 𝑣0 = 𝑘2 ( [𝑆][𝐸]𝑡 [𝑆] + 𝑘𝑀 ) 𝑣0 = 𝑘2[𝐸]𝑡 ( [𝑆] [𝑆] + 𝑘𝑀 ) 𝒗𝒎𝒂𝒙 = 𝒌𝟐[𝑬]𝒕 𝑣0 = 𝑣𝑚𝑎𝑥 ( [𝑆] [𝑆] + 𝑘𝑀 ) 𝒗𝟎 = 𝒗𝒎𝒂𝒙[𝑺] 𝒌𝑴 + [𝑺] La ecuación que se obtuvo fue similar a la ecuación que se planteó inicialmente: 𝑣0 = 𝑎[𝑆] 𝑏+[𝑆] , siendo 𝑎 la velocidad máxima y 𝑏 la constante de Michaelis y Menten. 𝑘𝑀 siempre va a venir en unidades de concentración. Las concentraciones más usadas son las molares, pero no son las únicas. 𝑘𝑀 = [𝐶𝑜𝑛𝑐𝑒𝑛𝑡𝑟𝑎𝑐𝑖ó𝑛] Las unidades de la velocidad máxima, por el simple hecho de que es una velocidad, vienen dadas por la relación de una unidad de concentración y de una unidad de tiempo: 𝑣𝑚𝑎𝑥 = [ 𝐶𝑜𝑛𝑐𝑒𝑛𝑡𝑟𝑎𝑐𝑖ó𝑛 𝑇𝑖𝑒𝑚𝑝𝑜 ] Este modelo implica que hay una concentración de sustrato ([𝑆]) a partir de la cual se obtiene la velocidad máxima, misma que no se puede variar por más concentración se sustrato que se haya puesto. 𝑣0 [𝑆] 𝑣0 = 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] 𝑘𝑀 = 𝑘−1 + 𝑘2 𝑘1 𝑣𝑚𝑎𝑥 2 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥 𝐸 + 𝑆 𝑘1 ← 𝑘−1 → 𝐸𝑆 𝑘2 → 𝑃 Michaelis – Menten, una vez obtenida esta ecuación, debían llegar a determinar la explicación por la cual la contante 𝑘𝑀 estaba asociada con el modelo que planteaban. Y, afortunadamente para ellos y para la industria, la encontraron. 𝑘𝑀 es una contante cinética asociada a la pareja enzima – sustrato, mas no a la enzima o al sustrato cada uno por su lado, e indica que tan afín es la enzima por el sustrato. El valor de 𝑘𝑀 cambia si cambia el sustrato, aún si la enzima se mantiene constante. Si el modelo funciona, la formación del complejo enzima – sustrato debería estar influencia directamente por el valor de 𝑘𝑀. Entones, si 𝑘1 es grande y 𝑘−1 chiquito, 𝑘𝑀 también es chiquito. Así, mientras menor sea el valor de 𝑘𝑀, más afín es la enzimapor el sustrato y, por tanto, el complejo enzima – sustrato se forma más fácilmente. Sin embargo, que la enzima sea más afín con el sustrato no significa que la reacción sea más eficiente. “𝑘𝑀” sólo indica cuán fácilmente se forma el complejo enzima – sustrato, pero no cuán eficiente es la reacción. Parte de la eficiencia de la reacción viene dada, en cambio, por la constante 𝑘2 (constante del catalizador, 𝑘𝑐𝑎𝑡). Mientras más alto es el valor de 𝑘2, más fácil y rápidamente se da la reacción de formación del producto. El valor de 𝑘2 (𝑘𝑐𝑎𝑡) se puede obtener a partir de la velocidad máxima (𝑣𝑚𝑎𝑥) o de la constante de Michaelis y Menten (𝑘𝑀). Por tal motivo, para determinar qué tan eficiente es una reacción global, se ha definido la relación: 𝑘𝑀 𝑘𝑐𝑎𝑡 Esta relación ofrece además un panorama del número de ciclos que la enzima puede participar en la reacción, término conocido como número de intercambio o ciclo de la enzima. Y en este punto es necesario aclarar lo siguiente: “no necesariamente la enzima más afín por su sustrato es la más eficiente”. La constante de Michaelis y Menten, además de indicar cuán afín es la enzima por el sustrato, muestra qué cantidad de sustrato se debe poner en la reacción para empezar con una velocidad igual a la mitad de la velocidad máxima. 𝑣0 = 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] 𝑣𝑚𝑎𝑥 2 = 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] = 2[𝑆] 𝑘𝑀 𝑚𝑒𝑛𝑜𝑟 ⟶ Pareja Enzima – Sustrato más afín Relación que da una idea de cuán eficiente es la reacción. Mientras mayor es su valor, más eficiente es la reacción. [𝑺] = 𝒌𝑴 → 𝒗𝒐 = 𝒗𝒎𝒂𝒙 𝟐 De ahí que 𝑘𝑀 también proporcional el dato de concentración de sustrato con el cual se puede iniciar la reacción con velocidad máxima. A nivel industrial se ha convenido que para siempre trabajar con velocidad máxima, se inicia con una concentración de sustrato 10 o 20 veces mayor a 𝑘𝑀. Ojo que 𝑘𝑀 presenta un valor fijo, pero ofrece una IDEA de la concentración de sustrato inicial para empezar con la velocidad máxima. Sin embargo, esto no significa que el valor de 𝑘𝑀 DEPENDA de la concentración del sustrato o viceversa, ¡no! Ni 𝑘𝑀 ni 𝑣𝑚𝑎𝑥 definen la cantidad de sustrato con la que se inicia la reacción, pues es el operador el que pone esa cantidad en el sistema. A nivel celular, casi nunca las reacciones alcanzan una concentración de sustrato que les permita alcanzar la velocidad máxima, sino más bien alcanzan concentraciones que les proveen de velocidades entre la mitad de la velocidad máxima y la velocidad máxima. A veces los valores de velocidad están muy cercanos a la velocidad máxima, pero nunca igual. Ahora, volvamos a la ecuación hallada por Michaelis y Menten: Resolver esta ecuación en los tiempos de Michaelis y Menten era muy difícil. Para resolver este problema, vino el científico Lineaweaver – Burk, quien con manipulaciones matemáticas logró transformarla en una línea recta: 𝑣0 = 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] 1 𝑣0 = 𝑘𝑀 + [𝑆] 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 1 𝑣0 = 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] + [𝑆] 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑣0 [𝑆] 𝑣0 = 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] 𝑘𝑀 + [𝑆] 𝑘𝑀 = 𝑘−1 + 𝑘2 𝑘1 𝑣𝑚𝑎𝑥 2 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥 1 𝑣0 = 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥[𝑆] + 1 𝑣𝑚𝑎𝑥 𝟏 𝒗𝟎 = 𝒌𝑴 𝒗𝒎𝒂𝒙 𝟏 [𝑺] + 𝟏 𝒗𝒎𝒂𝒙 ≈ 𝑦 = 𝑚𝑥 + 𝑏 Así, matemáticamente, se obtuvo la ecuación de una línea recta. A partir de esto, algunos investigadores decidieron ajustar los datos experimentales obtenidos para el plano 1 𝑣0 vs 1 [𝑆] por medio del método de mínimos cuadrados, conocido actualmente como regresión lineal. En este método se calcula la desviación de cada punto respecto a la recta, y se obtiene, a partir de esto, la pendiente, el punto de corte y el coeficiente de correlación (que indica cuán dispersos están los datos) del conjunto de valores. El valor del coeficiente de correlación (𝑟2) que se acepta para asumir que los datos experimentales se ajustan a una recta depende de cuán precisos son los métodos utilizados para la obtención de los datos. Mientras más precisos sean dichos métodos, se debe ser más estricto con el valor de 𝑟2. Por ejemplo, si para medir la concentraciones se emplean titulaciones, no sebe ser demasiado exacto con el valor del coeficiente de correlación, ya que los valores en este caso dependen mucho del experimentador. Si los valores de 𝑟2 superan a 0,85, en este curso se aceptará que éstos corresponden a una línea recta. En una regresión lineal se deben incluir a todos los valores experimentales. Para eliminar datos experimentales, se debe estar completamente seguro de que ese resultado es consecuencia de un error, lo que se verifica con la repetición del experimento. Sin embargo, si al repetir el experimento, el dato desviado aparece de nuevo, necesariamente se debe considerar. − 1 𝑘𝑀 1 𝑣𝑚𝑎𝑥 𝟏 𝒗𝟎 𝟏 [𝑺] 1 𝑣0 = 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥 1 [𝑆] + 1 𝑣𝑚𝑎𝑥 𝑚 = 𝑘𝑀 𝑣𝑚𝑎𝑥 Además, siempre que se tiene valores experimentales x y y, y la curva se ajusta a una línea recta, para el valor de la pendiente y el punto de corte se debe tomar los datos obtenidos de la regresión lineal de todos los números, y no considerando únicamente el primer y último punto. La mayoría de enzimas, que reciben el nombre de mikelianas, obedecen al modelo de Michaelis y Menten. Sin embargo, existen enzimas que no obedecen a éste mecanismo, las alostéricas por ejemplo. Si un enzima no es mikeliana o alostérica, entonces tienen un mecanismo especial que le describe, por ejemplo, modelos que tienen más de un complejo enzima – sustrato: 𝐸 + 𝑆 ⇋ 𝐸𝑆 ⇋ 𝐸𝑃 → 𝐸 + 𝑃 Cuando se sabe que una enzima forma un solo complejo activado pero no es mikeliana, es muy posible que su comportamiento sea alostérico. El modelo alostérico considera que la enzima tiene más de un sitio activo, en el cual el número de sitios activos se conoce como coeficiente de cooperatividad (n). Se diferencia del modelo mikeliano en que éste se basa en que la enzima presenta un solo sitio activo, aunque en ambos se da la formación de un solo complejo: el enzima – sustrato. Si el coeficiente de cooperatividad es 1, la enzima debería se mikeliana. Pero si n es 1, y la enzima no es mikeliana, se debe buscar otro tipo de mecanismos que se ajusten a dicha enzima. También existen reacciones enzimáticas con multisustratos, en las que participas enizmas que pueden trabajan con más de un sustrato. 𝒗𝟎 [𝑺] Enzima Alostérica
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