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Mecanismos genéticos básicos: Parte I El genoma de cada individuo se encuentra contenido en las moléculas de ADN de sus cromosomas, en las cuales se encuentran las unidades de información denominadas genes. Los genes son porciones de ADN que dirigen la síntesis de las distintas especies de ARN en la célula. En cada división celular, la información genética de la célula madre pasa, sin modificaciones, a la célula hija, lo cual requiere de una replicación del ADN original. Replicación del ADN Cada una de las moléculas de ADN de la célula madre sirve de molde para la síntesis de una nueva hebra polinucleótida complementaria, permitiendo la formación de dos dobles hélices idénticas a la original, proceso conocido como replicación del ADN, el cual explica cómo se logra mantener invariable el patrimonio genético de cada organismo a lo largo de su vida. En el ADN que recibe la célula hija, una hebra es nueva y la otra procede de la célula progenitora, por lo cual se dice que la duplicación es semi-conservadora. Este proceso tiene lugar previo a la división mitótica, en un periodo del ciclo celular denominado fase S. Es un mecanismo similar tanto en eucariotas como en procariotas, pero cuenta de una mayor complejidad en los primeros. El paso inicial de la replicación es la separación de las cadenas, indispensable para que cada una actué como guía en el ensamble de una nueva hebra complementaria. La replicación comienza en un punto fijo, denominado sitio de origen, en el cual secuencias específicas de bases sirven de señales de reconocimiento para el complejo de enzimas y factores que inician la replicación (generalmente, este sitio de origen contiene secuencias ricas en pares A-T, al ser más fáciles de separar que las uniones G-C, debido a su menor número de enlaces pdh). Los cromosomas de procariotas tiene un solo sitio de origen, en cambio, las enormes moléculas lineales de los cromosomas de eucariotas empiezan a replicarse en múltiples sitios. La separación se inicia simultáneamente en todos los cromosomas y en muchos puntos de la molécula de ADN de cada uno de ellos, dando como resultado la formación en la doble hélice de “burbujas” en las zonas de replicación. En el núcleo de la célula humana pueden formarse miles de burbujas de replicación, dando como resultado que el desenrollamiento se complete con mayor rapidez que si se efectuara progresivamente de un extremo a otro de la doble hélice de cada cromosoma. El sitio en el cual las dos cadenas se separan es denominado horquilla de replicación, produciéndose dos horquillas en cada burbuja que avanzan en sentidos opuestos, alejándose del punto de origen. La bidireccionalidad del proceso trae como beneficio el hecho de que este se realice de manera mucho más rápida que en el caso de que fuera unidireccional, uniéndose las horquillas de replicación con sus burbujas vecinas hasta separar completamente a las hebras. Enzimas y factores del proceso de replicación En el lugar de origen de la replicación se une la enzima desenrollante helicasa, que cataliza la separación de las cadenas, precisando del aporte de energía por hidrolisis de ATP. A medida que las hebras de la doble hélice se separan, se unen a ellas proteínas fijadoras del ADN monocatenario, en las eucariotas esta proteína es denominada proteína A de replicación (RPA), la cual estabiliza las monohebras e impide su reasociación, sin perturbar el proceso de copia para la formación de una cadena complementaria. Tanto helicasa como proteínas de fijación se extienden a lo largo de la doble hélice dejando tras de sí las dos cadenas separadas, listas para la síntesis de nuevas hebras complementarias, la cual inicia simultáneamente en todos los sitios de desenrollamiento antes de que la doble hélice original termine de separarse totalmente. Las ADN polimerasas crean una cadena hija a partir de la inserción de nucleótidos en el extremo 3´ de la cadena, debido al antiparalelismo de la doble hélice, una de ellas se encuentra orientada en sentido 3´- 5´ y otra en sentido 5´- 3´, por lo que la ADN polimerasa no podría crear una hebra nueva a partir de esta última, ya que debería sintetizar en sentido 3´- 5´y nunca ADN polimerasa puede hacer esto. Es así que la síntesis de la cadena que utiliza como molde la hebra 5´-3´ se fabrica de forma discontinua. Las ADN polimerasas construyen pequeños tramos de ADN, llamados fragmentos de Okazaki, los cuales se ligan entre sí conforme se van formando. Es debido a este proceso que la cadena sintetizada en forma discontinua recibe el nombre de retrasada, y aquella sintetizada normalmente se le llama adelantada. Esta diferencia en la síntesis le adquiere a la replicación la característica de semidiscontinua. Replicación de la cadena adelantada Para iniciar la síntesis de la nueva hebra, la ADN polimerasa necesita, además de un molde en sentido 3´- 5´, un extremo 3´ donde colocar el primer dexosirribonucleótido. Este extremo será provisto por una pequeña pieza de ARN de unos 10 nucleótidos llamada cebador. La formación del cebador es catalizada por una ARN polimerasa especificada denominada ADN primasa, diferenciada de las ARN polimerasas porque crea un ARN corto que queda unido al ADN copiado. Una vez formado el cebador la síntesis del ADN se produce por la acción de la ADN polimerasa alfa y la provisión de desoxirribonucleótidos, presentes en el núcleo como desoxirribonucleósidos trifosfato (dATP, dTTP, dGTP y dCTP) y se agregan secuencialmente en el extremo 3´ de la cadena en crecimiento, siguiendo el orden marcado por la hebra molde. La energía requerida para la replicación es tomada de los propios desoxirribonucleósidos trifosfato, que liberan dos fosfatos al unirse entre sí. Cuando una horquilla de replicación alcanza la horquilla vecina, será la acción de la ADN ligasa la que unirá el extremo 3´de la primera con el extremo 5´ de la segunda. El cebador será posteriormente removido por una nucleasa reparadora y reemplazado por una pieza equivalente de ADN generada con la ayuda de la ADN polimerasa delta. Finalmente, esta pieza se conectará con el resto de la cadena continua con la ayuda de la ADN ligasa. Replicación de la cadena retrasada A diferencia de la cadena adelanta, la cadena discontinua requerirá que la ADN primasa genere múltiples cebadores, uno para cada fragmento de Okazaki. La enzima responsable de la síntesis de los fragmentos de Okazaki es la ADN polimerasa alfa. De manera similar a lo que sucede en la cadena continua, la ADN polimerasa alfa coloca el primer dexosirribonucleótido en el extremo 3´ del cebador, siguiendo la estructura marcada por el molde. De igual manera que en la cadena continua, una nucleasa reparadora será la que remueva a estos cebadores, los cuales serán reemplazados por fragmentos de ADN gracias a la ADN polimerasa delta, y posteriormente unidos a la cadena mediante la acción de la ADN ligasa. ADN polimerasa Encargada del proceso de síntesis a partir de la hebra molde, este puede indicarse mediante la siguiente ecuación: Las ADN polimerasas presentan a su vez una actividad exonucleasa 3´- 5´, la cual les permite el volver atrás y eliminar la última base insertada si esta no está correctamente apareada. Dentro de los procariotas E. coli se han distinguido tres tipos de polimerasas: o ADN polimerasa I: encargada de eliminar cebadores y rellenar el espacio que dejan o ADN polimerasa II: reparación de los quiebres producidos en el ADN o ADN polimerasa III: principal encargada de la prolongación del ADN Por otro lado, en eucariotas encontramos cinco tipos de ADN polimerasas, denominadas por letras griegas: alfa, beta, gamma, delta y épsilon. Primosoma Ambos ADN moldes, tanto el continuo como el discontinuo, se encuentran asociadosa múltiples unidades de una proteína llamada SSB, cuya función es mantener a estas cadenas rectas para evitar el reapareamiento de sus bases complementarias. La separación de las dos cadenas desde un punto produce superenrollamientos en otras regiones de la doble hélice. Es esta la razón por la cual actúan las topoisomerasas. Estas enzimas resuelven las torsiones efectuando cortes transitorios de la cadena en zonas hipertorsionadas, permitiéndoles una rotación libre y volviéndolas a unir, reestableciendo la continuidad de la doble hélice en estado relajado. Se conoce como primosoma al conjunto de todas las enzimas comprometidas en la duplicación del ADN, incluyendo las anteriormente mencionadas así como a helicasa, polimerasa, primasa y ligasa. Replicación de los telómeros Las regiones terminales de un cromosoma eucariótico reciben el nombre de telómeros. En cada división celular, con la eliminación del último cebador, se pierde un tramo de ADN telomérico, provocando su progresivo acortamiento, debido a que este no puede ser reemplazo ya que la ADN polimerasa no funciona sin primer, por lo que el cabo 3´ de cada cadena guía no podrá ser duplicado. Esto generaría una pérdida irreparable de información genética con cada división, pero esto se previene con la presencia de trozos de ADN que no contienen información en los extremos de los cromosomas. La inserción de segmentos adicionales al extremo 3´ del ADN telomérico preexistente es catalizada por telomerasas, enzimas que contienen en su estructura un trozo de ARN utilizado como molde para ensamblar las porciones con las cuales se elonga la cadena de Acción de ADN polimerasa y cebador ADN. Sobre esta cadena, una ADN polimerasa sintetizará la hebra complementaria para formar el ADN telomérico de la doble hélice. Las telomerasas se encuentran presentes en células con gran actividad mitótica, compensando el acortamiento producido por las múltiples divisiones. En células con escasa frecuencia de división no se encuentra actividad de telomerasa, los telómeros se acortan en cada división hasta agotar la reserva y morir. Células cancerosas con gran actividad telomerasa son inmortales, y continúan su reproducción indefinidamente porque los extremos del ADN son repuestos en cada división. Las telomerasas se diferencian de las ADN polimerasas en el hecho de que son capaces de extender una hebra a partir de un molde de ARN. Alteraciones en la secuencia de nucleótidos El proceso de replicación es increíblemente complejo y preciso, sin embargo, teniendo en cuenta el inmenso número de bases, es inevitable la aparición de algunos errores. Agentes químicos y físicos pueden alterar la estructura del ADN, como lo son, por ejemplo, la luz ultravioleta, radiaciones ionizantes (ej: rayos x) y ciertos virus. Sin embargo, las células cuentan con complejos mecanismos de reparación capaces de revertir o solucionar estos errores. Las alteraciones que se encuentran más frecuentemente en la cadena de ADN son la sustitución de un nucleótido por otro, la perdida de una o varios nucleótidos, los dímeros de timina, la desaminación, la despurinación, etc. Para cada tipo de alteración existe un mecanismo de reparación específico, el cual puede ser por excisión de base o excisión de nucleótidos. Si durante la replicación del ADN, la polimerasa inserta un nucleótido incorrectamente, percibe el error y detiene su actividad. El error es resuelto por la propia enzima mediante el ejercicio de una función denominada lectura de pruebas. Ante esto, la polimerasa retrocede, mediante su actividad exonucleasa, elimina el nucleótido y lo reemplaza por el correspondiente, continuando con la replicación. En caso de que esta lectura de pruebas falle, se pone en marcha un segundo sistema de reparación: el o los nucleótidos erróneos son removidos por una nucleasa reparadora, la misma que remueve los cebadores durante la síntesis de ADN. La reparación se completa cuando la polimerasa B sintetiza la pieza faltante y la ligasa la une al ADN cortado La aparición de uracilo en lugar de citosinas, por consecuencia de desaminaciones, en el ADN da lugar a una reparación que utiliza una ADN glicosidasa especifica. Esta reconoce y corta la conexión entre la base errónea y la desoxirribosa, dejando al nucleótido sin su base, originando un sitio AP. Esta desoxirribosa será removida por la AP endonucleasa y una fosfodiesterasa, que cortan los extremos y remueven el azúcar. Posteriormente la ADN polimerasa B y la ligasa terminan con la reparación. Dímeros de timina Las mutaciones causadas por agentes ambientales son generalmente reparadas por los mismos mecanismos encargados de la reparación de mutaciones espontaneas. Sin embargo, los dímeros de timina, producidos por luz UV, son removidos por enzimas especiales, que hidrolizan simultáneamente dos uniones fosfodiester, una a cada lado de la lesión. Realizan un corte de un segmento de 29 nucleótidos entre los cuales se encuentra el dímero, separándolo de la cadena normal por acción de helicasa, y dejando a la ADN polimerasa B y a la ligasa terminar el proceso. Si las alteraciones no son reparadas previas a la replicación pueden generar mutaciones e incluso la muerte celular. Mutaciones Las mutaciones causadas por errores en la replicación pueden ser clasificadas en génicas y aberraciones cromosómicas. Las mutaciones génicas son aquellas que involucran a uno o a unos pocos nucleótidos, en cambio, las aberraciones cromosómicas son de gran magnitud, afectando al cariotipo. Las mutaciones génicas generan un cambio en la información contenida en el gen, lo cual lleva a la producción de una proteína distinta a la esperada, o a la ausencia de su producción, pudiendo traducirse en malformaciones, alteraciones funcionales o trastornos metabólicos. Recombinación genética Durante la meiosis en las gametas, se produce recombinación del ADN de cromosomas homólogos, con intercambio de segmentos entre las dos dobles hélices. Esto resulta en una redistribución de los genes contenidos en los trozos intercambiados, contribuyendo a aumentar la variabilidad genética en organismos con reproducción sexuada. Existen diversos tipos de recombinación genética, la homóloga es aquella que ocurre durante la meiosis, y tiene lugar entre regiones de ADN cuyas secuencias son altamente similares pero no idénticas. También existe la recombinación no homóloga, que ocurre entre secuencias de ADN que no contiene secuencias homólogas entre sí; y la recombinación específica de sitio o de lugar, que tiene lugar por rotura y posterior unión de regiones de homología corta y especifica de dos ADN diferentes, o dentro de la misma molécula, caso que se encuentra presente en virus. La recombinación general (también llamada recombinación homóloga) permite que grandes secciones de la doble hélice del ADN se muevan de un cromosoma a otro, y es responsable del entrecruzamiento de cromosomas que ocurre durante la meiosis en hongos, animales y plantas. La recombinación general es esencial para el mantenimiento de los cromosomas en todas las células y, por lo general, comienza con una rotura de doble cadena que se procesa para exponer un extremo de ADN de cadena sencilla. La sinapsis entre esta hebra simple y una región homóloga de doble hélice de ADN es catalizada por la proteína bacteriana RecA.y sus homólogos eucarióticos, y a menudo conduce a la formación de una estructura de cuatro hebras conocida como unión de Holliday . Según el patrón de los cortes de cadena realizados para resolver esta unión en dos hélices dobles separadas, los productos pueden ser una rotura de cadena doble reparada con precisión o dos cromosomas que se han cruzado. Debido a que la recombinación generalse basa en amplias interacciones de apareamiento de bases entre las hebras de las dos dobles hélices de ADN que se recombinan, solo ocurre entre moléculas de ADN homólogas. La conversión de genes, la transferencia no recíproca de información genética de un cromosoma a otro, resulta de los mecanismos de recombinación general, que involucran una cantidad limitada de síntesis de ADN asociada Recombinación Especifica Los genomas de casi todos los organismos contienen elementos genéticos móviles que pueden moverse de una posición en el genoma a otra mediante un proceso de recombinación de sitio específico conservativo o transposicional . En la mayoría de los casos, este movimiento es aleatorio y ocurre con una frecuencia muy baja. Los elementos genéticos móviles incluyen transposones, que se mueven solo dentro de una sola célula (y sus descendientes), y aquellos virus cuyos genomas pueden integrarse en el genoma de sus células huésped. Hay tres clases de transposones: los transposones solo de ADN, los retrotransposones de tipo retroviral y los retrotransposones no retrovirales. Todos menos el último tienen parientes cercanos entre los virus. Aunque los virus y los elementos transponibles pueden verse como parásitos, muchos de los nuevos arreglos de las secuencias de ADN que producen sus eventos de recombinación específicos del sitio han creado la variación genética crucial para la evolución de las células y los organismos.