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M É T O D O S D E E S T U D I O E N E C O L O G Í A M I C R O B I A N A 617 U N ID A D 4 Tinción fluorescente con colorantes que se unen a los ácidos nucleicos Los colorantes fluorescentes se pueden usar para teñir microor- ganismos procedentes de prácticamente cualquier hábitat. El DAPI (4′,6-diamidino-2-fenilindol) es un colorante habitual para ello, al igual que el naranja de acridina. También se usa cada vez más el SYBR Verde (SYBR Green I), un colorante que confiere una fluorescencia muy brillante a todos los microorga- nismos, incluso a los virus. Estos colorantes se unen al DNA y emiten una fuerte fluorescencia cuando se exponen a la radia- ción ultravioleta (UV) (máximo de absorción de DAPI, 400 nm; máximo de absorción del naranja de acridina, 500 nm; máximo de absorción del SYBR Verde, 497 nm), lo que hace a las célu- las presentes en la muestra fáciles de ver y de contar. Las células teñidas con DAPI emiten fluorescencia azul; las células teñidas con naranja de acridina, fluorescencia naranja o verde anaran- jado, y las teñidas con SYBR Verde emiten fluorescencia verde (Figura 18.6). Los colorantes que tiñen el DNA se usan mucho para contar microorganismos en muestras ambientales, alimentarias y clíni- cas. Según la muestra, en ocasiones la tinción del fondo puede Los ecólogos microbianos cuantifican las células en un hábi-tat microbiano para estimar la abundancia relativa de las diferentes especies. Para obtener este tipo de datos es necesa- rio teñir las células; a continuación detallaremos los métodos de tinción que se utilizan. Los organismos en su ambiente natu- ral también pueden detectarse analizando sus genes. Los genes que codifican RNA ribosómico (rRNA, Sección 12.4) o enzi- mas que participan en algún tipo específico de fisiología son los objetivos habituales de estos estudios. La genómica ambien- tal (Sección 18.7) es un método para evaluar toda la dotación genética de un hábitat, y pone de manifiesto simultáneamente la biodiversidad y las capacidades metabólicas de la comuni- dad microbiana. 18.3 Métodos generales de tinción Existen diversos métodos de tinción adecuados para cuantificar microorganismos en muestras naturales. Aunque estos méto- dos no revelan la fisiología ni la filogenia de las células, son fia- bles y muy utilizados por los ecólogos microbianos para contar el número total de células. Un método de los que vamos a des- cribir también permite evaluar la viabilidad celular. pocillos (microplaca), donde cada pocillo contiene el mismo medio de crecimiento o medios ligeramente diferentes. Como algunos organismos necesitan para crecer compuestos orgáni- cos y metabolitos producidos por otros organismos con los que comparten hábitat, la adición de agua esterilizada mediante fil- tración (para los organismos acuáticos) o de extractos de agua del suelo (para organismos terrestres) ha resultado útil para poder cultivar algunos organismos en el laboratorio. El desarrollo de estos métodos y otros relacionados para el cribado de los cultivos ha abierto un nuevo campo de tecno- logía de alto rendimiento para el cultivo de microorganismos que no habían sido cultivados previamente (véase Explorando el mundo microbiano, «Cultivando lo no cultivado»). Los méto- dos de alto rendimiento también incluyen el uso de sistemas robóticos para ensayar, con rapidez, cientos de combinaciones de nutrientes para el crecimiento o de cientos a miles de poci- llos diferentes en busca de secuencias de DNA que identifiquen los organismos que crecen en los cultivos de enriquecimiento, todo ello de manera simultánea para obtener resultados rápidos (es decir, con un alto rendimiento). MINIRREVISIÓN ¿En qué se diferencia el método de dilución con agar de la siembra por estrías para obtener colonias aisladas? ¿Cómo podemos aislar una bacteria con una morfología exclusiva que está presente en un cultivo de enriquecimiento en cantidad relativamente baja? ¿Qué se entiende por «alto rendimiento» en el cultivo de microorganismos? ¿Cómo ha beneficiado esto a la microbiología? II Análisis microscópico de comunidades microbianas no basados en técnicas de cultivo https://booksmedicos.org booksmedicos.org Botón1:
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