Biologia de los microorganismos-1068 (1299)

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M É T O D O S D E E S T U D I O E N E C O L O G Í A M I C R O B I A N A 639
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diferenciar células vivas de células muertas. El GFP hace 
que las células sean autofluorescentes y permite rastrear 
células introducidas en el ambiente y determinar la 
expresión génica. En las muestras naturales, las células 
morfológicamente idénticas pueden ser genéticamente 
diferentes.
Los métodos FISH combinan la eficacia de las 
sondas de ácidos nucleicos con los tintes fluorescentes, 
de manera que realizan tinciones muy específicas. Los 
métodos FISH incluyen tinciones filogenéticas y CARD-
FISH.
La PCR se puede usar para amplificar genes diana 
específicos como los genes de rRNA o genes metabólicos 
fundamentales. La DGGE puede identificar las diferentes 
variantes de estos genes presentes en diferentes especies de 
una comunidad.
Los filochips combinan las micromatrices y 
las técnicas filogenéticas y se usan para buscar grupos 
específicos de procariotas en comunidades microbianas.
La genómica ambiental (metagenómica) está 
basada en la clonación, la secuenciación y el análisis de 
genomas colectivos de los organismos presentes en una 
comunidad microbiana. La metatranscriptómica y la 
metaproteómica son derivaciones de la metagenómica 
centradas en el mRNA y las proteínas, respectivamente.
La actividad de los microorganismos en las 
muestras naturales se puede determinar con mucha 
sensibilidad usando radioisótopos, microsensores o ambas 
cosas. Las medidas obtenidas nos dan la actividad neta de 
la comunidad microbiana.
La composición isotópica nos puede revelar el 
origen biológico y los mecanismos bioquímicos implicados 
en la formación de diversas sustancias. El fraccionamiento 
isotópico es el resultado de la actividad de las enzimas que 
discriminan a favor de la forma más ligera de un elemento 
cuando se unen a sus sustratos.
Diversas tecnologías avanzadas como la 
NanoSIMS y la MAR-FISH posibilitan el examen de la 
actividad metabólica, el contenido genético y la expresión 
génica en comunidades microbianas naturales. La 
NanoSIMS emplea la espectrometría de masas de iones 
secundarios mientras que la MAR-FISH combina la 
captación de sustancias marcadas radiactivamente (MAR) 
con la identificación filogenética (FISH).
El SIP emplea sustratos marcados con isótopos 
pesados para generar DNA «pesado» que se puede separar 
del resto (DNA «ligero»). Los análisis genómicos del 
DNA pesado permiten vincular procesos con organismos 
específicos. La genómica de células individuales incorpora 
métodos para analizar el genoma de células individuales 
aislado de una comunidad microbiana natural.
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GLOSARIO DE TÉRMINOS
Amplificación por desplazamiento 
múltiple (MDA): método para generar 
varias copias de un DNA cromosómico 
a partir de un solo organismo.
Citometría de flujo: técnica para contar 
y examinar partículas microscópicas 
suspendiéndolas en una corriente 
de fluido y haciéndolas pasar por un 
dispositivo de detección electrónico.
Columna de Winogradsky: columna de 
vidrio compactada con lodo y cubierta 
con agua para imitar un medio acuático 
en el que se desarrollan diversas 
bacterias durante unos meses.
Cultivo de enriquecimiento: método de 
cultivo altamente selectivo para obtener 
microorganismos a partir de muestras 
naturales.
DAPI: colorante fluorescente inespecífico 
que tiñe el DNA de las células 
microbianas; se usa para obtener el 
número total de células en una muestra 
natural.
Ecología microbiana: estudio de la 
interacción de los microorganismos 
entre sí y con el entorno.
Electroforesis de gel en gradiente 
desnaturalizante (CGGE): técnica 
electroforética que separa fragmentos de 
ácidos nucleicos del mismo tamaño en 
función de su secuencia nucleotídica.
Filotipo: uno o más organismos con 
la misma secuencia o secuencias 
relacionadas de un gen marcador 
filogenético.
Fraccionamiento isotópico:
discriminación por parte de las 
enzimas en contra de los más pesados 
de entre todos los isótopos del 
carbono o el azufre, y que conlleva el 
enriquecimiento de los isótopos más 
ligeros.
Genómica ambiental (metagenómica):
uso de los métodos de la genómica 
(secuenciación y análisis de genomas) 
para caracterizar comunidades 
microbianas naturales.
Hibridación fluorescente in situ (FISH):
método que emplea un colorante 
fluorescente unido covalentemente a 
una sonda específica de ácido nucleico 
para identificar o rastrear organismos en 
el ambiente.
MAR-FISH: técnica que combina la 
identificación de los microorganismos 
con la medición de la actividad 
metabólica.
Metaproteómica: medición de la 
expresión de proteínas de toda una 
comunidad usando la espectrometría 
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