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228 G E N Ó M I C A , G E N É T I C A Y V I R O L O G Í A hélice α conectadas entre sí por una secuencia corta que forma el «giro». La primera hélice es la hélice de reconocimiento, que interacciona específicamente con el DNA. La segunda hélice es la hélice estabilizadora, y estabiliza la primera hélice interac- cionando de manera hidrófoba con ella. El giro que une las dos hélices está formado por tres aminoácidos, el primero de los cuales es normalmente una glicina. Las secuencias son recono- cidas por interacciones no covalentes que incluyen puentes de hidrógeno e interacciones de van der Waals, entre la hélice de reconocimiento de la proteína y grupos químicos específicos en la secuencia de pares de bases del DNA. Muchas proteínas bacterianas diferentes de unión al DNA contienen la estructura hélice-giro-hélice. Entre ellas se inclu- yen muchas proteínas represoras, como los represores lac y trp de Escherichia coli (Sección 7.3 y véase la Figura 7.4) y algunas proteínas de bacteriófagos, como el represor del fago lambda (Figura 7.4b). En realidad, en E. coli se conocen unas 250 proteí- nas diferentes con este motivo que se unen al DNA para regu- lar la transcripción. Hay otros dos tipos de dominios proteicos habituales en las proteínas de unión al DNA. Uno de ellos, el dedo de zinc, se encuentra frecuentemente en las proteínas reguladoras de los eucariotas, y como su nombre indica, se une a un ion zinc. El otro dominio proteico encontrado normal- mente en las proteínas de unión al DNA es la cremallera de leu- cina, que contiene residuos de leucina espaciados regularmente y que funcionan manteniendo dos hélices de reconocimiento en la orientación correcta para que se unan al DNA. Cuando una proteína se une a un sitio específico del DNA, son posibles varios resultados. En algunos casos, la proteína de dominios más comunes es el motivo estructural hélice-giro- hélice (Figura 7.4a). Dicho dominio consiste en dos segmen- tos de cadena polipeptídica con una estructura secundaria en Figura 7.3 Proteínas de unión al DNA. Muchas de proteínas de unión al DNA son dímeros que se combinan de manera específica con dos sitios en el DNA. Las secuencias específicas de DNA que interaccionan con la proteína son repeticiones invertidas. Se muestra la secuencia de nucleótidos del gen operador del operón lactosa (Sección 7.3), con las repeticiones invertidas, que son los sitios del DNA a los que se une el represor lac, en azul y lila. TGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACA ACACACCTTAACACT C GC C TATT GT TAAAGTGTGT Dominio que contiene contactos proteína-proteína y mantiene unido el dímero de proteína El dominio de unión al DNA se ajusta en el surco mayor y a lo largo del esqueleto de azúcar-fosfato 5′ 3′ 3′ 5′ Repeticiones invertidas Repeticiones invertidas Figura 7.4 Estructura hélice-giro-hélice de algunas proteínas de unión al DNA. (a) Modelo sencillo de la estructura hélice-giro-hélice en una subunidad individual de proteína. (b) Modelo informático de las dos subunidades del represor del bacteriófago lambda unidas a su operador. El DNA es rojo y azul. Una subunidad del represor dimérico se muestra de color marrón oscuro y la otra de color amarillo. Cada subunidad contiene una estructura hélice-giro-hélice. Las coordenadas utilizadas para generar esta imagen proceden del Protein Data Base (http://www.pdb.org). Recuadro: microscopía de fuerza atómica que muestra varias copias de la proteína represora LacI (flecha) unida a varias regiones operadoras de una molécula de DNA. https://booksmedicos.org booksmedicos.org Botón1:
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