ECUACIONES - PFJRL (1)

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Introducción
Durante las últimas dos décadas, los coronavirus (C0Vs) se han asociado con brotes significativos de enfermedades en Asia oriental y Oriente Medio. El síndrome respiratorio agudo severo (SARS) y el síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS) comenzaron a emerger en 2002 y 2012, respectivamente. Recientemente, un nuevo coronavirus, el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARC-CoV-2), causante de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), surgió a finales de 2019, y ha representado una amenaza global para la salud, provocando una pandemia en muchos países y territorios (1).
Los trabajadores de la salud en todo el mundo están haciendo esfuerzos para controlar nuevos brotes de enfermedades causadas por el nuevo CoV (originalmente llamado 2019-nCoV), que fue identificado por primera vez en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, China, el 12 de diciembre de 2019. El 11 de febrero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) anunció que la enfermedad asociada al actual CoV se designaría oficialmente como COVID-19, causada por el SARS-CoV-2. Se descubrió que el primer grupo de pacientes estaba conectado con el mercado de mariscos del sur de China en Wuhan (2). Los CoV pertenecen a la familia "Coronaviridae" (subfamilia "coronavirinae"), cuyos miembros infectan un amplio rango de huéspedes. El S1 trímero se sitúa en la parte superior del tallo S2 trímero (45). Recientemente, análisis estructurales de las proteínas S de COVID-19 han revelado 27 sustituciones de aminoácidos dentro de un tramo de 1,273 aminoácidos (16). Seis sustituciones se encuentran en el RBD (aminoácidos 357 a 528), mientras que cuatro sustituciones están en el RBM en el CTD del dominio S1 (16). Cabe destacar que no se observa ningún cambio de aminoácidos en el RBM, que se une directamente al receptor de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2) en el SARS-CoV (16, 46). En la actualidad, el énfasis principal está en saber cuántas diferencias serían necesarias para cambiar el tropismo del huésped. La comparación de secuencias reveló 17 cambios no sinónimos entre la secuencia temprana del SARS-CoV-2 y la posterior dispersa en el genoma del virus, con nueve sustituciones en ORF1ab, ORF8 (4 sustituciones), el gen de la espícula (3 sustituciones) y ORF7a (sustituciones individuales) (4). Notablemente, el mismo grupo, lo que indica que la evolución viral ocurrió durante la transmisión de persona a persona (4, 47). Tales eventos de evolución adaptativa son frecuentes y constituyen un proceso constantemente en curso una vez que el virus se propaga entre nuevos huéspedes (47). Aunque no se producen cambios funcionales en el virus asociados con esta evolución adaptativa, el seguimiento cercano de la ausencia de esta proteína está relacionado con la virulencia alterada de los coronavirus debido a cambios en la morfología y el tropismo (54). La proteína E consta de tres dominios, a saber, un terminal aminoácido hidrofílico corto, un dominio transmembrana hidrofóbico grande y un dominio C-terminal eficiente (51). La proteína E del SARS-CoV-2 revela una constitución de aminoácidos similar sin ninguna sustitución (16).
Proteína N 
La proteína N del coronavirus es multipropósito. Entre varias funciones, desempeña un papel en la formación de complejos con el genoma viral, facilita la interacción de la proteína M necesaria durante el ensamblaje del virión y mejora la eficiencia de transcripción del virus (55, 56). Contiene tres dominios altamente conservados y distintos, o una región de enlace (LKR, por sus siglas en inglés), y un CTD (57). La NTD se une al extremo 3' del genoma viral, posiblemente a través de interacciones electrostáticas, y difiere tanto en longitud como en secuencia (58). El LKR cargado es rico en serina y arginina y también se conoce como el dominio SR (serina y arginina) (59). El LKR es capaz de interactuar directamente con la interacción de ARN "in vitro" y es responsable de la señalización celular (60, 61). También modula la respuesta antiviral del huésped al actuar como un antagonista para las proteínas accesorias e interferón nsp
Además de las importantes proteínas estructurales, el genoma del SARS-CoV-2 contiene 15 nsps, nsp1 a nsp10 y nsp12 a nsp16, y 8 proteínas accesorias (3a, 3b, p6, 7a, 7b, 8b, 9b y ORF14) (16). Todas estas proteínas desempeñan un papel específico en la replicación viral (27). A diferencia de las proteínas accesorias del SARS-CoV, el SARS-CoV-2 no contiene la proteína 8a y tiene una proteína 8b más larga y una proteína 3b más corta (16). Las proteínas accesorias nsp7, nsp13, envoltura, matriz y p6 y 8b no han sido detectadas con ninguna sustitución de aminoácidos en comparación con las secuencias de otros coronavirus (16).
La estructura viral de SARS-CoV-2 se representa en la Figura 2.
Fig. 2: estructura del virus SARS-CoV-2 
Inicialmente, el epicentro de la pandemia de SARS-CoV-2 fue China, que reportó un número significativo de muertes asociadas con COVID-19, con 84,458 casos confirmados en laboratorio y 4,644 muertes hasta el 13 de mayo de 2020 (fig. 4). Hasta el 13 de mayo de 2020 se han reportado casos confirmados de SARS-CoV-2 en más de 210 países aparte de China (fig. 3 y 4) (Informe de situación de la OMS 114) (25, 64). Se ha informado de COVID-19 en todos los continentes excepto en la Antártida. Durante muchas semanas, Italia fue el foco de preocupación debido al gran número de casos, con 221,216 casos y 30,911 muertes, pero ahora Estados Unidos es el país con mayor número de casos, 1,322,054 y 79,634 muertes. Ahora, el Reino Unido tiene incluso más casos (2,264,671) y muertes (32,692) que Italia. Una plataforma web de la Universidad Johns Hopkins ha proporcionado actualizaciones diarias sobre la epidemiología básica del brote de COVID-19. También se ha confirmado COVID-19 en un crucero llamado "Diamond Princess", en cuarentena en aguas japonesas (puerto de Yokohama), así como en otros cruceros alrededor del mundo (239) (fig. 3). Los eventos significativos del brote del virus SARS-CoV-2 / COVID-19 que ocurrieron desde el 8 de diciembre de 2019 se presentan en una línea de tiempo en la figura 5.
FIG 5: línea de tiempo que representa los eventos significativos ocurridos durante el brote del virus SRS-CoV-2/COVID-19. La línea de tiempo describe los eventos significativos durante el actual brote de SARS-CoV-2, desde el 8 de diciembre de 2019 hasta mayo de 2020.
Al principio, China experimentó la mayoría de la carga asociada con COVID-19 en forma de morbilidad y mortalidad (65), pero con el tiempo la amenaza de COVID-19 se trasladó a Europa, especialmente Italia y España, y ahora Estados Unidos tiene el mayor número de casos confirmados. Otro estudio encontró que el número reproductivo promedio de COVID-19 fue de 3.28, lo que es significativo de 1.4 a 2.5 (77). Es demasiado pronto para obtener el valor exacto de R0, ya que existe la posibilidad de sesgo debido a datos insuficientes. Un valor de R0 más alto indica un mayor potencial de transmisión de SARS-CoV-2 en una población susceptible. Esta no es la primera vez que las prácticas culinarias de China se han culpado por el origen de la infección de coronavirus en humanos. Anteriormente, se identificó que los animales presentes en el mercado de animales vivos eran huéspedes intermedios del brote de SARS en China (78). Se descubrió que varias especies de vida silvestre albergaban cepas de coronavirus potencialmente evolutivas que pueden superar la barrera de especies (79). Uno de los principales principios de la cultura alimentaria china es que los animales sacrificados se consideran más nutritivos (5).
Después de cuatro meses de lucha que duró desde diciembre de 2019 hasta marzo de 2020, la situación del COVID-19 ahora parece estar bajo control en China. Los mercados húmedos de animales han vuelto a abrir, y las personas han comenzado a comprar murciélagos, perros, gatos, aves, escorpiones, tejones, conejos, pangolines (hormigueros escamosos), visones, sopa de gato almizclero, avestruces, hámsters, tortugasmordedoras, patos, peces, cocodrilos siameses y otros que tienen un receptor de entrada similar a SARS-CoV-2 (17, 87, 254, 255). Varios países han proporcionado recomendaciones a sus ciudadanos que viajan a China (88, 89). En comparación con los brotes anteriores de coronavirus causados por el SARS-CoV-2, se creía que la transmisión de humano a humano era menor. Esta suposición se basaba en el hallazgo de que los trabajadores de la salud se veían menos afectados que en brotes anteriores del mortal coronavirus (2). Los eventos de superdifusión se consideran los principales culpables de la extensa transmisión de SARS y MERS (90, 91). Casi la mitad de los casos de MERS-CoV reportados en Arabia Saudita son de origen secundario que ocurrió a través del contacto con individuos asintomáticos o sintomáticos infectados a través de la transmisión de humano a humano (92). No se puede descartar la ocurrencia de eventos de superdifusión en el brote de COVID-19 hasta que se evalúe su posibilidad. Al igual que el SARS y el MERS, el COVID-19 también puede infectar el tracto respiratorio inferior, con síntomas más leves (27). El número básico de reproducción del COVID-19 se ha encontrado en el rango de 2.8 a 3.3 según informes en tiempo real y de 3.2 a 3.9 según casos infectados previstos (84). 
La ruta justifica la introducción de resultados negativos de pruebas de ácido nucleico viral fecal como uno de los criterios de alta adicionales en casos confirmados de laboratorio de COVID-19 (326).
La pandemia de COVID-19 no tiene ningún factor novedoso, excepto el patógeno genéticamente único y un posible reservorio adicional. La causa y el probable resultado futuro son solo repeticiones de nuestras interacciones anteriores con coronavirus mortales. La única diferencia es el momento de aparición y la distinción genética del patógeno involucrado. Las mutaciones en el RBD de los CoVs han facilitado su capacidad para infectar a nuevos huéspedes, expandiendo así su alcance a todos los rincones del mundo (85). Esto es una amenaza potencial para la salud tanto de animales como de humanos. Estudios avanzados utilizando la reconstrucción filogeográfica bayesiana identificaron el origen más probable del SARS-CoV-2 como el coronavirus similar al SARS presente en murciélagos de la familia Rhinolophus (86).
Las convulsiones, la tos y el esputo (85). Por lo tanto, los clínicos deben estar atentos a la posible aparición de manifestaciones clínicas atípicas para evitar la posibilidad de un diagnóstico omitido. La capacidad de transmisión temprana del SARS-CoV-2 se encontró que era similar o ligeramente superior a la del SARS-CoV, lo que refleja que podría ser controlado a pesar de una moderada a alta transmisibilidad (84).
Los crecientes informes de SARS-CoV-2 en aguas residuales y aguas residuales justifican la necesidad de una mayor investigación debido a la posibilidad de transmisión fecal-oral. El SARS-CoV-2 presente en compartimentos ambientales como el suelo y el agua terminará finalmente en las aguas residuales y lodos de plantas de tratamiento (328). Por lo tanto, debemos reevaluar los procedimientos actuales de tratamiento de aguas residuales y lodos y presentar técnicas avanzadas que sean específicas y efectivas contra el SARS-CoV-2. Dado que hay una eliminación activa de SARS-CoV-2 en las heces, la prevalencia de infecciones en una gran población se puede estudiar utilizando la epidemiología basada en aguas residuales. Recientemente, se utilizó la PCR cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR) para enumerar las copias de ARN del SARS-CoV-2 concentradas a partir de aguas residuales recogidas en una planta de tratamiento de aguas residuales (327). El número calculado de copias de ARN viral determina el número de individuos infectados. Como resultado, el mundo entero está sufriendo por el nuevo SARS-CoV-2, con más de 4,170,424 casos y 287,399 muertes en todo el mundo. Existe una necesidad urgente de una campaña internacional racional contra los alimentos poco saludables 11/100 de China para alentar a los vendedores a mejorar las prácticas de alimentos o cerrar los mercados de animales vivos muertos en bruto. Existe la necesidad de modificar las políticas alimentarias a nivel nacional e internacional para evitar amenazas de vida adicionales y consecuencias económicas debido a cualquier pandemia emergente o reemergente debido a la estrecha interacción animal-humana (285).
Con China siendo el país más poblado del mundo y debido a sus políticas de exportación de alimentos internos e internacionales, todo el mundo se enfrenta ahora a la amenaza del COVID-19, incluida China misma. Los mercados húmedos de animales vivos-muertos no mantienen prácticas estrictas de higiene alimentaria. Las salpicaduras de sangre fresca están presentes en todas partes, en el suelo y en las mesas, y estas costumbres alimentarias podrían fomentar que muchos patógenos se adapten, muten y salten la barrera de especies. Como resultado, el mundo entero está sufriendo por el nuevo SARS-CoV-2, con más de ... A partir de la experiencia con varios brotes relacionados con virus emergentes conocidos, a menudo se asocia una mayor patogenicidad de un virus con una menor capacidad de transmisión. En comparación con virus emergentes como el virus del Ébola, el H7N9 aviario, el SARS-CoV y el MERS-CoV, el SARS-CoV-2 tiene una patogenicidad relativamente menor y una transmisibilidad moderada (15). El riesgo de muerte entre las personas infectadas con COVID-19 se calculó utilizando el riesgo de mortalidad por infección (IFR). Se encontró que el IFR está en el rango del 0,3% al 0,6%, lo cual es comparable al de una pandemia anterior de influenza asiática (1957 a 1958) (73, 277).
A destacar, el reanálisis de la curva de la pandemia de COVID-19 desde el grupo inicial de casos señaló una considerable transmisión de humano a humano. Se opina que la historia de exposición al SARS-CoV-2 en el mercado de mariscos de Wuhan se originó a través de la transmisión de humano a humano en lugar de la transmisión de animal a humano (74); sin embargo, debido al traspaso zoonótico en el COVID-19, es demasiado temprano para respaldar completamente esta idea (1). Después de la infección inicial, se ha observado una transmisión de humano a humano con una estimación preliminar del número de reproducción (Rg) de 1,4 a 2,5 (70, 75), y recientemente se estima en 2,24 a 3,58 (76). En otro estudio, aún no se han identificado el número reproductivo promedio del posible origen del SARS-CoV-2 y la primera forma de transmisión de la enfermedad (70). El análisis del grupo inicial de infecciones sugiere que las personas infectadas tenían un punto de exposición común, un mercado de mariscos en Wuhan, provincia de Hubeu, China (figura 6). Los restaurantes de este mercado son conocidos por proporcionar diferentes tipos de animales salvajes para el consumo humano (71). El mercado de mariscos del sur de China de Huanan también vende animales vivos, como aves de corral, murciélagos, serpientes y marmotas (72). Este podría ser el punto donde ocurrió la transmisión zoonótica (animal a humano) (71). Aunque se afirma que el SARS-CoV-2 se originó en un huésped animal (origen zoonótico) con una posterior transmisión de humano a humano (figura 6), la posibilidad de la transmisión a través de los alimentos debe descartarse con investigaciones adicionales, ya que es una posibilidad latente (1). Además, otras posibles rutas de transmisión asociadas, como en otros virus respiratorios, son el contacto directo, como compartir manos contaminadas, o el contacto directo con superficies contaminadas (figura 6). Aún queda por determinar si la transfusión de sangre y los trasplantes de órganos (276), así como las vías translacental y perinatal, son posibles rutas para la transmisión del SARS-CoV-2 (figura 6).
La subfamilia y es completamente diferente del virus responsable de MERS-CoV y SARS-CoV (3). El recién surgido SARS-CoV-2 es un coronavirus del grupo 2B (2). Las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 obtenidas de los pacientescomparten un 79,5% de similitud de secuencia con la secuencia de SARS-CoV (63).
A partir del 13 de mayo de 2020, se han reportado un total de 4,170,424 casos confirmados de COVID-19 (con 287,399 muertes) en más de 210 países afectados en todo el mundo (Informe de situación 114 de la OMS). El brote de COVID-19 también se ha asociado con impactos económicos severos a nivel global debido a la interrupción repentina del comercio global y las cadenas de suministro, lo que llevó a decisiones de empresas multinacionales que resultaron en pérdidas económicas significativas (66). El reciente aumento en el número de pacientes críticamente enfermos confirmados con COVID-19 ya ha superado los suministros de cuidados intensivos, limitando los servicios de cuidados intensivos solo a una pequeña parte de los pacientes críticamente enfermos (67). Esto también podría haber contribuido al aumento de la tasa de letalidad observada en el brote de COVID-19.
Punto de vista sobre la transmisión, propagación y surgimiento del SARS-CoV-2. El nuevo coronavirus fue identificado dentro de 1 mes (28 días) del brote. Esto es impresionantemente rápido en comparación con el tiempo que tomó identificar el SARS-CoV reportado en Foshan, provincia de Guangdong, China (125 días) (68). Inmediatamente después de la confirmación de la etiología viral, los virólogos chinos liberaron rápidamente la secuencia genómica del SARS-CoV-2, lo cual desempeñó un papel crucial en el control de la propagación de esta nueva posible fuente del SARS-CoV-2.
En el árbol filogenético no enraizado de diferentes betacoronavirus basado en la proteína S, las secuencias de virus de diferentes subgéneros se agruparon en diferentes conglomerados. Las secuencias de SARS-CoV-2 de Wuhan y otros países mostraron una estrecha relación y aparecieron en un solo conglomerado (figura 1). Los CoVs del subgénero "sarbecovirus" aparecieron conjuntamente en SplitsTree y se dividieron en tres subgrupos, a saber, SARS-CoV-2, bat-SARS-like-CoV (bat-SL-CoV) y SARS-CoV (figura 1). En el caso de otros subgéneros, como "merbecorivus", todas las secuencias se agruparon en un solo conglomerado, mientras que en "embecovirus", diferentes especies, compuestas por CoVs respiratorios caninos, CoVs bovinos, CoVs equinos y la cepa humana de CoV (OC43), se agruparon en un conglomerado común. Los aislados en los subgéneros "nobecovorus" y "hibecovirus" se encontraron ubicados por separado de otros SARS-CoVs reportados pero compartían un origen de murciélago.
ESCENARIO MUNDIAL ACTUAL DE SARS-CoV-2
Este nuevo virus, SARS-CoV-2, pertenece al subgénero "sarbecovirus" de la subfamilia "orthocoronavirinae" y es completamente diferente de otros virus.
Hemos evaluado la similitud en porcentaje de nucleótidos utilizando el programa de software MegAlign, donde la similitud entre los aislados del nuevo SARS-CoV-2 estaba en el rango del 99.4% al 100%. Entre las otras secuencias de "serbecovirus CoV", las secuencias del nuevo SARS-CoV-2 mostraron los rangos de similitud más altos, entre el 88.12% y el 89.65%. Mientras tanto, los SARS-CoVs reportados anteriormente mostraron una similitud del 70.6% al 74.9% con el SARS-CoV-2 a nivel de nucleótidos. Además, la similitud en porcentaje de nucleótidos fue del 55.4%, del 45.5% al 47.9%, del 46.2% al 46.6% y del 45.0% al 46.3% con los otros cuatro subgéneros, conocidos como "hibecovirus", "nobecovirus", "mebecovirus" y "embecovirus", respectivamente. El índice de similitud en porcentaje de los aislados del brote actual indica una estrecha relación entre los aislados de SARS-CoV-2 y el bat-SL-CoV, lo que indica un origen común. Sin embargo, se necesitan pruebas adicionales basadas en un análisis genómico completo de los aislados actuales para llegar a cualquier conclusión, aunque se ha determinado que los aislados del nuevo SARS-CoV-2 pertenecen al subgénero "sarbevovirus" en la diversa gama del betacoronavirus. Se hipotetiza que su posible ancestro proviene de cepas de CoV de murciélago, en donde los murciélagos podrían haber desempeñado un papel fundamental en albergar esta clase de virus.
La proteina n
La proteína N del coronavirus es de uso múltiple. Entre varias funciones, desempeña un papel en la formación de complejos con el genoma viral, facilita la interacción de la proteína M necesaria durante el ensamblaje del virión y mejora la eficiencia de la transcripción del virus (55, 56). Contiene tres dominios altamente conservados y distintos, es decir, un dominio NTD (dominio de unión a ARN o una región de enlace), y un CTD (57). El dominio NTD se une al extremo 3' del genoma viral, quizás a través de interacciones electrostáticas, y es altamente divergente tanto en longitud como en secuencia (58). La región de enlace LKR está enriquecida en serina y arginina y también se conoce como dominio SR (serina y arginina) (59). El LKR es capaz de interactuar directamente con la interacción de ARN "in vitro" y es responsable de la señalización celular (60, 61). También modula la respuesta antiviral del huésped al actuar como antagonista de interferón (IFN) y interferencia de ARN (62). En comparación con el SARS-CoV, la proteína N del SARS-CoV-2 presenta cinco mutaciones de aminoácidos, dos de las cuales se encuentran en la región intrínsecamente dispersa (IDR; posiciones 25 y 26), una en el dominio NTD (posición 103), una en LKR (posición 217) y una en CTD (posición 334) (16).
La Proteína M
La proteína M es la proteína viral más abundante presente en la partícula del virión, proporcionando una forma definida al envoltorio viral (48). Se une al nucleocápside y actúa como un organizador central del ensamblaje del coronavirus (49). Las proteínas M de los coronavirus son altamente diversas en su contenido de aminoácidos, pero mantienen una similitud estructural general dentro de diferentes géneros (50). La proteína M tiene tres dominios transmembrana, flanqueados por un breve extremo amino terminal fuera del virión y un largo extremo carboxi terminal dentro del virión (50). En general, el armazón viral se mantiene por la interacción M-M. Cabe destacar que la proteína M del SARS-CoV-2 no tiene una sustitución de aminoácidos en comparación con la del SARS-CoV (16).
La Proteina E
La proteína E del coronavirus es la más enigmática y más pequeña de las proteínas estructurales principales (51). Juega un papel multifuncional en la patogénesis, ensamblaje y liberación del virus (52). Es un pequeño polipéptido integral de membrana que actúa como un viperino (canal iónico) (53).
La Proteina S
La proteína S del coronavirus es una proteína transmembrana viral de clase I grande y multifuncional. El tamaño de esta abundante proteína S varía de 1,160 aminoácidos (IBV, virus de bronquitis infecciosa, en aves de corral) a 1,400 aminoácidos (FCoV, coronavirus felino) (43). Se encuentra en un trímero en la superficie del virión, lo que le da al virión una apariencia de corona o con forma de corona. Funcionalmente, es necesario para la entrada de las partículas virales infecciosas en la célula a través de la interacción con varios receptores celulares del huésped (44).
Además, actúa como un factor crítico para la tropismo tisular y la determinación del rango de huéspedes (45). Es importante destacar que la proteína S es una de las proteínas inmunodominantes vitales de los coronavirus capaz de inducir respuestas inmunes del huésped (45). Los ectodominios en todas las proteínas S de los coronavirus tienen organizaciones de dominios similares, divididas en dos subunidades, S1 y S2 (43). La primera, SI, ayuda en la unión al receptor del huésped, mientras que la segunda, S2, es responsable de la fusión. La primera (S1) se divide además en dos subdominios, a saber, el dominio N-terminal (NTD) y el dominio C-terminal (CTD). Ambos subdominios actúan como dominios de unión al receptor, interactuando eficientemente con varios receptores del huésped (45). El CTD de S1 contiene el motivo de unión al receptor (RBM). En cada proteína espiga de coronavirus, la trímera S1 se encuentra en la parte superiorde la S2 trímera (38, 39), sin embargo, para el SARS y el MERS, los gatos civeta y los camellos, respectivamente, actúan como huéspedes amplificadores (40, 41).
Los genomas y subgenomas de los coronavirus codifican seis ORF (31). La mayoría del extremo 5' está ocupado por ORFla/b, que produce 16 nsps. Las dos poliproteínas, ppla y pplab, se producen inicialmente a partir de ORFla/b mediante un cambio de marco a-1 entre ORFla y ORFIb (32). Las proteasas codificadas por el virus dividen las poliproteínas en nsps individuales (proteasa principal [Mpro], proteasa tipo quimotripsina [3CLpro] y proteasas tipo papaína [PLPs]) (42). El SARS-CoV-2 también codifica estas nsps, y sus funciones se han dilucidado recientemente (31). Es notable una diferencia entre el SARS-CoV-2 y otros coronavirus, que es la identificación de una nueva proteína corta supuesta dentro de la banda ORF3, una proteína secretada con una hélice alfa y una hoja beta con seis hebras codificadas por ORF8 (31).
Los coronavirus codifican cuatro proteínas estructurales principales, a saber, espiga (S), membrana (M), envoltura (E) y nucleocápside (N), que se describen en detalle a continuación.
S Glicoproteína
La proteína S del coronavirus es una proteína transmembrana viral grande y multifuncional de clase I. Según la caracterización molecular, el SARS-CoV-2 se considera un nuevo betacoronavirus perteneciente al subgénero Sarbecovirus (3). Otros virus zoonóticos críticos (CoV relacionado con MERS y CoV relacionado con SARS) pertenecen al mismo género. Sin embargo, el SARS-CoV-2 fue identificado como un virus distinto en base al porcentaje de identidad con otros betacoronavirus; el marco de lectura abierto conservado la/b (ORFla/b) tiene menos del 90% de identidad (3). Se observó una identidad de nucleótidos del 80% en general entre el SARS-CoV-2 y el SARS-CoV original, junto con una identidad del 89% con los CoV relacionados con SARS ZC45 y ZXC21 de murciélagos (2, 31, 36). Además, se ha observado una identidad del 82% entre el SARS-CoV-2 y el SARS-CoV humano Tor2 y el SARS-CoV humano BJ01 2003 (31). Se observó una identidad de secuencia de solo el 51.8% entre el CoV relacionado con MERS y el recientemente emergido SARS-CoV-2 (37). El análisis filogenético de los genes estructurales también reveló que el SARS-CoV-2 está más relacionado con el CoV relacionado con SARS de murciélagos. Por lo tanto, es posible que el SARS-CoV-2 haya sido originado por murciélagos, mientras que otros hospedadores amplificadores podrían haber desempeñado un papel en la transmisión de la enfermedad a los humanos (31). Cabe destacar que los otros dos CoV zoonóticos (CoV relacionado con MERS y CoV relacionado con SARS) también se originaron en murciélagos (38, 39). Sin embargo, en el caso del SARS y del MERS, la civeta encerrada contenía un valioso nucleocápside. Los nucleocápsides en los CoV están ordenados en simetría helicoidal, lo cual refleja una característica atípica en los virus de ARN de sentido positivo (30). Las microfotografías electrónicas del SARS-CoV-2 revelaron un contorno esférico divergente con cierto grado de pleomorfismo, diámetros de viriones que varían entre 60 y 140 nm, y distintas espículas de 9 a 12 nm, lo cual le da al virus la apariencia de una corona solar (3). El genoma de los CoV está dispuesto linealmente como 5'-líder-UTR-replicasa-genes estructurales (S-E-M-N)-3' UTR-replicasa-pol(A) (32). También se observan genes accesorios, como 3a/b, 4a/b, y el gen de hemaglutinina-esterasa (HE), mezclados con los genes estructurales (30). También se ha encontrado que el SARS-CoV-2 está dispuesto de manera similar y codifica varias proteínas accesorias, aunque carece del HE, que es característico de algunos betacoronavirus (31). El genoma de sentido positivo de los CoV sirve como ARNm y se traduce en una poliproteína la/lab (ppla/lab) (33). Un complejo de replicación-transcripción (RTC) se forma en vesículas de doble membrana (DMV) mediante proteínas no estructurales (nsp), codificadas por el gen de la poliproteína (34). Posteriormente, el RTC sintetiza un conjunto anidado de ARN subgenómicos (sgARN) mediante transcripción discontinua (35).
La situación en la población mundial ha llevado a brotes de enfermedades que aún no se han controlado hasta la fecha, a pesar de los amplios esfuerzos que se están realizando para combatir este virus (25). El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) ha propuesto designar/nombrar a este virus como síndrome respiratorio agudo grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), determinando que pertenece a la categoría de coronavirus relacionados con el síndrome respiratorio agudo grave y que está relacionado con los SARS-CoVs (26). SARS-CoV-2 es miembro del orden Nidovirales, la familia Coronaviridae, subfamilia Orthocoronavirinae, que se subdivide en cuatro géneros: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus y Deltacoronavirus (3. 27). Los géneros Alphacoronavirus y Betacoronavirus tienen su origen en los murciélagos, mientras que los Gammacoronavirus y Deltacoronavirus han evolucionado a partir de los genes de aves y cerdos (24, 28, 29, 275).
Los coronavirus poseen un genoma de ARN de cadena sencilla y sentido positivo, no segmentado, de aproximadamente 30 kb, rodeado por un capuchón en el extremo 5' y una cola de poli(A) en el extremo 3' (30). El genoma de SARS-CoV-2 tiene una longitud de 29,891 pb y un contenido de G+C del 38% (31). Estos virus están rodeados por una envoltura que contiene proteínas virales. Algunas opciones terapéuticas para tratar el COVID-19 han mostrado eficacia en estudios in vitro, sin embargo, hasta la fecha, estos tratamientos no han sido sometidos a ensayos clínicos aleatorizados en animales o humanos, lo que limita su aplicabilidad práctica en la pandemia actual (7, 9, 19-21).
Esta revisión exhaustiva describe las diversas características de SARS-CoV-2/COVID-19 que causan los actuales brotes de la enfermedad, así como los avances en el diagnóstico y el desarrollo de vacunas y terapias. También proporciona una breve comparación con los anteriores SARS y MERS CoVs, la perspectiva veterinaria de los CoVs y este nuevo patógeno emergente, y una evaluación del potencial zoonótico de CoVs similares para ofrecer estrategias factibles de One Health para el manejo de este virus fatal (22-367).
LOS VIRUS (SARS-CoV-2)
Los coronavirus son virus de ARN de sentido positivo que tienen una amplia y promiscua variedad de hospedadores naturales y afectan múltiples sistemas (23, 24). Los coronavirus pueden causar enfermedades clínicas en humanos que pueden ir desde el resfriado común hasta enfermedades respiratorias más graves como el SARS y el MERS (17, 279). El recientemente emergente SARS-CoV-2 ha causado estragos en China y ha provocado una situación de pandemia en todo el mundo, llevando a nuevas drogas dirigidas y prevención de epidemias posteriores (13). COVID-19 está asociado con dolencias de los pulmones en todos los casos y genera hallazgos característicos en las tomografías computarizadas de tórax, como la presencia de múltiples lesiones en los lóbulos pulmonares que aparecen como estructuras densas y opacas con aspecto de vidrio esmerilado que ocasionalmente coexisten con sombras de consolidación (18).
Los síntomas más comunes asociados con el COVID-19 son fiebre, tos, disnea, expectoración, dolor de cabeza y mialgia o fatiga. En contraste, los signos menos comunes al momento de la admisión hospitalaria incluyen diarrea, hemoptisis y dificultad para respirar (14). Recientemente, también se sospechó que las personas con infecciones asintomáticas transmitían infecciones, lo que agrega aún más complejidad a la dinámica de transmisión de la enfermedad en las infecciones por COVID-19 (1). Tales respuestas eficientes requieren un conocimiento profundo sobre el virus, que actualmente es un agente nuevo; en consecuencia, se requieren más estudios.
Comparando el genoma de SARS-CoV-2 con el de los CoV SARS/SARS similares estrechamente relacionados, se reveló que la secuencia que codificala proteína espiga, con una longitud total de 1.273 aminoácidos, mostró 27 sustituciones de aminoácidos. Seis de estas sustituciones están en la región del dominio de unión al receptor (RBD), y otras seis sustituciones están en el subdominio subyacente (SD) (16). Los análisis filogenéticos han revelado que SARS-CoV-2 está estrechamente relacionado (88% de similitud) con dos CoV similares a SARS derivados de murciélagos de CoV similares a SARS (bat-SL-CoVZC45 y bat-SL-CoVZXC21) (Fig. 1) en la gama de hospedadores, produciendo síntomas y enfermedades que van desde el resfriado común hasta enfermedades graves y finalmente mortales, como el SARS, el MERS y, actualmente, el COVID-19. SARS-CoV-2 se considera uno de los siete miembros de la familia CoV que infectan a los humanos (3), y pertenece a la misma línea de CoV que causa el SARS; sin embargo, este nuevo virus es genéticamente distinto. Hasta 2020, se conocían seis CoV que infectan a los humanos, incluido el CoV humano 229E (HCoV-229E), HCoV-NL63, HCoV-OC43, HCoV-HKUI, SARS-CoV y MERS-CoV. Aunque el SARS-CoV y el MERS-CoV han causado brotes con alta mortalidad, otros siguen asociados con enfermedades leves del tracto respiratorio superior (4).
Los CoV de reciente evolución representan una gran amenaza para la salud pública mundial. La actual aparición de COVID-19 es el tercer brote de CoV en humanos en las últimas dos décadas (5). No es una coincidencia que Fan et al. predijeran posibles brotes de CoV similares al SARS o al MERS en China después de la transmisión del patógeno de los murciélagos (6). COVID-19 surgió en China y se propagó rápidamente por todo el país y, posteriormente, a otros países. Debido a la gravedad de este brote y al potencial de propagarse a nivel internacional, la OMS declaró una emergencia de salud global el 31 de enero de 2020.
El 11 de marzo de 2020, declararon la situación como una pandemia. En la actualidad, no estamos en condiciones de tratar eficazmente la COVID-19, ya que no hay vacunas aprobadas ni fármacos antivirales específicos para tratar las infecciones por CoV en humanos disponibles. La mayoría de las naciones están haciendo esfuerzos para prevenir la propagación de este virus potencialmente mortal mediante la implementación de estrategias preventivas y de control.
En animales domésticos, las infecciones por CoV están asociadas con un amplio espectro de condiciones patológicas. Aparte del virus de la bronquitis infecciosa, el CoV respiratorio canino y el virus de la hepatitis murina, los CoV están predominantemente asociados con enfermedades gastrointestinales. La aparición de nuevos CoV puede haber sido posible debido a la presencia de múltiples CoV mantenidos en su huésped natural, lo que podría haber favorecido la probabilidad de recombinación genética. La alta diversidad genética y la capacidad para infectar múltiples especies huésped son el resultado de mutaciones de alta frecuencia en los CoV, que ocurren debido a la inestabilidad de las ARN polimerasas dependientes de ARN junto con tasas más altas de recombinación homóloga de ARN. Identificar el origen del SARS-CoV-2 y la evolución del patógeno será útil para la vigilancia de enfermedades.
La infección por coronavirus en humanos generalmente se asocia con enfermedades respiratorias leves a graves, con fiebre alta, inflamación severa, tos y disfunción de órganos internos que incluso pueden llevar a la muerte. La mayoría de los coronavirus identificados causan el resfriado común en humanos. Sin embargo, esto cambió cuando se identificó el SARS-CoV, abriendo paso a formas graves de la enfermedad en humanos. Nuestra experiencia previa con brotes de otros coronavirus, como el SARS y el MERS, sugiere que la forma de transmisión en la COVID-19 es principalmente de humano a humano a través del contacto directo, las gotas y los objetos contaminados. Estudios recientes han demostrado que el virus puede permanecer viable durante horas en aerosoles y hasta días en superficies, por lo que la contaminación por aerosoles y objetos pueden desempeñar un papel importante en la transmisión del SARS-CoV-2.
La respuesta inmune contra el coronavirus es vital para controlar y eliminar la infección. Sin embargo, las respuestas inmunes desajustadas pueden contribuir a la inmunopatología de la enfermedad, lo que resulta en deterioro del intercambio de gases pulmonares. Comprender la interacción entre los CoV y los sistemas inmunes innatos del huésped podría iluminar nuestra comprensión de la inflamación pulmonar asociada con esta infección. El SARS es una enfermedad respiratoria viral causada por un CoV animal previamente no reconocido que se originó en los mercados húmedos del sur de China después de adaptarse al huésped humano, lo que permitió la transmisión entre humanos. El brote de SARS reportado de 2002 a 2003 tuvo 8,098 casos confirmados con un total de 774 muertes. El brote afectó gravemente a la región de Asia Pacífico, especialmente a China continental. Aunque la tasa de letalidad de SARS-CoV-2 (COVID-19) es menor que la de SARS-CoV, existe una preocupación grave relacionada con este brote debido a su similitud epidemiológica con los virus de la gripe. Esto puede afectar al sistema de salud pública, resultando en una pandemia.
El MERS es otra enfermedad respiratoria que se informó por primera vez en Arabia Saudita durante el año 2012. Se encontró que la enfermedad tiene una tasa de letalidad de alrededor del 35%. El análisis de los conjuntos de datos disponibles sugiere que el período de incubación de SARS-CoV-2, SARS-CoV y MERS-CoV está en casi el mismo rango. El tiempo de incubación predicho más largo de SARS-CoV-2 es de 14 días. Por lo tanto, las personas sospechosas se aíslan durante 14 días para evitar el riesgo de propagación. Aunque se ha informado una alta similitud entre la secuencia del genoma del nuevo coronavirus (SARS-CoV-2) y los CoV similares al SARS, el análisis comparativo ha reconocido un sitio de escisión similar a la furina en la proteína S del SARS-CoV-2 que falta en otros CoV similares al SARS. Se espera que el sitio de escisión similar a la furina juegue un papel en el ciclo de vida del virus y la patogenicidad de la enfermedad e incluso podría actuar como un objetivo terapéutico para los inhibidores de la furina. La naturaleza altamente contagiosa del SARS-CoV-2 en comparación con la de sus predecesores podría ser el resultado de una mutación estabilizadora que ocurrió en el dominio de la proteína nsp2 asociada a los endosomas.
De manera similar, la mutación desestabilizadora cerca del dominio de la fosfatasa de las proteínas nsp3 en el SARS-CoV-2 podría indicar un mecanismo potencial que lo diferencia de otros CoV. Aunque la tasa de letalidad reportada para la COVID-19 es baja en comparación con los brotes anteriores de SARS y MERS, ha causado más muertes que el SARS y el MERS combinados. Posiblemente relacionado con la patogénesis viral, se ha encontrado recientemente una deleción de 832 nucleótidos en ORF8, que parece reducir la capacidad de replicación del virus y llevar a fenotipos atenuados de SARS-CoV-2. El coronavirus es el ejemplo más destacado de una cepa epidémica.
La transmisión también puede ocurrir directamente del huésped reservorio a los humanos sin adaptaciones de RBD. El coronavirus de murciélago que circula actualmente mantiene proteínas de pico específicas "preparadas" que facilitan la infección humana sin la necesidad de ninguna mutación o adaptación. En conjunto, diferentes especies de murciélagos llevan una gran cantidad de coronavirus en todo el mundo. La alta plasticidad en el uso de receptores, junto con la posibilidad de mutación y recombinación adaptativa, puede resultar en una frecuente transmisión entre especies de murciélagos a animales y humanos. La patogénesis de la mayoría de los coronavirus de murciélago es desconocida, ya que la mayoría de estos virus no se aíslan ni se estudian. El coronavirus del erizo HKU31, un betacoronavirus, se ha identificado en erizos amur en China. Los estudios muestran quelos erizos son el reservorio de betacoronavirus y hay evidencia de recombinación.
La evidencia científica actual disponible sobre la infección por MERS sugiere que el huésped reservorio significativo, así como la fuente animal de la infección por MERS en los humanos, son los camellos dromedarios. Los camellos dromedarios infectados pueden no mostrar ningún signo visible de infección, lo que hace difícil detectar y controlar el virus.
Es importante tener en cuenta el riesgo potencial de nuevas infecciones por coronavirus, especialmente si se identifican nuevos huéspedes animales o se producen mutaciones que permitan una mayor transmisión entre humanos. La investigación continua es fundamental para comprender mejor estos virus y desarrollar estrategias de prevención y control efectivas.
PATOLOGIA CLÍNICA DE SARS-CoV-2 (COVID-19)
La enfermedad causada por SARS-CoV-2 también se denomina neumonía contagiosa específica grave (SSCP), neumonía de Wuhan y, recientemente, COVID-19 (110). En comparación con SARS-CoV, SARS-CoV-2 tiene una patogénesis menos severa pero tiene una capacidad de transmisión superior, como lo demuestra el número de casos de COVID-19 que aumenta rápidamente (111). El período de incubación de SARS-CoV-2 en grupos familiares se encontró que era de 3 a 6 días (112). El período de incubación promedio de COVID-19 se encontró que era de 6.4 días, con un rango de 2.1 a 11.1 días (113). Entre un grupo de 425 pacientes afectados tempranamente, la edad media fue de 59 años, de los cuales más hombres resultaron afectados (114). Al igual que SARS y MERS, la gravedad de este nCoV es alta en grupos de edad por encima de los 50 años (2, 115). Los síntomas de COVID-19 incluyen fiebre, tos, mialgia o fatiga y, menos comúnmente, dolor de cabeza, hemoptisis y diarrea (116, 282). En comparación con los pacientes infectados por SARS-CoV-2 en Wuhan durante en las etapas iniciales del brote, solo se notaron síntomas leves en aquellos pacientes que se infectaron por transmisión de humano a humano (14).
Las tendencias iniciales sugerían que la mortalidad asociada con COVID-19 era menor que la de brotes anteriores de SARS (101). Las actualizaciones obtenidas de países como China, Japón, Tailandia y Corea del Sur indicaron que los pacientes con COVID-19 tenían manifestaciones relativamente leves en comparación con aquellos con SARS y MERS (4). Independientemente del tipo de coronavirus, las células inmunes, como los mastocitos, que se encuentran en la submucosa del tracto respiratorio y la cavidad nasal, se consideran la barrera primaria contra este virus (92). Un análisis en profundidad avanzado del genoma ha identificado 380 sustituciones de aminoácidos entre las secuencias de aminoácidos de SARS-CoV-2 y los coronavirus similares a SARS/SARS. Estas diferencias en las secuencias de aminoácidos podrían haber contribuido a la diferencia en la divergencia patogénica de SARS-CoV-2 (16). Se requiere investigación adicional para evaluar las posibles diferencias en el tropismo, la patogénesis y la transmisión de este nuevo agente asociado con este cambio en la secuencia de aminoácidos. Con el brote actual de COVID-19, se espera un aumento significativo en el número de estudios publicados sobre este coronavirus emergente, como ocurrió en señales visibles de infección, lo que dificulta la identificación de animales que excretan activamente el MERS-CoV con potencial para infectar humanos. Sin embargo, pueden eliminar el MERS-CoV a través de la leche, orina, heces, secreciones nasales y oculares, y también pueden encontrarse en los órganos crudos (108). En un estudio realizado para evaluar la susceptibilidad de especies animales a la infección por MERS-CoV, se encontró que los llamas y los cerdos eran susceptibles, lo que indica la posibilidad de circulación del MERS-CoV en especies animales distintas a los camellos dromedarios (109). Después del brote de SARS en China, se aislaron virus similares al SARS-CoV de ciervos palmípedos del Himalaya (Paguma larvata) y perros mapaches (Nyctereutes procyonoides) encontrados en un mercado de animales vivos en Guangdong, China. Los aislados animales obtenidos del mercado de animales vivos retuvieron una secuencia de 29 nucleótidos que no estaba presente en la mayoría de los aislados humanos (78). Estos hallazgos fueron fundamentales para identificar la posibilidad de transmisión entre especies en el SARS-CoV. La mayor diversidad y prevalencia de coronavirus de murciélagos en esta región en comparación con los informes anteriores indican una coevolución huésped/patógeno. También se han encontrado coronavirus similares al SARS circulating in las poblaciones de murciélagos herradura chinos (Rhinolophus sinicus). Los estudios in vitro e in vivo llevados a cabo Solo es cuestión de tiempo antes de que otro coronavirus zoonótico resulte en una epidemia al saltar la denominada barrera de especies (287).
El espectro de hospedadores de los coronavirus aumentó cuando se reconoció un nuevo coronavirus, denominado SW1, en el tejido hepático de una ballena beluga en cautiverio (Delphinapterus leucas) (138). En las últimas décadas, se identificaron varios coronavirus nuevos en diferentes especies animales. Los murciélagos pueden albergar estos virus sin manifestar ninguna enfermedad clínica, pero están persistentemente infectados (30). Son los únicos mamíferos con la capacidad de volar por sí mismos, lo que les permite migrar largas distancias, a diferencia de los mamíferos terrestres. Los murciélagos están distribuidos por todo el mundo y también representan aproximadamente una quinta parte de todas las especies de mamíferos (6). Esto los convierte en el huésped reservorio ideal para muchos agentes virales y también en la fuente de coronavirus nuevos que aún deben ser identificados. Se ha vuelto necesario estudiar la diversidad de los coronavirus en la población de murciélagos para prevenir futuros brotes que podrían poner en peligro la ganadería y la salud pública. Los brotes repetidos causados por los coronavirus derivados de murciélagos requieren el desarrollo de estrategias eficientes de vigilancia molecular para estudiar los Betacoronavirus en animales (12), especialmente en la familia de murciélagos Rhinolophus (86). Los murciélagos chinos tienen un alto valor comercial, ya que se utilizan en señales y síntomas mínimos (82). Otro estudio, realizado en Corea del Sur, relacionado con la carga viral del SARS-CoV-2, opinó que la cinética del SARS-CoV-2 era significativamente diferente de la de las infecciones por CoV reportadas anteriormente, incluido el SARS-CoV (253). La transmisión del SARS-CoV-2 puede ocurrir temprano en la fase de infección viral; por lo tanto, el diagnóstico de casos y los intentos de aislamiento para este virus requieren estrategias diferentes de las necesarias para contrarrestar el SARS-CoV. Se requieren estudios para establecer cualquier correlación entre la carga viral del SARS-CoV-2 y el virus cultivable. El reconocimiento de pacientes con menos o sin síntomas, junto con la detección modesta de ARN viral en la orofaringe durante 5 días, indica la necesidad de datos para evaluar la dinámica de transmisión del SARS-CoV-2 y actualizar los procedimientos de detección en las clínicas (82).
La importancia de la higiene de manos frecuente y buena y las prácticas de saneamiento deben tener el énfasis adecuado (249-252). En el futuro, se debe llevar a cabo una investigación exploratoria con respecto a la transmisión fecal-oral del SARS-CoV-2, junto con el enfoque en investigaciones ambientales para determinar si este virus puede permanecer viable en situaciones y ambientes que faciliten estas rutas de transmisión potentes. Es necesario determinar la correlación entre las concentraciones fecales de ARN viral y la gravedad de la enfermedad, así como evaluar los síntomas gastrointestinales y la posibilidad de detectar ARN de SARS-CoV-2 en las heces durante el período de incubación o las fases de convalecencia de la enfermedad (249-252).
Las técnicas de muestreo deltracto respiratorio inferior, como el lavado broncoalveolar y la aspiración de líquido, se consideran los materiales clínicos ideales, en lugar del hisopo de garganta, debido a su mayor tasa positiva en la prueba de ácido nucleico (148). El diagnóstico de COVID-19 se puede realizar utilizando muestras tomadas del tracto respiratorio superior con hisopos nasofaríngeos y orofaríngeos. Sin embargo, estas técnicas están asociadas con riesgos innecesarios para los trabajadores de la salud debido al contacto cercano con los pacientes (152). De manera similar, se informó que un solo paciente con una carga viral alta contaminó toda una sala de endoscopia al liberar el virus, que puede permanecer viable de manera simple.
Se dice que un caso sospechoso de infección por COVID-19 se confirma si el aspirado del tracto respiratorio o las muestras de sangre dan positivo para el ácido nucleico del SARS-CoV-2 utilizando RT-PCR o mediante la identificación de la secuencia genética del SARS-CoV-2 en el aspirado del tracto respiratorio o en las muestras de sangre (80). El paciente se considerará curado cuando dos resultados consecutivos de hisopado oral sean negativos (153). Recientemente, se detectó el virus vivo en la saliva autorecolectada de pacientes infectados con COVID-19. Estos hallazgos confirmaron el uso de la saliva como muestra no invasiva para el diagnóstico de la infección por COVID-19 en individuos sospechosos (152). También se ha observado que la prueba inicial de detección de pacientes con COVID-19 infectados con RT-PCR puede dar resultados negativos incluso si tienen hallazgos de TC de tórax que sugieren una infección. Por lo tanto, para el diagnóstico preciso de COVID-19, se requiere una combinación de pruebas repetidas de hisopado utilizando RT-PCR y escaneo de TC para evitar la posibilidad de resultados falsos negativos durante el tamizaje de la enfermedad (154). RT-PCR es la prueba más ampliamente utilizada para diagnosticar COVID-19. Sin embargo, tiene limitaciones significativas desde el punto de vista clínico, ya que no proporcionará claridad sobre la progresión de la enfermedad. La PCR digital de gotas (ddPCR) se puede utilizar para la cuantificación de la carga viral en las muestras obtenidas de los tractos respiratorios inferiores. derramando el virus, que puede permanecer viable durante al menos 3 días y se considera un gran riesgo para los pacientes no infectados y los trabajadores de la salud (289). Recientemente, se descubrió que los hisopos anales arrojaban más resultados positivos que los hisopos bucales en las etapas posteriores de la infección (153). Por lo tanto, los médicos deben ser cautelosos al dar de alta a cualquier paciente infectado por COVID-19 basándose en resultados negativos de hisopos bucales debido a la posibilidad de transmisión fecal-oral. Aunque se encontró que las cargas virales en las muestras de heces eran menores que las de las muestras respiratorias, se deben seguir estrictas medidas de precaución al manipular muestras de heces de pacientes sospechosos o infectados por COVID-19 (151). Los niños infectados con SARS-CoV-2 solo experimentan una forma leve de enfermedad y se recuperan inmediatamente después del tratamiento. Recientemente se descubrió que las muestras de heces de niños infectados con SARS-CoV-2 que arrojaron resultados negativos en el hisopo de garganta fueron positivas dentro de los diez días de los resultados negativos. Esto podría resultar en la transmisión fecal-oral de infecciones por SARS-CoV-2, especialmente en niños (290). Por lo tanto, para prevenir la transmisión fecal-oral de SARS-CoV-2, los pacientes infectados con COVID-19 solo deben considerarse negativos cuando den negativo para SARS-CoV-2 en la muestra de heces.
especímenes, como fluido de lavado broncoalveolar, esputo, hisopos nasales, muestras de biopsias de cepillos de fibrobroncoscopio, hisopos faríngeos, heces y sangre (246).
La presencia de SARS-CoV-2 en muestras fecales
ha planteado graves preocupaciones para la salud pública. Además
de la transmisión directa que ocurre principalmente a través de
gotas de estornudos y tos, otras vías, como la excreción fecal y la
contaminación ambiental y por fómites, contribuyen a la transmisión
y propagación de SARS-CoV-2 (249-252). La excreción fecal
también se ha documentado para SARS-CoV y
MERS-CoV, junto con el potencial de permanecer viable
en situaciones que favorecen la transmisión fecal-oral. Por lo tanto,
SARS-CoV-2 tiene todas las posibilidades de ser transmitido
a través de este modo. La transmisión fecal-oral de SARS-
CoV-2, especialmente en regiones con bajos estándares
de higiene y saneamiento deficiente, puede tener graves
consecuencias con respecto a la alta propagación de este
virus. El etanol y los desinfectantes que contienen cloro
o blanqueador son efectivos contra los coronavirus
(249-252). Se deben seguir estrictamente precauciones adecuadas
al manejar las heces de pacientes
infectados con SARS-CoV-2, los materiales de residuos biológicos y
las aguas residuales de los hospitales deben desinfectarse adecuadamente,
tratarse y eliminarse correctamente. La
importancia de una higiene de manos frecuente y buena y Los resultados de los estudios relacionados con las cargas virales de SARS-CoV-2 reflejan la replicación activa de este virus en Los resultados de los estudios relacionados con las cargas virales de SARS-CoV-2 reflejan la replicación activa de este virus en el tracto respiratorio superior y la eliminación prolongada del virus después de que desaparecen los síntomas, incluso a través de las heces. Por lo tanto, la definición actual de los casos debe actualizarse junto con una reevaluación de las estrategias a adoptar para contener la propagación del brote de SARS-CoV-2. En algunos casos, los estudios de carga viral de SARS-CoV-2 también han sido útiles para recomendar medidas de precaución al manipular muestras específicas, como las heces. En una encuesta reciente de 17 casos confirmados de infección por SARS-CoV-2 con datos disponibles (que representan los días 0 a 13 después del inicio), las muestras de heces de nueve casos (53%; días 0 a 11 después del inicio) resultaron positivas en el análisis de RT-PCR. Aunque las cargas virales eran más bajas que las de las muestras respiratorias (rango, 550 copias por ml a 1.21 x 105 copias por ml), esto tiene implicaciones esenciales para la biosseguridad. Además, se ha detectado infecciones novedosas por SARS-CoV-2 en una variedad de muestras clínicas, como el líquido de lavado broncoalveolar.
traduce:stravaganza (Tabla 2) (60, 245, 246). Los niveles virales de SARS-CoV-2 se midieron utilizando pruebas cuantitativas de RT-PCR específicas del gen N en muestras de hisopado de garganta y esputo recogidas de individuos infectados con COVID-19. Los resultados indicaron que la carga viral alcanzó su punto máximo alrededor de 5 a 6 días después del inicio de los síntomas, y osciló entre 104 y 10 copias/ml durante este tiempo (151). En otro estudio, se encontró que la carga viral era más alta en los hisopos nasales que en los hisopos de garganta obtenidos de pacientes sintomáticos de COVID-19 (82). Aunque inicialmente se pensaba que la carga viral estaría asociada con malos resultados, algunos informes de casos han mostrado individuos asintomáticos con altas cargas virales (247). Recientemente, se determinó la carga viral en hisopos nasales y de garganta de 17 pacientes sintomáticos, y se registraron cargas virales más altas poco después del inicio de los síntomas, especialmente en la nariz en comparación con la garganta. El patrón de eliminación de ácido nucleico viral de los pacientes infectados con SARS-CoV-2 fue similar al de los pacientes con influenza, pero pareció ser diferente al de los pacientes con SARS-CoV. La carga viral detectada en los pacientes asintomáticos se asemejó a la de los pacientes sintomáticos estudiados en China, lo que refleja la perspectiva de transmisión de los pacientes asintomáticos o sintomáticos que tienen signos y síntomasmínimos (82). Otro estudio.
Recientemente, 95 secuencias genómicas completas de cepas de SARAS-CoV-2 disponibles en las bases de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica y GISAID fueron sometidas a análisis de alineamiento de múltiples secuencias y análisis filogenético para estudiar las variaciones en el genoma viral (260). Todas las cepas virales mostraron una alta homología del 99.99% (99.91% al 100%) a nivel de nucleótidos y del 99.99% (99.79% al 100%) a nivel de aminoácidos. Se encontró que la variación general era baja en las regiones ORF, con 13 sitios de variación reconocidos en las regiones 1a, 1b, S, 3a, M, 8 y N. Se observaron tasas de mutación del 30.53% (29/95) y del 29.47% (28/95) en las posiciones nt 28144 (ORF8) y nt 8782 (ORFla), respectivamente. Debido a estas mutaciones selectivas, algunas regiones específicas del SARS-CoV-2 no deben considerarse para el diseño de cebadores y sondas. La secuencia de referencia del SARS-CoV-2 podría abrir el camino para estudiar la biología molecular y la patobiología, junto con el desarrollo de diagnósticos y estrategias adecuadas de prevención y control para combatir el SARS-CoV-2 (260).
Ácidos nucleicos de SARS-CoV-2 se pueden detectar en muestras (64) como líquido de lavado broncoalveolar, esputo, hisopos nasales, muestras de biopsia de cepillo de broncoscopio de fibra, hisopos faríngeos, heces, sangre y orina, con diferentes niveles de rendimiento diagnóstico (Tabla 2) (80, 245, 246). Las cargas virales.
DIAGNÓSTICO DE SARS-CoV-2 (COVID-19)
Las pruebas de RNA pueden confirmar el diagnóstico de casos de SARS-CoV-2 (COVID-19) mediante RT-PCR en tiempo real o secuenciación de próxima generación (148, 149, 245, 246). En la actualidad, las técnicas de detección de ácido nucleico, como la RT-PCR, se consideran un método efectivo para confirmar el diagnóstico en casos clínicos de COVID-19 (148). Varias empresas en todo el mundo se centran actualmente en desarrollar y comercializar kits de detección de ácido nucleico específicos de SARS-CoV-2. Varios laboratorios también están desarrollando su propia RT-PCR interna. Uno de ellos es el kit de detección de ácido nucleico de SARS-CoV producido por Shuosh Biotechnology (método de PCR de doble fluorescencia) (150). Hasta el 30 de marzo de 2020, la Administración de Alimentos y Medicamentos de EE. UU. (FDA) h
traducción: infectado por seres humanos. Sin embargo, no hay evidencia de transmisión de humano a humano a través de la comida y se requieren más estudios (332). En lugar de esperar pruebas más sólidas sobre la transmisión de animales a humanos, se recomiendan medidas preventivas necesarias, así como seguir prácticas de distanciamiento social entre animales de compañía de diferentes hogares (331). Una de las principales compañías veterinarias de diagnóstico, IDEXX, ha realizado pruebas a gran escala para COVID-19 en especímenes recolectados de perros y gatos. Sin embargo, ninguno de los resultados de las pruebas resultó positivo (334).
En un estudio realizado para investigar el potencial de diferentes especies animales para actuar como hospedadores intermediarios de SARS-CoV-2, se encontró que tanto los hurones como los gatos pueden infectarse mediante la inoculación experimental del virus. Además, los gatos infectados transmitieron eficientemente la enfermedad a gatos inocentes (329). La infección por SARS-CoV-2 y la posterior transmisión en hurones se encontró que recapitulan los aspectos clínicos de COVID-19 en humanos. Los hurones infectados también eliminaron el virus a través de múltiples rutas, como la saliva, los lavados nasales, las heces y la orina, después de la infección, lo que los convierte en un modelo animal ideal para estudiar la transmisión de la enfermedad (337). También se realizó inoculación experimental en otras especies animales y se encontró que los perros tienen una baja susceptibilidad, mientras que las gallinas, Estos hallazgos no tendrán ninguna importancia hasta que ocurra un brote significativo debido a un virus como el SARS-CoV-2.
Hay un aumento constante en los informes de COVID-19 en animales de compañía y animales salvajes en todo el mundo. Se necesitan más estudios para evaluar el potencial de los animales (especialmente los animales de compañía) para actuar como un hospedador reservorio eficiente que puede alterar aún más la dinámica de la transmisión de humano a humano (330). Hasta la fecha, dos perros mascotas (en Hong Kong) y cuatro gatos mascotas (uno de Bélgica y Hong Kong, dos de Estados Unidos) han dado positivo en SARS-CoV-2 (335). La Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE) ha confirmado el diagnóstico de COVID-19 tanto en perros como en gatos debido a la transmisión de humano a animal (331). La similitud observada en la secuencia genética de SARS-CoV-2 entre un propietario de mascota infectado y su perro confirma aún más la ocurrencia de la transmisión de humano a animal (333). Aunque sean asintomáticos, las especies felinas deben considerarse una posible ruta de transmisión de animales a humanos (326). Sin embargo, actualmente no hay informes de transmisión de SARS-CoV-2 de felinos a seres humanos. Según la evidencia actual, podemos concluir que los gatos son susceptibles al SARS-CoV-2 y pueden infectarse por seres humanos. Sin embargo, no hay evidencia de transmisión de gatos a seres humanos. Basándonos en la evidencia actual, podemos concluir que los gatos son susceptibles al SARS-CoV-2 y pueden infectarse por seres humanos. Sin embargo, no hay evidencia de gatos - (96,7%) y S g 50 de 100 en CoV aislado fre RBD of S protein Was almost identicalabía otorgado 22 Autorizaciones de Uso de Emergencia (EUAs) para diagnóstico in vitro, incluido el panel de diagnóstico de RT-PCR para la detección universal de betacoronavirus similares al SARS y la detección específica de SARS-CoV-2, desarrollado por los CDC de EE. UU. (Tabla 1) (258, 259).
diferente) al de SARS-CoV-2. Una comparación de los genomas sugiere recombinación entre los virus similares a pangolin-CoV con el virus similar a murciélago-CoV-RaTG13. Todo esto sugiere el potencial de los pangolines para actuar como huéspedes intermedios de SARS-CoV-2 (145).
Las interacciones entre humanos y vida silvestre, que están aumentando en el contexto del cambio climático (142), se consideran aún más de alto riesgo y responsables de la aparición de SARS-CoV. También se sospecha que la COVID-19 tiene un modo de origen similar. Por lo tanto, para prevenir la aparición de otra transmisión zoonótica (1), se necesitan esfuerzos exhaustivos y coordinados para identificar los patógenos de alto riesgo que albergan las poblaciones de animales silvestres, llevar a cabo vigilancia entre las personas que son susceptibles a eventos de transmisión zoonótica (12) y mejorar las medidas de bioseguridad asociadas con el comercio de vida silvestre (146). Estudios de vigilancia serológica realizados en personas que viven cerca de cuevas de murciélagos ya habían identificado la confirmación serológica de CoVs relacionados con el SARS en humanos. Las personas que viven en la interfaz entre vida silvestre y humana, principalmente en áreas rurales de China, están regularmente expuestas a CoVs relacionados con el SARS (147). Estos hallazgos no tendrán ningún significado hasta que un análisis y comprensión exhaustivos del genoma del ARN de SARS-CoV-2 identifiquen que el CoV de Wuhan es un virus recombinante de coronavirus de murciélago y otro coronavirus de origen desconocido. Se encontró que la recombinación ocurrió dentro de la glicoproteína de pico viral, que reconoce el receptor en la superficie celular. Un análisis adicional del genoma basado en el uso de codones identificó a la serpiente como el reservorio animal más probable de SARS-CoV-2 (143). Contrariamente a estos hallazgos, otro análisis del genoma propuso que el genoma de SARS-CoV-2 es 96% idéntico al coronavirus de murciélago, lo que refleja su origen en murciélagos (63). No se puede descartar la participación de materiales derivados de murciélagosen la causación del brote actual. Existe un alto riesgo en la producción de materiales derivados de murciélagos para las prácticas de medicina tradicional china que involucran el manejo de murciélagos salvajes. El uso de murciélagos para prácticas de medicina tradicional china seguirá siendo un riesgo grave para la aparición de epidemias de coronavirus zoonóticos en el futuro (139).
Además, los pangolines son una especie de animales en peligro de extinción que albergan una amplia variedad de virus, incluidos los coronavirus (144). El coronavirus aislado de los pangolines malayos (Manis javanica) mostró una alta identidad de aminoácidos con el COVID-19 en los genes E (100%), M (98,2%), N (96,7%) y S (90,4%). El RBD de la proteína S.
La medicina tradicional china (MTC) es el manejo de murciélagos con fines comerciales, lo que supone un considerable riesgo de transmisión de epidemias zoonóticas por CoV (139).
Debido al posible papel que desempeñan los animales de granja y salvajes en la infección por SARS-CoV-2, la OMS, en su informe de situación sobre el nuevo coronavirus (COVID-19), recomendó evitar el contacto desprotegido tanto con animales de granja como salvajes (25). Los mercados de animales vivos, como el de Guangdong, China, proporcionan un entorno para que los coronavirus animales se amplifiquen y se transmitan a nuevos huéspedes, como los humanos (78). Dichos mercados pueden considerarse un lugar crítico para el origen de nuevas enfermedades zoonóticas y tienen una enorme importancia para la salud pública en caso de un brote. Los murciélagos son reservorios de varios virus, por lo que no se puede descartar el papel de los murciélagos en el brote actual (140). En un estudio cualitativo realizado para evaluar los factores de riesgo zoonóticos entre las comunidades rurales del sur de China, las interacciones frecuentes entre humanos y animales, junto con los bajos niveles de bioseguridad ambiental, se identificaron como riesgos importantes para la aparición de enfermedades zoonóticas en las comunidades locales (141, 142).
El análisis completo de la secuencia del coronavirus del síndrome agudo de muerte por diarrea porcina (SADS-CoV) se identificó por primera vez en lechones lactantes con enteritis grave y pertenece al género Alphacoronavirus (106). El brote estuvo asociado con una considerable mortalidad de lechones (24,693 muertes) en cuatro granjas de China (134). El virus aislado de los lechones era casi idéntico y tenía una similitud genómica del 95% con el coronavirus HKU2 de murciélago de herradura (especies de Rhinolophus), lo que sugiere un origen del virus de murciélago en el cerdo (106, 134, 135). También es importante destacar que el brote de SADS-CoV comenzó en la provincia de Guangdong, cerca de la ubicación del origen de la pandemia de SARS (134). Antes de este brote, no se sabía que los cerdos estuvieran infectados con coronavirus de origen murciélago. Esto indica que el coronavirus de origen murciélago saltó al cerdo rompiendo la barrera de especies. El siguiente paso de este salto podría no ser bueno, ya que los cerdos se consideran el recipiente de mezcla de los virus de la influenza A debido a su capacidad para infectarse tanto con virus de la influenza A humana como aviar (136).
De manera similar, podrían actuar como un recipiente de mezcla para los coronavirus, ya que están en contacto frecuente tanto con humanos como con múltiples especies de vida silvestre. Además, los cerdos también son susceptibles a la infección por SARS-CoV humano y MERS-CoV, lo que convierte a este escenario en una pesadilla (109, 137). Es un sistema (30)
system (10, 133).
Los coronavirus bovinos (BoCoVs) son conocidos por infectar a varios rumiantes domésticos y silvestres (126). El BoCoV causa diarrea neonatal en terneros adultos, lo que lleva a diarrea con sangre (disentería invernal) y enfermedad respiratoria compleja (fiebre de envío) en el ganado de todas las edades (126). También se han observado virus similares a los BoCoV en humanos, lo que sugiere su potencial zoonótico (127).
Los dos principales coronavirus felinos (CoV) son el CoV entérico felino y el CoV de la peritonitis infecciosa felina (FIP) (128), donde los CoV felinos pueden afectar el tracto gastrointestinal, la cavidad abdominal (peritonitis), el tracto respiratorio y el sistema nervioso central (128). Los caninos también son afectados por CoV que pertenecen a diferentes géneros, como el coronavirus entérico canino en Alphacoronavirus y el coronavirus respiratorio canino en Betacoronavirus, que afectan el tracto entérico y respiratorio, respectivamente (129, 130). IBV, clasificado en Gammacoronavirus, causa enfermedades en los sistemas respiratorio, urinario y reproductivo, con importantes pérdidas económicas en pollos (131, 132).
En pequeños animales de laboratorio, los principales CoV asociados con manifestaciones de enfermedad son el virus de la hepatitis murina, el coronavirus de la sialodacrioadenitis en ratas y los coronavirus de cobayas y conejos, que causan enteritis, hepatitis e infecciones respiratorias (10, 133) además de varios otros animales silvestres (20, 30, 79, 93, 124, 125, 287). La infección por coronavirus se vincula a diferentes tipos de manifestaciones clínicas, que van desde enteritis en vacas y cerdos, enfermedad respiratoria superior en pollos, hasta infecciones respiratorias mortales en humanos (30).
Entre los géneros de CoV, Alphacoronavirus y Betacoronavirus infectan mamíferos, mientras que Gammacoronavirus y Deltacoronavirus infectan principalmente aves, peces y, a veces, mamíferos (27, 29, 106). Se han descubierto varios nuevos coronavirus que pertenecen al género Deltacoronavirus en aves, como el coronavirus de Wigeon HKU20, el coronavirus de Bulbul HKUII, el coronavirus de Munia HKU13, el coronavirus de white-eye HKU16, el coronavirus de night-heron HKU19 y el coronavirus de common moorhen HKU21, así como en cerdos (coronavirus porcino HKU15) (6, 29). El virus de la gastroenteritis transmisible (TGEV), el virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) y el virus de la encefalomielitis hemaglutinante porcina (PHEV) son algunos de los coronavirus de los cerdos. Entre ellos, el TGEV y el PEDV son responsables de causar gastroenteritis grave en lechones jóvenes con una notable morbilidad y mortalidad. La infección con PHEV también causa infección entérica, pero puede causar encefalitis debido a su capacidad de infectar el sistema nervioso (10, 133).
(244). Los pacientes de mediana edad y mayores con enfermedades crónicas primarias, especialmente hipertensión arterial y diabetes, son más susceptibles a la insuficiencia respiratoria y, por lo tanto, tienen un pronóstico más pobre. Proporcionar apoyo respiratorio en etapas tempranas mejora el pronóstico de la enfermedad y facilita la recuperación (18). El síndrome de dificultad respiratoria aguda en COVID-19 se debe a la aparición de tormentas de citoquinas que resultan en una respuesta inmunitaria exagerada, desequilibrio en la red de regulación inmunológica y, finalmente, fallos multiorgánicos (122). Además de la respuesta inflamatoria exagerada observada en pacientes con neumonía por COVID-19, las células epiteliales del conducto biliar derivadas de los hepatocitos aumentan la expresión de ACE2 en el tejido hepático debido a una proliferación compensatoria que podría resultar en lesiones hepáticas (123).
CORONAVIRUS EN ANIMALES Y VÍNCULOS ZOONÓTICOS: UNA BREVE PERSPECTIVA
El coronavirus puede causar enfermedades en varias especies de animales domésticos y salvajes, así como en humanos (23). Las diferentes especies animales que se infectan con el CoV incluyen caballos, camellos, ganado, cerdos, perros, gatos, roedores, aves, hurones, visones, murciélagos, conejos, serpientes y varios otros animales salvajes SARS o MERS-CoV (120). Sin embargo, ha habido preocupación con respecto al impacto del SARS-CoV-2/COVID-19 en el embarazo. Los investigadores han mencionado la probabilidad de transmisión intrauterina del nuevo SARS-CoV-2 de madres infectadascon COVID-19 a sus neonatos en China, basándose en el aumento de los niveles de anticuerpos IgM e IgG y los valores de citoquinas en la sangre obtenida de los recién nacidos inmediatamente después del parto; sin embargo, la PCR en tiempo real no pudo confirmar la presencia de material genético de SARS-CoV-2 en los bebés (283). Estudios recientes muestran que al menos en algunos casos, el parto prematuro y sus consecuencias están asociados con el virus. No obstante, algunos casos han planteado dudas sobre la probabilidad de transmisión vertical (240-243). La infección por COVID-19 se asoció con neumonía y algunos desarrollaron síndrome de dificultad respiratoria aguda (SDRA). Los índices bioquímicos en sangre, como la albúmina, la lactato deshidrogenasa, la proteína C reactiva, los linfocitos (porcentaje) y los neutrófilos (porcentaje), dan una idea sobre la gravedad de la enfermedad en la infección por COVID-19 (121). Durante COVID-19, los pacientes pueden presentar leucocitosis, leucopenia con linfopenia (244), hipoalbuminemia y un aumento de lactato deshidrogenasa, aspartato aminotransferasa, alanina aminotransferasa, bilirrubina y, especialmente, dímero-D. El SARS-CoV-2 invade el parénquima pulmonar, lo que resulta en una grave inflamación intersticial de los pulmones. Esto es evidente en las imágenes de tomografía computarizada (TC) como opacidad en vidrio esmerilado en los pulmones. Esta lesión inicialmente afecta un solo lóbulo pero luego se expande a múltiples lóbulos pulmonares (118). La evaluación histológica de muestras de biopsia pulmonar obtenidas de pacientes infectados por COVID-19 reveló daño alveolar difuso, exudados celulares fibrómucoides, formación de membrana hialina y descamación de neumocitos, indicativos de síndrome de dificultad respiratoria aguda (119). Además, se encontró que los pacientes infectados por SARS-CoV-2 a menudo tienen linfocitopenia con o sin anormalidades en los leucocitos. El grado de linfocitopenia da una idea sobre el pronóstico de la enfermedad, ya que se encuentra correlacionado positivamente con la gravedad de la enfermedad (118). Las mujeres embarazadas se consideran en mayor riesgo de contraer COVID-19. Los coronavirus pueden causar resultados adversos para el feto, como restricción del crecimiento intrauterino, aborto espontáneo, parto prematuro y muerte perinatal. Sin embargo, la posibilidad de transmisión materno-fetal intrauterina (transmisión vertical) de los CoVs es baja y no se observó durante los brotes del SARS o MERS-CoV (120).
El coronavirus es el ejemplo más prominente de un virus que ha cruzado la barrera de especies dos veces, de animales salvajes a humanos durante los brotes de SARS y MERS (79, 102). También se ha sospechado la posibilidad de cruzar la barrera de especies por tercera vez en el caso de SARS-CoV-2 (COVID-19). Se reconoce que los murciélagos son un posible reservorio natural de las infecciones tanto por SARS-CoV como por MERS-CoV. En contraste, el posible huésped intermediario es la civeta de palma para el SARS-CoV y el camello dromedario para la infección por MERS-CoV (102). Los murciélagos se consideran los huéspedes ancestrales tanto del SARS como del MERS (103). También se considera que los murciélagos son el reservorio de los coronavirus humanos como el HCoV-229E y el HCOV-NL63 (104). En el caso de COVID-19, hay dos posibilidades de transmisión primaria: puede transmitirse a través de huéspedes intermediarios, similar al SARS y MERS, o directamente desde los murciélagos (103). El paradigma de emergencia presentado en el brote de SARS sugiere que el SARS-CoV se originó en los murciélagos (huésped reservorio) y luego pasó a las civetas (huésped intermediario) e incorporó cambios dentro del dominio de unión al receptor (RBD) para mejorar la unión al ACE2 de la civeta. Este virus adaptado a la civeta, durante su exposición posterior a los humanos en los mercados en vivo, promovió más adaptaciones que resultaron en la cepa epidémica (104). La transmisión también puede muestras obtenidas de las vías respiratorias inferiores. Por lo tanto, basándonos en la carga viral, podemos evaluar rápidamente la progresión de la infección (291). Además de todos los hallazgos anteriores, la secuenciación y filogenia son cruciales en la identificación correcta y confirmación del agente viral causante y útiles para establecer relaciones con aislamientos y secuencias anteriores, así como para conocer, especialmente durante una epidemia, las mutaciones de nucleótidos y aminoácidos y la divergencia molecular. El rápido desarrollo e implementación de pruebas de diagnóstico contra nuevas enfermedades emergentes como el COVID-19 plantean desafíos significativos debido a la falta de recursos y limitaciones logísticas asociadas con un brote (155).
La infección por el SARS-CoV-2 también se puede confirmar mediante aislamiento y cultivo. El cultivo de células epiteliales de las vías respiratorias humanas resultó útil para aislar el SARS-CoV-2 (3). El control eficiente de un brote depende del diagnóstico rápido de la enfermedad. Recientemente, en respuesta al brote de COVID-19, se desarrollaron ensayos de transcripción reversa en tiempo real de PCR cuantitativa de un solo paso que detectan las regiones ORFIb y N del genoma del SARS-CoV-2 (156). Se encontró que ese ensayo logra la detección rápida del SARS-CoV-2. Los ensayos basados en ácido nucleico ofrecen una alta precisión en el diagnóstico del SARS-CoV-2. La prevención y el control de medidas se deben implementar de manera efectiva para evitar una mayor infección. El uso de mascarillas, el lavado de manos frecuente y el distanciamiento social son cruciales para limitar la propagación del virus.
Vacunas
La proteína S juega un papel significativo en la inducción de inmunidad protectora contra el SARS-CoV al mediar las respuestas de células T y la producción de anticuerpos neutralizantes (168). En las últimas décadas, hemos visto varios intentos de desarrollar una vacuna contra los coronavirus humanos utilizando la proteína S como objetivo (168, 169). Sin embargo, las vacunas desarrolladas tienen una aplicación mínima, incluso entre cepas estrechamente relacionadas del virus, debido a la falta de protección cruzada. Esto se debe principalmente a la extensa diversidad existente entre las diferentes variantes antigénicas del virus (104). Las contribuciones de las proteínas estructurales, como spike (S), matrix (M), small envelope (E) y nucleocapsid (N), del SARS-CoV para inducir inmunidad protectora se han evaluado mediante su expresión en un vector recombinante del virus de la parainfluenza tipo 3 (BHPIV3). Es importante destacar que el resultado fue concluyente de que la expresión de las proteínas M, E o N sin la presencia de la proteína S no sería administración de la vacuna recombinante basada en el adenovirus en ratones BALB/c se encontró que induce una inmunidad neutralizante de larga duración contra el virus de la MERS pseudotipado con la espícula, caracterizado por la inducción de respuestas de IgG sistémicas, IgA secretora y células T de memoria residentes en los pulmones (177). Se han utilizado métodos de inmunoinformática para la detección a nivel genómico de posibles blancos de vacunas entre los diferentes inmunógenos del MERS-CoV (178). Se ha sugerido que la proteína N y los posibles epítopos de células B de la proteína E del MERS-CoV son blancos inmunoprotectores que inducen tanto respuestas de células T como de anticuerpos neutralizantes (178, 179).
El esfuerzo colaborativo de los investigadores de los Laboratorios Rocky Mountain y la Universidad de Oxford está diseñando una vacuna basada en el adenovirus de chimpancé para contrarrestar el COVID-19 (180). La Coalición para la Innovación en la Preparación ante Epidemias (CEPI) ha iniciado tres programas para diseñar vacunas contra el SARS-CoV-2 (181). CEPI tiene un proyecto conjunto con Inovio para diseñar una vacuna de ADN contra el MERS-CoV que podría potenciar una inmunidad efectiva. CEPI y la Universidad de Queensland están