¿Existen mutaciones que modifiquen el locus de un gen, y no de la secuencia/codón del gen en sí?

Sí y No, vamos a ver por qué.

Creo que hay que definir primero los términos de tu pregunta para encontrar una respuesta lo más satisfactoria posible.

¿A qué le llamamos locus de un gen?, recordemos que los genes se encuentran en los cromosomas, un locus (plural loci) de un gen es la sección específica que nos indica el lugar exacto en el que se encuentra un gen dentro de un cromosoma. Recordemos que los seres humanos al ser organismos diploides, tenemos dos pares de cada cromosoma, y por lo tanto dos copias (alelos) de cada gen.

Todos los genes tienen una estructura determinada: Tienen una región promotora (no todos), un codón de inicio, una o más regiones codificantes denominadas exónes, una o más regiones no codificantes denominadas intrones, y un codón de paro.

Un codón es un triplete de nucleótidos o bases nitrogenadas, que pueden ser del tipo ATG, AGC, GCA, GTT, CAT, GGG, GTA, etc. Actualmente, sabemos que existe un código genético, y que cada combinación de estos dará como resultado la generación de distintos aminoácidos o son indicativos del inicio o final de la transcripción o traducción, cualquiera sea el caso.

Bajo estos supuestos tu pregunta no me hace mucho sentido, debido a que todas las secciones del gen están formadas del USO DE CODONES (así conocido en genética a la manera en que se forman los tripletes y su función de estos).

Aunque recordemos también que en un locus determinado muchas veces hay uno o más genes o también secuencias no codificantes no relacionadas al propio gen.

Espero que con esta información puedas haber resuelto alguna duda sobre tu pregunta.

¡Un saludo :) !