Se debe a mutaciones de un gen en el cromosoma X que codifica un componente (o cadena) compartida por los receptores para factores del crecimiento de los linfocitos T y por otros receptores del factor de crecimiento. A este componente se le llama cγ, que significa cadena gamma común. Las mutaciones de este gen provocan recuentos muy bajos de linfocitos T y linfocitos NK, pero el recuento de los linfocitos B es elevado (el llamado fenotipo T-, B+, NK-). A pesar de su elevado número, los linfocitos B no cumplen sus funciones, puesto que las células T no pueden “ayudar” a las B a funcionar con normalidad. Esta deficiencia se hereda como un rasgo recesivo ligado al cromosoma X. Sólo los varones tienen este tipo de IDCG, pero las mujeres pueden ser portadoras del gen y tienen un 50% de probabilidades de pasarlo a cada uno de sus hijos.