¿Por qué la evolución no ha generado sistemas inmunes lo suficientemente poderosos para evitar las infecciones y cualquier agente externo?

La respuesta de es perfecta en su extrema concisión. Tenemos la tendencia a imaginar que el medio ambiente impone unas presiones selectivas sobre los organismos, y estos responden como pueden, adaptándose a ese medio por medio de las herramientas evolutivas. Esta es una visión extremadamente simplista. El medio ambiente no es algo dado, estable, que se impone a los organismos, sino que está en gran parte formado por los propios organismos que conviven en una misma biota. Dado que estos organismos están todos sometidos a variaciones genéticas, el propio medio jamás es estable, siempre está sometido a cambio, y las presiones selectivas son siempre cambiantes: casi nunca un organismo puede alcanzar una situación de perfecta adaptación, con la consiguiente estabilidad evolutiva. Digo casi, porque hay ejemplos de ambientes estables y formas óptimas que se perpetúan en el tiempo con muy pocas variaciones morfológicas apreciables, como sucede en ambientes marinos con diseños como los tiburones.

Pero en general, salvo estas islas de estabilidad, lo que contemplamos en la naturaleza es una carrera de armamentos continua en la que las estrategias selectivas de unos choca con las de otros, y la de estos con la de los primeros, en un ciclo de realimentaciones complicadísimo.