¿Eran los alimentos más saludables antes de que los humanos usaran la modificación genética en ellos?

No

Eso es una chorrada "ecologista" con muchas comillas que algunos analfabetos con patas están soltando por ahí.

Prácticamente la totalidad de los alimentos que consumes, y quédate de entrada con este hecho no existen en la naturaleza.

Así como suena. Ni los vegetales que comes son naturales, ni los animales que te comes lo son generalmente. Podemos quitar de la lista la sal, el perejil posiblemente y poco mas.

Todo lo demás son producto de la actividad humana. Especies creadas artificialmente mediante cruces repetidos, selección, mutación forzada y un largo etcétera.

Lo de la izquierda, esa cosa diminuta es maíz "natural y ecológico", lo de la derecha son creaciones humanas. Ahora intenta cultivar y comer lo "ecológico" y verás que risas.

¿Crees que es natural que las frutas no tengan semillas?

Y así podríamos seguir

El mito de "lo natural" es una tomadura de pelo, habitualmente por parte de gente que no ha pisado un campo en su vida.

Si no fuera porque llevamos siglos modificando nuestra comida, para mantener a la población necesitaríamos tener veinte veces mas terreno dedicado solo a producir comida.