El ADN oscuro engloba a todas las regiones del genoma que deberían poder detectarse por tecnologías convencionales, pero no pueden ser detectados. Por ejemplo, si una célula produce una proteína en particular la lógica te dice que el gen de esta proteína existe, pero si este gen no puede ser detectado a pesar de que su proteína sí se expresa, entonces estamos ante un caso de ADN oscuro. Si a un animalito (como la rata de arena Psammomys obesus) le “falta” cierto gen requerido para sobrevivir, entonces ¿cómo sobrevive? Pues de alguna forma lo hace porque su proteína sí se expresa. En realidad, este gen no es que esté ausente en su genoma, solo se “está escondiendo”. Lo que pasa es que es un gen con una altísima cantidad de G+C, y, como todo el mundo lo sabe, las regiones G+C dificultan el PCR y el secuenciamiento. Son regiones complicadas. La explicación es que estos genes presentan altas tasas de mutación (son “hotspots”). Sabemos que la mutación es un mecanismo que gatilla la evolución, así que, si hay regiones donde este motor genético es altísimo, el ADN oscuro implicaría una fuente de cambios evolutivos rápidos.
A tu pregunta, los genes ocultos pueden ser consideradas como un mecanismos interesante de evolución, al menos para la evolución molecular de esos genes.
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