La segunda tendencia, que se manifiesta durante la transición a la tercera etapa, señala el comienzo de la sustitución del principio de la coordina...

La segunda tendencia, que se manifiesta durante la transición a la tercera etapa, señala el comienzo de la sustitución del principio de la coordinación por el de la subordinación, que respondía al carácter general de las ciencias del siglo XIX y coincidía con la idea del desarrollo y de la conexión general entre los fenómenos de la naturaleza. En esta tendencia se observan también dos soluciones distintas:
I) El planteamiento del principio de la subordinación sobre una base idealista, como el de desarrollo del espíritu (pero no la naturaleza), por parte de Kant, Shelling y especialmente de Hegel.
II) El desarrollo del principio de la subordinación y el enfoque de la síntesis teórica del saber los llevan a cabo en Rusia, sobre una base materialista, Herzen y Chernishevski. Para realizar la síntesis de las ciencias a mediados del siglo XIX era necesario eliminar la separación existente entre la filosofía y las ciencias naturales (ese camino fue el seguido por Herzen), que habían creado los positivistas, y superar el vacío que se observaba entre las ciencias naturales y las humanidades (en primer lugar, las ciencias sociales).