La construcción de un cladograma plausible sigue estos pasos. Primero se usa la experiencia, u otros métodos heurísticos, para escribir un pequeño ...

La construcción de un cladograma plausible sigue estos pasos. Primero se usa la experiencia, u otros métodos heurísticos, para escribir un pequeño número de árboles que se cree que se parecerán al óptimo. Estos árboles se usan como datos de entrada en un software adecuado y el ordenador genera aleatoriamente árboles que son ligeras modificaciones de los intentos iniciales. Luego calcula la métrica, lo buena que es la aproximación y ve cuál de las modificaciones de los árboles es la mejor representación. Después se repite el proceso, con variantes aleatorias de este nuevo árbol y se continúa hasta que ninguna modificación aleatoria dé un árbol mejor.