En el primer cladograma, gato está más cerca de leopardo que de guepardo, pero realmente es más cercano a guepardo que a leopardo, que es lo que el segundo cladograma refleja. Por lo tanto nos decantamos por el segundo árbol. Pero este árbol no es la respuesta, solo el primer paso para encontrarla. Si, por ejemplo, hubiésemos hecho las comparaciones en un orden diferente, quizá el árbol obtenido habría sido diferente. Por eso, para completar la construcción del árbol que mejor se ajusta, necesitamos alguna medida que nos diga lo bien que se ajusta en conjunto el árbol a los datos. Luego observamos las variaciones en nuestro árbol candidato, por ejemplo, intercambiar leopardo y tigre, y vemos si se ajusta mejor. Deberíamos también intercambiar caracol con, por ejemplo, tigre, para estar seguros de que nuestro grupo externo es realmente un grupo externo, de otro modo, no hay razón para haberlo incluido como tal desde el comienzo.