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BENEMÉRITA UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE PUEBLA FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS MAESTRÍA EN CIENCIAS BIOLÓGICAS MODELADO IN SILICO DE LA INTERACCIÓN ENTRE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN IRFs Y NF-κB CON SUS ELEMENTOS DE RESPUESTA LOCALIZADOS EN EL PROMOTOR DEL GEN LGALS9 Tesis para obtener el título de MAESTRA EN CIENCIAS BIOLÓGICAS PRESENTA: LIC. MARÍA JOSÉ VEGA DEL REAL DIRECTORA DE TESIS: DRA. LORENA MILFLORES FLORES CODIRECTORA DE TESIS: DRA. VERÓNICA VALLEJO RUIZ ASESORES DE TESIS: DRA. ROSALINA MARÍA DE LOURDES REYES LUNA DR. GERARDO SANTOS LÓPEZ NOVIEMBRE 2021 Declaratoria de No Plagio Yo, Lic. María José Vega del Real, con número de matrícula 219470579, alumna de la maestría en Ciencias Biológicas adscrita a la Facultad de Ciencias Biológicas de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, declaro que la presente tesis, la cual lleva por título: “Modelado in silico de la interacción entre los factores de transcripción IRFs y NF-κB con sus elementos de respuesta localizados en el promotor del gen LGALS9” es el producto original de mi trabajo y no existe plagio de ninguna naturaleza en ella. Declaro también que el trabajo de otros autores ha sido debidamente citado a lo largo de la presente tesis y que no ha sido usada para otro trámite de graduación. Atte. Lic. María José Vega del Real Puebla de Zaragoza, Pue. 01 de noviembre de 2021 Agradecimientos académicos Al Consejo de Ciencia y Tecnología (CONACyT) por la beca otorgada para la realización de este trabajo. No. CVU: 896647 A la Maestría en Ciencias biológicas de la BUAP incluida en el PNPC (Referencia 005671). The FP7 WeNMR (project# 261572), H2020 West-Life (project# 675858), the EOSC-hub (project# 777536) and the EGI-ACE (project# 101017567) European e-Infrastructure projects are acknowledged for the use of their web portals, which make use of the EGI infrastructure with the dedicated support of CESNET-MCC, INFN-PADOVA-STACK, INFN-LNL-2, NCG-INGRID-PT, TW-NCHC, CESGA, IFCA-LCG2, UA-BITP, SURFsara and NIKHEF, and the additional support of the national GRID Initiatives of Belgium, France, Italy, Germany, the Netherlands, Poland, Portugal, Spain, UK, Taiwan and the US Open Science Grid. Este trabajo de investigación fue presentado en los siguientes congresos: X Congreso de Biotecnología y Bioingeniería del Sureste (X-CBBSE) Participación en modalidad cartel con el nombre: “Análisis in silico de factores reguladores del interferón (IRF) y sus correspondientes interacciones ADN-proteína en el contexto del promotor del gen LGALS9”, llevado a cabo a distancia, teniendo como sede virtual el Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY), del 10 al 12 de febrero de 2021. XI Congreso Nacional de Tecnología Aplicada a Ciencias de la Salud y I Congreso Internacional de Tecnología Aplicada a Ciencias de la Salud Participación en modalidad video con el nombre: “Análisis in silico de factores reguladores del interferón (IRF) y sus correspondientes interacciones ADN-proteína en el contexto del promotor del gen LGALS9”, llevado a cabo a distancia, teniendo como sede virtual la Facultad de Medicina (FM) de la UNAM, del 10 al 12 de junio de 2021. XXII Congreso Nacional de Ingeniería Bioquímica, XI Congreso Internacional de Ingeniería Bioquímica y XVIII Jornadas Científicas de Biomedicina y Biotecnología Molecular Participación en modalidad cartel con el nombre: “Análisis in silico de la familia de factores reguladores del interferón (IRF) y sus correspondientes interacciones proteína–ADN en el contexto del promotor del gen LGALS9”, llevado a cabo a distancia, teniendo como sede virtual el Colegio Mexicano de Ingenieros Bioquímicos, el 30 de junio y 1 y 2 de julio de 2021. CONTENIDO INTRODUCCIÓN ........................................................................................................ 3 ANTECEDENTES Y MARCO TEÓRICO .................................................................. 4 Galectina-9 ................................................................................................................ 4 Definición general ................................................................................................ 4 Promotor del gen LGALS9 .................................................................................... 6 Localización y función de Gal-9 ........................................................................ 10 Papel de Gal-9 relacionado con procesos inmunitarios en enfermedades .......... 11 Citocinas que aumentan la expresión de Gal-9 ...................................................... 26 Interferones ......................................................................................................... 27 IL-1β ................................................................................................................... 36 TNF-α ................................................................................................................. 38 Herramientas computacionales ............................................................................... 41 Modelado molecular ........................................................................................... 41 Optimización y validación de modelos .............................................................. 45 Acoplamiento (docking) molecular .................................................................... 49 JUSTIFICACIÓN ....................................................................................................... 52 HIPÓTESIS ................................................................................................................ 53 OBJETIVOS GENERALES Y ESPECÍFICOS .......................................................... 53 Objetivo general ..................................................................................................... 53 Objetivos específicos .............................................................................................. 53 MATERIALES Y MÉTODOS ................................................................................... 54 Localización in silico de elementos de respuesta dentro de la secuencia de la región promotora de 727 pb del gen LGALS9 .......................................................... 54 Búsqueda de secuencias de DBD de IRF y alineamiento ................................... 55 Elección de los miembros de la familia IRF para modelado y acoplamiento .... 56 Obtención de estructuras de factores de transcripción en bases de datos o por modelado por homología .......................................................................................... 56 Evaluación de la calidad de los modelos obtenidos ........................................... 57 Modelado de la secuencia de ADN .................................................................... 58 Prueba de parámetros y controles ....................................................................... 58 Acoplamiento molecular Proteína–ADN ............................................................ 61 Visualización de interacciones específicas ......................................................... 61 RESULTADOS Y DISCUSIÓN ................................................................................ 62 Elementos de respuesta reportados por LASAGNA-Search 2.0 (matrices de TRANSFAC y JASPAR CORE Vertebrates) .......................................................... 62 Alineamiento de secuencias en Clustal Omega ..................................................63 Modelos obtenidos en SWISS-MODEL y Parámetros de calidad ..................... 65 Modelos de ADN de doble cadena ..................................................................... 73 Acoplamientos moleculares ................................................................................ 74 Posibles vías de señalización involucradas en la expresión de LGALS9 en procesos inflamatorios ............................................................................................ 103 CONCLUSIONES .................................................................................................... 106 PERSPECTIVAS...................................................................................................... 107 BIBLIOGRAFÍA ...................................................................................................... 108 APÉNDICES Y ANEXOS ....................................................................................... 140 Apéndice A: descripción de las herramientas computacionales utilizadas ...... 140 Apéndice B: residuos activos detectados por HADDOCK 2.4 ........................ 142 Apéndice C: resultados de acoplamientos entre IRF–IRE ............................... 146 Apéndice D: resultados de acoplamientos entre dímeros de IRF–ISRE .......... 152 Anéxo I: constancias ......................................................................................... 158 ABREVIATURAS GENERALES ARNm Ácido ribonucleico mensajero BLAST Basic Local Alignment Search Tools (Herramientas de búsqueda de alineamientos locales básicos) CRD Carbohydrate Recognition Domain (Dominio de reconocimiento de carbohidratos) DBD DNA Binding Domain (Dominio de unión a ADN) FASTA Fast Alignment (Alineamiento rápido) TNF-α Tumoral Necrosis Factor-α (Factor de Necrosis Tumoral-α) Gal-9 Galectina-9 GTF General Transcription Factors (Factores de transcripción generales) IFN Interferón IFN-α Interferón-α IFN-β Interferón-β IFN-γ Interferón-γ IL-1α Interleucina-1 α IL-1β Interleucina-1 β IRE Interferon Regulatory Element (Elemento regulador del interferón) IRF Interferon Regulatory Factor (Factor regulador del interferón) ISRE IFN-stimulated regulatory element (Elemento regulador estimulado por interferones) NCBI National Center for Biotechnology Information (Centro Nacional para la Información Biotecnológica) NF-κB Nuclear Factor κB (factor nuclear κB) Pb Pares de bases PDB Protein Data Bank (Banco de datos de proteínas) LISTA DE TABLAS Tabla 1. Evidencia experimental del efecto de citocinas proinflamatorias en los cambios de expresión de Gal-9 en diversas líneas celulares. Tabla 2. Clasificación de IFN. Tabla 3. Números de acceso UniProt para las secuencias de DBD de IRF empleadas para alineamiento. Tabla 4. Complejos proteína–ADN seleccionados para las pruebas de parámetros en HADDOCK. Tabla 5. Modelos seleccionados para obtención de valores de control. Tabla 6. Matriz de porcentaje de identidad del alineamiento de secuencias de IRF obtenido en Clustal Omega. Tabla 7. Parámetros de calidad para los modelos de DBD de IRF obtenidos en SWISS-MODEL. Tabla 8. Valores obtenidos de los acoplamientos entre complejos elegidos para prueba de parámetros – secuencias de ADN (mejores resultados de cada clúster obtenido en HADDOCK). Tabla 9. Valores obtenidos de los acoplamientos entre modelos elegidos para prueba de controles – secuencia ISRE (mejores resultados de cada clúster obtenido en HADDOCK). Tabla 10. Valores obtenidos de los acoplamientos entre DBD de IRF – secuencia ISRE (mejores resultados de cada clúster obtenido en HADDOCK). Tabla 11. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF1 – ISRE. Tabla 12. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF3 – ISRE. Tabla 13. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF5 – ISRE. Tabla 14. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF7 – ISRE. Tabla 15. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF8 – ISRE. Tabla 16. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster DBD IRF9 – ISRE. Tabla 17. Valores obtenidos de los acoplamientos entre dímeros de IRF (sólo DBD) – ISRE. (mejores resultados de cada clúster obtenido en HADDOCK). Tabla 18. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF1-1 – ISRE. Tabla 19. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF3-4 – ISRE. Tabla 20. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF5-1 – ISRE. Tabla 21. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF7-8 – ISRE. Tabla 22. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF8-10 – ISRE. Tabla 23. Puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas en el clúster IRF9-10 – ISRE. Tabla 24. Valores obtenidos de los acoplamientos entre subunidades A (RelA) y B (p50) de NF-κB–sitio κB alternativo (mejores resultados de cada clúster obtenido en HADDOCK). LISTA DE FIGURAS Figura 1. Clasificación de las galectinas. Figura 2. Representación esquemática del fragmento amplificado de 2089 pb y los elementos de respuesta presentes en este fragmento. Figura 3. Representación esquemática de los fragmentos del promotor y la distribución de los elementos de respuesta a interferón reportados en la base de datos TRANSFAC. Figura 4. Vías de señalización inducidas por IFN de tipo I y II. Figura 5. Vía de señalización NF-κB inducida por TNF-α, e IL-1β. Figura 6. Localización del sitio ISRE y sitios IRE en la región de -565 a +162 pb del promotor del gel LGALS9. Figura 7. Alineamiento de secuencias original obtenido en Clustal Omega. Figura 8. Modelos obtenidos en SWISS-MODEL. Figura 9. Superposición entre modelos obtenidos en SWISS-MODEL e I-TASSER. Figura 10. Gráficos de Ramachandran para los modelos obtenidos por modelado por homología en SWISS-MODEL. Figura 11. Secuencia 3´ GGTTTCTATTTCTT ´5, sitio ISRE canónico. Figura 12. Sitios IRE (canónico y alternativos). Figura 13. Secuencia 3´ TGGGGCATGCCCCTT 5´, sitio κB alternativo. Figura 14. Acoplamientos resultantes entre las proteínas elegidas para la prueba de parámetros y secuencias de ADN. Figura 15. Acoplamientos resultantes entre las proteínas elegidas para la prueba de controles – secuencia ISRE. Figura 16. Acoplamientos resultantes entre DBD de IRF y la secuencia ISRE. Figura 17. Acoplamientos resultantes entre dímeros de IRF (sólo DBD) y la secuencia ISRE. Figura 18. Acoplamientos resultantes entre NF-κB y el sitio κB alternativo. Figura 19. Posible regulación del promotor del gen LGALS9 mediada por IRF. Figura 20. Posible regulación del promotor del gen LGALS9 mediada por NF-κB. 1 RESUMEN Gal-9 es codificada por el gen LGALS9, del cual su regulación transcripcional no ha sido descrita de manera extensiva. Los estudios principalmente realizados son análisis in silico de su secuencia en bases de datos. Se conoce que las citocinas proinflamatorias aumentan la expresión de Gal-9 en líneas celulares; partiendo de este antecedente, se localizaron in silico elementos de respuesta relacionados con la vía de señalización de los factores de transcripción IRF y NF-κBen la secuencia del promotor del gen LGALS9, se modelaron las secuencias de estos elementos de respuesta y se obtuvieron modelos de los factores de transcripción IRF y NF-κB en bases de datos y por modelado por homología, posteriormente, se realizó un acoplamiento proteína–ADN para obtener complejos que reflejan la interacción y afinidad entre los factores de transcripción y sus elementos de respuesta; además, se identificaron los residuos importantes que interaccionan en los complejos proteína–ADN obtenidos por medio del acoplamiento molecular. Se obtuvieron complejos proteína–ADN estables, los cuales presentaron energías de afinidad altas y puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas con los nucleótidos que conforman la secuencia ISRE. Se propone que el sitio ISRE localizado en la posición de -42 a -33 pb, en la región promotora de 727 pb del gen LGALS9 está relacionado con el aumento de la expresión del gen LGALS9 inducida por interferones, y que los factores de transcripción IRF1/3/5/7/8/9 están involucrados, además, se localizó por medio de métodos computacionales, un elemento de respuesta no canónico para NF-κB en la posición de -452 a -438 pb en la región promotora del gen LGALS9, se propone que la vía de señalización NF- κB podría estar relacionada con la expresión de Gal-9 mediada por citocinas como TNF-α e IL-β. Palabras clave: Galectina-9, Acoplamiento molecular, ISRE, Sitio κB. 2 ABSTRACT Gal-9 is encoded by the LGALS9 gene, of which its transcriptional regulation has not been extensively described yet. The studies mainly carried out about its transcriptional regulation are in silico analysis of its sequence in databases. Proinflammatory cytokines are known to increase Gal-9 expression in cell lines; Starting from this background, response elements related to the signaling pathway of the transcription factors IRF and NF-κB in the promoter sequence of the LGALS9 gene were located in silico, then, the sequences of these response elements were modeled, and models of the transcription factors IRF and NF-κB were obtained in databases and by homology modeling, subsequently, a protein-DNA docking was performed in order to obtain complexes that reflect the interaction and affinity between the transcription factors and their response elements; Furthermore, important interacting residues in the protein-DNA complexes were identified. Stable protein-DNA complexes were obtained, all of them presented high affinity energies, and hydrogen bonds and hydrophobic interactions with the nucleotides of the ISRE sequence. It is proposed that the ISRE site located at position -42 to -33 bp in the promoter region of 727 bp of the LGALS9 gene, is related to the increase in the expression of the LGALS9 gene induced by interferons, and that the transcription factors IRF1/3/5/7/8/9 are involved. In addition, a non-canonical response element for NF-κB was located by means of computational methods at position -452 to -438 bp in the promoter region of the LGALS9 gene: It is proposed that the NF-κB signaling pathway could be related to the expression of Gal-9 mediated by cytokines such as TNF-α and IL-β. Keywords: Galectin-9, Molecular Docking, ISRE site, κB site. 3 INTRODUCCIÓN La correcta ejecución de los procesos biológicos en los seres vivos requiere de una serie de pasos cuidadosamente orquestados que dependen de una expresión espaciotemporal idónea de los genes. Un error en esta expresión puede ocasionar una patología (Maston, Evans, Green, 2006). Para comprender los mecanismos moleculares que regulan los patrones de expresión específicos es importante identificar los elementos reguladores de la transcripción asociados con el ácido desoxirribonucleico (ADN). Para la regulación de la transcripción son necesarios: el promotor central, la región proximal al promotor central y las secuencias distales, las cuales pueden ser potenciadores (enhancers), silenciadores, aislantes o regiones de control de locus (LCR). Los elementos del promotor central dirigen el ensamblaje de distintos complejos de pre-iniciación, compuestos por los factores de transcripción generales (GTF) (Juven-Gershon et al., 2008). Las regiones proximales del promotor y las secuencias distales dirigen el enlace de factores de transcripción específicos, que pueden ser activadores o represores de la transcripción (Maston, Evans y Green, 2006). Los factores de transcripción específicos juegan un papel fundamental en estos procesos, pues regulan de manera minuciosa la expresión genética uniéndose con alta afinidad a su elemento de respuesta. En lo que respecta a la regulación transcripcional del gen LGALS9, esta no ha sido descrita de manera extensiva. Este gen codifica para la proteína conocida como galectina-9 (Gal-9), y se conoce que da lugar a diferentes isoformas de esta proteína (Heusschen, Griffioen y Thijssen, 2013). De éstas, tres han sido mejor caracterizadas, y difieren entre sí por el tamaño del segmento denominado péptido de unión. A estas isoformas se les denomina: Gal-9 de tamaño largo, de 355 aminoácidos (Gal-9L), Gal-9 de tamaño mediano, de 323 aminoácidos (Gal-9M) y Gal-9 tamaño corto, de 311 aminoácidos (Gal-9S) (Chabot et al., 2002). Los estudios realizados sobre la regulación transcripcional del gen LGALS9 se limitan principalmente a análisis in silico por medio de la base de datos TRANSFAC (Transcription Factor Analysis Software) (Matys et al., 2006), en los cuales se han identificado elementos de respuesta en la región promotora para los factores de transcripción: Kid3, WT1, p300, SREBP, TCFII, STAT (Homo sapiens) (John y Mishra, 2016), sin embargo, no se conoce a detalle (ni in silico ni in vitro) cuáles son los factores de 4 transcripción que están involucrados en la regulación transcripcional del promotor del gen LGALS9. ANTECEDENTES Y MARCO TEÓRICO Galectina-9 Definición general Las galectinas son proteínas de unión a carbohidratos que participan en diversas funciones fisiológicas como la inflamación, las respuestas inmunitarias, la migración celular, la autofagia y la señalización. Estas proteínas se relacionan también con enfermedades como la fibrosis, el cáncer y las enfermedades cardíacas, entre otras. La familia de las galectinas se descubrió gracias a su actividad de unión a β-galactósidos, y se definió con base en sus sitios conservados, los cuales constan de ∼130 aminoácidos y se denominan dominios de reconocimiento de carbohidratos (CRD, por sus siglas en inglés de Carbohydrate Recognition Domains) (Barondes et al., 1994). Las galectinas se sintetizan como proteínas citosólicas, residen en el citosol o núcleo durante gran parte de su vida útil y alcanzan sus ligandos sólo después de ser secretadas por medio de una vía no clásica que excluye al complejo de Golgi (Cummings et al., 2015). Si bien, todas las células expresan galectinas, en ocasiones en concentraciones citosólicas de hasta 5 µM (Lindstedt et al., 1993), el patrón de expresión varía entre los tipos de células y de tejidos (Johannes, Jacob y Leffler, 2018). Como se mencionó anteriormente, la clasificación de la familia de las galectinas se define por los CRD de éstas. Hasta la fecha se han identificado 15 galectinas de mamíferos, que se subdividen en tres grupos: las galectinas prototipo, que constan de un CRD (se incluyen en esta categoría las galectinas 1, 2, 5, 7, 10, 13, 14 y 15); las galectinas de repetición en tándem, las cuales poseen dos CRD unidos por un péptido enlazador de longitud variable (galectinas 4, 6, 8, 9 y 12), y el tipo quimera, que consta de un CRD fusionado a repeticiones de tramos cortos de aminoácidos y cuyo único exponente reportado a la fecha es la galectina-3 (Gal 3) (Rabinovich et al., 2007) (Figura 1). 5 Tipo Estructura GalectinasPrototipo 1, 2, 5, 7, 10, 13, 14, 15 Repetición en tándem 3 Quimera 4, 6, 8, 9, 12 Fig. 1. Clasificación de galectinas de acuerdo con su estructura: prototipo, repetición en tándem y quimera. La galectina-9 (Gal-9) es una galectina de tipo repetición en tándem de 34-39 kDa que presenta dos CRD no homólogos N- y C-terminales unidos por un polipéptido corto (John y Mishra, 2016). Estos CRD son diferentes entre sí, y mientras que ambos CRD presentan afinidad a estructuras repetitivas de residuos N-acetil-lactosamina enlace β1-3 (poli-N- Acetil-lactosamina) altamente ramificada, sólo el CRD en la región N-terminal reconoce el glicoesfingolípido Forssman (un ligando de unión de Gal-9) con una alta afinidad (Hirabayashi et al., 2002). Gal-9 se expresa ampliamente en el núcleo, el citosol, la membrana plasmática externa y la matriz extracelular y, al igual que otras galectinas, se sintetiza en polirribosomas libres en 6 el citoplasma y se secreta a través de vías no clásicas o se libera al medio extracelular tras la muerte celular (Bozorgmehr et al., 2021). La Gal-9 fue descrita inicialmente por tres grupos independientes como: un autoantígeno derivado del tejido involucrado en el linfoma de Hodgkin (Türeci et al., 1997); un quimioatrayente de eosinófilos de 36 kDa expresado en linfocitos T (Matsumoto et al., 1998), y como un transportador de urato (Leal-Pinto et al., 1997). Posteriormente, estas tres proteínas fueron reconocidas como variantes de Gal-9 con diferencias mínimas en los aminoácidos que influyen en sus características funcionales y estructurales. Promotor del gen LGALS9 Gal-9 es codificada por el gen LGALS9 (https://www.proteinatlas.org/ENSG00000168961- LGALS9), localizado en el brazo corto del cromosoma 17 (17q11.2) el cual consiste en 11 exones (Leffler et al., 2004). Un análisis realizado por medio de la base de datos TRANSFAC muestra que el promotor de LGALS9 de Homo sapiens cuenta con sitios de unión a Kid3, WT1, p300, SREBP, TCFII, STAT, entre otros. La estimulación del gen que codifica para la Gal-9 es específica del tipo celular y se ha reportado que los interferones (IFN) γ y β y las interleucinas (IL) 1β y 1α, inducen su expresión (John y Mishra, 2016). De acuerdo con Aparicio, 2019, se reportó que el gen comprende una región situada entre 27631148 a 27649560 pb, lo cual indica que su tamaño es de 18412 pb de acuerdo con la entrada 3965 en la base de datos Gene de NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3965). En este mismo trabajo se analizó la secuencia de LGALS9 empleando el programa Eukaryotic Promoter Database (EPD), el cual detecta posibles regiones promotoras de acuerdo con la secuencia indexada. Se encontraron dos posibles regiones promotoras, la primera entre las posiciones 27623260 (la cual se sobrepone con la región codificante del gen KSR-1) y 27649392 pb del gen LGALS9; la segunda región entre las posiciones 27630224 y 27630824 pb dentro del gen LGALS9 (datos obtenidos en la página http://atlasgeneticsoncology.org/index.html), por lo cual se diseñaron oligonucleótidos para amplificar un fragmento de 2089 pb en el que se encuentran ambas regiones (Figura 2). 7 Se clonó el fragmento de 2089 pb y construcciones cortas de este (1479 pb, 727 pb y 222 pb) (Figura 2) en un vector pGL4.12 el cual contiene al gen reportero de luciferasa luc2CP de luciérnaga (Photinus pyralis). Estas construcciones se transfectaron en células HaCaT y se evaluó la actividad transcripcional de cada una de ellas por medio de un ensayo de luciferasa, encontrándose que la construcción de 727 pb presentó mayor actividad transcripcional. Por ese motivo en el presente trabajo nos limitaremos a analizar la secuencia de esta construcción. De acuerdo con dicho estudio, el promotor del gen LGALS9 es un promotor clásico que es activado por cajas TATA, las cuales son reconocidas por proteínas de unión a cajas TATA (TBP, por sus siglas en inglés de TATA binding protein)). Entre los elementos de respuesta encontrados en el promotor se observa la presencia AP1, Sp1 NF-kB, C-Myb, entre otros, en las diferentes construcciones (Figura 2). De los elementos de respuesta encontrados, los relacionados con las vías de señalización canónicas inducidas por interferones se muestran en la Figura 3. 8 Fig. 2. Representación esquemática del fragmento amplificado de 2089 pb y los elementos de respuesta. En color amarillo se indica la posible región promotora. La flecha azul claro indica el sitio de inicio de la transcripción, la flecha verde indica el sitio de inicio de la traducción. Imagen tomada de Aparicio, 2019. 9 Fig. 3. Representación esquemática de los fragmentos del promotor y la distribución de los elementos de respuesta a interferón reportados en la base de datos TRANSFAC. En anaranjado, la construcción de 222 pb. En anaranjado y verde, la construcción de 727 pb. En anaranjado, verde y amarillo, la construcción de 1479 pb. En anaranjado, verde, amarillo y azul, la construcción de 2089 pb. 10 Localización y función de Gal-9 Gal-9 participa en varios procesos biológicos intracelulares y extracelulares, incluido el tráfico y plegamiento de proteínas, las interacciones célula-célula o célula-matriz extracelular, la transducción de señales y el desarrollo celular (Vasta et al., 2012). Cuando se describió por primera vez, se observó que se expresaba abundantemente en el hígado murino fetal y adulto (Wada et al., 1997). Se ha reportado también en el sistema esquelético (Tanikawa et al., 2008; Wiersma et al., 2013), sistema muscular (Wada et al., 1997; Leal- Pinto et al., 1997; Spitzenberger et al., 2001), sistema respiratorio (Leal-Pinto et al., 1997; Wada et al., 1997; Türeci et al., 1997; Matsumoto et al., 1998; Spitzenberger et al., 2001), sistema digestivo (estómago y células epiteliales que recubren las criptas de intestino delgado, mucosa intestinal, colon, hígado, vesícula biliar) (Wada et al., 1997; Matsumoto et al., 1998; Spitzenberger et al., 2001; Thijssen et al., 2008), sistema urinario (corteza renal, arteriolas, capilares intertubulares de médula y corteza, mesangio glomerular de los riñones) (Wada et al., 1997; Leal-Pinto et al., 1997; Spitzenberger et al., 2001), sistema reproductivo (ovario, útero, mama, testículos) (Leal-Pinto et al., 1997; Bauersachs et al., 2006; Shimizu et al., 2008), sistema cardiovascular (Wada et al., 1997; Leal-Pinto et al., 1997; Spitzenberger et al., 2001), sistema linfático (bazo, ganglio linfático, células estromales/epiteliales del timo) (Leal-Pinto et al., 1997; Wada et al., 1997; Matsumoto et al., 1998), sistema nervioso (cerebro, epitelio corneal y conjuntival, células estromales de la conjuntiva, iris, cuerpo ciliar, esclerótica, vasos sanguíneos de la retina, epitelio pigmentario de la retina, coroides y queratinocitos) (Leal-Pinto et al., 1997; Schlötzer-Schrehardt et al., 2012), sistema tegumentario (Igawa et al., 2006), células mieloides (Türeci et al., 1997; Matsumoto et al.,1998) y células linfoides (Türeci et al., 1997). Por lo tanto, Gal-9 se distribuye en una amplia variedad de tipos de células de mamíferos, con algunas especificidades dependientes del tejido, debido que se ha reportado que el microambiente y la especificidad de las células influyen en gran medida en la expresión del gen que codifica para esta proteína; estos microambientes comprenden factores tanto internos como externos, como ciertos factores fisiológicos y patológicos responsables del crecimiento, diferenciación, desarrollo y protección (Hirashima et al., 2002). Además, la especificidad de Gal-9 está 11 intrínsecamente modulada por los mecanismos inmunes (como tolerancia, supresión y de defensa) (Yang et al., 2008). Se ha reportado que Gal-9 tiene una distribución celular endógena y exógena (Heusschenet al., 2013 En la superficie extracelular, Gal-9 se une selectivamente a oligosacáridos y glicoproteínas que contienen galactosa en las matrices extracelulares y a los glicoconjugados de la superficie celular (como laminina, fibronectina, vitronectina) (Nobumoto et al., 2008). permitiendo que Gal-9 module la adhesión celular, la quimioatracción y la endocitosis. Se ha observado la localización nuclear de Gal-9 en células endoteliales de placenta, hígado, colon, monocitos y células de melanoma (Kageshita et al., 2002; Thijssen et al., 2008; Matsuura et al., 2009; Barjon et al., 2012; Ma et al., 2013), pero no se conocen a profundidad las funciones nucleares de Gal-9. La transfección transitoria de Gal-9 aumenta la expresión de interleucina-1α (IL-1α) e interleucina-1β (IL-1β) en células THP-1 (monocitos) (Matsuura et al., 2009), y las tres isoformas aumentan la actividad promotora del gen IL1A, pero sólo la isoforma de tamaño corto aumenta la actividad promotora de los genes IL1B e IFNγ (Matsuura et al., 2009), sin embargo, la expresión de estos genes se debe también a la participación conjunta de varios factores de transcripción como AP-1, NF-IL6 y NF-kB (Matsuura et al., 2009; John y Mishra, 2016). Papel de Gal-9 relacionado con procesos inmunitarios en enfermedades Enfermedades autoinmunes Lupus eritematoso sistémico El lupus eritematoso sistémico (LES) es una enfermedad autoinmunitaria, inflamatoria polimórfica y multigénica. Esta enfermedad se caracteriza por una pérdida global de la auto- tolerancia inmunitaria con la activación de las células T y B autorreactivas que conduce a la producción de autoanticuerpos patógenos y daño tisular (Choi, Kim y Kraft, 2012). En el LES, Gal-9 efectúa el ajuste del equilibrio de las células T y disminuye los anticuerpos anti- dsDNA al inducir una disminución de linfocitos TIM-3+Th1 y Th17, críticos para la patogénesis del LES. Además, el tratamiento con Gal-9 aumenta las células CD19+ en 12 ratones MRL/lpr propensos a lupus y reduce las células plasmáticas CD19-CD138+ pero no los plasmablastos CD19+CD138+. Esta reducción de células plasmáticas puede resultar en la supresión de la producción de anticuerpos anti-dsDNA, disminuyendo la gravedad clínica en la patogénesis del LES (Moritoki et al., 2013). Se ha reportado también que Gal-9 es un biomarcador aplicable clínicamente para detectar la expresión de genes que codifican para IFN (moléculas relacionadas con procesos inflamatorios) en pacientes con LES (van den Hoogen et al., 2018). Diabetes Diabetes tipo 1. La diabetes tipo 1 es una enfermedad autoinmune mediada por células T que destruye selectivamente las células β productoras de insulina en el páncreas. El ratón NOD/SCID (diabético no obeso con inmunodeficiencia grave combinada, Non-Obese Diabetic/Severe Combined Immunodeficiency) es un modelo animal para estudiar la patogenia de la diabetes tipo 1. La disminución del número de células inmunes Th1 agresivas por parte de Gal-9 inhibe el desarrollo de diabetes autoinmune en ratones NOD/SCID y, por lo tanto, la sobreexpresión de Gal-9 o Gal-9 recombinante puede ser una terapia útil contra la diabetes Tipo 1, que se puede utilizar además para prolongar la supervivencia de los trasplantes de células de los islotes pancreáticos u otros trasplantes durante la regeneración pancreática (Kanzaki et al., 2012; Chou et al., 2013). Diabetes tipo 2. Se ha reportado que Gal-9 tiene un control indirecto sobre la diabetes tipo 2 al participar en el mantenimiento de la homeostasis de la glucosa en sangre. El receptor de superficie Glut-2 (transportador de glucosa-2, Glucose Transporter-2) participa en la secreción de insulina estimulada por glucosa y actúa como un importante ligando de Gal-9, por lo tanto, Gal-9 ejerce un control indirecto sobre la homeostasis de la glucosa en sangre en respuesta a la ingesta de glucosa. Gal-9 reconoce y retiene el transportador de glucosa Glut-2 en la superficie de las células β pancreáticas, lo que inhibe la endocitosis de Glut-2 y mantiene la respuesta primaria de secreción de insulina estimulada por glucosa (Ohtsubo et al., 2005). Además, los niveles séricos elevados de Gal-9 en los pacientes con diabetes tipo 2 y enfermedad renal crónica se correlacionan de manera negativa con la tasa de filtración 13 glomerular, que a su vez puede estar relacionado con la alteración de la respuesta inmune y la inflamación (Kurose et al., 2013). Glomerulonefritis causada por anticuerpos anti-membrana basal glomerular La enfermedad por anticuerpos anti-membrana basal glomerular (Anti-Glomerular Basement Membrane, anti-GBM), es un trastorno inmunológico caracterizado por la presencia de anticuerpos contra la membrana basal glomerular y glomerulonefritis (inflamación de los glomérulos) (GN) (Robledo et al., 2011), en la cual se ven involucradas predominantemente las células Th1 y Th17. El papel protector de Gal-9 en la GN anti-GBM se asocia con la inhibición de las respuestas inmunitarias mediadas por células Th1 y Th17, que cambia la respuesta inmune de Th1 a Th2 y finalmente mejora la inmunidad Th2 en el riñón. Se ha informado que la respuesta inmune mediada por células Th2 desempeña un papel protector en la GN anti-GBM que se asocia con la supresión de la respuesta inmune mediada por células Th1, relacionada con las citocinas expresadas específicamente por estos tipos de células (Tipping et al., 1997; Zhang et al., 2014). Hepatitis autoinmune La hepatitis autoinmune (HAI) es una enfermedad que ocurre cuando el sistema inmunológico ataca las células del hígado. Cuando disminuye la expresión de TIM-3 (inmunoglobulina de células T y dominio 3 de mucina), un ligando de Gal-9, las células efectoras se vuelven menos susceptibles a la supresión inmune mediada por células Treg. La señalización reducida del eje TIM-3/Gal-9 contribuye a un control de células Treg deficiente durante la HAI (Liberal et al., 2012); la activación de células Treg mediada por Gal-9 juega un papel crucial en la HAI, lo cual se demostró empleando el modelo murino de lesión hepática experimental inducida por Concanavalina A (Con A) (Wang et al., 2012), en el que una sola inyección de Gal-9 en ratones tuvo un efecto protector contra la hepatitis inducida por Con A (Liberal et al., 2012). 14 Lesión hepática por isquemia/reperfusión La lesión hepática por isquemia/reperfusión (Ischemia-Reperfusion Injury, IRI) es una patología inflamatoria exógena independiente del antígeno en la que las células T CD4+ actúan como mediador clave. La IRI hepática ocurre con frecuencia después de una resección hepática importante o un trasplante de hígado (Cannistrà et al., 2016). Se ha demostrado que el bloqueo de la vía TIM-3/Gal-9 exacerba la inflamación local y el daño hepático debido a la expresión del factor de necrosis tumoral α (TNF-α, por sus siglas en inglés de Tumoral Necrosis Factor) e interleucina-6 (IL-6) y amplifica la actividad de las células T de las células de Kupffer. Estos resultados sugieren la importancia de la señalización TIM-3/Gal-9 en el mantenimiento de la homeostasis hepática y en el control de la respuesta inmune hepática alterada (Hirao et al., 2015). Enfermedad del hígado graso no alcohólico Tras la activación endógena/exógena, las células T/NK (Natural Killers) secretan citocinas como IFN-γ e IL-4, y regulan positivamente la expresión de TIM-3. El IFN-γ induce la producción de Gal-9 por las células de Kupffer (Mengshol et al., 2010), y conduce a la apoptosis de las células TIM-3+NKT, que limita la respuesta inflamatoria. Gal-9 también interactúa con TIM-3 expresado en células de Kupffer para producir IL-15, que induce la proliferación de células T/NK. Esto eventualmente conduce a la homeostasis de las células T/NK y al equilibrio del microambiente inmunológico local. Además,Gal-9 exógena también puede mejorar significativamente la esteatosis inducida por la dieta y la obesidad de una manera dependiente de las células T/NK a través de la vía de señalización TIM-3/Gal-9 (Tang et al., 2013). Trombocitopenia inmunitaria La trombocitopenia inmunitaria (ITP, por sus siglas en inglés de Immune Thrombocytopenia) es un trastorno hemorrágico autoinmune causado por una desregulación inmune que involucra diferentes mecanismos, los cuales incluyen la formación de 15 anticuerpos antiplaquetarios del tipo inmunoglobulina G (IgG) contra varios antígenos de superficie plaquetaria, la fijación del complemento y la disfunción de los linfocitos T, que desempeñan funciones importantes en la fisiopatología de la ITP (Zahran et al., 2018). Los pacientes con ITP poseen células T autorreactivas a plaquetas que presentan un aumento de la secreción de citocinas proinflamatorias debido a la pérdida de tolerancia periférica. La desregulación de la inmunidad celular en la ITP incluye un cambio significativo de las respuestas inmunitarias proinflamatorias de las células Th1 y Th17, y una pérdida de tolerancia como resultado de un número reducido y funcionamiento defectuoso de las células T reguladoras CD4+CD25+. También hay destrucción de plaquetas por parte de linfocitos T citotóxicos (CTL) y defectos en células presentadoras de antígeno (APC), que potencialmente pueden conducir a procesamiento anormal y/o presentación de autoantígenos y a la estimulación de la autoinmunidad antiplaquetaria. Se ha sugerido también un vínculo entre la ITP y la vía TIM-3 en el que Gal-9 puede influir terapéuticamente (Zhang y Shan, 2014). Aterosclerosis La aterosclerosis es una enfermedad crónica progresiva de las arterias, que es la base de muchos eventos vasculares adversos importantes y la principal causa de morbilidad y mortalidad por enfermedades cardiovasculares. Varios tipos de células inmunorreactivas están presentes durante la formación de la aterosclerosis, incluidos macrófagos, células T, células B, mastocitos y células dendríticas. A pesar de que los macrófagos son las células clave en la aterosclerosis, se ha demostrado que las células T están relacionadas con la aterogénesis y, en especial, se ha sugerido que las subpoblaciones de células T desencadenan/amortiguan los procesos inflamatorios ateroscleróticos (Yu et al., 2020). Previamente se ha reportado una disminución de los niveles relativos de expresión de ARNm de Gal-9, TIM-3 y Foxp3 en células mononucleares de sangre periférica en pacientes con síndrome coronario agudo (Xie et al., 2020). Con base en esos hallazgos, se ha sugerido que Gal-9 tiene una función inmunorreguladora significativa en el proceso de aterosclerosis (vía Gal-9/TIM-3) y la mejora de la señalización de Gal-9 atenúa el desarrollo de placa aterosclerótica, proceso que se caracteriza por una disminución de monocitos/macrófagos y 16 células T efectoras y un aumento de células Treg (células T reguladoras). Esta afirmación se apoya en la demostración experimental de que la administración de anti-TIM-3-Ab aumenta la formación de placa aterosclerótica y TIM-3, el receptor de Gal-9, actúa como un regulador negativo de la aterosclerosis (Foks et al., 2013). El bloqueo de las interacciones entre Gal-9 y TIM-3 promueve el desarrollo de la aterosclerosis, regula a la baja el número de células Treg y regulando al alza el número de monocitos/macrófagos y células T efectoras (Yu et al., 2020). Esclerosis múltiple La esclerosis múltiple (EM) es un trastorno degenerativo progresivo crónico del sistema nervioso central, caracterizado por inflamación, desmielinización, falla del proceso de remielinización y pérdida axonal. La EM es una enfermedad autoinmune dependiente de células Th1 y se caracteriza por altas cantidades de IFN-γ. Gal-9 se encontró en núcleos de microglía en lesiones activas de esta enfermedad, mientras que en las lesiones inactivas se encontró en el citoplasma (Stancic et al., 2011), este hecho sugiere que Gal-9 puede estar involucrada en la regulación del promotor de genes relacionados con la inflamación asociada a la EM. Además, se han reportado niveles altos de Gal-9 en el líquido cefalorraquídeo de pacientes con esclerosis múltiple secundaria progresiva, comparado con los controles sanos (Burman y Svenningsson, 2016). Artritis reumatoide En modelos de roedores de artritis inmunomediada (Rodent Models of Immune-Mediated Arthritis, RMIA) que se utilizan comúnmente para evaluar los mecanismos de esta enfermedad inflamatoria de las articulaciones, se ha reportado que Gal-9 regula negativamente la progresión de la artritis reumatoide (AR) al inducir la diferenciación de células T vírgenes a Treg y, por lo tanto, inducir la apoptosis de células TIM3+Th1 y células Th17 proinflamatorias (Seki et al., 2007). Gal-9 induce también la apoptosis de sinoviocitos hiperproliferativos (pannus) en las articulaciones degradadas por la AR, lo que, en consecuencia, disminuye los niveles de IL-6 proinflamatoria. En cultivos celulares, la 17 incubación con Gal-9 disminuye la expresión de citocinas proinflamatorias como IL-1β, IL6, TNF-α, MCP-1, MIP-2, IL-12 e IL-17 (John y Mishra, 2016). Desórdenes alérgicos Asma. Se ha demostrado, en un modelo murino de asma, que la administración de Gal-9 reduce la hipersensibilidad y la inflamación de las vías respiratorias asociada con Th2. La interacción de CD44 con hialuronano media la migración de células T a los pulmones, con lo que se genera un aumento de las respuestas alérgicas; Gal-9 se une a CD44 e inhibe esta migración (Katoh et al., 2007). La administración de Gal-9 suprime la reacción asmática inmediata en cobayas al formar un complejo con IgE y, por lo tanto, previene la desgranulación de los mastocitos, que de otro modo liberarían mediadores proinflamatorios (Niki et al., 2009). En una evaluación de las muestras de esputo de pacientes con asma para el análisis de inflamación de las vías respiratorias, se ha reportado que los macrófagos expresaban niveles bajos de Gal-1 y Gal-9. Los bajos niveles de Gal-1 y Gal-9 en pacientes con asma pueden estar involucrados a las respuestas inflamatorias asociadas con esta enfermedad (Sánchez- Cuellar et al., 2012). Dermatitis atópica. La dermatitis atópica (AD, por sus siglas en inglés de Atopic Dermatitis) es una enfermedad alérgica de la piel caracterizada por eosinofilia periférica, activación de mastocitos y predominio de células Th2. Los niveles séricos de Gal-9 en pacientes con AD son significativamente más altos que los de controles sanos y se correlacionan con el índice de gravedad y el área del eccema. Los niveles séricos de Gal-9 disminuyen después del tratamiento contra la AD, acompañados de una mejoría de las lesiones cutáneas. Un estudio inmunohistoquímico reportado en este mismo artículo reveló que Gal-9 se expresa en queratinocitos epidérmicos y mastocitos en la piel lesionada de la AD. Los resultados sugieren que la expresión elevada de Gal-9 está asociada con la progresión de la AD (Nakajima et al., 2015). 18 Alergias alimentarias. Se ha planteado que Gal-9 tiene una función inmunorreguladora significativa durante la inflamación alérgica inducida por los alimentos; en ratones sensibilizados al trigo, la administración de Bifidobacterium breve M-16V (GF/Bb) aumenta la concentración de Gal-9 en suero y disminuye la desgranulación de mastocitos, reduciendo la gravedad de la alergia. Estos efectos fueron abolidos parcialmente por la neutralización de Gal-9 sérica (de Kivit et al., 2012; Sziksz, Vannay y Haczku, 2012). Cáncer Transformación celular Se ha establecido una correlación negativa entre la expresión de Gal-9 y la transformación maligna (John y Mishra, 2016). En el carcinoma de células escamosas de cuello uterino, la expresióndisminuida de Gal-9 puede estar asociada con la desdiferenciación de células epiteliales normales a neoplasia intraepitelial cervical. La pérdida de la expresión de Gal-9 está asociada con la disminución de la expresión de E-cadherina en las células epiteliales (Mishra et al., 2010), por lo que disminución de E-cadherina en el cáncer de cuello uterino podría estar involucrada en la gravedad de las lesiones y la transformación maligna (Liang et al., 2008). Apoptosis La regulación de la apoptosis es una de las funciones intracelulares más estudiadas de Gal-9, relevante para la progresión tumoral. Los principales factores que influyen en los efectos de Gal-9 sobre la apoptosis de células cancerígenas son: los ligandos, la compartimentación celular, las respuestas dosis-tiempo y los tipos de células (John y Mishra, 2016). La estructura dimérica estable de Gal-9 es importante para inducir apoptosis en células de mieloma múltiple, mediante la activación de la señalización de JNK (quinasas c-Jun N- terminal, por sus siglas en inglés de c-Jun N-terminal kinases) y p38-MAPK (cinasas activadas por mitógenos, por sus siglas en inglés de mitogen-activated protein kinases) y 19 mediante la activación independiente de caspasa-8, -9 y -3 (Kobayashi et al., 2010); estas cinasas pueden fosforilar H2AX (un indicador de daño del ADN), lo que conduce a la fragmentación del ADN y la apoptosis. En la leucemia mieloide crónica, Gal-9 se ha relacionado con la vía apoptótica ATF3-Noxa en la que la pérdida del potencial de membrana mitocondrial y la inducción del estrés del retículo endoplásmico es precedida por la activación de las cascadas de caspasa-3/caspasa-8/caspasa-9 y caspasa-8/caspasa-4 (señales proapoptóticas) (Kikushige et al., 2015). En pacientes con infección crónica por virus de la hepatitis C o virus de la hepatitis B, Gal-9 induce la apoptosis mediada por TIM-3 de las células T efectoras, favorece la expansión de células Treg y atenúa las respuestas inmunitarias adaptativas para inducir el fallo de la respuesta inmunitaria, facilitando de esa manera la persistencia viral. Gal-9 muestra un efecto tumoral al mediar la disfunción de las células T en el carcinoma nasofaríngeo asociado al virus de Epstein-Barr y hepatocarcinoma y predice un mal pronóstico en pacientes con hepatocarcinoma asociado al virus de la hepatitis B (Bacigalupo et al., 2013). El efecto inhibidor de Gal-9 sobre cánceres sólidos (mama, colon, oral, gástrico, etc.) parece depender de la interferencia con varias características metastásicas de las células cancerígenas en lugar de la citotoxicidad inmediata. Aunque las células B no expresan TIM- 3, las líneas celulares de linfoma de células B son sensibles a la inducción de muerte celular por Gal-9 recombinante (Bacigalupo et al., 2013). Por lo tanto, Gal-9 induce la muerte celular apoptótica en muchos tipos de cáncer como el melanoma (Wiersma et al., 2012), cáncer de mama, carcinoma hepatocelular, leucemia de células T maduras (Kashio et al., 2003), mieloma múltiple (Kobayashi et al., 2010), leucemia mieloide crónica (Kuroda et al., 2010), linfoma de Burkitt, linfoma de Hodgkin, sarcoma (Nagahara et al., 2008), carcinoma de vesícula biliar (Tadokoro et al., 2016), cáncer gástrico (Takano et al., 2016), colangiocarcinoma (Kobayashi et al., 2015), entre otros. Sin embargo, en la leucemia mieloide, TIM-3/Gal-9 activan las vías ERK1/2 y AKT que permiten que la β-catenina y la NF-κB impulsen cooperativamente vías de señalización implicadas en la malignidad de este cáncer (Elahi et al., 2012). 20 Adhesión, migración e invasión El desprendimiento de las células cancerígenas de su sitio primario al dañarse los contactos célula-célula, la invasión de la matriz extracelular por interacciones célula-célula y célula-matriz, la unión de células cancerígenas al endotelio vascular, la invasión de células cancerígenas a través del endotelio vascular, la migración a sitios distantes y el establecimiento del crecimiento tumoral con neovascularización son los pasos esenciales en la metástasis tumoral maligna (Leber y Efferth, 2009; Martin et al., 2013). En los estudios sobre el cáncer, numerosos hallazgos apoyan la importancia de Gal-9 en los procesos de adhesión, migración e invasión. Gal-9 juega un papel importante en la formación de agregados celulares (Irie et al., 2005), interacciones célula-matriz extracelular (Nobumoto et al., 2008) e interacciones inhibidoras entre célula y endotelio (Zhang et al., 2009) y prevención de invasiones de células cancerígenas (Kageshita et al., 2002; Irie et al., 2005; Liang et al., 2008; Zhang et al., 2012). Si bien Gal-9 promueve la agregación celular, previene la adhesión celular de las células cancerígenas con las células endoteliales vasculares al bloquear la interacción entre las VCAM1 (moléculas de adhesión celular vascular, por sus siglas en inglés de Vascular Cell Adhesion Molecule 1) y VLA4 (antígeno muy tardío 4, por sus siglas en inglés de Very Late Antigen-4) (Nobumoto et al., 2008). Tanto la forma endógena como la Gal-9 secretada exógenamente pueden inhibir el contacto libre de células (Zhang et al., 2009). Gal-9 puede desencadenar la agregación de células cancerígenas (Kageshita et al., 2002; Irie et al., 2005), afectar el desprendimiento de células (Nobumoto et al., 2008) y prevenir el escape de células cancerígenas del tumor primario (Irie et al., 2005; Kageshita et al., 2002; Liang et al., 2008; Zhang et al., 2012). Gal-9 puede inhibir el proceso metastásico mediante el bloqueo de la adhesión celular a los componentes de la matriz extracelular, como el colágeno, la laminina y la fibronectina (Nobumoto et al., 2008). Sin embargo, las células de carcinoma escamoso oral que expresan baja Gal-9 muestran una mayor adhesión al colágeno y fibronectina (Kasamatsu et al., 2005). Además, se ha reportado que TIM-3 expresado por células endoteliales facilita la metástasis por células de melanoma y en tales casos se puede usar Gal-9 recombinante para reducir la adhesión/metástasis de células cancerígenas bloqueando competitivamente TIM-3 en las células endoteliales (John y Mishra, 2016). 21 Gal-9 se expresa altamente en lesiones melanocíticas de baja malignidad, mientras que las lesiones metastásicas se caracterizan por una expresión baja o nula de Gal-9. En hepatocarcinoma, la disminución de Gal-9 da como resultado metástasis en los ganglios linfáticos, invasión vascular y metástasis intrahepática, mientras que el aumento de la expresión de Gal-9 inhibe la adhesión y la invasión de las células cancerígenas al endotelio (Zhang et al., 2012; Bacigalupo et al., 2013). Los tumores de carcinoma de mama primarios se caracterizan por altos niveles de Gal-9 endógena, mientras que todas las metástasis distantes carecen de expresión de Gal-9 (Irie et al., 2005). El epitelio normal y el carcinoma de cuello uterino de bajo grado presentan niveles altos de Gal-9, mientras que las lesiones de carcinoma de cuello uterino de alto grado presentan niveles muy bajos de Gal-9 (Liang et al., 2008), por lo tanto, la pérdida de Gal-9 es un factor pronóstico negativo en estos tipos de cáncer. Las células cancerígenas transfectadas con Gal-9 mostraron una menor metástasis que las células cancerígenas negativas para Gal-9 en modelos murinos de melanoma y cáncer de colon. Además, la administración intravenosa de Gal-9 recombinante redujo significativamente la formación de metástasis de melanoma y células de cáncer de colon en un modelo murino (Kageshita et al., 2002). Tomados en conjunto, estos datos indican que Gal-9 expresada de forma endógena inhibe la formación de metástasis en ciertos tipos de cánceres. Gal-9 puede modular positiva o negativamente el comportamiento invasivo de las células cancerígenas, de modo que sus mecanismos completos y resultados siguen siendo en granparte desconocidos con los diferentes tipos de cáncer. Por ejemplo, se ha encontrado que la Gal-9 aumenta la adhesión en melanoma (Kageshita et al., 2002), cáncer oral (Kasamatsu et al., 2005) y de las células de cáncer de colon (Zhang et al., 2009) pero reduce la adhesión de las células de cáncer de mama (Irie et al., 2005). Escape inmunológico En el contexto inmunológico, Gal-9 está bien caracterizada como un quimioatrayente de eosinófilos (Matsumoto, 1998; Sato et al., 2002). Los eosinófilos se asocian predominantemente con la actividad antitumoral y generalmente son indicadores de un buen pronóstico en patologías (Thijssen et al., 2015). Curiosamente, la eosinofilia se observa a 22 menudo en tumores hematológicos y de colon (Munitz y Levi-Schaffer, 2004; Wedemeyer y Vosskuhl, 2008), además, estos tumores muestran con frecuencia una mayor expresión de Gal-9 en comparación con el tejido normal. Gal-9 derivada del tumor media la infiltración de eosinófilos en el microambiente tumoral y la pérdida de Gal-9, como se observa en varios tipos de tumores sólidos, permite que los tumores escapen de la respuesta antitumoral mediada por eosinófilos (John y Mishra, 2016). La capacidad de Gal-9 para modular la diferenciación, expansión y migración de otras células inmunes (por ejemplo, diferenciación Th17, apoptosis Th1 y migración de células Th2), apoya la actividad inmunosupresora de Gal-9 en el escape inmunológico tumoral. Este efecto inmunosupresor de Gal-9 se ha propuesto como el mecanismo gracias al cual las células de carcinoma nasofaríngeo infectadas con el virus de Epstein-Bar escapan a la vigilancia inmunológica (Keryer-Bibens et al., 2006; Klibi et al., 2009). También se observa una función similar del escape inmune con el carcinoma hepatocelular asociado al virus de la hepatitis B a través del eje Gal-9/TIM- 3 (Bacigalupo et al., 2013; Nebbia et al., 2012). Por otro lado, se ha demostrado que la administración de Gal-9 induce la expansión de las células dendríticas, lo que resulta en la potenciación de la inmunidad antitumoral mediada por células CD8+ o NK en modelos de sarcoma y melanoma, respectivamente (Clayton et al., 2014). Enfermedades infecciosas Infecciones virales Virus de inmunodeficiencia humana. Gal-9 favorece la infección por VIH-1 al inducir la apoptosis de las células Th1 y la migración de las células Th2, lo cual afecta la proporción de células Th1/Th2 (Bi et al., 2011). Gal-9 se une a O-glicanos en la proteína disulfuro isomerasa (PDI, por sus siglas en inglés de Protein Disulfide-Isomerase) del receptor de células T de las células Th2 (Fenouillet et al., 2001). Los ensayos de inmunoprecipitación y migración de células T han revelado que la interacción Gal-9-PDI induce la migración de células Th2 al aumentar la concentración y el tiempo de retención de PDI en la superficie de las células Th2. Por consiguiente, se ha demostrado que la adición exógena de Gal-9 aumenta la entrada viral de una manera dependiente de PDI, ya que los inhibidores de PDI revierten 23 la entrada viral mediada por Gal-9 in vitro. En resumen, el microambiente Th2 resultante de la regulación positiva de Gal-9 es aprovechado por el VIH-1 para promover la infección (Ayona et al., 2020). Virus de la hepatitis B. Un nivel elevado de Gal-9 se correlaciona con la regulación positiva de las células Treg de memoria (mTreg) lo que provoca una expansión de estas células a través de la interacción Gal-9/TIM-3 que puede limitar los daños hepáticos provocados durante la fase inflamatoria de la infección crónica por virus de la hepatitis B (VHB) (Hu et al., 2017). Se ha reportado que la vía de señalización TIM-3/Gal-9 regula la disfunción y el agotamiento de las células T en la infección crónica por VHB (Li et al., 2012). Por último, se han reportado niveles detectables de Gal-9 en biopsias de pacientes infectados por VHB (Barjon et al., 2012). Virus de la hepatitis C. Se ha reportado que la persistencia de la infección por el virus de la hepatitis C (VHC) está relacionada con el aumento de los niveles de Gal-9 y la expansión de las Treg que expresan Gal-9 (Zhuo et al., 2017; Kared et al., 2013; Harwood et al., 2016). La infección puede deberse a un desequilibrio entre las células Treg productoras de Th17 y Gal-9 que producen IL-21, lo que sugiere que Gal-9 e IL21 median la regulación cruzada entre las células Th17 y Treg durante la infección por VHC, respectivamente. Además, las células infectadas por el VHC estimulan a los monocitos a diferenciarse en macrófagos, lo que contribuye al aumento de Gal-9 en el hígado y suero de pacientes infectados con VHC (Harwood et al., 2016). Se reportan también niveles bajos, pero detectables, de Gal-9 en hepatocitos, leucocitos y células de Kupffer en biopsias de pacientes infectados con VHC (Wang et al., 2020). Virus del herpes simple. Gal-9 participa en la reactivación del virus del herpes simple (HSV). Tras la infección por HSV, las células T CD8+ se acumulan en el ganglio del trigémino y mantienen la latencia del HSV, pero la latencia intermitente y la reactivación son provocadas por la interacción TIM-3/Gal-9. Se ha demostrado que los ganglios del trigémino infectados con virus (replicantes/latentes) presentan la expresión de Gal-9 regulada al alza, la cual interactúa con TIM-3 de las células T CD8+ y reduce la función efectora de las células 24 T e induce su apoptosis (Reddy et al., 2011). Las células T CD8+ aisladas del ganglio del trigémino de ratones infectados deficientes de Gal-9 presentan una mayor funcionalidad efectora que las aisladas de ratones silvestres; un indicio de esta funcionalidad es la presencia detectable de citocinas proinflamatorias IFN-γ y TNF-α. Además, la adición de Gal-9 recombinante a cultivos de células de ganglio del trigémino infectados con HSV en la fase latente dio como resultado la apoptosis de la mayoría de las células T CD8+. La reactivación de HSV a partir de la latencia puede ocurrir cuando se altera el número o la función efectora de las células T CD8+ del ganglio del trigémino (Freeman et al., 2007; Strauss et al., 2002), por lo tanto, Gal-9 parece favorecer la infección por HSV-1 al facilitar la reactivación viral de la latencia bajo la influencia de los mecanismos homeostáticos del hospedero (Reddy et al., 2011). Virus de Epstein-Barr. Un estudio in vitro sobre carcinomas nasofaríngeos asociados al virus de Epstein-Barr (EBV) ha sugerido que Gal-9 contribuye al progreso de la infección (Ayona et al., 2020). El carcinoma nasofaríngeo asociado al EBV produce exosomas que contienen Gal-9 (Pioche-Durieu et al., 2005), estos exosomas protegen a Gal-9 de la escisión proteolítica y conservan su capacidad de unión a TIM-3. En consecuencia, se ha demostrado que estos exosomas inducen la apoptosis de células T CD4+ específicas de EBV a través de la vía TIM-3/Gal9 y que la apoptosis puede inhibirse neutralizando anticuerpos dirigidos contra el dominio de unión a TIM-3 de Gal-9 (Klibi et al., 2009). Virus sincitial respiratorio. Se ha reportado que la administración de Gal-9 provoca una reducción de la patología pulmonar y la carga viral en la infección por virus sincitial respiratorio, que pueden inhibir la producción de células Th17 y alterar la apoptosis de las células T CD8+ (Lu et al., 2015). Virus de la influenza. Se ha informado que Gal-9 desempeña funciones en la infección por el virus de la influenza: los pacientes infectados con virus de la influenza presentan niveles altos de Gal-9 en plasma (Katoh et al., 2014); otro estudio en un modelo murino específico para el estudio de la influenza A reportó que obstaculizar las señales de Gal-9 dirigidas a las células que expresan TIM-3 causa una respuesta inmune por medio de la 25 respuesta de las células T CD8+ específicas del virus de la influenza, mejorandoasí la generación de anticuerpos específicos hacia el virus (IgM, IgG e IgA) y promoviendo la eliminación rápida del virus (Sharma et al., 2011). Virus del dengue. En la infección por el virus del dengue (DENV), Gal-9 funge como un biomarcador que puede ayudar a rastrear la respuesta inflamatoria inducida por la infección por DENV, pues los niveles de Gal-9 en plasma de estos pacientes es notablemente elevado (Chagan-Yasutan et al., 2013). Además, un informe indicó una regulación al alza de Gal-9 en células dendríticas humanas (DC) después de la infección por DENV; en este mismo estudio se reporta que las DC knockout para Gal-9 inhiben la migración estimulada por DENV al quimioatrayente CCL19 y CCL21, y reducen su producción de IL-12p40 y la activación del factor nuclear κB (NF-κB), lo que sugiere que Gal-9 es un objetivo terapéutico para prevenir la inmunopatogénesis inducida por DENV (Hsu et al., 2015). Infecciones bacterianas Klebsiella pneumoniae. Durante la infección por K. pneumoniae, la citocina IL-17A juega un papel crucial en la defensa del hospedero contra la infección (Ye et al., 2001). IL- 17A es producida por células Th17 que también son susceptibles a la apoptosis mediada por Gal-9/TIM-3. Consecuentemente, se ha demostrado que la administración de Gal-9 a ratones infectados con K. pneumoniae reduce la secreción de citocinas por las células Th1 y Th17 y también inhibe la regulación positiva de G-CSF (factor estimulante de colonias de granulocitos) y MIP-2 (proteína inflamatoria de macrófagos 2), que son cruciales para la diferenciación de neutrófilos. Por tanto, la inyección de Gal-9 a ratones infectados reduce el aclaramiento bacteriano, lo que resulta en una tasa de supervivencia más baja que la del grupo de control sin tratamiento con Gal-9. En conjunto, estos hallazgos sugieren que la apoptosis de células Th1 y Th17 mediada por Gal-9/TIM-3 actúa como un regulador negativo del mecanismo de defensa del hospedero contra K. pneumoniae (Wang et al., 2011; Ayona et al., 2020). 26 Citocinas que aumentan la expresión de Gal-9 Se ha reportado que las citocinas proinflamatorias, pero no las antinflamatorias, inducen o aumenta la expresión de Gal-9 en diferentes líneas celulares. La evidencia experimental al respecto se resume en la Tabla 1: Tabla 1. Evidencia experimental del efecto de citocinas proinflamatorias en los cambios de expresión de Gal-9 en diversas líneas celulares. Citocina Efecto en línea celular Referencia IFN-γ Aumenta la expresión de Gal-9 en células HUVEC (vía HDAC3/P13K/IRF3), en fibroblastos (vía MAPK, PI3K y JAK/STAT), en APCs (células presentadoras del antígeno), en astrocitos TCR (vía TNF/TNFR1/JNK/c- Jun), en células mesenquimales multipotentes humanas (MSC, por sus siglas en inglés Mesenchymal Stem Cells) y en células mesenquimales derivadas de la médula ósea (BM-MSC, por sus siglas en inglés de Bone Marrow- derived Mesenchymal Stem Cells). Alam et al., 2011; Imaizumi et al., 2002; Park et al., 2011; Asakura et al., 2002; Li et al; 2012; Steelman et al., 2013; Zhu et al., 2005; Gieseke et al., 2013; Kim et al., 2015 IFN-α estimula la expresión de Gal-9 en células dendríticas. van den Hoogen et al., 2018. IFN-β Induce la expresión de Gal-9. Leaman et al., 2003 En fibroblastos de prepucio humano (HFF-1) infectados con citomegalovirus humano primario (HCMV, por sus siglas en inglés de Human Cytomegalovirus), regula positivamente la expresión de Gal-9. McSharry et al., 2014. Schilling et al., 2021. IL-1β Estimula la expresión de Gal-9 en astrocitos. Yoshida et al., 2001; Steelman et al., 2013. 27 TNF-α Aumenta la expresión de Gal-9 en astrocitos e Induce la expresión y secreción de Gal-9 en BM-MSCs Steelman et al., 2013; Kim et al., 2015. Se ha demostrado que las citocinas antiinflamatorias inducen el proceso contrario; de hecho, se ha reportado que IL-5, citocina antiinflamatoria (Opal y DePalo, 2000) regula a la baja la expresión de Gal-9 en eosinófilos (Saita et al., 2002). Interferones Definición Se sabe que el gen LGALS9 es estimulado por IFN (Kane et al., 2016), sin embargo, se desconocen los factores de transcripción específicos involucrados en este proceso. Los IFN son una familia de citocinas que participan en vías de señalización y se agrupan de acuerdo con su origen celular y sus agentes inductores. De estas citocinas ha sido descrita principalmente su actividad antiviral. Después de unirse a su receptor especifico, los IFN activan la vía de transducción de señal que activa a su vez una amplia gama de genes que son conocidos por su papel en la actividad antiviral y en procesos de inmunomodulación y control de la proliferación. La inhibición del crecimiento del virus o de la proliferación de células mediada por IFN está asociada con cambios fisiológicos, algunos de los cuales dependen de la actividad de proteínas específicas que son inducibles por IFN (De Andrea et al., 2002). Los IFN regulan una amplia gama de procesos fisiológicos que incluyen la síntesis de citocinas y quimiocinas (Biron, 1999), traducción de ARNm (Williams, 2001), estabilidad de proteínas y ARN (Silverman, 1997; Nyman et al., 2000) presentación del antígeno (Taniguchi et al., 2001), tráfico nuclear (Enninga et al., 2002), diferenciación celular (Takayanagi et al., 2002; Horiuchi. Hayashida, Akishita, 2000), división celular y apoptosis (Kissil y Kimchi, 1998). Estas citocinas se han catalogado principalmente en tres clases: Tipo I, donde se incluyen principalmente a IFN -α y β (Figura 4 y Tabla 2); tipo II, cuyo miembro más representativo (y único reportado a la fecha) es IFN-γ (Figura 4 y Tabla 2), y tipo III, compuesta por IFN-λ. 28 Los IFN transducen señales a través de vías diferentes, pero estrechamente relacionadas entre sí (Tabla 2): Tabla 2. Clasificación de IFN. Tipos de IFN Nombres Locus Cadena Receptora 1 Cadena Receptora 2 Vías de transducción de señales IFN de tipo I IFN-α 9p21+3 IFN-αR1 IFN-αR2 Jak1, Tyk2 IFN-β 9p21+3 Stat1, Stat2, Stat3 IFN-δ No identificado Stat4, Stat5 IFN-ε 9p21+3 PI3K IFN-κ 9p21+3 Akt IFN-τ No identificado NF-κB IFN-ω 9p21+3 MAPK Limitina (IFN-ζ) No identificado p53/ PRMT1 IFN de tipo II IFN-γ 12q14+3 IFN-γR1 IFN-γR2 Jak1, Jak2/ Stat1, Stat3, Stat5/ PI3K/ Akt/ NF- κB/ MAPK IFN de tipo III IFN-λ1 (IL- 29) 19q13+2 IL-28R1 IL-28R1 Stat5 IFN-λ2 (IL-28B) 19q13+2 Stat1, Stat2, Stat3 IFN-λ3 (IL-28A) 19q13+2 Jak1, Tyk2 IFN-λ4 19q13+2 JAK-STAT Modificado de Pestka, Krause y Walter, 2004. 29 Debido a la escasa información referente al efecto de los IFN de tipo III sobre la expresión y regulación de Gal-9, los antecedentes presentados en este trabajo se centrarán en los IFN de tipo I y II, pues existen bases experimentales que señalan a los IFN -α, -β y -γ incrementan o inducen su expresión en diferentes líneas celulares. Vías canónicas de señalización de IFN de tipo I y II En lo que respecta a la vía de señalización de los IFN del tipo I, estos son reconocidos por un receptor heterodimérico compuesto por las subunidades 1 y 2 del receptor de interferón-α (IFNAR, por sus siglas en inglés de Interferon Alpha Receptor). Tras la interacción con el ligando, ocurre la fosforilación del receptor mediada por JAK, que conduce al reclutamiento y activación de STAT1 y STAT2 citoplasmáticos; una vez fosforiladas STAT1 y STAT2; éstas se asocian con el factor regulador de interferón 9 (IRF9, por sus siglas en inglés de Interferon Regulatory Factor 9) presente en el citoplasma para formar un complejo heterotrimérico llamado factor 3 estimulado por interferón (ISGF3, por sus siglas en inglés de Interferon Stimulated Gene Factor 3), el cual es transportado al núcleo, dóndereconoce el elemento de respuesta estimulado por IFN (ISRE, por sus siglas en inglés de IFN-Stimulated Response Element) para activar los genes que presentan esta secuencia (Figura 4, izquierda) (Michalska et al., 2018). El IFN de tipo II, como ligando, interactúa exclusivamente con el receptor formado por dos subunidades del receptor del interferón-γ 1 (IFNGR1, por sus siglas en inglés de Interferon Gamma Receptor 1) y dos del receptor del interferón-γ 2 (IFNGR2, por sus siglas en inglés de Interferon Gamma Receptor 2), cuya fosforilación es mediada por JAK 1 y 2, las cuales a su vez son capaces de fosforilar sólo proteínas STAT1, que a su vez forman un homodímero llamado factor activado por γ (GAF, por sus siglas en inglés de γ-Activated Factor). El homodímero GAF translocará al núcleo, activando genes que contengan la secuencia activada por γ (GAS, por sus siglas en inglés de γ-Activated Sequence,) (Figura 4, derecha) (Michalska et al., 2018). 30 Fig. 4. Vías de señalización inducidas por IFN de tipo I (izquierda) y II (derecha). Las letras “p” en la imagen indican fosforilación. Modificado de Michalska et al., 2018. Además de IRF9, que juega un papel fundamental en la regulación de la vía canónica de señalización activada por IFN de tipo I, y en vías no canónicas de señalización activada por IFN de tipo II, existen otros factores de transcripción de la misma familia que pueden regular vías de señalización activadas por IFN, de los cuales hablaremos en la siguiente sección. Familia IRF Definición y estructura La familia de factores reguladores del interferón (Interferon Regulatory Factors, IRF), comprende nueve miembros (IRF1-9) (Honda y Taniguchi, 2006), y está compuesta por 31 factores de transcripción que juegan un papel importante no sólo en la inducción de genes inducida por IFN, sino también en el desarrollo celular, la respuesta antiviral intrínseca de la célula, la inflamación y la oncogénesis (Savitsky et al., 2010). Todos los miembros de la familia IRF poseen un DBD (dominio de unión a ADN, por sus siglas en inglés de DNA Binding Domain) en su extremo amino terminal que se caracteriza por cinco repeticiones de triptófano conservadas (Taniguchi et al., 2010). El DBD forma una estructura tipo hélice- giro-hélice que reconoce el elemento ISRE el cual se caracteriza por la secuencia 5′- RRTTTCNNTTTYY-3′ (Cho et al., 2008; Platanitis et al., 2019). La región carboxilo- terminal de los IRF media la interacción de un IRF específico con miembros de su misma familia, con otros factores de transcripción o con cofactores, así como también confiere las actividades específicas de cada IRF. En esta misma región se han identificado dos módulos de asociación: dominio 1 asociado a IRF (IAD1, por sus siglas en inglés de IRF-Associated Domain 1), el cual se encuentra conservado en todos los miembros de la familia IRF excepto IRF1 e IRF2, y el dominio 2 asociado a IRF (IAD2), el cual poseen IRF1 e IRF2 (Mamane et al., 1999). La naturaleza de las interacciones proteína–proteína que posibilitan estos dominios determina la función y especificidad de los miembros de la familia IRF, los cuales pueden actuar como activadores o represores transcripcionales, (Michalska et al., 2018). Adicionalmente, el DBD de IRF se une a un motivo específico llamado elemento IRE (IRE. por sus siglas en inglés de IRF Element), cuya secuencia es 5´-GAAA-3´, presente dentro de los promotores de los genes IFNα e IFNβ, así como en los ISG. IRE podría considerarse una versión más corta de ISRE y no es reconocida por ISGF3 (Michalska et al., 2018; Antonczyk et al., 2019). Se han reportado también sitios IRE alternativos o especiales (GAGA, GACA) que pueden ser reconocidos por IRF3, 5 y 9 (Csumita et al., 2020). Unión al ADN de IRF y activación transcripcional Tras la unión del IFN con su receptor, se desencadena la señalización de STAT a través de la fosforilación de JAK1 y/o JAK2. El IFN-γ (IFN de tipo II) induce específicamente la formación del homodímero STAT1, mientras que los IFN-I y IFN-III inducen la formación del heterotrímero ISGF3, o STAT2/IRF9 en ausencia de ISGF3. Estos complejos se translocan al núcleo para unirse al ADN en las secuencias de reconocimiento GAS o ISRE. 32 La estimulación inicial con IFN conduce a la expresión temprana de ISG y la transcripción de IRF 1/5/7/8/9, STAT1 y STAT2. La acumulación de estos factores de transcripción recién sintetizados conduce a una oleada secundaria prolongada de expresión de ISG, que contribuye a la actividad antiviral y la defensa del hospedero (Michalska et al., 2018). Los IRF activados en las vías de señalización inducidas por IFN se unen al ISRE como homo y heterodímeros, en los que cada IRF entra en contacto con la secuencia IRE en lados opuestos del ADN. Por ejemplo, IRF1 e IRF2 pueden formar un heterodímero que se ha demostrado que regula la transcripción del gen EBNA1 del virus de Epstein-Barr en fibroblastos infectados (Schaefer, Strominger y Speck, 1997). Además, IRF1 e IRF2 se unen y regulan a los genes Cox-2 y prostaglandina E2 tras la estimulación con IFN-γ (Blanco et al., 2000). Se conoce también que IRF3 forma homodímeros tras la infección viral (Wang et al., 2016; Yoneyama, Suhara y Fujita, 2002). Las estructuras cristalinas del dominio de transactivación de IRF3 revelan un mecanismo autoinhibidor único. Como tales, los elementos autoinhibidores que rodean al IAD, en una forma condensada cerrada, creando un núcleo hidrofóbico que mantiene la proteína en un estado inactivo. La liberación del sitio activo hidrófobo tras la fosforilación conduce a un cambio conformacional, expone el DBD y permite la unión al ADN (Qin et al., 2003; Takahasi et al., 2003). La actividad transcripcional de IRF3 está controlada por eventos de fosforilación en los residuos Ser385 o Ser386 (Takahasi et al., 2003). El homodímero de IRF3 se considera el activador principal de la transcripción de los genes IFNβ e IFNα4, lo que lleva a la activación de la vía del IFN- I y la expresión posterior de ISGs (Wang et al., 2016). Se ha reportado también la actividad transcripcional de IRF3 inducida por IFN-γ, regulada por la histona deacetilasa 3 (HDAC3), en la que la fosfoinositol-3-cinasa (PI3K) fosforila IRF3, lo cual permite la dimerización de este factor de transcripción y su posterior translocación al núcleo (Bi et al., 2011; Alam et al., 2011). El modelo propuesto de la activación transcripcional por IRF5 e IRF7 es similar al de IRF3 e implica cambios conformacionales inducidos por la fosforilación C-terminal seguida de homo y heterodimerización, y translocación al núcleo. Sin embargo, otros miembros de la familia IRF pueden funcionar a través de diferentes sistemas de activación independientes de la fosforilación; uno de estos miembros es IRF4, que se caracteriza por una baja afinidad de 33 unión al ADN y posee una región autoinhibidora (AR, por sus siglas en inglés de Auto- inhibitory Region) compuesta por los últimos 30 aminoácidos del IAD. En un modelo de mecanismo autoinhibidor propuesto por Remesh et al. (2015), se sugiere que el AR interactúa directamente con el DBD y deja la proteína en un estado inactivo autoinhibido. Tras la interacción con un compañero de unión, la estructura de la proteína se reorganiza, expone el DBD y permite que IRF4 entre en contacto con el ADN. Debido a la alta similitud estructural, se especula que la regulación de la actividad de IRF8 ocurre de manera similar (Barnes, Field y Pitha-Rowe, 2003; Remesh et al., 2015). Un estudio de genoma completo en el que se utilizaron microarreglos de unión a proteínas que se empleó para caracterizar la unión al ADN de los homodímeros IRF3/5/7 reveló que, además de los sitios de unión comunes, hay un gran número de sitios de unión al ADN específicos de dímeros en el genoma humano (Andrilenas et
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