EJERCICIOS RESUELTOS DE MACROMOLÉCULAS-BIOQUIMICA (5)

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3) Ambas proteínas tienen la misma masa molecular , la de es un homopentámero y la de un heteropentámero compuesto por dos subunidades que difirieren ligeramente en su masa molecular y en sus propiedades y que no están unidas por puentes disulfuro. También se observa que ambas proteínas difieren ligeramente en sus propiedades , pero son casi idénticas en ese sentido.
4) 
a) La escala de Kyte and Doolittle asigna valores positivos a los grupos más hidrofóbicos y valores negativos a los grupos más hidrofílicos, por lo que las zonas que tengan puntajes positivos serán las hidrofóbicas. En la porteína indicada son las zonas de a y de a .
b) El gráfico muestra la probabilidad de que la secuencia de aminoácidos pertenece a un péptido tránsito. En el caso de esta secuencia los primeros 19 aminoácidos tienen mucha probabilidad de pertenecer a un péptido tránsito, lo cual coincide con el primer tramo hidrofóbico del péptido completo.
La secuencia resultante sin péptido tránsito es: SSTTGVAMHTSTSSSVTKSYISSQTN DTHKRDTYAATPRAHEVSEISVRTVYP PEEETGERVQLAHHFSEPEITLIIFGVMAGVIGTILLISYGIRRLIKKSPSDVKPLPSPDTDVPLSSVEIENPETSDQ
El siguiente gráfico muestra la probabilidad de que cierta sección de una proteína esté dentro de la célula, fuera o sea transmembrana. En el caso de la proteína, la sección de a es la región que se encuentra fuera de la célula, la región de al final es la región que se encuentra dentro de la célula y la región de a es la región transmembrana, la cual coincide con el segundo tramo hidrofóbico de la misma.
c) La secuencia en negritas es EPEITLIIFGVMAGVIGTILLISYGIRRL y el calculado es:
Por otro lado, el calculado por la página web es de .
5) 
a) La discrepancia se debe a que la glucosa actúa como una interferencia del método de Lowry, por lo que la concentración que indica es mayor a la real.
b) La concentración dada por el método de Bradford es la que considero correcta, pues este no mide la concentración de glucosa además de la concentración de la proteína.
c) El error se podría corregir degradando la glucosa o eliminándola mediante algún método de purificación.
6) 
a) 
b) El sulfato de sodio no se utiliza debido a que el rango de fuerza iónica es muy bajo.
c) El problema con el sulfato de magnesio es que tiene un rango de fuera iónica relativamente bajo y, además, se necesitarían grandes concentraciones para lograr precipitar proteínas.
7) Utilizaría el sulfato de amonio debido a que tiene un buen rango de fuera iónica y no se necesitan grandes concentraciones para conseguir una fuerza iónica suficiente para precipitar proteínas, y trabajaría a para que la proteína tenga carga neta e interaccione con el solvente y para que los componentes de la sal se mantengan cargados.
8) La unión tendrá más posibilidad de producirse en el interior de la proteína y aislada del solvente, ya que sino el solvente solvataría las cargas y competiría, así, con la unión aniónica. 
Enzimas y purificación de proteínas
1) 
a) 
b) 
c) No se podría haber realizado el ensayo sin diluir debido a que la alta concentración de enzima provocaría que la condición de velocidad inicial de reacción se perdiera muy rápido y la medida dejaría de ser confiable. Además, la absorbancia sería muy elevada para poder medirla.
d) 
2) 
a) 
b) 
c) 
d) 
3) 
Compro Z.
4) 
a) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
b) 
c) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
d) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
5) 
a) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
b) 
c) La etapa de mayor rendimiento es la primera, el fraccionamiento salino, con un . Por otro lado, la etapa de mayor purificación es la última, la cromatografía de exclusión molecular, con un .
d) El último paso, junto a la centrifugación, debería ser repensado ya que el rendimiento obtenido fue muy bajo, a pesar de la alta purificación. El resto de pasos presentan valores más o menos coherentes.
6) 
a) 
b) No se podrían separar las proteínas debido a que el volumen de muestra es mucho mayor al volumen de la columna, por lo que primero se debe concentrar mediante centrifugación.
c) La capacidad de la columna es excesiva para la cantidad de proteína que se va a purificar. Se podría conseguir un mejor o igual resultado con un volumen de columna de unas dos o tres veces menos al propuesto.
7) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
Elegiría el protocolo II porque es el que mayor rendimiento tiene. La purificación aparenta ser baja frente a la del protocolo I, pero este se debe a que nel protocolo I se purifica a partir de un extracto crudo de la fuente natural, por lo que era un extracto mucho más impuro con otras proteínas que los de las bacterias recombinantes que sobreexpresan la proteína de interés.
8) 
a) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	Rendimiento 
	Purificación 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
La etapa de mayor rendimiento es la primera, el fraccionamiento salino, con un . Por otro lado, la etapa de mayor purificación es la última, la cromatografía en columna de hidroxilapatita, con un .
b) Recomendaría que se busque alguna alternativa al último paso debido al bajo rendimiento, ya sea cambiando la técnica o la matriz utilizada.
9) 
a) 
	Volumen
	
	Proteína 
	Actividad 
	Actividad 
	Actividad 
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
	
b) Se observa que el procedimiento utilizando bacteria recombinante brinca mayor cantidad de enzima pura y, en general, los números son mejores en todas las variables.