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¿PODEMOS RECREAR UN T-REX? En la película Parque Jurásico, los científicos aislaron DNA de dinosaurios, a partir de mosquitos preservados en ámbar que se habían alimentado de estos reptiles, y lo insertaron en el genoma de un huevo de lagarto. Los genes de dinosaurios causaron que los lagartos se desarrollaran como dinosaurios. En realidad, no es posible obtener cantidades significativas de DNA de dinosaurio de muestras antiguas en ámbar, pero incluso si se pudiera lograr que los genes de dinosaurios se expresen y regulen de forma adecuada en un genoma de la- garto es un desafío extraordinario. Como se verá en este ca- pítulo, la expresión genética está controlada por una gran cantidad de elementos de DNA en el genoma, y la inserción de un gen en un sitio aleatorio en el genoma a menudo da como resultado un gen que se expresa incorrectamente, si es que se expresa en absoluto. Además de sus aplicaciones hi- potéticas en la reencarnación de dinosaurios, el control de la expresión genética también es importante en el mundo real, por ejemplo, en estudios que intentan corregir defectos ge- néticos implantando versiones normales del gen defectuoso en el genoma de un paciente (terapia genética). Control de la expresión genética B O S Q U E J O D E L C A P Í T U L O 12.1 Control de la expresión genéti- ca en las bacterias 12.2 Estructura de la envoltura nu- clear 12.3 Empaquetado del genoma eu- cariota 12.4 Heterocromatina 12.5 Estructura de un cromosoma mitótico 12.6 PERSPECTIVA HUMANA: Aberraciones cromosómicas y trastornos humanos 12.7 Epigenética: hay más para he- redar que DNA 12.8 El núcleo como un organelo organizado 12.9 Descripción general de la re- gulación genética en eucario- tas 12.10 Generación de perfiles de la actividad genética 12.11 Papel de los factores de trans- cripción en la regulación de la expresión genética 12.12 Estructura de los factores de transcripción 12.13 Sitios de DNA implicados en la regulación de la transcripción 12.14 Ejemplo de activación trans- cripcional: el receptor de glu- cocorticoides 12.15 Activación transcripcional: el papel de los potenciadores, promotores y coactivadores 12.16 Activación transcripcional de polimerasas pausadas 12.17 Represión transcripcional 12.18 Control del procesamiento de RNA 12.19 Control transduccional 12.20 Papel de los microRNA en el control transduccional 12.21 Control postraduccional: deter- minación de la estabilidad de la proteína 12 CAPÍTULO Mosquito preservado en ámbar Fuente: © Museo de Historia Natural/Alamy Inc. C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 456 12.1 Control de la expresión genética en las bacterias A pesar de sus obvias diferencias en forma y función, las células que componen un organismo multicelular contienen un conjunto idéntico de genes. La información genética presente en todas las células se puede comparar con un libro de planos proyectados para la construcción de un edificio grande y polivalente. En dife- rentes momentos, se necesitarán todos los planos, pero sólo se consulta un pequeño subconjunto mientras se trabaja en un piso o sala en particular. Así mismo, un óvulo fertilizado contiene un conjunto completo de instrucciones genéticas que se replica con fidelidad y se distribuye a cada célula de un organismo en desa- rrollo, pero sólo un subconjunto de genes se expresa en cualquier célula en particular. Los organismos unicelulares, como las bacte- rias y los protistas, también contienen un conjunto completo de genes, pero únicamente un subconjunto se expresa en algún mo- mento, según las señales ambientales o las fuentes de alimentos. Por tanto, las células de todos los organismos portan mucha más información genética de la que utilizarán en una circunstancia determinada. Las células poseen mecanismos que les permiten regular con precisión su información genética, expresando genes sólo cuando son necesarios. Se cree que los cambios en la expre- sión genética desempeñan un papel fundamental en la evolución, al permitir que los genes normalmente activos en una parte del embrión se activen en una región diferente, lo que lleva a un nuevo patrón de desarrollo para producir un nuevo organismo. En muchas enfermedades se observan cambios en la expresión genética, sobre todo en el cáncer, y en la actualidad, el 10% de todos los fármacos recetados, incluidos los análogos de hormonas esteroides, actúan en el ámbito de la expresión genética. En este capítulo, se examinarán algunas de las formas en que las células procariotas y eucariotas controlan la expresión genética y, de ese modo, aseguran que ciertos RNA y proteínas se sinteticen, mien- tras que otros no. Gran parte de lo que se conoce sobre el control de la expresión genética se basa en estudios que investigan un gen único en diferentes circunstancias. Sin embargo, con el adve- nimiento de las nuevas tecnologías y la secuenciación de geno- mas completos, se empieza a comprender cómo se regula todo el repertorio de genes expresados. Organización de genomas bacterianos Los genomas procariotas se organizan de varias maneras diferen- tes, pero los genomas de DNA de cadena doble circulares tienen una disposición común. Para estos organismos, casi no hay exce- so de DNA; casi todo el DNA codifica RNA o proteínas con poco espacio entre unidades de transcripción individuales. Además, los genes involucrados en el mismo proceso biológico a menudo se agrupan para permitir la regulación coordinada de todo el gru- po. Por ejemplo, puede haber un conjunto de genes implicados en la formación de flagelos directamente adyacentes a un grupo de genes que participan en el metabolismo del azúcar. Debido a esta disposición, es esencial que las decisiones sobre dónde y cuándo comenzar y detener la transcripción o la traducción estén reguladas con precisión. El operón bacteriano Una célula bacteriana vive en contacto directo con su entorno, el cual puede cambiar drásticamente en composición química o temperatura de un momento a otro. En ciertas circunstancias, puede estar presente una fuente alimenticia particular, mientras que otras veces ese compuesto está ausente. Considere las conse- cuencias de transferir un cultivo de bacterias de un medio míni- mo a uno que contenga 1) lactosa o 2) triptófano. 1. La lactosa es un disacárido (véase figura 2-16) compuesto por glucosa y galactosa, cuya oxidación puede proporcionar a la célula intermediarios metabólicos y energía. El primer paso en el catabolismo (es decir, la degradación) de la lactosa es la hidrólisis del enlace que une los dos azúcares (enlace β-galac- tósido), una reacción catalizada por la enzima β-galactosidasa. Cuando las células bacterianas crecen en condiciones míni- mas, las células no necesitan β-galactosidasa. En condiciones mínimas, una célula promedio contiene menos de cinco co- pias de β-galactosidasa y una única copia del mRNA corres- pondiente. A los pocos minutos de agregar lactosa al medio de cultivo, las células contienen aproximadamente 1 000 ve- ces el número de moléculas de β-galactosidasa. La presencia de lactosa ha inducido la síntesis de esta enzima (FIGURA 12-1). 2. El triptófano es un aminoácido requerido para la síntesis de proteínas. En los humanos, el triptófano es un aminoácido esencial; debe provenir de la dieta. Por el contrario, las células bacterianas pueden sintetizar triptófano en una serie de reac- ciones que requieren la actividad de múltiples enzimas. Las células que crecen en ausencia de triptófano activan los genes que codifican estas enzimas. Sin embargo, si el triptófano lle- gara a estar disponible en el medio, las células ya no tendrían que sintetizar este aminoácido y, en pocos minutos, se repri- miría la producción de las enzimas necesarias para sintetizar el triptófano. En las bacterias, los genes que codifican las enzimas necesa- rias para sintetizar triptófano se agrupan en el cromosoma en un complejo funcional llamadooperón. Todos los genes de un ope- rón son controlados de manera coordinada por un mecanismo 0 5 10 15 0.1 1.0 10 100 1000 Minutos Crecimiento mRNA β-galactosidasa Adición de inductor Eliminación del inductor β- ga la ct os id as a (u ni da de s/ m L) o c re ci m ie nt o (m g ba ct er ia /m L) Ca nt id ad d e m RN A FIGURA 12-1 Cinética de la inducción de β-galactosidasa en E. coli. Cuando se añade un β-galactósido como la lactosa a un cultivo de estas bacterias, la producción de mRNA para la enzima β-galactosidasa comien- za muy rápidamente, seguida, en un minuto más o menos, por la aparición de la proteína, cuya concentración aumenta con rapidez. La eliminación del inductor conduce a una caída precipitada en el nivel del mRNA, lo que refleja su rápida degradación. La cantidad de enzima se nivela, porque las nuevas moléculas ya no se sintetizan. 12.1 • C ontrol de la expresión genética en las bacterias 457 que Francois Jacob y Jacques Monod, del Instituto Pasteur en París, describieron por primera vez en 1961. Un operón bacteria- no típico consiste en genes estructurales, una región promotora, una región operadora y un gen regulador (FIGURA 12-2). ●● Los genes estructurales codifican las enzimas ellos mismos. Los genes estructurales de un operón generalmente se en- cuentran adyacentes entre sí, y la RNA polimerasa se mueve de un gen estructural al siguiente, transcribiendo todos los genes en un único mRNA. Un mRNA que contiene informa- ción para más de un polipéptido se llama mRNA policistróni- co. El mRNA policistrónico se traduce luego en las diversas enzimas individuales de la vía metabólica. ●● El promotor es el sitio donde la RNA polimerasa se une al DNA antes de comenzar la transcripción (se discute en la pá- gina 408). ●● El operador normalmente reside adyacente o se solapa con el promotor (véase figura 12-4) y sirve como el sitio de unión para una proteína, por lo general un represor. El represor es un ejemplo de proteína reguladora del gen, una proteína que reconoce una secuencia específica de pares de bases dentro del DNA y que se une a esa secuencia con alta afinidad. Como será indudable en las secciones restantes de este capítulo, las proteínas de unión a DNA, como los represores bacterianos, desempeñan un papel destacado en la determinación de si se transcribe o no un segmento particular del genoma. ●● El gen regulador codifica la proteína represora. La clave para la expresión del operón radica en la secuencia del operador y la presencia o ausencia de un represor. Cuando el represor se enlaza con el operador (FIGURA 12-3), impide que la RNA polimerasa inicie la transcripción. La capacidad del repre- sor para unirse al operador e inhibir la transcripción depende de la conformación del represor, que se regula alostéricamente me- diante un compuesto clave en la ruta metabólica, la lactosa o el triptófano. Es la concentración de esta sustancia metabólica clave lo que determina si el operón está activo o inactivo en cualquier momento dado. EL OPERÓN TRP En un operón reprimible, como el ope- rón triptófano (o trp), el represor no puede unirse al operador DNA por sí mismo. En cambio, el represor es activo como una proteína de enlace de DNA sólo cuando forma complejo con un factor específico, como el triptófano (figura 12-3a), que funciona como un correpresor. En ausencia de triptófano, la conformación del represor no permite la unión a la secuencia del operador, lo que permite que la RNA polimerasa se una al promotor y trans- criba los genes estructurales del operón trp, lo que conduce a la producción de las enzimas que sintetizan triptófano. Una vez que el triptófano está disponible, las enzimas de la vía biosintética del triptófano ya no son necesarias. En estas condiciones, la mayor concentración de triptófano conduce a la formación del complejo triptófano-represor, que se une al operador y bloquea la transcrip- ción. EL OPERÓN LAC El operón lac es un conjunto de genes que regula la producción de las enzimas necesarias para degradar la lactosa en las células bacterianas. El operón lac es un ejemplo de un operón inducible, en el que la presencia de una sustancia metabólica clave (en este caso, lactosa) induce la transcripción del operón, lo que permite la síntesis de las proteínas codificadas por los genes estructurales (figura 12-3b). El operón lac contiene tres genes estructurales en tándem: el gen z, que codifica β-galactosi- dasa; el gen y, que codifica la galactosidasa permeasa, una proteí- na que promueve la entrada de lactosa en la célula; y el gen α, que codifica la tiogalactósido transacetilasa, una enzima cuyo papel fisiológico no está claro. Si la lactosa está presente en el medio, el disacárido entra a la célula a través de cantidades limitadas de galactósido permeasa, donde se une al represor lac, cambiando la conformación del represor y haciéndolo incapaz de unirse al DNA del operador. Esto libera RNA polimerasa para transcribir el operón, seguido de la traducción de las tres proteínas codifica- das. Por tanto, en un operón inducible, la proteína represora se une al DNA sólo en ausencia de lactosa, que funciona como in- ductor.1 A medida que disminuye la concentración de lactosa en Promotor (P) Operador (O) Genes estructurales (código para enzimas de la misma vía metabólica) DNA bacteriano Gen regulador Gen 1 Gen 2 Gen 3 Los componentes del operón se muestran en naranja Proteína represora FIGURA 12-2 Organización de un operón bacteriano. Las enzimas que componen una vía metabólica están codificadas por una serie de genes estructu- rales que residen en una matriz contigua dentro del cromosoma bacteriano. Los genes estructurales de un operón se transcriben en un único mRNA poli- cistrónico, que se traduce en polipéptidos separados. La transcripción de los genes estructurales está controlada por una proteína represora que se sin- tetiza mediante un gen regulador, que también es parte del operón. Cuando se une al sitio operador del DNA, la proteína represora bloquea el movimiento de la RNA polimerasa desde el promotor hasta los genes estructurales. 1 El inductor real es la alolactosa, que se deriva y difiere de la lactosa por el tipo de enlace que une los dos azúcares. Esta característica se ignora en la discusión. C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 458 Enzimas Enzimas Sustrato (lactosa) Vía catabólica Transcripción La transcripción está bloqueada La transcripción está bloqueada Producto final (triptófano) Genes estructurales P O z y a z y a P O P O E D C B A E D C B A P O Represor inactivo Represor inactivo Estado inducido Represor activo Correpresor (p. ej., triptófano) Inductor (p. ej., lactosa) mRNA mRNA Genes estructurales Su biosíntesis se detuvo, la concentración de triptófano cae a medida que se utiliza. OPERÓN INDUCIBLEOPERÓN REPRESIBLE RNA polimerasa a) b) Represor inactivo 11 2 2 3 3 4 4 5 5 6 6 8 7 Estado inducidoEstado reprimido Estado deprimido Estado reprimido La concentración de lactosa cae a medida que se degrada. Transcripción RNA polimerasa FIGURA 12-3 Regulación genética por operones. Los operones inducibles y reprimibles funcionan según un principio similar: si el represor es capaz de unirse al operador, los genes se desactivan; si el represor se inactiva y es incapaz de unirse al operador, los genes se expresan. a) En un operón reprimi- ble, como el operón trp, el represor, por sí solo, no puede unirse al operador, y los genes estructurales que codifican las enzimas se transcriben activa- mente. Las enzimas del operón trp catalizan una serie de reacciones que dan como resultado la síntesis del aminoácido esencial triptófano. (1) Cuando el triptófano es abundante, las moléculas de triptófano actúan como correpresores al unirse al represor inactivo y (2) cambiar su forma, lo que les permite unirse al operador, (3) de modo que impiden la transcripción de losgenes estructurales. Por tanto, cuando la concentración de triptófano es alta, el ope- rón se reprime, evitando la sobreproducción de triptófano. (4) Cuando la concentración de triptófano es baja, las moléculas represoras carecen de un co- rrepresor y, por consiguiente, no se unen al operador, permitiendo la transcripción (5) y la traducción (6) de las enzimas (7) necesarias para sintetizar trip- tófano (8). b) En un operón inducible, (1) el inductor (en este caso, el disacárido lactosa) se une a la proteína represora y (2) evita su unión al operador (O). (3) Sin el represor en la vía, la RNA polimerasa se une al promotor (P) y transcribe los genes estructurales. De esta manera, cuando la concentración de lactosa es alta, se induce el operón y se transcriben y traducen las enzimas que digieren el azúcar codificadas por el operón lac (4). A medida que el azúcar se metaboliza (5), su concentración disminuye, haciendo que las moléculas del inductor unido se disocien del represor, que luego recupera su ca- pacidad de unirse al operador y evitar la transcripción (6). Por tanto, cuando la concentración del inductor es baja, el operón se reprime, lo que impide la síntesis de enzimas innecesarias. 12.1 • C ontrol de la expresión genética en las bacterias 459el medio, el disacárido se disocia de su sitio de unión en la molé- cula represora, lo cual permite que el represor se una nuevamen- te al operador y reprima la transcripción. REPRESIÓN CATABÓLICA Los represores, como los de los operones lac y trp, ejercen su influencia mediante el control negativo, ya que la interacción del DNA con esta proteína inhibe la expresión genética. El operón lac también está bajo control po- sitivo, como se descubrió durante una investigación temprana de un fenómeno llamado el efecto de la glucosa. Si las células bacteria- nas se abastecen con glucosa, así como con una variedad de otros sustratos, como lactosa o galactosa, las células catabolizan prime- ro la glucosa e ignoran los otros azúcares. La glucosa en el medio actúa para reprimir la producción de diversas enzimas catabóli- cas, tales como β-galactosidasa, que permitirían la utilización de los otros azúcares. En 1965, se realizó un descubrimiento sor- prendente: se detectó AMP cíclico (cAMP), que anteriormente se pensaba que estaba involucrado sólo en el metabolismo eucario- ta, en células de E. coli. Se encontró que la concentración de cAMP en las células estaba relacionada con la presencia de gluco- sa en el medio; cuanto mayor es la concentración de glucosa, me- nor es la concentración de cAMP. Además, cuando se añadió cAMP al medio en presencia de glucosa, las enzimas catabólicas que normalmente estaban ausentes fueron sintetizadas de mane- ra repentina por las células. Aunque el mecanismo exacto por el cual la glucosa disminuye la concentración de cAMP aún no se ha dilucidado, sí se com- prende bien el mecanismo por el cual cAMP supera el efecto de la glucosa. El cAMP actúa en las células procariotas uniéndose a una proteína, la proteína receptora de cAMP (CRP, cAMP receptor protein). La CRP no puede unirse al DNA por sí misma. Sin em- bargo, el complejo cAMP-CRP reconoce y se une a un sitio espe- cífico en la región de control de lac (FIGURA 12-4). La presencia del cAMP-CRP unido provoca un cambio en la conformación del DNA, lo que hace posible que la RNA polimerasa transcriba el operón lac. El sitio de unión en el promotor del operón lac para RNA polimerasa no es un sitio de unión de alta afinidad, por lo que el inicio de la transcripción es extremadamente ineficiente, excepto en presencia del complejo cAMP-CRP. Incluso cuando está presente la lactosa y el represor lac está inactivado, la RNA polimerasa no puede transcribir el operón lac, a menos que los niveles de cAMP-CRP sean altos. Debido a la relación inversa en- tre los niveles de cAMP y los niveles de glucosa, la transcripción del operón lac está así regulada por los niveles de glucosa. Siempre que la glucosa sea abundante, las concentraciones de cAMP permanecerán por debajo de las requeridas para promover la transcripción del operón. ATENUACIÓN Debido a que el represor trp sólo puede unir al operador en presencia de triptófano, la concentración de triptófano sirve como un regulador de retroalimentación que con- trola la transcripción del operón. Una segunda forma de regula- ción de retroalimentación controla el operón trp regulando la terminación de la transcripción, un mecanismo denominado ate- nuación. En presencia de altas concentraciones de triptófano, la RNA polimerasa cesa la transcripción poco después del inicio en una región llamada secuencia líder. Si la concentración de triptó- fano es baja, la transcripción no termina hasta que se transcribe el operón completo. El mecanismo de atenuación vincula estruc- turas secundarias de RNA alternativas a la terminación de la transcripción. Inmediatamente después de la transcripción, el RNA de la región líder se pliega en una de las dos estructuras secundarias alternativas. Una de estas estructuras es una señal de terminación de la transcripción que impide que la RNA polime- rasa continúe hasta el final del operón. La estructura alternativa no contiene una señal de terminación de la transcripción y per- mite la transcripción de un solo mRNA que codifica todos los genes estructurales. La decisión en cuanto a cuál de las dos es- tructuras de RNA alternativas se formó, está regulada por la con- centración de triptófano. Riboswitches En los últimos años, un tipo diferente de mecanismo ha captado el interés de los investigadores que estudian la regulación de ge- nes bacterianos. Las proteínas como los represores lac y trp no son las únicas moléculas reguladoras de genes que están influidas por la interacción con metabolitos pequeños. Se han identifica- do varios mRNA bacterianos que pueden unirse a un pequeño metabolito, como la glucosamina o la adenina, con notable espe- cificidad. El metabolito se une a una región 59 no codificante altamente estructurada del mRNA. Una vez que se unen al meta- bolito, estos mRNA, o riboswitches, como se les llama, experi- mentan un cambio en su conformación plegada que les permite alterar la expresión de un gen implicado en la producción de ese metabolito. Así, los riboswitches actúan por medio de un meca- nismo de retroalimentación similar a las estructuras de RNA al- ternativas que regulan la atenuación en el operón trp. La mayoría de los riboswitches suprimen la expresión genética, al bloquear la terminación de la transcripción o el inicio de la traducción. Al G A A A G C G G G C A G T G A G C G C A A C G C A A T T A A T G T G A G T T A G C T C A C T C A T T A G G C A C C C C A G G C T T T A C A C T T T A T G C T T C C G G C T C G T A T G T T G T G T G G A A T T G T G A G C G G A T A A C A A T T T C A C A C A G G A A A C A G C T A T G A C C A T G C T T T C G C C C G T C A C T C G C G T T G C G T T A A T T A C A C T C A A T C G A G T G A G T A A T C C G T G G G G T C C G A A A T G T G A A A T A C G A A G G C C G A G C A T A C A A C A C A C C T T A A C A C T C G C C T A T T G T T A A A G T G T G T C C T T T G T C G A T A C T G G T A C Secuencia de DNA Promotor Sitio de unión de cAMP-CRP 3' 5' Gen I mRNA Operador Gen Z fM et M et Th r G ly St op G lnG lu Se r _ 100 _ 70 _ 60 _ 50 _ 40 _ 30 _ 20 _ 10 +1 +10 +20 +30_ 90 _ 80 +40 Sitio de unión de RNA polimerasa FIGURA 12-4 Secuencia de nucleótidos de las regiones de control del operón lac. El sitio de unión para la subunidad sigma de la RNA polimerasa (p. 411) es un sitio de unión de baja afinidad en el operón lac. La transcripción del operón es altamente ineficiente, excepto en presencia de un complejo en- tre cAMP y la proteína CRP. Debido a que la concentración de cAMP es inversamente proporcional a los niveles de glucosa, el operón lac no se activará, a menos que los niveles de glucosa sean bajos. El sitio de inicio de la transcripción se denota como +1, que está alrededor de 40 nucleótidoscorriente arriba del sitio en el que se inicia la traducción. Las regiones de simetría de secuencia en el sitio de CRP y el operador se indican mediante la línea roja horizontal. Fuente: Tomado de RC Dickson, et al. Science 1975;187:32; Copyright 1975, reimpreso con permiso de AAAS. C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 460 igual que los represores que funcionan junto con operones, los riboswitches permiten a las células ajustar su nivel de expresión genética en respuesta a los cambios en los niveles disponibles de ciertos metabolitos. Dado que actúan sin la participación de co- factores de proteínas, es probable que los riboswitches sean otro legado de un mundo de RNA ancestral (p. 429). de unión a DNA en eucariotas tienen que encontrar sus sitios de unión preferidos en el contexto de un complicado complejo de DNA-proteína. Teniendo en cuenta su importancia en el almacenamiento y la utilización de la información genética, el núcleo de una célula eucariota tiene, a primera vista, una morfología que se distingue bastante poco (FIGURA 12-5). Los contenidos del núcleo están presentes como una masa viscosa y amorfa de material encerrada por una envoltura nuclear compleja que forma un límite entre el núcleo y el citoplasma. Incluidos dentro del núcleo de una célula de interfase típica (es decir, no mitótica) están 1) los cromosomas, que están presentes como fibras de nucleoproteínas muy extendi- das, denominadas cromatina; 2) uno o más nucléolos, que son es- tructuras electrodensas de forma irregular que funcionan en la síntesis de RNA ribosómico y el ensamblaje de ribosomas (discu- tido en la página 413); y 3) el nucleoplasma, la sustancia fluida en la que se disuelven los solutos del núcleo. La separación del material genético de una célula del citoplas- ma circundante puede ser la característica más importante que distingue a los eucariotas de los procariotas, lo que hace que la aparición de la envoltura nuclear sea un hito en la evolución bio- lógica. La envoltura nuclear consiste en dos membranas celula- res dispuestas paralelas entre sí y separadas por 10 a 50 nm (FI- GURA 12-6). Juntas, estas membranas contienen más de 60 pro- teínas transmembrana distintas, incluidas varias especies que unen la membrana nuclear externa con elementos del citoesque- leto (figura 12-6a). Las membranas nucleares inteRNA y exteRNA se fusionan en sitios que forman poros circulares que contienen conjuntos complejos de proteínas. La célula promedio de los ma- míferos contiene varios miles de poros nucleares. Por lo general, la membrana externa está tachonada con ribosomas y es continua con la membrana del retículo endoplasmático rugoso. El espacio entre las membranas es continuo con la luz del ER (figura 12-6a). La superficie interna de la envoltura nuclear de las células ani- males está unida por proteínas de membrana integrales a una red filamentosa delgada, llamada lámina nuclear (FIGURA 12-7). La lámina nuclear proporciona soporte mecánico a la envoltura nu- clear, sirve como un sitio de unión para las fibras de cromatina en REPASO 1. Describa la cascada de eventos responsables de los cambios repentinos en la expresión genética de una célula bacteriana después de la adición de lactosa. ¿Cómo se compara esto con los eventos que ocurren en respuesta a la adición de trip- tófano? 2. ¿Cuál es el papel del AMP cíclico en la síntesis de β-galactosi- dasa? 3. ¿Qué es un riboswitch? 12.2 Estructura de la envoltura nuclear Una diferencia principal entre los organismos procariotas y euca- riotas es la presencia de un núcleo en las células eucariotas. Además, la mayoría de los organismos eucariotas tienen genomas mucho más grandes, que están presentes como moléculas de DNA de doble cadena dispuestas en cromosomas lineales que pueden visualizarse con facilidad durante la mitosis (como en la figura 12-22b). Antes de examinar la regulación de la expresión genética en eucariotas, primero se analizarán las consecuencias de la compartimentación de los genomas dentro de los núcleos y cómo los grandes genomas se empaquetan en complejos de DNA- proteína llamados cromatina. El DNA en organismos procario- tas no está empaquetado en cromatina, como resultado, las pro- teínas de unión a DNA, tales como la RNA polimerasa, los represores y los complejos CRP-cAMP pueden unirse directa- mente a sus sitios de unión preferidos. En contraste, las proteínas FIGURA 12-5 Núcleo de la célula. a) Micrografía electrónica de un núcleo interfásico de células HeLa. La heterocromatina (p. 469) es evidente alrededor de toda la superficie interna de la envoltura nuclear. Se ven dos nucléolos prominentes, y se pueden observar grupos de cromatina diseminados por to- do el nucleoplasma. b) Dibujo esquemático que muestra algunos de los principales componentes del núcleo. Fuente: a) Tomado de Werner W Franke. Int Rev Cytol 1974;suppl 4:130, con permiso de Elsevier. Poro nuclear Nucléolo Cromatina Nucleoplasma b) Envoltura nuclear Heterocromatina a) Envoltura nuclearEnvoltura nuclear NucléoloNucléolo Heterocromatina 12.2 • Estructura de la envoltura nuclear 461 la periferia nuclear (figura 12-6b) y tiene un papel poco conocido en la replicación y transcripción de DNA. Los filamentos de la lámina nuclear tienen aproximadamente 10 nm de diámetro y es- tán compuestos de polipéptidos, llamados laminillas. Las lamini- llas son miembros de la misma superfamilia de polipéptidos que se ensamblan en los filamentos intermedios de 10 nm del citoplas- ma (véase tabla 9-2). El desensamblaje de la lámina nuclear antes de la mitosis se induce por fosforilación de las laminillas. Las mutaciones en uno de los genes laminares (LMNA) son responsables de una serie de diversas enfermedades humanas, entre las que se incluye una forma rara de distrofia muscular (lla- mada EDMD2), en la que las células musculares contienen nú- cleos excepcionalmente frágiles. Las mutaciones en LMNA tam- bién se han relacionado con una enfermedad, llamada síndrome de progeria de Hutchinson-Gilford (HGPS, Hutchinson-Gilford progeria syndrome), que se caracteriza por el envejecimiento pre- maturo y la muerte durante la adolescencia por un ataque cardia- co o accidente cerebrovascular. La figura 12-7c) muestra los nú- cleos deformados de las células de un paciente con HGPS, lo que demuestra la importancia de la lámina nuclear como determinan- te de la arquitectura nuclear. Es interesante observar que el feno- tipo representado en la figura 12-7c) se ha rastreado hasta una mutación sinónima, es decir, una que generó un codón diferente para el mismo aminoácido. En este caso, el cambio en la secuen- cia de DNA altera la forma en que se empalma la transcripción del gen, lo que lleva a la producción de una proteína acortada, que es lo que causa el fenotipo alterado. Este ejemplo ilustra cómo la secuencia de un gen sirve como un “código múltiple”: uno que dirige la maquinaria de traducción y otros que dirigen la maqui- naria de empalme y el plegamiento de proteínas. NPC b) NM HC FIGURA 12-6 Envoltura nuclear. a) Dibujo esquemático que muestra la doble membrana, el complejo de poro nuclear, la lámina nuclear y la conti- nuidad de la membrana externa con el retículo endoplasmático rugoso (ER, endoplasmic reticulum). Ambas membranas de la envoltura nuclear contienen su propio complemento distintivo de proteínas. Los filamentos de actina y los filamentos intermedios del citoesqueleto están conectados a la membrana nuclear externa por proteínas fibrosas (nesprinas). b) Micrografía electrónica de una sección a través de una porción de la en- voltura nuclear de una célula de la punta de la raíz de cebolla. Tenga en cuenta la doble membrana (NM) con espacio intermedio, los complejos de poro nuclear (NPC, nuclear pore complexes) y la heterocromatina (HC) asociada que no se extiende a la región de los poros nucleares. Fuente: b) Tomado de Werner W Franke, et al. J Cell Biol 1981;91:47s, fig. 8. Reproducidocon permiso de The Rockefeller University Press. Citoplasma Filamentos de actina Nesprina 1/2 Nesprina 3 Proteína integral Filamentos intermedios Ribosoma ER rugoso Membrana nuclear internaMembrana nuclear externa Complejo poro nuclear Espacio intermembrana Lámina Heterocromatina a) FIGURA 12-7 Lámina nuclear. a) Núcleo de una célula humana cultivada que ha sido teñida con anticuerpos marcados con fluorescencia contra la lámina A/C, para revelar la lámina nuclear (roja), que se encuentra en la superficie interna de la envoltura nuclear. Una proteína que se propone formar parte de una matriz nuclear (o andamiaje nuclear) aparece en verde. b) Micrografía electrónica de una envoltura nuclear liofilizada sombreada con metal de un ovocito de Xenopus que se ha extraído con el detergente no iónico Tritón X-100. La lámina aparece como una malla bastante continua que comprende fi- lamentos orientados aproximadamente perpendiculares entre sí. El recuadro muestra un área bien conservada a partir de la cual se han eliminado de ma- nera mecánica los poros nucleares. c) Estas micrografías muestran el núcleo dentro de un fibroblasto que se había cultivado tanto de un paciente con HGPS (fila inferior) como de un sujeto sano (fila superior). Las células se tiñen para la proteína laminar A (columna izquierda), para DNA (columna central) o se muestran en un estado vivo bajo el microscopio óptico de contraste de fase (columna derecha). El núcleo de la célula del paciente con HGPS se defor- ma debido a la presencia en la lámina nuclear de una proteína laminar A truncada. Fuente: a) Tomado de HMa, AJ Siegel y R Berezney. J Cell Biol 1999;146:535, fig. 2. Reproducido con permiso de la Rockefeller University Press; b) Tomado de U Aebi, J Cohn, L Buhle y L Gerace. Nature 1986;323:561. Reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Limited; c) Tomado de Anna Mattout, et al. Cortesía de Yosef Gruenbaum. Curr Opin Cell Biol 2006;18:338, con el permiso de Elsevier. c) DNA H G PS Lámina A Fase C on tr ol b) a) C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 462 El complejo de poros nucleares y su papel en el tráfico nucleocitoplasmático La envoltura nuclear es la barrera entre el núcleo y el citoplasma, y los poros nucleares son las vías de acceso a través de esa barre- ra. A diferencia de la membrana plasmática, que impide el paso de macromoléculas entre el citoplasma y el espacio extracelular, la envoltura nuclear es un centro de actividad para el movimiento de RNA y proteínas en ambas direcciones entre el núcleo y el ci- toplasma. La replicación y la transcripción del material genético dentro del núcleo requieren la participación de un gran número de proteínas que se sintetizan en el citoplasma y se transportan a través de la envoltura nuclear. Por el contrario, los mRNA, los tRNA y las subunidades ribosómicas que se fabrican en el núcleo deben transportarse por medio de la envoltura nuclear en la di- rección opuesta. Algunos componentes, como los snRNA del es- pliceosoma (p. 426), se mueven en ambas direcciones; se sinteti- zan en el núcleo, se ensamblan en partículas RNP en el citoplasma y luego se envían de vuelta al núcleo donde funcionan en el pro- cesamiento de mRNA. Para apreciar la magnitud del tráfico entre los dos compartimientos celulares principales, considere una cé- lula HeLa, que se estima que contiene alrededor de 10 000 000 de ribosomas. Para apoyar su crecimiento, un solo núcleo de células HeLa debe importar alrededor de 560 000 proteínas ribosómicas y exportar aproximadamente 14 000 subunidades ribosómicas por minuto. ¿Cómo pasan todos estos materiales a través de la envoltura nuclear? En una primera aproximación, se inyectó una suspen- sión de pequeñas partículas de oro en las células y se observó el paso del material a través de la envoltura nuclear con el micros- copio electrónico. Como se ilustra en la FIGURA 12-8a,b), estas partículas se mueven desde el citoplasma hacia el núcleo, pasan- do en fila india a través del centro de los poros nucleares. Las micrografías electrónicas de las células fijadas en el curso normal de sus actividades también han demostrado que el material par- ticulado puede pasar a través de un poro nuclear. En la figura 12-8c) se muestra un ejemplo, en el que el material granular, que se supone que consiste en una subunidad ribosómica, se ve atra- vesando uno de estos poros. Dado el hecho de que materiales tan grandes como partícu- las de oro y subunidades ribosómicas pueden penetrar en los poros nucleares, se podría conjeturar que estos poros son sim- plemente canales abiertos, pero se trata justamente de lo contra- rio. Los poros nucleares contienen una estructura en forma de rosquilla llamada complejo de poros nucleares (NPC), que abarca la envoltura nuclear, proyectándose en el citoplasma y el nucleoplasma. El NPC es un complejo supramolecular enorme —de 15 a 30 veces la masa de un ribosoma— que exhibe simetría octagonal debido a que varias estructuras se repiten ocho veces (figura 12-10). A pesar de su considerable tamaño y complejidad, los NPC contienen sólo unas 30 proteínas diferentes, llamadas nucleoporinas, que se conservan, en gran medida, entre la leva- dura y los vertebrados. Cada nucleoporina está presente en múl- tiples copias —8, 16 o 32 en número— de acuerdo con la simetría octagonal de la estructura. La estructura del NPC se ve en las micrografías electrónicas de la FIGURA 12-9 y los modelos de la FIGURA 12-10. En el cora- zón del NPC se encuentra un canal central, que está rodeado por un anillo de nucleoporinas, cuyos reordenamientos pueden cam- biar el diámetro de la abertura de, aproximadamente, 20 a 40 nm. El NPC no es una estructura estática, como lo demuestra el ha- llazgo de que muchas de sus proteínas componentes se reempla- zan con nuevas copias en un periodo de segundos a minutos. Estudios recientes sugieren que este intercambio dinámico de nucleoporinas puede desempeñar un papel en la activación de la transcripción de la cromatina que está asociada con el NPC. Entre las nucleoporinas se encuentra un subconjunto de pro- teínas que poseen, dentro de su secuencia de aminoácidos, un gran número de fenilalanina-glicina repetidas (FG, por la letra inicial de sus nombres). Las repeticiones de FG se agrupan en una región particular de cada molécula llamada dominio FG. Debido a su composición inusual de aminoácidos, los dominios FG poseen una estructura desordenada (p. 55) que les proporcio- na una organización flexible y extendida. Se cree que las nu- cleoporinas que contienen repeticiones de FG recubren el canal central del NPC con sus dominios FG filamentosos que se extien- den en el corazón del canal central. Los dominios FG forman una malla, o tamiz, hidrofóbica que bloquea la difusión libre de ma- cromoléculas más grandes (más de aproximadamente 40 000 dal- tones) entre el núcleo y el citoplasma. En 1982, Robert Laskey y sus colegas en el Medical Research Council de Inglaterra descubrieron que la nucleoplasmina, una de las proteínas nucleares más abundantes de los ovocitos de an- fibios, contiene un tramo de aminoácidos cerca de su terminal C que funciona como una señal de localización nuclear (NLS, nuclear localization signal). Esta secuencia permite que una proteí- na pase a través de los poros nucleares y entre al núcleo. Las NLS mejor estudiadas o “clásicas” consisten en uno o dos tramos cor- tos de aminoácidos cargados positivamente. El antígeno T codifi- FIGURA 12-8 Movimiento de materiales a través del poro nuclear. a) Micrografía electrónica del borde nuclear-citoplasmático de un ovocito de rana tomado minutos después de la inyección con partículas de oro que habían sido recubiertas con una proteína que normalmente se encuentra en el núcleo. Estas partículas pasan a través del centro de los poros nu- cleares (flechas) en su camino desde el citoplasma hasta el núcleo. b) A mayor aumento, las partículas de oro se ven agrupadas en una matriz li-neal dentro de cada poro. c) Micrografía electrónica de una sección a tra- vés de la envoltura nuclear de una célula de insecto que muestra el movi- miento de material granular (se presume que es una subunidad ribosómica) a través de un poro nuclear. Fuente: a, b) Cortesía de CM Feldherr; c) Tomado de Barbara J Stevens y Hewson Swift. J Cell Biol 1966;31:72, fig. 23. Reproducido con permiso de Rockefeller University Press. Cy c) a) b) 12.2 • Estructura de la envoltura nuclear 463 cado por el virus SV40, por ejemplo, contiene una NLS identifi- cada como -Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-. Si uno de los amino- ácidos básicos en esta secuencia es reemplazado por un ami- noácido no polar, la proteína no se localiza en el núcleo. Por el contrario, si esta NLS se fusiona con una proteína no nuclear, como la albúmina sérica, y se inyecta en el citoplasma, la proteína modificada se concentra en el núcleo. Por tanto, elegir como blanco de las proteínas al núcleo es similar, en principio, al tráfico de otras proteínas que están destinadas a la segregación den- tro de un organelo particular, como una mitocondria o un peroxi- soma (sección 8.21). En todos estos casos, las proteínas poseen una “dirección” específica que es reconocida por un receptor es- pecífico que media su transporte al organelo. El estudio del transporte nuclear ha sido un área muy activa de investigación, impulsado por el desarrollo de sistemas in vitro capaces de importar selectivamente proteínas y RNPs al núcleo. Usando estos sistemas, los investigadores han identificado una familia de proteínas que funcionan como receptores de transporte móviles, que transportan macromoléculas a través de la envoltura nuclear. Dentro de esta familia, las importinas mueven las macro- moléculas del citoplasma al núcleo y las exportinas mueven las macromoléculas en la dirección opuesta. La FIGURA 12-11a) describe algunos de los principales pasos que ocurren durante la importación nuclear de una proteína, co- mo la nucleoplasmina, que contiene una NLS clásica. La impor- a) b) c) NELNEL FIGURA 12-9 Micrografías electrónicas de barrido del complejo de poro nuclear, a partir de envolturas nucleares aisladas de un ovocito anfibio. a) Cara citoplasmática de la envoltura nuclear que muestra el anillo cito- plasmático periférico del complejo de poro nuclear. b) Cara nuclear de la envoltura nuclear que muestra la apariencia de cesta de la porción interna del complejo. c) Cara nuclear de la envoltura que muestra la distribución de los NPC y los lugares donde se conservan los parches intactos de la lámina nuclear (NEL). En todas estas micrografías, envolturas nucleares aisladas se fijaron, se deshidrataron, se secaron y se recubrieron con me- tal. Fuente: a-c) Tomado de: MW Goldberg y TD Allen. J Cell Biol 1992;119:1431, Figuras 1-3. Reproducido con permiso de Rockefeller University Press. FIGURA 12-10 Modelo de un complejo de poro nuclear vertebrado (NPC). a) Representación esquemática de un NPC vertebrado como está situado dentro de la envoltura nuclear. Esta elaborada estructura consta de varias partes, incluido un andamio y un anillo transmembrana que an- cla el complejo a la envoltura nuclear, un anillo citoplasmático y nuclear, una cesta nuclear y ocho filamentos citoplasmáticos. Las nucleoporinas que contienen FG alinean un canal central con sus dominios desordena- dos que contienen FG que se extienden dentro de la abertura y forman una malla hidrofóbica. b) Reconstrucción tridimensional de una porción de un complejo de poro nuclear que muestra la localización de moléculas de nucleoporinas individuales dentro de la estructura. Las nucleoporinas de FG se muestran en verde. Varias nucleoporinas transmembrana atraviesan la membrana del poro, formando un anillo exterior que ancla el NPC a la envoltura nuclear. Fuente: b) Tomado de: Javier Fernández-Martínez y Michael P Rout. Curr Opin Cell Biol 2009;21:604, con el permiso de Elsevier. b) Nucleoporinas FG Anillo de nucleoporina transmembrana ONM INM NE Proteína de membrana NE Filamentos citoplasmáticos Citoplasma Nucleoplasma Dominios FG repetidas de nucleoporinas FG Andamio central Anillo transmembrana Anillo citoplasmático Membrana nuclear externa Envoltura nuclear Membrana nuclear interna Canal central Anillo nuclear Cesta nuclear a) C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 464 tación comienza cuando la proteína de carga que contiene NLS se une a un heterodimérico, receptor soluble de NLS denomina- do importina α/β, que reside en el citoplasma (paso 1, figura 12- 11a). Se cree que el receptor de transporte escolta la carga de proteína a la superficie externa del núcleo, donde probablemente se acopla con los filamentos citoplasmáticos que se extienden desde el anillo exterior del NPC (paso 2). La figura 12-11b) mues- tra un número de partículas de oro unidas a estos filamentos; estas partículas fueron recubiertas con una proteína nuclear que contiene NLS, que estaba siendo transportada a través del com- plejo de poro nuclear. El complejo receptor-carga se mueve enton- ces a través del poro nuclear (paso 3, figura 12-11a) participando en una serie de interacciones sucesivas con los dominios FG de las nucleoporinas que contienen FG, permitiendo el paso del complejo receptor-carga a través del NPC. Una vez que la carga atada avanza a través del NPC, una pro- teína de unión a GTP llamada Ran impulsa la liberación de la proteína transportada al compartimiento nuclear. Al igual que otras proteínas unidas a GTP, como Sar1 (p. 283) y EF-Tu (p. 445) tratadas en capítulos anteriores, Ran puede existir en una forma unida a GTP activa o en una forma inactiva unida a GDP. El papel de Ran en la regulación del transporte nucleocitoplasmático se basa en un mecanismo en el que la célula mantiene una alta con- centración de Ran-GTP en el núcleo y una concentración muy baja de Ran-GTP en el citoplasma. El gradiente pronunciado de Ran-GTP a través de la envoltura nuclear depende de la compar- timentación de ciertas proteínas accesorias (véase figura 15-21b para análisis adicional). Una de estas proteínas accesorias (llama- da RCC1) está secuestrada en el núcleo, donde promueve la con- versión de Ran-GDP a Ran-GTP, manteniendo así el alto nivel nuclear de Ran-GTP. Otra proteína accesoria (llamada RanGAP1) reside en el citoplasma, donde promueve la hidrólisis de Ran- GTP a Ran-GDP, manteniendo así el bajo nivel citoplasmático de Ran-GTP. Por tanto, la energía liberada por la hidrólisis de GTP se usa para mantener el gradiente Ran-GTP a través de la envol- tura nuclear. Como se verá más adelante, el gradiente Ran-GTP impulsa el transporte nuclear por un proceso que depende única- mente de la difusión mediada por el receptor; no se han implica- do proteínas motoras o ATPasas. Ahora se puede volver a la descripción de la vía clásica de importación NLS. Cuando el complejo de importina-carga llega al núcleo, se encuentra con una molécula de Ran-GTP, que se une al complejo y provoca su desensamblaje, como se indica en el paso 4, figura 12-11a). Esta es la función aparente del alto nivel de FIGURA 12-11 Importación de proteínas desde el citoplasma al núcleo. a) Pasos propuestos para la importación de proteínas nucleares. Las pro- teínas que llevan una señal de localización nuclear (NLS) se unen al re- ceptor heterodimérico (importina α/β) (paso 1) formando un complejo que se asocia con un filamento citoplasmático (paso 2). El complejo recep- tor-carga se mueve a través del poro nuclear (paso 3) y hacia el nucleo- plasma, donde interactúa con Ran-GTP y se disocia (paso 4). La subunidad β importina, en asociación con Ran-GTP, se transporta de vuelta al cito- plasma, donde se hidroliza Ran-GTP (paso 5). Ran-GDP se transporta pos- teriormente de vuelta al núcleo, donde se convierte en Ran-GTP. Por el contrario, la importina es transportada de vuelta al citoplasma. b) La nu- cleoplasmina es una proteína presenteen alta concentración en el nu- cleoplasma de los ovocitos de Xenopus. Cuando las partículas de oro se recubren con nucleoplasmina y se inyectan en el citoplasma de un ovoci- to de Xenopus, se observa que se unen a los filamentos citoplasmáticos (CF, cytoplasmic filaments) que se proyectan desde el anillo exterior del complejo de poro nuclear. Varias partículas también se ven en tránsito a través del poro (NP) en el núcleo. Fuente: a) Basado en un modelo de M Ohno, et al. Cell 1998;92:327; Cell by Cell Press. Reproducido con permiso de Cell Press en el formato de re- utilización de un libro/libro de texto mediante Copyright Clearance Center; b) Tomado de: WD Richardson, et al. Cell 1988;52:662; con permiso de Elsevier. Cortesía de AD Mills. CF b) NP N C Importina β Importina α Proteína NLS 1 2 3 5 Ran-GTP Exportina Nucleoplasma Citoplasma Ran-GDP Ran-GTP 4 a) 465 12.3 • Em paquetado del genom a eucariota Ran-GTP en el núcleo: promueve el desensamblaje de complejos importados del citoplasma. La carga importada se libera en el nucleoplasma, y una parte del receptor NLS (la subunidad β im- portina) se envía de vuelta al citoplasma junto con el Ran-GTP unido (paso 5). Una vez en el citoplasma, la molécula de GTP unida a Ran se hidroliza, liberando Ran-GDP de la subunidad β importina. La Ran-GDP se devuelve al núcleo, donde se convier- te de nuevo al estado GTP-unido para rondas de actividad adicio- nales. La importina α es transportada de regreso al citoplasma por una de las exportinas. La Ran-GTP desempeña un papel clave en la escolta de ma- cromoléculas fuera del núcleo, al igual que en su importación desde el citoplasma. Recuerde que Ran-GTP está esencialmente confinada al núcleo. Mientras que Ran-GTP induce el desensam- blaje de complejos importados, como se muestra en el paso 4 de la figura 12-11a, Ran-GTP promueve el ensamblaje de complejos de exportación. Las proteínas exportadas desde el núcleo contie- nen secuencias de aminoácidos (llamadas señales de exportación nuclear o NESs, nuclear export signals), que son reconocidas por los receptores de transporte que las llevan a través de la envoltura nuclear hacia el citoplasma. Transporte de RNA La mayor parte del tráfico del núcleo está formado por varios ti- pos de moléculas de RNA (mRNA, rRNA, snoRNA, miRNA y tRNA) que se sintetizan en el núcleo y funcionan o se modifican en el citoplasma y vuelven a funcionar en el núcleo. Estos RNA se mueven a través del NPC como ribonucleoproteínas (RNP). Al igual que con el transporte de proteínas, el de RNA implica la asociación de receptores de transporte que llevan complejos de mRNP a través de poros nucleares. El transporte de un mRNP desde el núcleo al citoplasma está asociado con remodelación ex- tensa; ciertas proteínas se eliminan del mRNA, mientras que otras se agregan al complejo. Numerosos estudios han demostra- do un vínculo funcional entre el empalme de premRNA y la ex- portación de mRNA; sólo los mRNA maduros (es decir, totalmen- te procesados) son capaces de exportación nuclear. Si un mRNA todavía contiene un intrón sin empalme, ese RNA se retiene en el núcleo. DNA a partir de un solo cromosoma de más de 10 cm de longi- tud. ¿Cómo es posible colocar los 46 cromosomas en un núcleo que tiene solo 10 μm (1 × 10–5 m) de diámetro y, al mismo tiempo, mantener el DNA en un estado accesible para las enzimas y las proteínas reguladoras? De igual importancia, ¿cómo se organiza la molécula de DNA única de cada cromosoma para que no se enrede irremediablemente con otros cromosomas? Las respues- tas se encuentran en la extraordinaria manera en que una molé- cula de DNA se empaqueta en las células eucariotas. Nucleosomas: el nivel más bajo de organización cromosómica Los cromosomas están compuestos por DNA y proteínas asocia- das, llamadas en conjunto cromatina. El empaquetado ordenado del DNA eucariota depende de las histonas, un grupo notable de proteínas pequeñas que poseen un contenido inusualmente alto de los aminoácidos básicos arginina y lisina. Hay cinco tipos de histonas llamadas H1, H2A, H2B, H3 y H4. Las secuencias de aminoácidos de las histonas, particularmente H3 y H4, han sufri- do muy pocos cambios durante largos periodos evolutivos. Las histonas H4 de los guisantes y las vacas, por ejemplo, contienen 102 aminoácidos, y sus secuencias difieren sólo en dos residuos de aminoácidos. ¿Por qué las histonas están tan altamente con- servadas? Una razón es que las histonas cargadas positivamente interactúan con la estructura cargada negativamente de la molé- cula de DNA, que es idéntica en todos los organismos. Además, casi todos los aminoácidos en una molécula de histona participan en una interacción con otra molécula, ya sea DNA u otra histona. Como resultado, muy pocos aminoácidos en una histona pueden reemplazarse por otros aminoácidos sin afectar gravemente la función de la proteína. A principios de la década de 1970, se descubrió que cuando la cromatina se trataba con nucleasas inespecíficas, la mayoría del DNA se convertía en fragmentos de aproximadamente 200 pares de bases de longitud. Por el contrario, un tratamiento similar de DNA desnudo (es decir, DNA desprovisto de proteínas) producía una población de tamaño aleatorio de fragmentos. Este hallazgo sugirió que el DNA cromosómico estaba protegido del ataque en- zimático, excepto en ciertos sitios periódicos a lo largo de su lon- gitud. Se suponía que las proteínas asociadas con el DNA propor- cionaban la protección. En 1974, utilizando datos de la digestión con nucleasa y otros tipos de información, Roger Kornberg pro- puso una estructura completamente nueva para la cromatina. Kornberg expuso que el DNA y las histonas se organizan en subunidades repetitivas, llamadas nucleosomas. Ahora se sabe que cada nucleosoma contiene una partícula nuclear nucleosómi- ca que consta de 146 pares de bases de DNA superenrollado (p. 381) envuelto casi dos veces alrededor de un complejo en forma de disco de ocho moléculas de histona (FIGURA 12-12a). El nú- cleo de histona de cada nucleosoma consta de dos copias de cada una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4 ensambladas en un octá- mero (FIGURA 12-13a). La histona restante tipo H1 reside fuera de la partícula nuclear del nucleosoma. La histona H1 se conoce co- mo enlazador histona, porque se une a una parte del DNA enlaza- dor que conecta una partícula nuclear del nucleosoma a la si- guiente. Los estudios de fluorescencia indican que las moléculas H1 se disocian y se reasocian continuamente con la cromatina. Juntos, la proteína H1 y el octámero de histona interactúan con unos 168 pares de bases de DNA. Las moléculas de histona H1 pueden eliminarse selectivamente de las fibras de cromatina so- metiendo la preparación a soluciones de baja fuerza iónica. Cuando se observa cromatina depletada de H1 bajo el microsco- pio electrónico, la partícula nuclear del nucleosoma y el DNA desnudo enlazador pueden verse como elementos separados, que juntos aparecen como “perlas en un collar” (figura 12-12b). La comprensión del empaquetamiento de DNA ha avanzado mucho gracias a las imágenes de la partícula nuclear del nucleo- REPASO 1. Describa los componentes que conforman la envoltura nu- clear. ¿Cuál es la relación entre las membranas nucleares y el complejo de poro nuclear? ¿Cómo el complejo de poro nu- clear regula el movimiento bidireccional de materiales entre el núcleo y el citoplasma? 12.3 Empaquetado del genoma eucariota Los cromosomas parecen surgir de la nada al comienzo de la mi- tosis y desaparecer una vez más cuando la división celular ha terminado. La aparición y desaparición de los cromosomas pro- porcionó a los primeros citólogos una pregunta desafiante: ¿cuál es la naturaleza del cromosoma en la célula no mitótica? Una célula humana promedio contiene aproximadamente 6 400 millones de pares de bases de DNA divididos entre 46 cro- mosomas (el valor de un número diploide de cromosomas). Cada cromosomacontiene una sola molécula de DNA continua; cuan- to más grande es el cromosoma, más DNA contiene. El cromoso- ma humano más grande contiene ~0.3 mil millones de pares de bases. Dado que cada par de bases tiene una longitud de 0.34 nm, 0.3 mil millones de pares de bases constituirían una molécula de C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 466 soma obtenida mediante cristalografía de rayos X. Las ocho mo- léculas de histona que comprenden una partícula nuclear del nucleosoma se organizan en cuatro heterodímeros: dos dímeros H2A-H2B y dos dímeros H3-H4 (figura 12-13a,b). La dimeriza- ción de las moléculas de la histona está mediada por sus domi- nios C terminal, que consisten principalmente en hélices α (re- presentadas por los cilindros de la figura 12-13c) plegadas en una masa compacta en el núcleo del nucleosoma. En contraste, los segmentos N-terminal de cada histona nuclear (y también el seg- mento C terminal de H2A) toman la forma de una cola larga y flexible (representada por las líneas discontinuas de la figura 12-13c) que se extiende a través de la hélice de DNA que está envuelta alrededor de la partícula del núcleo. Durante muchos años, se pensó en las histonas como moléculas estructurales e inertes, pero los segmentos N-terminal que se extienden son ob- jetivos de las enzimas clave que desempeñan un papel en hacer que la cromatina sea accesible para las proteínas. De esta manera, la cromatina es un componente celular dinámico en el que las FIGURA 12-13 Estructura de un nucleosoma. a) Representación esquemática de una partícula nuclear de nucleosoma con su octámero de histonas com- puesto por cuatro heterodímeros de histona (dos dímeros H3/H4 y dos dímeros H2A/H2B). b) Estructura cristalográfica de rayos X de una partícula nu- clear del nucleosoma vista en el eje central de la superhélice de DNA, que muestra la posición de cada una de las ocho moléculas de histona del octá- mero del núcleo. Las histonas están organizadas en cuatro complejos diméricos. Cada dímero de histona se une a 27 a 28 pares de bases de DNA, con contactos que se producen cuando el surco menor del DNA se enfrenta al núcleo de la histona. c) Modelo simplificado y esquemático de la mitad de una partícula nuclear del nucleosoma, que muestra un giro (73 pares de bases) de la superhélice de DNA y cuatro moléculas de histona nuclear. Las cuatro histonas diferentes se muestran en colores separados, como lo indica la clave. Se considera que cada histona nuclear consta de 1) una región globular, llamada “pliegue de histonas”, que consta de tres hélices α (representadas por los cilindros) y 2) una cola N-terminal flexible y extendida (indicada por la letra N) que se proyecta fuera del disco de histonas y pasa la doble hélice de DNA. Los puntos intermitentes de interacción entre las moléculas de histo- na y el DNA están indicados por ganchos blancos. Las líneas discontinuas indican la parte más externa de las colas de las histonas, que son sitios de mo- dificación. Estas colas flexibles carecen de una estructura terciaria definida y, por tanto, no aparecen en la estructura de rayos X que se muestra en la parte b. Fuente: a) Tomado de C David Allis, et al. Epigenética, fig. 3.5, p. 30, copyright 2007. Reimpreso con autorización de Cold Spring Harbor Laboratory Press; b) Tomado de Karolin Luger y Timothy J Richmond, et al. Nature 1997;389:252, fig. 1. Reimpreso con permiso de Macmillan Publishers Limited; c) Tomado del dibujo por D Rhodes; © 1997, por Macmillan Publishers Limited. H3 H4 H2A H2B N C C N N H4 H2B H3'H3 NN C 2 1 3 4 5 6 7 0 c) N b) H2A H3 H4H2B H2A H3 H4 H4 H2B a) H3 H2A FIGURA 12-12 Organización nucleosomal de la cromatina. a) Diagrama esquemático que muestra la estructura de una partícula nuclear de nucleosoma y una molécula de histona H1 asociada. La nuclear en sí misma consiste en, aproximadamente, 1.8 vueltas (146 pares de bases) de DNA negativamente superenrollado envuelto alrededor de ocho moléculas de histona nuclear (dos de cada una de H2A, H2B, H3 y H4). El enlazador histona H1 se une cerca de los sitios donde el DNA entra y sale del nucleosoma. Se muestran dos posiciones alternativas de la molécula H1. b) Micrografía electrónica de fibras de cromatina liberadas del núcleo de una célula de Drosophila. Las partículas nucleares del nucleosoma tienen un diámetro de alrededor de 10 nm y están conectadas por cadenas cortas de DNA desnudo enlazador, que tienen cerca de 2 nm de diámetro. Fuente: b) Cortesía de Oscar L Miller, Universidad de Virginia. b) Octámero de histona DNA a) H1 12.3 • Em paquetado del genom a eucariota 467histonas, las proteínas reguladoras y una variedad de enzimas se mueven dentro y fuera del complejo de nucleoproteínas para fa- cilitar las complicadas tareas de transcripción, compactación, re- plicación, recombinación y reparación de DNA. La modificación de histonas no es el único mecanismo que altera el carácter de las histonas de los nucleosomas. Además de las cuatro histonas nucleares “convencionales” discutidas antes, varias versiones alternativas de las histonas H2A y H3 también se sintetizan en la mayoría de las células. La importancia de estas variantes de histonas, como se les llama, no se ha explorado en gran parte todavía, pero se cree que tienen funciones especializa- das. La localización y la función aparente de una de estas varian- tes, CENP-A, se aborda en la página 477. Otra variante, H2A.X, se distribuye a través de la cromatina, donde reemplaza a H2A con- vencional en una fracción de los nucleosomas. H2A.X se fosfori- la en sitios de rotura de las cadenas de DNA y puede tener un papel en el reclutamiento de las enzimas que reparan el DNA. Otras dos variantes principales de histona nuclear, H2A.Z y H3.3, se han visto implicadas en numerosas actividades, incluida la acti- vación de la transcripción, pero existe debate acerca de sus roles. Esta sección comenzó con una pregunta: ¿cómo un núcleo de 10 μm de diámetro puede empacar 200 000 veces esta longitud de DNA dentro de sus límites? El ensamblaje de nucleosomas es el primer paso importante en el proceso de compactación. Con una separación nucleótido–nucleótido de 0.34 nm, los 200 pares de bases de un solo nucleosoma de 10 nm se estirarían a casi 70 nm, si se extendieran por completo. En consecuencia, se dice que la relación de empaquetamiento del DNA de los nucleosomas es aproximadamente de 7:1. Niveles más altos de la estructura de la cromatina Una molécula de DNA envuelta alrededor de partículas nucleares del nucleosoma de 10 nm de diámetro es el nivel más bajo de la organización de la cromatina. Sin embargo, la cromatina no exis- te dentro de la célula en este estado relativamente extendido, “cuentas-en-un-collar”. Cuando la cromatina se libera del núcleo y se prepara con fuerza iónica fisiológica, se observa una fibra de aproximadamente 30 nm de grosor (FIGURA 12-14a). A pesar de más de dos décadas de investigación, la estructura de la fibra de 30 nm sigue siendo objeto de debate. Las reconstrucciones de microscopía crioelectrónica sugieren la estructura que se muestra en la figura 12-14b,c, en la cual los nucleosomas se alinean para terminar en dos pilas de nucleosomas que forman una estructura de doble hélice. Los nucleosomas sucesivos a lo largo del DNA se organizan en dos pilas diferentes y los nucleosomas alternados interactúan mediante la hélice a través de su DNA enlazador. El ensamblaje de la fibra de 30 nm aumenta la relación de empaque- tamiento de DNA en 6 veces más o unas 40 veces en total. El mantenimiento de la fibra de 30 nm depende de las in- teracciones entre las moléculas de histona de los nucleosomas vecinos. El enlazador histona y las histonas nucleares han sido implicadas en el empaquetamiento de la cromatina en el orden superior. Si, por ejemplo, las histonas enlazadoras H1 se extraen selectivamente de la cromatina compactada, las fibras de 30 nm se desenrollanpara formar el filamento más delgado y alargado que se muestra en la figura 12-12b). La adición de histonas H1 conduce a la restauración de la estructura de orden superior. Las FIGURA 12-14 Fibra de 30 nm. a) Micrografía electrónica de una fibra de cromatina de 30 nm liberada de un núcleo después de la lisis de la célula en una solución salina hipotónica. b) Modelo para la estruc- tura de la fibra de 30 nm que se basa en el ajuste de estructuras atómicas de nucleosomas en datos de microscopía crioelectrónica. Las histonas se muestran en rojo y verde. El DNA se muestra en azul, dora- do y morado. Los nucleosomas se alinean para formar una doble hélice con pares de nucleosomas suce- sivos en la cadena (representados aquí por el mismo color de DNA) que alternan entre las dos hélices, con DNA enlazador que se extiende a través de la mitad de la doble hélice. c) Esquema de la estructura de la fibra, que muestra 12 nucleosomas numerados N1-N12, que se acumulan en pares. Estos pares se asocian entonces de extremo a extremo para formar las dos cadenas de una doble hélice. El DNA enla- zador se muestra en verde. Fuente: a) Cortesía de Barbara Hamkalo y Jerome B Rattner; b, c) Tomado de: Feng Song, et al. Science 2014;344:376-380. b) c) Fibra de 30nm Fibra de 30nm a) C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 468 histonas nucleares de los nucleosomas adyacentes pueden inte- ractuar entre sí por medio de sus colas largas y flexibles. Los es- tudios estructurales indican, por ejemplo, que la cola N-terminal de una histona H4 de una partícula nuclear del nucleosoma puede alcanzar y hacer un contacto extenso tanto con el DNA enlazador entre partículas del nucleosoma, como con el dímero H2A/H2B de partículas adyacentes. Se cree que estos tipos de interacciones median el plegamiento del filamento nucleosomal en una fibra más gruesa. De hecho, las fibras de cromatina pre- paradas con histonas H4 que pierden sus colas no pueden plegar- se en fibras de orden superior. Se cree que la próxima etapa en la jerarquía del empaqueta- miento de DNA ocurre cuando la fibra de cromatina de 30 nm se reúne en una serie de asas o dominios grandes superenrollados, que pueden compactarse en fibras incluso más gruesas (80-100 nm). Las asas de DNA aparentemente se unen a sus bases para formar proteínas que pueden ser parte de un andamio nuclear poco definido. Normalmente, las asas de fibras de cromatina se extienden dentro del núcleo y no se pueden visualizar, pero su presencia puede revelarse en ciertas circunstancias. Por ejemplo, cuando los cromosomas mitóticos aislados se tratan con solucio- nes que extraen histonas, se puede ver que el DNA libre de histo- nas se extiende hacia afuera como asas de un andamio de proteína (FIGURA 12-15a). Entre las proteínas que se cree que desempeñan un papel clave en el mantenimiento de estas asas de DNA se en- cuentra la cohesina, que se conoce mejor por su función en la re- tención de moléculas de DNA replicadas juntas durante la mitosis (sección 14.7). La cohesina es una proteína con forma de anillo que puede actuar como se muestra en la FIGURA 12-15b). El cromosoma mitótico representa lo último en cromatina compactada; 1 μm de longitud del cromosoma mitótico por lo común contiene aproximadamente 1 cm de DNA, lo que repre- senta una relación de empaque de 10 000:1. Esta compactación se produce por un proceso poco conocido que se analiza en la sec- ción 14.7. En la FIGURA 12-16 se muestra una visión general de los Doble hélice de DNA (2 nm de diámetro) Partícula nuclear del nucleosoma DNA Histona H1 Histonas nucleares (8 subunidades) Filamento de nucleosoma (10 nm de diámetro) Fibra de 30 nm Dominios en asas Andamio de proteínas Cromosoma metafásico FIGURA 12-15 Asas de cromatina: un nivel más alto de la estructura de la cromatina. a) Micrografía electrónica de un cromosoma mitótico que se ha- bía tratado para eliminar histonas. El cromosoma sin histonas muestra asas de DNA que están unidas en sus bases a un andamio de proteína residual. b) Modelo simplificado por el cual los anillos de cohesión podrían desempe- ñar un papel en el mantenimiento de las asas de DNA de interfase. Fuente: a) Tomado de: James R Paulson y UK Laemmli. Cell 1977;12:823, con permiso de Elsevier. b) Anillo de cohesina a) AndamioAndamio FIGURA 12-16 Niveles de organización de la cromatina. Las moléculas de DNA desnudo se envuelven alrededor de las histonas para formar nucleosomas, que re- presentan el nivel más bajo de la organización de la cromatina. Los nucleosomas es- tán organizados en fibras de 30 nm, que a su vez están organizadas en dominios de asas. Cuando las células se preparan para la mitosis, las asas se compactan aún más en los cromosomas mitóticos (véase figura 14-13). 12.4 • H eterocrom atina 469distintos niveles de organización de la cromatina, desde el fila- mento nucleosomal hasta un cromosoma mitótico. silencia de forma permanente. En las células de los mamíferos, la mayor parte de la heterocromatina constitutiva se encuentra en las regiones que flanquean los telómeros y el centrómero de cada cromosoma y en algunos otros sitios, como el brazo distal del cromosoma Y en los mamíferos machos. El DNA de la hetero- cromatina constitutiva consiste sobre todo en secuencias repeti- das (p. 384) y contiene relativamente pocos genes. De hecho, cuando los genes que son por lo común activos se mueven en una posición adyacente a estas regiones como resultado de la transpo- sición o translocación, tienden a silenciarse transcripcionalmen- te, un fenómeno conocido como efecto de posición. Se entiende que la heterocromatina contiene componentes cuya influencia puede extenderse hasta cierta distancia, afectando genes cer- canos. La propagación de heterocromatina a lo largo del cromo- soma está bloqueada, en apariencia, por secuencias de barrera especializadas (elementos de límite) en el genoma. La heterocroma- tina constitutiva también sirve para inhibir la recombinación ge- nética entre secuencias repetitivas homólogas. Este tipo de re- combinación puede conducir a duplicaciones y eliminaciones de DNA (véase figura 10-23). La heterocromatina facultativa es la cromatina que se ha inactivado específicamente durante ciertas etapas de la vida de un organismo o en ciertos tipos de células diferenciadas (como en la figura 17-9b). Se puede ver un ejemplo de heterocromatina facul- tativa al comparar los cromosomas sexuales en las células de un mamífero hembra con los de un macho. Las células de los machos tienen un cromosoma Y diminuto y un cromosoma X mucho más grande. Debido a que los cromosomas X y Y tienen sólo unos po- cos genes en común, los machos tienen una copia única de la mayoría de los genes que se transportan en los cromosomas se- xuales. Aunque las células de las hembras contienen dos cromoso- mas X, sólo uno de ellos es transcripcionalmente activo. El otro cromosoma X permanece condensado como un grupo heterocro- mático (FIGURA 12-17a) llamado cuerpo de Barr, por el investigador que lo descubrió en 1949. La formación de un cuerpo de Barr ga- rantiza que las células de ambos sexos tengan el mismo número de cromosomas X activos y así sinteticen cantidades equivalen- tes de los productos codificados por genes vinculados a X. REPASO 1. ¿Cuál es la relación entre las histonas y el DNA de una partí- cula nuclear de nucleosoma? ¿Cómo se reveló por primera vez la existencia de nucleosomas? ¿Cómo se organizan los nucleosomas en niveles más altos de cromatina? 12.4 Heterocromatina Una vez que se ha completado la mitosis, la mayor parte de la cromatina en los cromosomas mitóticos altamente compactados vuelve a su condición de interfase difusa. Sin embargo, alrededor de 10% de la cromatina permanece, por lo general, en una forma condensada y compactada en toda la interfase. Esta cromatina compactada y densamente teñida se concentra normalmente cer- ca de la periferia del núcleo, a menudo cerca de la láminanuclear, como se indica en la figura 12-5a. La cromatina que permanece compactada durante la interfase se llama heterocromatina, para distinguirla de la eucromatina, que vuelve a un estado activo disperso. Cuando se administra un precursor de RNA marcado radiactivamente, como [3H] uridina a las células que se fijan, sec- cionan y autorradiografían con posterioridad, las agrupaciones de heterocromatina se mantienen en gran parte sin marcar, lo que indica que tienen una actividad transcripcional relativamente pequeña. Se cree que las regiones periféricas del núcleo contie- nen factores que promueven la represión transcripcional, lo que las convierte en un entorno favorable para la localización de la heterocromatina. Como se verá más adelante, el estado de una región particular del genoma, ya sea eucromático o heterocromá- tico, se hereda de forma estable de una generación de células a la siguiente. La heterocromatina se divide en dos clases. La heterocroma- tina constitutiva permanece en estado compactado en todas las células en todo momento y, por tanto, representa DNA que se FIGURA 12-17 Heterocromatina facultativa: el cromosoma X inactivo. a) El cromosoma X inactivado aparece como una estructura heterocromática con tinción oscura, llamada cuerpo de Barr (flechas). b) La inactivación aleatoria de cualquiera de los cromosomas X en diferentes células durante el desarro- llo embrionario temprano crea un mosaico de parches de tejido y es responsable de los patrones de color en los gatos calicó. Cada parche comprende los descendientes de una célula que estaba presente en el embrión en el momento de la inactivación. Estos parches son visualmente evidentes en los gatos calicó, que son heterocigotos con un alelo para el color del pelaje negro que reside en un cromosoma X y un alelo para el pelaje naranja en el otro X. Esto explica por qué los calicós machos son prácticamente inexistentes, porque todas las células del macho tienen el alelo de color del pelaje negro o anaranjado. (Las manchas blancas en este gato se deben a un gen de color de pelaje autosómico diferente.) C) Este gatito fue clonado del gato que se muestra en b. Los dos animales son genéticamente idénticos, pero tienen diferentes patrones de pelaje, un reflejo de la naturaleza aleatoria del proceso de inactivación X (y probablemente otros eventos aleatorios de desarrollo). Fuente: a) Cortesía de EG (Mike) Bertram; b-c) Cortesía de la Facultad de Medicina Veterinaria y Ciencias Biomédicas, Texas A & M University. b) c)a) C APÍTU LO 12 • C ontrol de la expresión genética 470 Inactivación del cromosoma X Sobre la base de sus estudios acerca de la herencia del color del pelaje en ratones, la genetista británica Mary Lyon propuso lo siguiente en 1961: 1. La heterocromatinización del cromosoma X en las hembras de los mamíferos ocurre durante el desarrollo embrionario tem- prano y conduce a la inactivación de los genes en ese cromo- soma. 2. La heterocromatinización en el embrión es un proceso aleato- rio en el sentido de que el cromosoma X derivado del padre y el cromosoma X derivado de la madre tienen la misma proba- bilidad de quedar inactivados en cualquier célula dada. En con- secuencia, en el momento de la inactivación, el X paterno puede inactivarse en una célula del embrión y el X mater- no puede inactivarse en una célula vecina. Una vez que el cromosoma X ha sido inactivado, su estado heterocromático se transmite a través de muchas divisiones celulares, de modo que el mismo cromosoma X está inactivo en todos los descen- dientes de esa célula en particular. El proceso de inactivación del cromosoma X se estudia mejor in vitro durante la diferen- ciación de células madre embrionarias (ES, embryonic stem) de ratón. Las células ES se derivan de embriones muy tempranos (p. 18) y, por tanto, tienen dos cromosomas X activos. 3. La reactivación del cromosoma X heterocromatinizado ocurre en células germinales femeninas antes del inicio de la meiosis. Por consiguiente, ambos cromosomas X están activos durante la ovogénesis, y todos los gametos reciben un cromosoma X eucromático. La hipótesis de Lyon fue confirmada pronto.2 Debido a que los cromosomas X maternos y paternos pueden contener alelos diferentes para el mismo rasgo, las hembras adultas son, en cierto sentido, mosaicos genéticos, donde los distintos alelos funcionan en diversas células. El mosaicismo del cromosoma X se refleja en la coloración de parches del pelaje de algunos mamíferos, inclui- dos los gatos calicó (figura 12-17b,c). Los genes de pigmentación en los humanos no están localizados en el cromosoma X, de ahí la ausencia de “mujeres calicó”. Sin embargo, el mosaicismo de- bido a la inactivación de X puede demostrarse en mujeres. Por ejemplo, si un haz estrecho de luz roja o verde brilla en los ojos de una mujer que es portadora heterocigota de ceguera para el rojo y el verde, se pueden encontrar parches de células de la reti- na con una visión defectuosa del color intercalados entre parches con visión normal. El mecanismo responsable de la inactivación de X ha sido un foco de atención desde un informe de 1992, en el que se sugirió que la inactivación es iniciada por una molécula de RNA no codi- ficante, en lugar de por una proteína, que se transcribe desde uno de los genes (llamado XIST en humanos) en el cromosoma X que se desactiva (el Xi). El RNA XIST es una transcripción grande (más de 17 kb de longitud), lo cual lo distingue de muchos otros RNA no codificantes que tienden a ser bastante pequeños. De- bido a su tamaño, XIST se describe como un RNA largo no codi- ficante (o lncRNA) y representa sólo el primero en una lista larga y creciente de lncRNA que se han descubierto como factores re- guladores en las actividades celulares. De hecho, ahora se cree que al menos siete lncRNA distintos participan en la inactivación del cromosoma X; el presente debate se ceñirá a XIST. El RNA XIST se acumula selectivamente a lo largo del cromosoma X, des- de el cual se transcribe, donde ayuda a reclutar ciertos complejos proteicos que inactivan los genes en sitios seleccionados.3 El gen XIST es necesario para iniciar la inactivación, pero no para man- tenerla de una generación celular a la siguiente. Esta conclusión se basa en el descubrimiento de células tumorales en ciertas mu- jeres que contienen un cromosoma X inactivado cuyo gen XIST se elimina. Se piensa que la inactivación de X se mantiene mediante la metilación de DNA (p. 500) y las modificaciones de histonas represivas, como se analiza en la próxima sección. El código de histona y la formación de heterocromatina La figura 12-13c muestra un modelo esquemático de la partícula nuclear del nucleosoma con sus colas de histonas que se proyectan hacia afuera. Pero esta es sólo una descripción general que oculta diferencias importantes entre los nucleosomas. Las células contie- nen una notable variedad de enzimas que pueden agregar grupos químicos a, o eliminarlos de, residuos de aminoácidos específicos en las colas de histonas. Aquellos residuos que están sujetos a mo- dificación, especialmente por metilación, acetilación, fosforilación o ubiquitinación, están indicados por barras de colores en la FIGURA 12-18. La última década ha visto surgir una hipótesis co- nocida como el código de histonas, que postula que el estado y la actividad de una región particular de la cromatina dependen de las modificaciones específicas, o combinación de modificaciones, de las colas de las histonas en esa región. En otras palabras, el patrón de modificaciones que adornan las colas de las histonas nucleares contiene información codificada que gobierna las pro- piedades de esos nucleosomas. Los estudios sugieren que las mo- dificaciones de la cola de las histonas actúan de dos maneras para influir en la estructura y la función de la cromatina. 1. Los residuos modificados sirven como sitios de ataque para reclutar una colección específica de proteínas no histónicas,
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