El análisis del LCR suele incluir la determinación inicial de un conjunto de pruebas

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El análisis del LCR suele incluir la determinación inicial de un conjunto de pruebas:
· Características físicas del LCR – apariencia del LCR (color, claridad) y presión con la que fluye hacia el tubo de recolección cuando se obtiene la muestra
· Proteínas en LCR
· Glucosa en LCR
· Recuento celular en LCR
· Análisis diferencial de las células en LCR
· Si hay sospecha de infección, se puede realizar una tinción de Gram y un cultivo de LCR
En función de los resultados obtenidos, de los signos y síntomas que presenta el individuo y de la sospecha diagnóstica se puede solicitar una amplia variedad de pruebas adicionales. Las pruebas anteriores pueden agruparse de acuerdo con el tipo de examen que se realiza:
· Características físicas - medición de la presión durante la recolección de la muestra y apariencia del LCR.
· Pruebas bioquímicas - hacen referencia al conjunto de pruebas que detectan o miden sustancias presentes en LCR. La mayor parte de estas sustancias también están presentes en sangre, y las cantidades relativas en sangre y LCR suelen compararse a menudo. Normalmente, los niveles de ciertos constituyentes del LCR, como la glucosa o las proteínas son un reflejo de su concentración en sangre.
· Examen microscópico (recuento y diferenciación celular) -  se cuenta el número de células independientemente de la cantidad y se identifican todas ellas al microscopio.
· Pruebas para detectar enfermedades infecciosas - pueden realizarse diversas pruebas para detectar e identificar microorganismos si se sospecha una infección.
Pueden realizarse distintas pruebas rutinarias en LCR:
· Glucosa en LCR - la concentración normal de glucosa es 2/3 partes de la concentración en suero. Los niveles de glucosa pueden estar disminuidos cuando hay células que no deberían estar presentes y que metabolizan la glucosa, como por ejemplo bacterias, células presentes debidas a una inflamación o liberadas por tumores.
· Proteínas en LCR -  se encuentran en pequeñas cantidades en LCR. La disminución de las proteínas no se considera significativa. Las proteínas pueden aumentar en:
· Meningitis y abscesos cerebrales.
· Tumores cerebrales o de médula espinal.
· Esclerosis múltiple.
· Síndrome de Guillain-Barré.
· Sífilis.
Si alguna de estas dos pruebas iniciales está alterada el médico puede solicitar otras pruebas adicionales entre las que se encuentran:
· Electroforesis de proteínas en LCR - se separan los diferentes tipos de proteínas. Se pueden ver bandas oligoclonales en la esclerosis múltiple i en la enfermedad de Lyme.
· IgG (Inmunoglobulina G) en LCR -  se encuentra aumentada en algunos trastornos como la esclerosis múltiple, encefalitis por el virus del herpes o en enfermedades del tejido conectivo.
· Proteína básica de la mielina -  se observa cuando se deteriora el recubrimiento de las neuronas o mielina, como en la esclerosis múltiple.
· Ácido láctico en LCR - a menudo utilizado para distinguir entre meningitis bacterianas y víricas. Los niveles suelen estar aumentados en infecciones bacterianas y fúngicas, mientras que en las infecciones víricas aumentan ligeramente o pueden ser incluso normales.
· Lactato deshidrogenasa (LDH) en LCR - se utiliza para diferenciar entre meningitis bacterianas y víricas. Los niveles suelen aumentar en las meningitis bacterianas pero no en las víricas. También puede aumentar la LDH en una leucemia o en un accidente vascular cerebral.
· Glutamina en LCR - puede aumentar en enfermedades hepáticas, en encefalopatía hepática o en el síndrome de Reye.
· Proteína C reactiva (PCR) en LCR - la PCR es un reactante de fase aguda y se eleva cuando hay inflamación. Aumenta de manera considerable en las meningitis bacterianas. Debido a su gran sensibilidad, incluso en las primeras fases de una meningitis bacteriana, suele utilizarse para diferenciar entre meningitis bacteriana y vírica.
· Marcadores tumorales - CEA, alfa-fetoproteína (AFP) y hCG pueden estar aumentados en cánceres que se han propagado al sistema nervioso central (metastáticos).