Electroforesis bioquimica

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Electroforesis
Los ácidos nucleicos de un tipo determinado pueden separarse por electroforesis en geles de poliacrilamida porque su movilidad electroforética en estos varía en forma inversa con su peso molecular. 
Sin embargo, los DNA de más de unos poco miles de pares de bases no pueden penetrar en un gel de poliacrilamida , y por esta razón debe separarse en geles de agarosa. 
Aún la electroforesis en geles convenciones se encuentra limitada para los DNA <100 000 ph , dado que las moléculas más grandes de DNA tienden a movilizarse a través de la agarosa a una velocidad independiente de su tamaño.
Charles Cantor y Cassandra Smith superaron esta limitación por medio del desarrollo de la electroforesis en gel de campo pulsado ( PFGE), que puede resolver moléculas de DNA de hasta 10 millones de ph . 
En el tipo más simple de aparato de PFGE , la polaridad de los electrodos se revierte periódicamente , y cada pulso dura entre 0,1 y 1000 s según el tamaño de los DNA que se separan .
Con cada cambio de polaridad, el DNA que migra debe reorientarse hacia un campo eléctrico nuevo antes de comenzar a moverse nuevamente. 
Una molécula de DNA en realidad puede migrar hacia atrás parte del tiempo. ; dado que las moléculas pequeñas se reorientan más rápido que las grandes , las de diferente tamaño se separan de manera gradual .
Los agentes intercalantes tiñen el DNA de doble hebra.
Los cationes aromáticos planos como el bromuro de etidio , el naranja de acridina,o la proflavina pueden teñir las diversas bandas de DNA en un gel .
Estos colorantes se unen al DNA de doble hebra por intercalación , donde exhiben una fluorescencia bajo la luz UV que es mucho más intensa que la del colorante libre . 
En un gel teñido con bromuro de etidio puede detectar tan poca cantidad de DNA . El DNA de simple hebra y el RNA también estimulan la fluoresceína del etidio, pero en menor cantidad respecto del DNA de doble hebra. 
NHNH
2
NH
2
Proflavina
NHN(CH
3
)
2
N(CH
3
)
2
Naranja de acridina
N
NH
2
NH
2
C
2
H
3
Etidio