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SEMINARIOS 5 y 6 BIOLOGIA CELULAR Y MOLECULAR 2020 Técnicas para estudios de localización y función de proteínas y ácidos nucleicos Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Los objetivos generales de los seminarios 5 y 6 son: 1. Entender que los conocimientos científicos que se estudian en la materia “Biología Celular y Molecular” se obtienen mediante la realización de trabajos científicos. En estos trabajos se aplican técnicas que sirven para resolver las preguntas planteadas. 2. Comprender que para la realización de los trabajos experimentales se utilizan distintos modelos experimentales -células procariontes, células eucariontes, organismos multicelulares de distintos niveles de complejidad (invertebrados, vertebrados)-. TÉCNICAS PARA ESTUDIOS DE PROTEINAS Y ACIDOS NUCLEICOS : OBJETIVOS GENERALES Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. TÉCNICAS PARA ESTUDIOS DE ACIDOS NUCLEICOS Y PROTEINAS: OBJETIVOS GENERALES 3. Entender que el médico utiliza los conocimientos científicos para determinar el diagnóstico y establecer el tratamiento adecuado para las personas que le consultan. En este proceso, el equipo de salud suele solicitar estudios que le ayudan con dicho propósito. Entre esos estudios solicitados, se aplican técnicas bioquímicas, de histología, biología celular y molecular. 4. Comprender el fundamento y la utilidad (para la investigación científica y para el diagnóstico y el tratamiento de personas) de técnicas de detección, cuantificación y determinación de funciones de proteínas y ácidos nucleícos. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. -En los trabajos científicos de biología celular y molecular se obtienen resultados particulares que pueden generalizarse. -El equipo de salud resuelve un caso clínico individual utilizando conocimientos generales obtenidos mediante los trabajos científicos. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Seminario 5: Técnicas I ESTUDIO DE LOCALIZACIÓN Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. TÉCNICAS I A-Origen de las muestras a ser analizadas: (1) Modelos experimentales (trabajos de investigación) y (2) personas que consultan al equipo de salud. B- Inmunohistoquímica/ Inmunofluorescencia C-Fraccionamiento subcelular. D- Western blot. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Esquema conceptual del seminario 5: Biopsia , elementos formes de la sangre o celulas en cultivo (conservan la estructura) Plasma, tejido homogeneizado, fraccionamiento subcelular (no conservan la estructura) Técnica histológica de rutina Inmunohistoquímica/fluorescencia Técnicas de análisis Estudios bioquímicos Westernblot Observación con microscopios Muestras TRABAJO CIENTíFICO ------------------------CONSULTA MEDICA (Modelos experimentales) Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. A1-Modelos experimentales -Debido a que todos los organismos unicelulares y pluricelulares comparten propiedades que se conservaron a través de la evolución, los científicos utilizan modelos experimentales unicelulares y multicelulares. Empleando estos modelos experimentales se obtienen conocimientos acerca de procesos celulares y moleculares que en muchos casos tienen semejanzas básicas con procesos que se producen en organismos más complejos, como los seres humanos. En consecuencia, diversos tipos de células y organismos son utilizados como modelos experimentales para estudiar diferentes aspectos de la biología celular y molecular. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. LOS SIGUIENTES EJEMPLOS SE PRESENTAN SOLO PARA MOSTRAR LA VARIEDAD Y UTILIDAD DE LOS MODELOS EXPERIMENTALES. NO ES OBJETO DE ESTUDIO DE NUESTRA MATERIA COMPRENDER LA UTILIDAD DE CADA MODELO EXPERIMENTAL. Célula procarionte • Escherichia Coli (está habitualmente en el tracto intestinal humano). Es un modelo experimental muy útil por su simplicidad, para estudiar mecanismos de biología molecular Los primeros conocimientos sobre duplicación del ADN, transcripción y traducción surgieron empleando este modelo. La célula eucarionte más simple es la levadura. Es utilizada como modelo experimental de estudios bioquímicos y genéticos. Fue fundamental en los estudios de la regulación del ciclo celular. Célula eucarionte Levadura Modelos para estudiar organismos multicelulares: invertebrados El nematodo C. Elegans, se utiliza para estudios de desarrollo y diferenciación celular. La mosca de la fruta, Drosophila Melanogaster, modelo para el estudio de los mecanismos moleculares del desarrollo por su fácil reproducibilidad. Xenopus laevis, modelo para el Estudio del desarrollo embrionario Embriones de pollo, modelo para estudios de desarrollo embrionario por su fácil acceso. Se utilizan en la producción de vacunas. Modelos para estudiar organismos multicelulares: vertebrados Pez cebra, modelo para estudios genéticos del desarrollo de los vertebrado El ratón y la rata son los modelos más empleados por ser mamíferos como los seres humanos y por su rápida reproducción. La manipulación del genoma del ratón constituye una herramienta fundamental en el estudio de las funciones de los productos de los distintos genes. Rata realizando una Prueba conductual Operación cesárea para Estudiar al feto Modelos para estudiar organismos multicelulares: vertebrados Ratones transgénicos que expresan proteina fluorescente verde. Se estudiará en el seminario 6. Ratón Los estudios científicos de Biología Celular y Molecular pueden realizarse a distintos niveles de integración y aislamiento de las variables a ser analizadas: • Estudios in vivo (animales sometidos a distintas condiciones experimentales). • Estudios in vitro (cultivos celulares sometidos a distintas condiciones experimentales). • Estudios libres de células (componentes celulares aislados de su entorno sometidos a distintas condiciones experimentales). Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Estudios in vivo Rata realizando una Prueba conductual Ratones transgénicos que expresan proteina fluorescente verde. Se estudiará en el seminario 6. Cultivos celulares Estudios in vitro Estudios libres de células: Fraccionamiento subcelular Conjunto de métodos y técnicas que tienen como objetivo obtener fracciones puras o enriquecidas de un determinado componente celular. (se desarrollará más adelante durante este seminario) A2-Estudios médicos complementarios • El equipo de salud puede solicitar estudios cuyos resultados informen sobre localización y/ o cuantificación de proteínas y/o ácidos nucleicos. Estos estudios pueden tener fines diagnósticos o predictivos sobre la evolución del paciente y sirven para orientar el tratamiento a seguir. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. -Obtención de las muestras para realizar estudios complementarios -La muestra a ser estudiada puede ser obtenida de distintas partes del cuerpo y mediante distintos procedimientos. Departamento de Histología,Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Toma de muestras de sangre (tejido líquido) -Es la muestra que se toma con mayor frecuencia para realizar estudios bioquímicos. ASPIRADO Y BIOPSIA DE MEDULA OSEA BIOPSIA ENDOSCOPICA DE ESTOMAGO BIOPSIA EN SACABOCADO DE PIEL Toma de muestras de otros tejidos -Dependiendo de cual sea el tipo de análisis que se pretenda realizar de las muestras, éstas deben procesarse de distintas maneras. -Si se pretende obtener información sobre la localización de componentes tisulares, celulares o de moléculas, debe conservarse la estructura del tejido o la ultraestructura de las células para observarse al microscopio -distintos tipos de microscopio óptico (incluido el microscopio de epifluorescencia) o microscopio electrónico-. -Si se pretende obtener información acerca de la presencia o ausencia o de la cantidad de una molécula, las muestras pueden ser procesadas sin conservar la estructura de los tejidos o la ultraestructura de las células. Tanto en los trabajos experimentales como en los estudios complementarios de pacientes, las muestras de tejidos Biopsia , elementos formes de la sangre o celulas en cultivo (conservan la estructura) Plasma, tejido homogeneizado, fraccionamiento subcelular (no conservan la estructura) Técnica histológica de rutina Inmunohistoquímica/fluorescencia Técnicas de análisis Estudios bioquímicos Westernblot Observación con microscopios Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Microscopio óptico Microscopio electrónico Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Microscopio óptico invertido para observación de cultivos celulares Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Los anticuerpos como herramientas de investigación ¿Qué son los anticuerpos? B-D- La inmunocitoquímica y el inmunoblot o Westernblot utilizan la reacción antígeno-anticuerpo Para reconocer moléculas (proteínas). Los anticuerpos como herramientas de investigación ¿Qué son los anticuerpos? Estructura de un anticuerpo Los anticuerpos como herramientas de investigación Generación de anticuerpos policlonales Los anticuerpos como herramientas de investigación Generación de anticuerpos policlonales • Son anticuerpos derivados de diferentes líneas de células B • En conjunto, reconocen distintos epitopes de un antígeno Los anticuerpos como herramientas de investigación Generación de anticuerpos monoclonales • Son anticuerpos derivados de una única línea de células B y sólo reconocen un epitope del antígeno B-Inmunohistoquímica / Inmunofluorescencia Utilización de anticuerpos para detectar la localización de proteínas específicas • Cortes histológicos • Células en cultivo Inmunohistoquímica / Inmunofluorescencia DAPI → núcleos α-actina (anticuerpo hecho en ratón) α-COX IV (anticuerpo hecho en conejo) Ejemplo: Localización de dos proteínas en células en cultivo Ejemplo: Receptores nicotínicos en la unión neuromuscular Inmunofluorescencia α-receptor nicotínico Inmunofluorescencia α-receptor muscarínico Inmunohistoquímica / Inmunofluorescencia Ejemplo: Índice de proliferación en biopsia de tumor pulmonar Inmunohistoquímica / Inmunofluorescencia Inmunohistoquímica α-Ki-67 (marcador de proliferación) C-Fraccionamiento subcelular Conjunto de métodos y técnicas que tienen como objetivo obtener fracciones puras o enriquecidas de un determinado componente celular. HÍGADO RUPTURA MECÁNICA HOMOGENATO = • núcleos • mitocondrias • microsomas • ribosomas • citosol ETAPA I : Ruptura mecánica del tejido Fraccionamiento subcelular Conjunto de métodos y técnicas que tienen como objetivo obtener fracciones puras o enriquecidas de un determinado componente celular. HOMOGENATO ETAPA II : Separación de componentes mediante centrifugación diferencial La separación de partículas u organelas que no presentan una tendencia a sedimentar espontáneamente requiere aumentar la fuerza gravitatoria a través de la centrifugación. SOBRENADANTE PELLET Fraccionamiento subcelular Conjunto de métodos y técnicas que tienen como objetivo obtener fracciones puras o enriquecidas de un determinado componente celular. ETAPA II : Separación de componentes mediante centrifugación diferencial MICROSOMAS HOMOGENATO NÚCLEOS MITOCONDRIAS LISOSOMAS PEROXISOMAS CITOSOL RIBOSOMAS CENTRIFUGACIONES A VELOCIDADES Y TIEMPOS CRECIENTES ¿Cómo se evalúa la efectividad del procedimiento de enriquecimiento/pureza de las fracciones subcelulares? Fraccionamiento subcelular Evaluación de la efectividad del método 1- Determinación de actividad enzimática específica de una organela Fracción Ejemplo de enzima ‘marcadora’ MITOCONDRIAL Citocromo oxidasa MICROSOMAS Glucosa-6 fosfatasa CITOSOL Lactato deshidrogenasa Fraccionamiento subcelular Evaluación de la efectividad del método 2- Microscopía electrónica de las fracciones subcelulares FRACCIÓN NUCLEAR FRACCIÓN MICROSOMALFRACCIÓN MITOCONDRIAL D-Western blot = inmunoblot Permite determinar los niveles de expresión de una proteína específica en una fracción subcelular u homogenato ETAPA I : SDS-PAGE Proteínas ya corriendo en el gel Fuente de poder Permite determinar los niveles de expresión de una proteína específica en una fracción subcelular u homogenato ETAPA II : TRANSFERENCIA Y REVELADO CON ANTICUERPOS Western blot Secuencia del Western blot – Paso 2Secuencia del Western blot – Paso 2 Paso 2 - Transferencia a la membrana de nitrocelulosa: -Las proteínas separadas por tamaño se transfieren desde el gel a una membrana de nitrocelulosa -Otra vez se aprovecha la carga negativa de las proteínas Cassette listo para iniciar transferenciaArmado del cassette de transferencia El gel con las proteínas se coloca en el cassette de transferencia Se quitan las burbujas para asegurar la correcta transferencia Se detiene la corrida electroforetica Se desarma con cuidado la cuba electroforetica para liberar el gel con las proteinas separadas por masa ¿Cuál es la localización subcelular de la aromatasa? TEJIDO OVÁRICO 1: HOMOGENATO 2: CITOSOL 3: MICROSOMAS Western blot Western blot Ejemplo: Biopsias de cuatro tumores de mama: A, B, C, D A B C D Limitación de técnicas basadas en el uso de anticuerpos No siempre hay ‘buenos’ anticuerpos (sensibles y específicos) disponibles para la proteína de interés Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Técnicas II AMPLIFICACION DE ACIDOS NUCLEICOS Y ESTUDIO DE FUNCIONES DE ACIDOS NUCLEICOS Y PROTEINAS Preguntas de autoevaluación: 1.Explique por qué pueden utilizarse distintos tipos de organismos como modelos experimentales. 2. Explique qué tipo de información puede obtenerse de una biopsia de un tumor de piel si se realiza una inmunohistoquímica contra histona H3 fosforilada. 3. Justifique qué técnica utilizaría para detectar la localización (distribución) de laminina en una biopsia de mucosa de intestino grueso. 4. Se realiza un experimento en un cultivo de fibroblastos de ratón para verificar el funcionamiento de un ARN de interferencia contra el ARNm del receptor de insulina. A) Qué técnica utilizaría para evaluar los niveles de expresión de la proteína del receptor? Qué espera observar en la condición tratada con el ARN de interferencia? B) Qué técnica utilizaría para evaluar la distribución de esta proteína en las células? Qué espera observar en la condición tratada con el ARN de interferencia? Justifique. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. TécnicasII AMPLIFICACION DE ACIDOS NUCLEICOS Y ESTUDIO DE FUNCIONES DE ACIDOS NUCLEICOS Y PROTEINAS Preguntas de autoevaluación: 5. Justifique qué ventaja presenta realizar un Western blot sobre las distintas fracciones de un fraccionamiento subcelular respecto de realizarlo sobre un homogenato de tejido. 6. Justifique qué técnica utilizaría para detectar la presencia de una proteina viral en sangre. Compárela en cuanto a su sensibilidad con técnicas como la PCR vista en talleres. Justifique. Departamento de Histología, Biología Celular, Embriología y Genética. Primera Unidad Académica. Facultad de Medicina, UBA. Slide 1 Slide 2 Slide 3 Slide 4 Slide 5 Slide 6 Slide 7 Slide 8 Slide 9 Slide 10 Slide 11 Slide 12 Slide 13 Slide 14 Slide 15 Slide 16 Slide 17 Slide 18 Slide 19 Slide 20 Slide 21 Slide 22 Slide 23 Slide 24 Slide 25 Slide 26 Slide 27 Slide 28 Slide 29 Slide 30 Slide 31 Slide 32 Slide 33 Slide 34 Slide 35 Slide 36 Slide 37 Slide 38 Slide 39 Slide 40 Slide 41 Slide 42 Slide 43 Slide 44 Slide 45 Slide 46 Slide 47 Slide 48
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