Citogenética molecular

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Se realiza en células de las que pueden obtenerse mitosis (linfocitos, fibroblastos,
amniocitos, vellosidades coriónicas, células de aspirado de médula ósea o tumores sólidos).
Se considera el “estándar de oro” debido a que las señales se observan de manera directa en
el cromosoma y en la posición exacta; al menos deben ser analizadas 15 células para
proporcionar el diagnóstico citogenético y si es posible, documentar una imagen. De
acuerdo con la alteración observada en el cariotipo o sugerida por la clínica, se emplea la
sonda específica para el FISH.
 
SONDAS CENTROMÉRICAS
Este tipo de sondas pueden ser pancentroméricas, formadas con DNA centromérico alfoide
altamente repetitivo con las que se puede detectar el centrómero de todos los cromosomas
humanos a la vez; también existen centroméricas específicas de cada cromosoma aunque
existen sondas que detectan de forma simultánea mas de un cromosoma, como la 13/21 y la
14/22. Han sido utilizadas de forma amplia en la identificación y conteo de cromosomas,
para detectar aneuploidías tanto en metafase como en interfase y para el estudio de
cromosomas marcadores, cromosomas dicéntricos y otras alteraciones tanto numéricas
como estructurales.
 
SONDAS DE SECUENCIA ÚNICA
En la actualidad existe una gran cantidad de este tipo de sondas, importantes para la
detección de deleciones imperceptibles con citogenética clásica asociadas a un amplio
número de síndromes de microdeleción o microduplicación. El origen de estas alteraciones
son rupturas que con frecuencia se reparan por recombinacion no alélica, mediadas por
regiones de bajo número de copias o LCR´s (del inglés Low-copy repeats). Entre los
síndromes que se detectan con mayor frecuencia con sondas locus específico se encuentra el
DiGeorge o velocardiofacial (1/2000-1/300), con deleción en 22q11.2 (figura 1) aunque
también pueden detectar amplificaciones génicas (cuadro 1). En todos estos casos el análisis
puede realizarse en metafase, sin embargo, con frecuencia en estas muestras resulta difícil
la obtención de células en división y es necesario analizar núcleos en interfase.
 
FIGURA
1
Hibridación in situ con fluorescencia (FISH) en una metafase normal con sonda locus específico para la
región 22q11.2 (TUPLE I), sonda para determinar el Síndrome de microdeleción DiGeorge/Velocardiofacial,
la señal verde corresponde al centrómero (CEP) del cromosoma 22 (DS22Z1) y la señal roja es la sonda
locus específico (LSI) para la región crítica del síndrome (TUPLE I).
 
 
CUADRO 1. Ejemplos de alteraciones cromosómicas detectadas por FISH en síndromes de microdeleción y en algunos tipos de cáncer
(hematológicos y tumores sólidos)
Padecimiento Tipo de sonda Alteración detectada
Síndromes de Microdeleción
DiGeorge/Velocardiofacial Locus específico del(22)(q11.2)
Prader-Willi/ Angelman Locus específico del(15)(q11.2-q13)
Deleción 1p Locus específico del(1)(p36)
Wolf-Hirschhorn Locus específico del(4)(p16.3)
Cri du chat Locus específico del(5)(p15.2)
Williams Locus específico del(7)(q11.23)
Miller-Dieker Locus específico del(17)(p13.3)
Smith-Magenis Locus específico del(17)(p11.2)
Deficiencia Sulfatasa esteroidea Locus específico del(X)(p22.3)
Diagnóstico hematológico
Leucemia mielógena crónica Fusión génica t(9;22)(q34;q11.2)
Leucemia linfocítica aguda 
Leucemia mieloide aguda 
Leucemia mieloide aguda Fusión génica t(15;17)(q22;q21.1)
Leucemia linfocítica aguda Fisión génica t(?;11)(?.?;q23)
Leucemia mieloide aguda Fusión génica t(8;21)(q22;q22)
Leucemia linfocítica aguda Fusión génica t(8;14)(q24;q32)
Linfoma no Hodgkin 
Mieloma múltiple Fisión génica t(?;14)(?.?;q32)
Linfoma no Hodgkin 
Otros tipos de cáncer
Cáncer de mama Amplificación génica HER2/neu 17q11.2
Cáncer de vejiga Centromérica y locus específico Centrómeros 3,7,17 específica 9p21
Sarcoma de Ewing Fusión génica t(11;22)(q24;q12)
Rabdomiosarcoma Fusión génica t(2;13)(q35;q14)
 
 
SONDAS DE FUSIÓN Y DE RUPTURA GÉNICA
Las sondas de locus específico han sido de gran utilidad en varios campos, de forma
notoria, en el diagnóstico y pronóstico de cáncer hematológico, en donde se utilizan como
sondas de fusión génica o fusión de señal y otras de ruptura génica. Estas sondas identifican
al menos dos regiones génicas con diferentes fluorocromos, que están involucrados en la
translocación y formación de genes quiméricos característicos del cáncer. Algunos ejemplos
se presentan en el cuadro 1. La detección de estas alteraciones son de gran ayuda en la
clínica.
 
SONDAS SUBTELOMÉRICAS
Los rearreglos crípticos subteloméricos como duplicaciones o deleciones se pueden estudiar
en metafase con sondas de secuencias subteloméricas. Estas alteraciones pueden originarse
por recombinación entre repetidos teloméricos terminales y repetidos asociados a telómeros
o TAR’s (del inglés Telomere Associated Repeats). Las sondas subteloméricas (100 a
300kb) han sido útiles en la detección de deleciones asociadas a retraso mental idiopático,
con una frecuencia aproximada de 5% de los casos estudiados. La frecuencia exacta de los
rearreglos subteloméricos no está determinada, se requiere un amplio estudio de muestras
para determinar la asociación con el retraso mental idiopático y/o con dismorfias, ya que
también se han reportado polimorfismos en varias de estas regiones.
 
SONDAS DE TINCIÓN DE CROMOSOMA COMPLETO
La mayoría de las duplicaciones cromosómicas se detectan con sondas de tinción completa
debido a que el 70% son alteraciones intracromosómicas, mientras que el porcentaje
restante involucra un cromosoma no homólogo (translocaciones, inserciones). El origen
cromosómico de la mayoría de los marcadores se identifica con estas sondas aunque
también se utilizan sondas centroméricas, o la combinación de ambas.
 
SONDAS DE TINCIÓN COMPLETA DE 24 CROMOSOMAS
El M-FISH y SKY son hibridaciones con un coctel de sondas de tinción completa de los 24
cromosomas (incluye los cromosomas X y Y), que facilitan la identificación de
aberraciones intercromosómicas estructurales y rearreglos complejos, sin embargo, con
dificultad se conocen los puntos de ruptura y son imperceptibles las inversiones; por lo
general, se realiza en muestras tumorales para identificar alteraciones y determinar
pronóstico, en algunos casos se aplica en la evaluación de genotoxicidad (figura 2), en
tiempo reciente se ha utilizado para diagnóstico prenatal y para detección de alteraciones
después de fertilización in vitro. Una variante del M-FISH es el Bandeo FISH, en donde se
utilizan sondas con diferentes fluorocromos para regiones cromosómicas completas con el
fin de lograr un bandeo por color. Es útil en la determinación de puntos de ruptura en
alteraciones estructurales y en el análisis de rearreglos intracromosómicos.