Familias genicas

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Familias Génicas: CCD, Carotenoid cleavage dioxygenases y GRAS, GIBBERELLIC ACID INSENSITIVE (GAI), REPRESSOR OF GA1 (RGA), and SCARECROW (SCR)
Genómica Estructural
Victoria Villarreal Millán 1868550
Grupo 453
CCD: Acerca de…
Esta familia de genes codifica para un grupo de proteínas enzimáticas que son indispensables en el metabolismo de carotenoides
A pesar de que se han caracterizado principalmente en plantas, también pueden ser encontradas en mamíferos y microorganismos
Catalizan la unión de carotenoides para formar apo-carotenoides, los cuales juegan un papel importante en el crecimiento de plantas y en la respuesta a estrés
Esta familia de genes se ha caracterizado en especies de plantas como Arabidopsis thaliana, Zea mays, Oryza sativa, Sorgum bicolor, Solanum lycopersicum, Nicotiana tabacum, Glycine max, Gossypium hirsutum, Solanum tuberosum, Cucurbita pepo, Saccharum officinarum,Crocus sativus, Osmanthus fragrans, Vitis vinifera, Mangifera indica, Amygdalus pérsica, Brassica napus L y más.
Genes involucrados
En Arabidopsis thaliana, el gen AtCCD1 participa en el catabolismo de carotenoides
Por otro lado, el gen CmCCD4a de Chrysanthemum morifolium (crisantemo), regula la homeostasis de los carotenoides específicamente en los pétalos de color blanco, para la pigmentación de estas a un color amarillo
Y también, para Actinidia chinensis, el gen, su correspondiente gen CCD8, incrementa la producción de ramas y retrasa la senescencia de las hojas.
Imagen. Chrysanthemum morifolium o mejor conocido por su nombre común como “Crisantemo”.
Localización
En especies de Brassica (planta de canola y variedades), se han caracterizado 9 subgrupos filogenéticos dentro de la familia CCD, que contienen alrededor de 60 proteínas.
En Brassica napus, los 30 locus de CCD están distribuidos en los 13 cromosomas de Brassica, siendo los cromosomas A01 y C01 los que más cantidad de locus contienen.
Figura. Análisis filogenético de 60 proteínas provenientes de A. thaliana, B. rapa, B. oleracea, and B. napus.
Zhou X-T, Jia L-D, Duan M-Z, Chen X, Qiao C-L, Ma J-Q, et al. (2020) Genome-wide identification and expression profiling of the carotenoid cleavage dioxygenase (CCD) gene family in Brassica napus L. PLoS ONE 15(9): e0238179. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0238179
Expansión, ¿o no?
La familia CCD es una familia de genes muy antigua, por lo que se puede inferir que en una gran cantidad de especies de plantas, se encuentra bien asentada.
GRAS: Acerca de…
Es una familia de genes que se divide en 8 subgrupos (SCL3, HAM, LS, SCR, DELLA, SHR, PAT1 and LISCL) que codifican para factores de traducción que participan de diferentes maneras en el desarrollo y crecimiento de la planta.
De igual forma, estos factores de transcripción están involucrados en la transducción de ácido giberelico 
Su nombre corresponde a las siglas de los primeros 3 factores de transcripción (GAI: gibberellic acid insensitive, RGA: repressor of GAI y SCR: scarecrow). 
Genes correspondientes a los diferentes subgrupos de esta familia han sido caracterizados en Arabidopsis thaliana, Zea mayz, Oryza sativa, Populus spp, Solanum lycopersicum, Prunus mume,  Isatis indigotica, etc.
Genes involucrados
En la planta modelo Arabidopsis thaliana, se han caracterizado alrededor de 57 genes GRAS y por otro lado, la cantidad de genes caracterizados en Oryza sativa es de 32. 
En Zea mays, la expresión de los genes  ZmGRAS40, ZmGRAS54 and ZmGRAS62 (y por consecuente, el factor de transcripción) se presenta durante diversos procesos como: la producción de semillas, ramas y raíces.
De igual forma, la expresión de estos genes varía según las partes de la planta.
Localización
En la planta de maíz, (Zea mays) se han identificado 86 proteínas GRAS, contenidas en los 8 subgrupos.
A pesar de que estos genes se encuentran distribuidos en los 13 cromosomas, los cromosomas 1 y 4 contienen más de un tercio de la cantidad total de ellos.
Figura. Relación filogenética de proteínas GRAS provenientes de A. thaliana, Z. mays, O. sativa, S. bicolor y Mendicago truncatula
Guo Y, Wu H, Li X, Li Q, Zhao X, Duan X, et al. (2017) Identification and expression of GRAS family genes in maize (Zea mays L.). PLoS ONE 12(9): e0185418. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0185418
Expansión, ¿o no?
La familia GRAS es una familia de genes muy antigua, su surgimiento data de alrededor de 400 millones de años atrás.
Por esto, se puede inferir que esta familia génica se encuentra bien asentada en una gran cantidad de especies.
Bibliografía 
Thompson, A. (2020). Carotenoid Cleavage Dioxygenases. Warwick.ac.uk. Recuperado 18 Octubre 2021, de: https://warwick.ac.uk/fac/sci/chemistry/research/bugg/bugggroup/research/ccds/.
Zhou X-T, Jia L-D, Duan M-Z, Chen X, Qiao C-L, Ma J-Q, et al. (2020) Genome-wide identification and expression profiling of the carotenoid cleavage dioxygenase (CCD) gene family in Brassica napus L. PLoS ONE 15(9): e0238179. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0238179
Guo Y, Wu H, Li X, Li Q, Zhao X, Duan X, et al. (2017) Identification and expression of GRAS family genes in maize (Zea mays L.). PLoS ONE 12(9): e0185418. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0185418
Tian C, Wan P, Sun S, Li J, Chen M. Genome-wide analysis of the GRAS gene family in rice and Arabidopsis. Plant Mol Biol. 2004 Mar;54(4):519-32. doi: 10.1023/B:PLAN.0000038256.89809.57. PMID: 15316287.