AIDA 2013 María 532-534 (2013)

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BARRIDO GENÓMICO CON EL SNP-CHIP OVINO 50K PARA LA DETECCIÓN DE QTL 
CON INFLUENCIA SOBRE LA RESISTENCIA A NEMATODOS INTESTINALES EN EL 
GANADO OVINO DE RAZA CHURRA: ANÁLISIS DE LIGAMIENTO PARA EL 
RECUENTO DE HUEVOS EN HECES 
 
Atlija1, M., Gutierrez-Gil1, B., Martinez Valladares2, M., de la Fuente1, L. F., Arranz1, J. J. 
1 Departamento de Producción Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de León, 24071 
León. 2Instituto de Ganadería de Montaña. CSIC-ULE, 24346 Grulleros, León. 
e-mail: matl@unileon.es 
 
INTRODUCCIÓN 
Las infecciones por nematodos gastrointestinales (GIN) en el ganado ovino siguen siendo 
una de las enfermedades parasitarias más prevalentes en el ganado ovino, causando 
importantes pérdidas económicas debido a sus efectos negativos sobre el crecimiento en 
corderos y la producción de leche en ovejas adultas. El control de GIN en rumiantes se basa 
en gran medida en el uso de fármacos antihelmínticos en combinación con estrategias de 
manejo de las zonas de pastoreo. El incremento en la prevalencia de la resistencia 
parasitaria a los antihelmínticos ha llevado, en los últimos años, a la búsqueda de métodos 
de controles alternativos entre los cuales cabe destacar la selección genética hacia una 
mayor resistencia de los animales a estas infecciones parasitarias. Existen varios fenotipos 
asociados a la resistencia a las GIN. El recuento de huevos en heces, o FEC (de inglés 
Faecal egg count), es el indicador tradicional usado más comúnmente para valorar el nivel 
de infección parasitaria en base al número de huevos por gramo de heces. Este carácter 
también pone de manifiesto el producto de los nematodos adultos establecidos y la 
fecundidad media de las poblaciones parasitarias residentes (Bishop & Stear, 2000). Otros 
indicadores del nivel de infección parasitaria son el nivel plasmático de inmunoglobulina A 
(IgA) y de pepsinógeno (Peps). Estudios previos han identificado QTL en relación a la 
resistencia ovina a GIN (Crawford et al., 2006; Marshall et al., 2009; Gutiérrez-Gil et al., 
2009). Es de señalar el barrido genómico basado en 181 marcadores microsatélites 
realizado en una población de ganado ovino lechero de raza Churra (Gutiérrez-Gil et al., 
2009) en el que se identificó un QTL significativo a nivel de significación genómico en el 
cromosoma OAR6, y otros cuatro QTL a nivel cromosómico en OAR1, OAR10 y OAR14. En 
el presente trabajo se presentan los resultados de un análisis de ligamiento para el carácter 
FEC realizado en otra población ovina de raza Churra genotipada con el SNP-chip ovino de 
media densidad (Illumina OvineSNP50 BeadChip). 
 
MATERIAL Y MÉTODOS 
Las medidas fenotípicas para el carácter en estudio se obtuvieron de un total de 596 ovejas 
adultas de raza Churra repartidas en 21 rebaños, de manejo semiextensivo, distribuidos en 
8 de las provincias de Castilla y León. Los animales muestreados están distribuidos en 15 
familias de medio-hermanas del núcleo de selección de ANCHE. El tamaño medio por 
familia fue de 33 hijas por macho. Se realizó un único muestreo por rebaño, en el que se 
obtuvieron para cada animal muestras de heces y sangre. Las heces se recogieron 
directamente del recto y fueron procesadas para determinar el número de huevos por gramo 
de heces utilizando una modificación del método McMaster (MAFF, 1986). Tras la 
transformación logarítmica de los datos, se obtuvieron los valores fenotípicos, estimados 
como la desviación de la media poblacional del dato fenotípico bruto de cada animal 
corregido para el efecto rebaño que, debido al diseño experimental, englobó otros factores 
ambientales relevantes. Se analizaron 43 784 SNPs que habían pasado el control de calidad 
de genotipos descrito en un trabajo previo (García-Gámez et al., 2012), donde también se 
elaboró el mapa genético para la población en estudio con una equivalencia de 1 Mb ~ 1 cM 
para convertir las distancias físicas en distancias genéticas. Para el análisis de ligamiento 
realizado en los 26 autosomas ovinos se utilizó el programa QTLMap (Filangi et al., 2010). 
Los umbrales de significación a nivel chromosome-wise (pc-value) se obtuvieron mediante 
un test de permutaciones y a nivel genómico considerando que se analizaron 26 autosomas 
independientes (genome-wise; pg-value). Para los QTL significativos identificados se calculó 
el intervalo de confianza (IC) mediante el método LOD drop-off (Lander & Botstein 1989). 
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AIDA (2013), XV Jornadas sobre Producción Animal, Tomo II, 532-534
RESULTADOS Y DISCUSIÓN 
El análisis de ligamiento realizado para el carácter estatura a lo largo del genoma 
autosómico ovino identificó tres QTL a nivel de significación del 5% chromosome-wise en 
OAR4, 6 y 25, y un QTL significativo al nivel 1% chromosome-wise en OAR8 (Figura 1). La 
caracterización de los QTL detectados en el análisis de toda la población (across-family) se 
muestra en la Tabla 1, donde también se puede encontrar información relativa a las familias 
que mostraron evidencias significativas de segregación de los QTL identificados a nivel 
poblacional. Para el QTL menos significativo, localizado en OAR25, se identificaron dos 
familias segregantes, mientras que en los otros tres casos fueron tres las familias que en el 
análisis intrafamiliar mostraron pc-values < 0.05. La posición del QTL sugerida por los 
análisis intrafamiliares discrepó en algunos casos de la posición del pico del QTL en el 
análisis intrafamiliar, lo que puede deberse a diferencia en la informatividad de los 
marcadores o, alternativamente, de la presencia de diferentes QTL segregantes entre las 
diferentes familias. 
 
Figura 1. Resultados del análisis de ligamiento realizado en la población ovina 
analizada en este estudio para el carácter FEC 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Tabla 1. Caracterización de los QTL identificados a nivel poblacional para el indicador 
de resistencia a parasitosis gastrointestinales FEC. Se muestran, también los 
resultados del análisis intrafamiliar para las familias que mostraron evidencia 
estadística de segregación para alguno de los QTL detectados (pc-value < 0.05). 
OAR LRT 
max. 
Pos. 
(cM) 
LRT 
max. 
Marcadores 
flanqueantes LRT 
max. 
IC (cM) Familias 
segregantes 
(pc < 0.05) 
LRT 
max. 
Pos. 
(cM) 
LRT 
max 
4 40.70 54.54 [OAR4_58493210.1 -
OAR4_58541568.1] 
51.5 - 57.6 fam. 01 
fam. 04 
fam. 05 
11.73 
 9.70 
10.79 
 54.84 
117.94 
 48.34 
6 41.81 87.81 [OAR6_95930760.1 - 
OAR6_96088929.1] 
80.7 – 91.5 fam. 01 
fam. 07 
fam. 11 
10.98 
 8.73 
 9.49 
 95.11 
 90.21 
 86.91 
8 42.48 2 [OAR8_2125287.1 - 
OAR8_2209080.1] 
 1.0 - 3.6 fam. 02 
fam. 04 
fam. 11 
 7.77 
12.47 
 9.86 
 6.40 
 31.30 
 1.80 
25 36.77 0.88 [OAR25_1031652.1 -
s21252.1] 
0.1 - 4.1 fam. 05 
fam. 16 
12.10 
13.47 
 43.28 
 2.68 
 
El QTL identificado en la parte media de OAR4 se localizó cerca de un QTL previamente 
descrito para FEC (Haemonchus contortus) por Marshall et al. (2009). A este respecto, la 
coincidencia más destacable fue la identificada en OAR6, ya que el IC aquí estimado para 
este QTL se solapa con el intervalo flanqueante del QTL más significativo identificado en 
Churra para la resistencia parasitaria a GIN, y que influía también el recuento de huevos en 
heces (Gutiérrez-Gil et al., 2009). Los dos QTL identificados en OAR8 y OAR25 se 
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localizaron en el extremo proximal del correspondiente grupo de ligamiento. Estos 
cromosomas también contienen QTL previamente descritos en relación a la resistencia a 
GIN, aunque en ambos casos el máximo estadísticode esos QTL se localiza en una región 
más distal del cromosoma (Marshall et al., 2009; Crawford et al., 2006) que la identificada 
como candidata en el presente estudio. Con el objetivo de confirmar los resultados aquí 
presentados e identificar nuevas regiones de interés, pretendemos realizar análisis 
adicionales basados en el análisis de ligamiento combinado con análisis de desequilibrio de 
ligamiento (LDLA) o análisis de asociación anivel genómico (GWAS). Del mismo modo se 
planea el estudio de otros fenotipos indicadores de resistencia a GIN, como el nivel 
plasmático de IgA. La identificación del QTL del cromosoma 6, localizado en la misma región 
y con efectos sobre el mismo carácter que el descrito anteriormente por Gutiérrez-Gil et al. 
(2009), sugiere la confirmación de dicho efecto e indicaría la conveniencia de centrar 
esfuerzos en el mapeo fino de dicha región. 
 
REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS 
• Bishop S.C. & Stear M.J. 2000. Parasitology, 121: 435-440. • Crawford A.M., Paterson K.A., Dodds K.G., Diez 
Tascon C., Williamson P.A., Roberts Thomson M., et al. 2006. BMC Genomics 18:178. • Filangi O., Moreno C., 
Gilbert H., Legarra A., Le Roy P., Elsen J.M. 2010. Proceedings of the 9th World Congress on Genetics Applied 
to Livestock Production: 1-6 August; Leipzig. • García-Gámez E., Sahana G., Gutiérrez-Gil B., Arranz JJ. 2012. 
BMC Genet.13:43. • Gutiérrez-Gil B., Pérez J., Alvarez L., Martínez-Valladares M., de la Fuente L.F., Bayón Y., 
Meana A., San Primitivo F., Rojo-Vázquez F.A., Arranz J.J. 2009. Genet Sel Evol. 28;41:46. • Lander E.S., 
Botstein D. 1989. Genetics 121: 185–99. • MAFF (Ministry of Agriculture, Fisheries and Food). 1986. Manual of 
Veterinary Parasitological Laboratory Techniques, 3rd edn. London, GB. • Marshall K., Maddox J.F., Lee S.H., 
Zhang Y., Kahn L., Graser H.U. et al. 2009. Anim Genet. 40: 262-72. • McKellar Q.A., Duncan J.L., Armour J., & 
McWilliam P. 1986. Res Vet Sci 40, 367-371. • Smith W.D., Jackson F., Jackson E., & Williams J. 1985. Journal 
of Comparative Pathology 95, 235-245. • Stear M.J., Bishop S.C., Doligalska M., Duncan J.L., Holmes P.H., Irvine 
J., McCririe L., McKellar Q.A., Sinski E., Murray M. 1995. Parasite Immunol. 17: 643–652. • Ziegler I.R., König 
F.P. 2010. A Statistical Approach to Genetic Epidemiology: Concepts and Applications. 2nd Ed. Wiley-Blackwell. 
 
Agradecimientos: Este trabajo está financiado por los proyectos LE245- A12-2 financiado 
por la Junta de Castilla y León y NematodeSystemHealth-Initial Training Network de la 
Comisión Europea. M.A. Está financiada por el proyecto NematodeSystemHealth-Initial 
Training Network. 
 
A GENOME SCAN WITH THE OVINE 50K SNP-CHIP FOR THE DETECTION OF QTL 
INFLUENCING RESISTANCE TO GASTROINTESTINAL NEMATODES IN SPANISH 
CHURRA SHEEP: LINKAGE ANALYSIS FOR FAECAL EGG COUNT. 
 
ABSTRACT: Infections with gastrointestinal nematodes (GIN) remain one of the most 
prevalent parasitic diseases causing major economic losses in the sheep industries 
worldwide. In the last years, the increasing prevalence of resistance to anthelmintic has led 
to the search for alternative control methods such as selective breeding for increased GIN 
resistance. This study presents a linkage analysis for detection of QTL for faecal egg count 
(FEC), the traditional indicator trait commonly used to assess the level of GIN by the number 
of eggs per gram of faeces, in a commercial population of Spanish Churra sheep. The 
resource population included 596 adult ewes from 21 flocks and 15 half-sib families of the 
selection nucleus of the Churra sheep breeding programme. Faecal samples were collected 
from the studied animals for which genotypes for the Illumina OvineSNP50 BeadChip were 
already available. Chromosome-wise significant QTL were detected on chromosomes 4, 6, 8 
and 25. The QTL identified on the first two of these chromosomes showed interesting 
coincidences with QTL previously reported in sheep for indicators of resistance to GIN. The 
results reported here suggest that the most significant QTL previously reported for FEC in 
Churra sheep by a microsatellite-based genome scan, on chromosome 6, is confirmed in the 
new analysed population. 
 
Keywords: sheep, gastrointestinal nematode infection, resistance, QTL, linkage 
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