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B iología molecular y citogenética 2.ª edición revisada y ampliada Consulte nuestra página web: www.sintesis.com En ella encontrará el catálogo completo y comentado B iología molecular y citogenética María Soledad Aguilar Segura 2.ª edición revisada y ampliada Imágenes cortesía del Centro Inmunológico de Alicante: 4.6, 4.8, 4.9, 4.10, 4.11, 5.1, 5.2, 6.4, 6.5, 6.6, 6.7, 6.9, 6.11, 6.14, 6.20, 6.21, 6.22, 7.7, 7.11, 7.12, 7.13, 7.14, 8.3, 8.4, 8.5, 8.8, 9.3, 9.4, 9.5, 9.18 © María Soledad Aguilar Segura © EDITORIAL SÍNTESIS, S. A. Vallehermoso, 34. 28015 Madrid Teléfono 91 593 20 98 http://www.sintesis.com ISBN: 978-84-9077-349-9 Depósito Legal: M-10.552-2019 Impreso en España - Printed in Spain Reservados todos los derechos. Está prohibido, bajo las sanciones penales y el resarcimiento civil previstos en las leyes, reproducir, registrar o transmitir esta publicación, íntegra o parcialmente, por cualquier sistema de recuperación y por cualquier medio, sea mecánico, electrónico, magnético, electroóptico, por fotocopia o por cualquier otro, sin la autorización previa por escrito de Editorial Síntesis, S. A. Índice Índice PRESENTACIÓN .............................................................................................................................................................. 13 Parte I FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR Y LA CITOGENÉTICA 1. FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR ............................................... 17 Objetivos ................................................................................................................................................................... 17 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 18 Glosario ...................................................................................................................................................................... 19 1.1. Introducción: las células procariota y eucariota ............................................................ 19 1.2. Ácidos nucleicos ................................................................................................................................. 20 1.3. ADN ............................................................................................................................................................. 23 1.4. ARN .............................................................................................................................................................. 25 1.4.1. Tipos de ARN ........................................................................................................................... 26 1.5. Propiedades físicas del ADN relacionadas con las técnicas de biología molecular ...................................................................................................................... 27 1.6. Características funcionales del ADN ....................................................................................... 29 1.6.1. Replicación o duplicación del ADN ............................................................................... 30 1.6.2. Transcripción ............................................................................................................................ 31 1.6.3. Traducción ................................................................................................................................ 32 1.7. La información genética. La estructura de los genes .................................................. 33 1.8. Organización del genoma humano ...................................................................................... 35 6 Biología molecular y citogenética índice 1.9. Regulación de la expresión génica .......................................................................................... 37 1.10. Enzimas asociadas a los ácidos nucleicos ........................................................................... 38 1.11. Mutaciones y polimorfismos ....................................................................................................... 39 1.11.1. Mutaciones .............................................................................................................................. 40 1.11.2. Polimorfismos ......................................................................................................................... 41 1.12. ADN plasmídico .................................................................................................................................. 42 Resumen ..................................................................................................................................................................... 42 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 43 Supuesto práctico ................................................................................................................................................ 44 Lee y debate en clase ....................................................................................................................................... 44 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 45 2. FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS DE LA CITOGENÉTICA .................................................................. 49 Objetivos ................................................................................................................................................................... 49 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 50 Glosario ...................................................................................................................................................................... 51 2.1. Cromosomas: organización cromosómica y estructura .............................................. 51 2.1.1. Número de cromosomas .................................................................................................... 51 2.1.2. Leyes que cumplen los cromosomas ............................................................................. 52 2.1.3. Proteínas cromosómicas ...................................................................................................... 53 2.1.4. Estados de condensación de los cromosomas ......................................................... 53 2.1.5. Componentes de los cromosomas ................................................................................. 56 2.1.6. Tipos de cromosomas humanos ...................................................................................... 58 2.1.7. Autosomas y cromosomas sexuales ............................................................................... 58 2.1.8. Diferencia entre los cromosomas X e Y de mamíferos ............................................ 58 2.1.9. Heterocromatina y eucromatina ....................................................................................... 60 2.2. Ciclo celular ............................................................................................................................................ 61 2.2.1. Interfase ...................................................................................................................................... 62 2.2.2. Fase de división celular o fase M ..................................................................................... 62 2.3. Nomenclatura básica en genética ...........................................................................................71 Resumen ..................................................................................................................................................................... 71 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 72 Supuesto práctico ................................................................................................................................................ 73 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 73 Parte II TÉCNICAS CITOGENÉTICAS 3. ORGANIZACIÓN DEL LABORATORIO DE CITOGENÉTICA ..................................................................... 77 Objetivos ................................................................................................................................................................... 77 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 78 Glosario ...................................................................................................................................................................... 79 3.1. Introducción .......................................................................................................................................... 79 3.2. Organigrama ......................................................................................................................................... 79 3.3. Personal .................................................................................................................................................... 81 3.4. Personal técnico .................................................................................................................................. 81 3.4.1. Funciones del personal técnico ....................................................................................... 81 7Biología molecular y citogenética índice 3.4.2. Formación del personal técnico ...................................................................................... 82 3.5. Procedimientos de laboratorio ................................................................................................. 82 3.6. Instalaciones .......................................................................................................................................... 83 3.6.1. Área técnica ............................................................................................................................. 83 3.6.2. Área de estudio de los cromosomas ............................................................................. 85 3.7. Equipos del laboratorio de citogenética ............................................................................ 86 3.7.1. Equipamiento mínimo .......................................................................................................... 86 3.7.2. Equipamiento opcional ....................................................................................................... 89 3.8. Materiales y reactivos ....................................................................................................................... 90 3.9. Medios y aditivos ................................................................................................................................ 92 3.9.1. Sistemas tampón .................................................................................................................... 93 3.9.2. Sueros y sustitutos .................................................................................................................. 93 3.9.3. Agentes mitógenos ............................................................................................................... 94 3.10. Esterilidad en el laboratorio de citogenética ................................................................... 94 3.10.1. Procedimientos que pueden originar la contaminación de los cultivos ....... 94 3.10.2. Manipulación de muestras en condiciones de esterilidad ................................. 95 3.10.3. Esterilización .......................................................................................................................... 97 3.10.4. Antibióticos y fungicidas .................................................................................................. 98 3.10.5. Fuentes de contaminación ............................................................................................... 98 3.10.6. Procedimientos en caso de contaminación .............................................................. 99 3.11. Seguridad en los laboratorios de citogenética ............................................................... 100 3.11.1. Protocolos de actuación en caso de accidente ...................................................... 102 3.12. Gestión de residuos .......................................................................................................................... 102 3.12.1. Gestión de residuos químicos ....................................................................................... 102 3.12.2. Gestión de residuos biosanitarios ............................................................................... 103 Resumen ..................................................................................................................................................................... 104 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 105 Práctica 3.1 .............................................................................................................................................................. 106 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 107 4. TÉCNICAS DE OBTENCIÓN DE CROMOSOMAS .............................................................................. 109 Objetivos ................................................................................................................................................................... 109 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 110 Glosario ...................................................................................................................................................................... 110 4.1. Introducción .......................................................................................................................................... 111 4.2. Técnicas de obtención y mantenimiento de los cultivos .......................................... 112 4.2.1. Tipos de cultivos celulares ................................................................................................. 112 4.2.2. Determinación del número y viabilidad celular ......................................................... 113 4.2.3. Muestras para análisis cromosómico .............................................................................. 113 4.3. Cultivo de linfocitos de sangre periférica para estudios citogenéticos constitucionales .................................................................................................. 114 4.3.1. Condiciones preanalíticas de las muestras ................................................................. 115 4.3.2. Siembra de la muestra .......................................................................................................... 116 4.3.3. Técnicasde cultivos y obtención de los cromosomas ............................................ 119 4.3.4. Técnicas de obtención de las extensiones ................................................................... 122 4.3.5. Tinción con Giemsa ............................................................................................................... 125 4.4. Técnicas de bandeo cromosómico ......................................................................................... 126 4.4.1. Bandas GTG ............................................................................................................................. 126 4.4.2. Bandas CBG .............................................................................................................................. 127 4.4.3. Bandas NOR ............................................................................................................................ 128 8 Biología molecular y citogenética índice 4.5. Cultivo de linfocitos sincronizados. Cariotipo de alta resolución ....................... 130 4.6. Cultivo celular en diagnóstico prenatal ................................................................................ 131 4.6.1. Cultivo celular de fibroblastos de líquido amniótico .............................................. 131 4.6.2. Cultivo de vellosidades coriales ....................................................................................... 137 4.6.3. Cultivo celular de sangre procedente del cordón umbilical fetal ...................... 139 Resumen ..................................................................................................................................................................... 139 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 140 Práctica 4.1 .............................................................................................................................................................. 141 Práctica 4.2 .............................................................................................................................................................. 143 Práctica 4.3 .............................................................................................................................................................. 144 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 146 5. ANÁLISIS CROMOSÓMICO. CARIOTIPO HUMANO ....................................................................... 149 Objetivos ................................................................................................................................................................... 149 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 150 Glosario ...................................................................................................................................................................... 150 5.1. Introducción .......................................................................................................................................... 151 5.2. Clasificación de los cromosomas .............................................................................................. 151 5.3. Constitución cromosómica ........................................................................................................... 152 5.4. Identificación de los cromosomas bandeados .............................................................. 152 5.4.1. Idiograma ................................................................................................................................... 153 5.4.2. Nivel de resolución de los cromosomas ...................................................................... 154 5.4.3. Identificación de los cromosomas con bandas C y NOR ...................................... 155 5.5. Cromatina sexual ................................................................................................................................. 155 5.6. Métodos de análisis cromosómico .......................................................................................... 156 5.6.1. Análisis directo al microscopio ........................................................................................ 157 5.6.2. Equipos cariotipadores ....................................................................................................... 157 5.6.3. Localización de las metafases apropiadas para análisis ......................................... 159 5.6.4. Buscador automático de metafases ................................................................................ 159 5.6.5. Análisis cromosómico .......................................................................................................... 160 5.6.6. Artefactos y alteraciones cromosómicas originadas por el cultivo ........................ 163 5.7. Cariotipo: definición y uso ............................................................................................................ 164 5.8. Estudios de alta resolución .......................................................................................................... 164 5.9. Nomenclatura citogenética .......................................................................................................... 165 5.9.1. Fórmula cromosómica .......................................................................................................... 167 5.10. Indicaciones para estudio de cariotipos ............................................................................. 167 5.11. Polimorfismos cromosómicos que afectan a las regiones heterocromáticas .... 168 Resumen ..................................................................................................................................................................... 168 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 169 Práctica 5.1 .............................................................................................................................................................. 170 Práctica 5.2 .............................................................................................................................................................. 171 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 171 6. ANOMALÍAS CROMOSÓMICAS. APLICACIONES DIAGNÓSTICAS DE LAS TÉCNICAS CITOGENÉTICAS ............................... 175 Objetivos ................................................................................................................................................................... 175 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 176 Glosario ...................................................................................................................................................................... 177 6.1. Introducción .......................................................................................................................................... 177 9Biología molecular y citogenética índice 6.2. Clasificación de las anomalías cromosómicas ................................................................... 178 6.3. Anomalías numéricas ........................................................................................................................178 6.3.1. Euploidías ................................................................................................................................. 178 6.3.2. Tetraploidía ............................................................................................................................... 179 6.3.3. Aneuploidías ............................................................................................................................ 180 6.4. Anomalías estructurales .................................................................................................................. 184 6.4.1. Translocaciones ....................................................................................................................... 185 6.4.2. Inserciones ................................................................................................................................ 187 6.4.3. Inversiones ................................................................................................................................ 187 6.4.4. Deleciones ................................................................................................................................ 188 6.4.5. Duplicaciones .......................................................................................................................... 189 6.4.6. Cromosomas en anillo .......................................................................................................... 190 6.4.7. Isocromosomas ....................................................................................................................... 191 6.4.8. Cromosomas marcadores y microcromosomas ......................................................... 191 6.5. Mosaicismos y quimeras ................................................................................................................. 192 6.6. Anomalías de los cromosomas sexuales .............................................................................. 193 6.6.1. Anomalías numéricas de los cromosomas sexuales ................................................ 193 6.6.2. Síndrome de Turner 45,X0. Disgenesia ovárica .......................................................... 194 6.6.3. Síndrome del triple-X ........................................................................................................... 195 6.6.4. Mujeres 48,XXXX y mujeres 49,XXXXX .......................................................................... 195 6.6.5. Síndrome de Klinefelter ....................................................................................................... 196 6.6.6. Síndrome de Fracaro 49,XXXXY ....................................................................................... 196 6.6.7. Síndrome 47,XYY .................................................................................................................... 196 6.6.8. Anomalías estructurales de los cromosomas sexuales ............................................ 197 6.7. Nomenclatura cromosómica de las alteraciones cromosómicas ......................... 198 6.8. Aplicaciones diagnósticas de las técnicas citogenéticas .......................................... 199 Resumen ..................................................................................................................................................................... 199 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 200 Supuesto práctico ................................................................................................................................................ 202 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 202 Parte III TÉCNICAS DE HIBRIDACIÓN DEL ADN Y DE LA CITOGENÉTICA MOLECULAR 7. TÉCNICAS DE HIBRIDACIÓN DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS ....................................................... 207 Objetivos ................................................................................................................................................................... 207 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 208 Glosario ...................................................................................................................................................................... 209 7.1. Introducción .......................................................................................................................................... 209 7.2. Técnica de hibridación de los ácidos nucleicos ............................................................. 209 7.2.1. Sondas ........................................................................................................................................ 211 7.2.2. Métodos de marcaje de las sondas ................................................................................ 211 7.2.3. Procedimiento de hibridación .......................................................................................... 215 7.3. Hibridación in situ ............................................................................................................................. 217 7.4. Hibridación fluorescente in situ (FISH) .................................................................................. 218 7.4.1. Tipos de sondas utilizadas en FISH convencional .................................................... 219 7.4.2. Técnicas derivadas de la FISH convencional ............................................................... 222 7.4.3. Protocolo de la técnica de FISH ....................................................................................... 224 7.4.4. Aplicaciones, ventajas y limitaciones de las técnicas de FISH ............................ 226 10 Biología molecular y citogenética índice 7.5. Técnicas de hibridación y transferencia de ácidos nucleicos en soporte sólido ............................................................................................................................... 227 7.5.1. Hibridación genómica comparada ................................................................................. 227 7.5.2. Array-CGH ................................................................................................................................ 229 7.5.3. Southern blot .......................................................................................................................... 233 7.5.4. Northern blot ........................................................................................................................... 234 7.5.5. Técnicas de dot blot, sus variantes y la técnica de captura de híbrido ........... 235 7.6. FICTION ..................................................................................................................................................... 239 Resumen ..................................................................................................................................................................... 239 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 240 Supuestos prácticos ........................................................................................................................................... 241 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 241 Parte IV TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR 8. ORGANIZACIÓN DE LOS LABORATORIOS DE BIOLOGÍA MOLECULAR........................... 247 Objetivos ................................................................................................................................................................... 247 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 248 Glosario ...................................................................................................................................................................... 248 8.1. Introducción .......................................................................................................................................... 249 8.2. Organización y funciones del laboratorio de biología molecular ....................... 249 8.2.1. Personal ...................................................................................................................................... 250 8.2.2. Procesos que se realizan y personal encargado ....................................................... 252 8.3. Equipamiento ........................................................................................................................................ 253 8.4. Materiales y reactivos ..................................................................................................................... 254 8.5. Áreas de trabajo, tareas y equipos ......................................................................................... 255 8.5.1. Área de preamplificación pre-PCR .................................................................................. 255 8.5.2. Área de amplificación. Termocicladores convencionales y de gradiente, y para PCR cuantitativa a tiempo real ................................................................................. 256 8.5.3. Área de post-amplificación o análisis ............................................................................ 257 8.5.4. Área neutra ................................................................................................................................ 258 8.6. Normas de trabajo en el laboratorio de biología molecular .................................. 259 8.6.1. Normas específicas del laboratorio de biología molecular .................................. 260 8.6.2. Normas en la utilización de los equipos ...................................................................... 261 8.7. Fuentes de contaminación ........................................................................................................... 262 8.8. Seguridad ................................................................................................................................................. 262 8.8.1. Riesgo debido a la exposición a agentes físicos ....................................................... 263 8.8.2. Riesgo debido a la exposición a agentes químicos ................................................. 263 8.8.3. Riesgo debido a la exposición a agentes biológicos .............................................. 265 8.8.4. Normas de seguridad generales referidas a la forma de trabajo ....................... 266 8.8.5. Señalización de los riesgos ................................................................................................ 267 8.9. Gestión de residuos .......................................................................................................................... 268 8.10. Calidad y uso eficiente de los recursos .............................................................................. 269 8.10.1. Equipos y utensilios ............................................................................................................ 269 8.10.2. Materiales y productos ...................................................................................................... 269 8.10.3. Productos químicos de desinfección y limpieza ................................................... 270 8.10.4. Agua .......................................................................................................................................... 270 8.10.5. Papel ......................................................................................................................................... 271 8.10.6. Energía ...................................................................................................................................... 271 11Biología molecular y citogenética índice Resumen ..................................................................................................................................................................... 272 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 272 Práctica 8.1 .............................................................................................................................................................. 273 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 275 9. TÉCNICAS DE EXTRACCIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS. PCR Y ELECTROFORESIS ......... 277 Objetivos ................................................................................................................................................................... 277 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 278 Glosario ...................................................................................................................................................................... 278 9.1. Introducción .......................................................................................................................................... 279 9.2. Técnicas de extracción de ADN/ARN en sangre periférica, biopsias y tejidos .. 279 9.2.1. Muestras ..................................................................................................................................... 279 9.2.2. Fundamento de las técnicas de extracción ................................................................. 280 9.2.3. Técnicas manuales de extracción del ADN ................................................................. 282 9.2.4. Kits de extracción del ADN ................................................................................................ 284 9.2.5. Sistemas automáticos de extracción de ácidos nucleicos .................................... 286 9.2.6. Técnicas de extracción de ARN ....................................................................................... 287 9.3. Cuantificación y calidad del ADN/ARN extraído .............................................................. 290 9.4. PCR ............................................................................................................................................................... 292 9.4.1. Componentes para la realización de la PCR ................................................................ 293 9.4.2. Etapas de la PCR ...................................................................................................................... 294 9.4.3. Purificación del producto de PCR .................................................................................... 296 9.4.4. Problemas que se pueden presentar en la PCR .......................................................... 298 9.5. Técnicas variantes de la PCR ......................................................................................................... 299 9.5.1. Nested PCR o PCR anidada ................................................................................................. 2999.5.2. Multiplex PCR ........................................................................................................................... 300 9.5.3. PCR a tiempo real o PCR cuantitativa ............................................................................... 300 9.5.4. Técnica del MLPA ................................................................................................................... 302 9.5.5. Técnica de PCR con transcripción inversa (RT-PCR) ................................................... 304 9.6. Electroforesis de ADN ...................................................................................................................... 304 9.6.1. Electroforesis capilar ............................................................................................................. 308 Resumen ..................................................................................................................................................................... 309 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 309 Práctica 9.1 .............................................................................................................................................................. 310 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 311 10. MÉTODOS DE CLONACIÓN Y SECUENCIACIÓN DEL ADN ........................................................ 315 Objetivos ................................................................................................................................................................... 315 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 316 Glosario ...................................................................................................................................................................... 316 10.1. Introducción .......................................................................................................................................... 317 10.2. Clonación del ADN ........................................................................................................................... 317 10.2.1. Tipos de clonación y fases del procedimiento de clonación ............................ 317 10.3. Secuenciación de ADN ................................................................................................................... 323 10.3.1. Método de secuenciación de Maxam y Gilbert ....................................................... 324 10.3.2. Método de secuenciación de Sanger y Coulson ..................................................... 325 10.3.3. Secuenciación automática de primera generación ................................................. 327 10.3.4. Otros análisis realizados con el secuenciador: análisis de fragmentos ........... 328 10.4. Secuenciación de última generación o secuenciación masiva o NGS ............. 329 12 Biología molecular y citogenética índice 10.4.1. Sistemas de clonación del ADN para secuenciación ............................................. 330 10.4.2. Reacciones de secuenciación .......................................................................................... 332 10.5. Secuenciación de 3.ª generación ............................................................................................ 334 10.5.1. Secuenciación Ion Torrent ................................................................................................. 335 10.5.2. Secuenciación por nanoporos ........................................................................................ 335 10.5.3. Análisis de los datos obtenidos por secuenciación masiva ................................ 336 10.6. Secuenciación de ARN .................................................................................................................... 337 10.7. Bioinformática: análisis de bases de datos de ADN y proteínas ........................... 337 10.7.1. Bases de datos ....................................................................................................................... 338 Resumen ..................................................................................................................................................................... 340 Ejercicios propuestos ........................................................................................................................................ 341 Supuesto práctico ................................................................................................................................................ 342 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 342 11. APLICACIÓN CLÍNICA DE LAS TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULAR ............................... 345 Objetivos ................................................................................................................................................................... 345 Mapa conceptual ................................................................................................................................................. 346 Glosario ...................................................................................................................................................................... 346 11.1. Aplicaciones de los estudios genéticos en el diagnóstico clínico ..................... 347 11.2. Aplicación de los estudios genéticos .................................................................................... 347 11.2.1. Consideraciones en los estudios genéticos ............................................................... 349 11.3. Aplicaciones en el diagnóstico posnatal ........................................................................... 350 11.3.1. Aplicaciones en neonatología y pediatría .................................................................. 350 11.3.2. Aplicaciones en endocrinología ..................................................................................... 353 11.3.3. Aplicaciones en el diagnóstico de enfermedades neurodegenerativas ........ 355 11.3.4. Aplicaciones en el diagnóstico de enfermedades cardiovasculares .............. 356 11.3.5. Aplicaciones en el diagnóstico de enfermedades metabólicas ....................... 357 11.3.6. Aplicaciones en el diagnóstico de infertilidad ....................................................... 358 11.4. Aplicaciones en el diagnóstico prenatal ............................................................................. 360 11.4.1. Diagnóstico prenatal invasivo ........................................................................................... 361 11.4.2. Diagnóstico prenatal no invasivo .................................................................................... 362 11.4.3. Aplicaciones en el diagnóstico preimplantacional ................................................. 363 11.5. Aplicaciones en el diagnóstico molecular microbiológico .................................... 364 11.6. Aplicaciones en medicina legal y forense ........................................................................... 366 11.7. Aplicaciones en farmacogenómica ......................................................................................... 368 11.8. Genética y cáncer .............................................................................................................................. 369 11.8.1. Mecanismos de transformación de células normales en células tumorales .. 369 11.8.2. Tipos de cáncer .....................................................................................................................372 11.8.3. Oncohematología ................................................................................................................. 375 Resumen ..................................................................................................................................................................... 377 Ejercicios propuestos ....................................................................................................................................... 377 Supuestos prácticos ........................................................................................................................................... 378 Test de autoevaluación ..................................................................................................................................... 378 Anexo 7.1. Hibridación in situ cromogénica (CISH) ............................................................................. 381 Anexo 9.1. Pretratamiento de diferentes muestras biológicas previo a la extracción de los ácidos nucleicos ............................................................................................................................. 383 Anexo 9.2. Métodos de detección de la hibridación de la fluorescencia en la técnica de PCR a tiempo real ................................................................................................................................... 387 Anexo 10.1. Plataformas de secuenciación: Illumina y SOLID ........................................................ 391 2 Fundamentos biológicos de la citogenética 3 Comprender la organización y estructura de los cromosomas. 3 Conocer el número de cromosomas. 3 Aprender las leyes que cumplen los cromosomas. 3 Analizar las características de las proteínas cromosómicas. 3 Identificar cada uno de los tipos de cromosomas. 3 Reconocer la función de los cromosomas. 3 Definir las propiedades de la heterocromatina y la eucromatina. 3 Diferenciar entre los cromosomas X e Y en los mamíferos. 3 Describir las diferentes fases del ciclo celular. 3 Señalar las similitudes y diferencias entre mitosis y meiosis. Objetivos 50 ParTe I. FundamenTos de La bIoLoGÍa moLecuLar Y La cIToGenÉTIca caPÍTuLo 2 Mapa conceptual Cromosomas Ciclo celular Estructura Interfase Mitosis Componentes Proteínas Función de los cromosomas Número Fase de división Citocinesis Meiosis Tipos de cromosomas Estados de condensación Heterocromatina y eucromatina Leyes que cumplen Autosomas y cromosomas sexuales Territorios cromosómicos FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS DE LA CITOGENÉTICA 51FundamenTos bIoLÓGIcos de La cIToGenÉTIca caPÍTuLo 2 2.1. Cromosomas: organización cromosómica y estructura Cada célula humana contiene 46 cromosomas, y cada cromoso- ma está formado por una hebra de ADN asociado a proteínas. El conjunto de los 46 cromosomas situados en el interior del núcleo se denomina cromatina. Los cromosomas eucariontes son entidades dinámicas cuya apariencia varía a lo largo del ciclo celular (figura 2.1). 2.1.1. Número de cromosomas El número de cromosomas y la estructura varían de una especie a otra. Las células procariotas tienen un único cromosoma circular, sin embargo, las células eucariotas tienen varios cromo- somas lineales en el interior de su núcleo. El número de cromosomas y contenido de ADN en un organismo eucariota es el mismo en todas sus células somáticas (diploides) y se reduce a la mitad en sus gametos (espermatozoides y óvulos) (haploides). Figura 2.1 Estados de condensación de los cromosomas Doble hélice de ADN Nucleosoma Cromosoma metafásico Fundamental Los cromosomas son estructuras dinámicas, ya que cambian de nivel de condensación a lo largo del ciclo celular. Cada cromosoma está formado por una de las hebras de ADN unida a proteínas. El conjunto de cromosomas en el interior del núcleo forman la cromatina. Azoospermia. Alteración caracterizada por la disminución del número de espermato- zoides. Cromátide. Hebra de ADN duplicada antes de la división celular. Histonas. Proteínas cromosómicas de bajo peso molecular, de carácter ácido que con- tribuyen al plegamiento del ADN. Interfase celular. Etapa entre dos divisiones celulares. Organizadores nucleolares. Estructuras que inducen la formación de los nucléolos. Región pseudoautosómica. Región común de los cromosomas X e Y. Glosario 52 Parte I. Fundamentos de la bIología molecular y la cItogenétIca caPítulo 2 l Las células diploides son aquellas que contienen 2n cromosomas; cada uno de los cromosomas de cada pareja se denominan cromosomas homólogos y proceden cada uno de uno de los progenitores (cromosoma paterno y cromosoma materno). En humanos, el genoma nuclear se encuentra distribuido en 23 parejas de cromosomas. De estas 23 parejas, 22 de ellas se denominan autosomas (1-22). La pareja 23 corres- ponde a los cromosomas sexuales o gonosomas; en el hombre hay un cromosoma sexual X y un cromosoma sexual Y, mientras que en las mujeres hay dos cromosomas X. l Las células haploides solo poseen una serie de cromosomas, todos diferentes entre sí. El número haploide de cromosomas se representa por (n). En la serie haploide hay un solo gen para cada carácter. Los gametos (óvulos y espermatozoides) son células haploides. Se forman a partir de ciertas células somáticas en el ovario y testículos que se someten a una forma especializada de la división celular llamada meiosis, que sirve para reducir el número de cromosomas a la mitad. Los gametos masculinos pueden tener un cromoso- ma X o Y, pero los gametos femeninos siempre tendrán un cromosoma X. A partir de esa primera célula diploide sufrirá múltiples divisiones celulares hasta formar el organismo maduro. 2.1.2. Leyes que cumplen los cromosomas Los cromosomas siguen las siguientes leyes: l Constancia numérica. Todas las células de un individuo de la misma especie tienen el mis- mo número de cromosomas, y este número se mantiene constante a lo largo de toda la vida de esa célula. l El número de cromosomas es siempre par. Cada pareja de cromosomas se denominan entre sí cromosomas homólogos. l El tamaño y la forma del cromosoma metafásico son constantes. Cada cromosoma tiene un tamaño y una forma característica. No obstante, los cromosomas varían su estado de condensación a lo largo del ciclo celular. l Individualidad de los cromosomas. Los cromosomas son estructuras individualizadas, no están unidos unos a otros. Actividades propuestas 2.1. Responde a las siguientes cuestiones: a) ¿Qué son los cromosomas? b) ¿Qué diferencia existe entre haploide y diploide? c) Si una célula tiene n cromosomas, ¿es haploide o diploide? 2.2. Elabora un cuadro donde se recoja el número de cromosomas del ser humano, del caballo, del perro y de la mosca. Tras analizarlo, ¿crees que es correcto afirmar que, a mayor número de cromosomas, más evolucionado es un organismo? 53Fundamentos biológicos de la citogenética capítulo 2 2.1.3. Proteínas cromosómicas Las proteínas que se unen a la cadena de ADN para formar los cromosomas son de dos tipos: histonas y no histonas. Las histonas son las más abundantes, son proteínas relativamente peque- ñas. Existen 5 grupos principales de histonas: H1, H2A, H2B, H3 y H4. Se trata de proteínas que presentan cargas positivas que les permite atraer las cargas negativas de los grupos fosfato del ADN, aportando estabilidad al cromosoma. Tienen una función básicamente estructural. El resto de las proteínas no histonas son muy heterogéneas y tienen funciones muy diver- sas, como, por ejemplo, contribuir al ensamblaje y plegamiento del cromosoma, formar estruc- turas como el cinetocoro (lugar de unión de la fibras del huso acromático durante la mitosis), cubrir los extremos de los cromosomas, formar parte de la maquinaria de la replicación del ADN (polimerasa, helicasa, primasas) y participar en la regulación de la transcripción. 2.1.4. Estados de condensación de los cromosomas El núcleo de las células eucariotastiene un diámetro de aproximadamente 10 µm, y en su in- terior se encuentran los cromosomas. Si se considera que el genoma humano está compuesto aproximadamente por 6,5 x 109 bp y cada par de bases mide alrededor de 0,34 nm, la longitud total del genoma es aproximadamente 2 metros de longitud. ¿Cómo se empaqueta el ADN en el interior del núcleo para que sea a la vez accesible a enzimas y factores de transcripción? Para la condensación de los cromosomas, la cadena de ADN se asocia a proteínas histónicas y no histónicas, presentando varios grados de condensación: l Fibra de 10 nm, estructura de “collar de cuen- tas”. Es el nivel mínimo de organización de la cromatina. Cuando se observan los nú- cleos en interfase mediante técnicas de mi- croscopia electrónica, la cromatina aparece como una fibra de 10 nm con aspecto de “collar de cuentas” (figura 2.2). Cada cuenta corresponde a una subunidad esférica denominada nucleosoma. Cada nu- cleosoma está formada por un fragmento de ADN que contiene 146 (pb), este fragmento da aproximadamente 1,75 vueltas alrededor de una estructura globular formada por ocho moléculas de histonas (dos subunidades de las histonas H2A, H2B, H3 y H4) y un fragmento de ADN de 60 pb (ADN ligador), que interac- ciona con la histona H1 (figura 2.3). La histona H1 (histona de unión) no forma parte del nu- cleosoma pero desempeña un papel importante en su estructura, ya que conecta una partícula del núcleo del nucleosoma con la siguiente (fi- gura 2.3). De esa forma se reduce la longitud de la molécula de ADN en una sexta parte. Figura 2.3 El ADN se une al octámero de histonas para formar el nucleosoma Octámero de histonas H1 ADN Cola de histonas Figura 2.2 Estructura de “collar de cuentas” de la cromatina 54 Parte I. Fundamentos de la bIología molecular y la cItogenétIca caPítulo 2 Cada proteína histona del octámero tiene una cola de aminoácidos con cargas positivas (17-37 aminoácidos) que se extienden fuera del nucleosoma (figura 2.3). Estas cargas positivas interaccionan con las cargas negativas de los fosfatos del ADN estabilizando la estructura del nucleosoma, lo que contribuye a la compactación del ADN. En los espermatozoides el empaquetamiento del ADN se consigue con una clase alternativa de proteínas básicas pequeñas conocidas como protaminas. l Fibra de 30 nm. Es el segundo nivel de plegamiento del ADN, que es la que se observa en núcleos en interfase (figura 2.4). El filamento nucleosómico se enrolla en forma he- licoidal permitiendo una compactación de otras 6-7 veces. Se denomina solenoide. l Fibra de 250 nm. El siguiente nivel en la estructura de la cromatina es una serie de bucles o asas muy amplias formados por fibras de 30 nm superenrolladas. Cada uno de los bu- cles está anclado en su base a proteínas pertenecientes al armazón proteico (figura 2.5). Cada bucle contiene entre 20.000 y 100.000 pb y mide aproximadamente 30 nm de longitud. l Hebra de 700 nm. El enrollamiento de la fibra de 250 nm origina el cromosoma mitóti- co; durante la metafase cada cromátide individual mide alrededor de 700 nm de espesor. La sección del cromosoma con las dos cromátides presenta un espesor de 1.400 nm. En la figura 2.6 se representan los diferentes niveles de compactación de la cro- matina. Figura 2.4 Fibra de cromatina de 30 nm Fuente: www.laborjournal.de Secuencias de ADN específicas de unión a proteínas H1 H1 30 nm Nucleosoma Doble hélice de ADN 2 nm Nucleosomas 10 nm Solenoide 30 nm Lazos o bucles 250 nm Sección condensada del cromosoma 700 nm Cromosoma mitótico 1.400 nm Figura 2.6 Representación de los diferentes niveles de organización de la cromatina Fuente: Albert et al., Essential Cell Biology, 1998 Figura 2.5 Fibra de 250 nm o dominios en forma de asas ancladas a un armazón proteico Fuente: Paulson, J. M., U. K. Laemmli, Cell, 12:823,1977 55Fundamentos biológicos de la citogenética capítulo 2 El nivel de menor condensación del cromosoma corresponde al núcleo en reposo, es decir, en un estado de no división. El nivel de máxima condensación corresponde al cromosoma durante la etapa de metafase durante la división celular. Toma noTa Fundamental Aunque el ADN debe empaquetarse en forma densa para poder estar localizado en el interior del núcleo celular, también debe desenrollarse durante los procesos de transcripción y replicación; por tanto, el nivel de compactación de la cromatina cambia en función de la actividad de los genes. La compactación del ADN depende de las interacciones entre el ADN y las histonas; las modificaciones químicas en las histonas que alteran la formación de los complejos ADN-histonas son la acetilación de las colas de las histonas, que reduce las cargas positivas de las colas de las histonas, la metilación y la fosforilación. Las histonas modificadas se encuentran con más frecuencia en las regiones donde hay una expresión genética activa. Actividades propuestas 2.3. Explica los distintos niveles de compactación de la cromatina hasta formar los cromo- somas metafásicos. 2.4. Cita los tipos de modificaciones químicas que se producen en las regiones en las que hay una expresión genética activa. ¿Cómo influyen estas modificaciones en la com- pactación del ADN? Para saber más Los cromosomas individuales ocupan territorios no superpuestos en un núcleo en interfase (figura 2.7). Los cromosomas humanos con mayor abundancia de genes se concentran en el centro del núcleo, en tanto que los cromosomas con menos genes se localizan hacia la envol- tura nuclear. Figura 2.7 Territorio ocupado por los cromosomas durante la interfase Fuente: http://desayunoconfotones.org 56 Parte I. Fundamentos de la bIología molecular y la cItogenétIca caPítulo 2 2.1.5. Componentes de los cromosomas Al microscopio óptico, los cromosomas metafásicos en el hombre se observan como cuerpos compactos y alargados en forma de bastoncillos. Se puede distinguir en ellos las siguientes partes: l Brazos del cromosoma. Consisten en dos brazos separados por un estrechamiento deno- minado centrómero. Al brazo largo se le designa como brazo “q” y al brazo corto como brazo “p” (figura 2.8). Los cromosomas metafásicos presentan dos cromátides hermanas unidas por el centrómero. l Centrómero. También se conoce como constricción primaria. Es una región estrecha del cromosoma que lo divide en brazo corto y brazo largo. En ella se unen las cromátides hermanas (cada una de las hebras de ADN duplicadas). Es esencial para distribución de los cromosomas durante la división celular. Los fragmentos cromosómicos que carecen de un centrómero (fragmentos acéntricos) no se unen al huso mitótico y, por tanto, no se incluyen en los núcleos de cualquiera de las células hijas. Están compuestos por cientos de kilobases de ADN satélite. Durante la división celular, al centrómero se ad- hiere una estructura proteica en forma de disco llamada cinetocoro, a la que se unen los filamentos del huso acromático durante la división celular. l Telómeros. Son unas estructuras especializadas que cubren los extremos de cromosomas eucarióticos a modo de “capuchones” (figura 2.8). Están formados por ADN y proteí- nas. El ADN de los telómeros en eucariotas presenta secuencias moderadamente largas (de 100 a 300 kb) de repeticiones en tándem de una secuencia simple del hexanucleó- tido (TTAGGG)n; esta estructura es muy similar a las de otras especies. Las funciones de los telómeros son las siguientes: – Conservar la integridad estructural de los cromosomas. Cuando se pierde un teló- mero, el extremo resultante del cromosoma es inestable, se vuelve “pegajoso”, tiene tendencia a fusionarse con los extremos de otros cromosomas rotos, o bien puede sufrir procesos de degradación. – Asegurar la replicación completa del ADN gracias a la acción de la telomerasa. – Situar al cromosoma en el núcleo. En algunas células, los extremos del cromosoma parecen atados a la envoltura nuclear a través de lostelómeros. l Constricciones secundarias. En algunos cromosomas puede observarse un segundo estre- chamiento llamado constricción secundaria (figura 2.8). Se encuentran en regiones es- pecíficas de determinados cromosomas. Figura 2.8 Componentes de los cromosomas metafásicos Brazo corto (p) Telómero Satélites Telómero Centrómero (constricción 1.ª) Constricción secundaria Cromátides hermanas Brazo largo (q) 57Fundamentos biológicos de la citogenética capítulo 2 l Satélites. Se trata de unas zonas redondeadas unidas al resto del cromosoma por una constricción secundaria de longitud variable (figura 2.8). Solo están presentes en un determinado tipo de cromosomas (acrocéntricos), aunque no todos los cromosomas acrocéntricos muestran satélites, varía de una persona a otra. La presencia y el tamaño de estos satélites en una persona se mantiene constante en todas sus células. Estas regiones contienen genes que codifican ARN ribosómico y corresponden a los organizadores nucleolares (estructuras que inducen la formación de los nucléolos) (NOR). l Orígenes de la replicación. Cuando una célula se va a dividir para formar otras dos células idénticas a ella, debe duplicar o replicar su ADN. En mamíferos, el inicio de la replica- ción del ADN está controlado por secuencias de decenas de kilobases de largo (orígenes de replicación) en múltiples sitios en todo el ADN (figura 2.9). Los telómeros son repeticiones del ADN en los extremos de los cromosomas, que les confieren estabilidad, los protegen de la degradación de las exonucleasas y “cuentan” las divisiones celulares. Toma noTa Figura 2.9 Orígenes de replicación ADN ETAPA INICIAL DE LA REPLICACIÓN Origen de replicación HEBRAS DE ADN HIJAS Actividades propuestas 2.5. Dibuja un cromosoma metafásico típico, señala los distintos componentes. 2.6. Responde a las siguientes cuestiones: a) ¿Qué le ocurre a un cromosoma que no tiene centrómero durante la división celular? b) ¿Cuáles son las funciones de los telómeros? c) ¿Qué son y qué función tienen los satélites? d) ¿Qué son los orígenes de replicación? 58 Parte I. Fundamentos de la bIología molecular y la cItogenétIca caPítulo 2 2.1.6. Tipos de cromosomas humanos La morfología de los cromosomas se observa mejor durante el estado de metafase y ana- fase, ya que en estos estados la condensación de los cromosomas es máxima. Todos los cro- mosomas tienen unos componentes comu- nes, pero según la posición del centrómero y el tamaño relativo de sus brazos (p y q) se pueden distinguir varios tipos de cromoso- mas (figura 2.10): l Metacéntricos: son aquellos cromoso- mas en los que el centrómero está situado en una posición central, en ellos los brazos p y q son del mismo tamaño. Son cromosomas metacén- tricos: 1, 3, 16, 19 y 20. l Submetacéntricos: son los cromosomas que tienen el centrómero en una posición lige- ramente fuera del centro; el brazo p es de mucha menor longitud que el brazo q. Son cromosomas submetacéntricos los cromosomas 2, 4-12, 17-18 y el X. l Acrocéntricos: son cromosomas cuyo centrómero se halla casi en la parte superior del cro- mosoma. No tienen brazos cortos o son muy pequeños. Son cromosomas acrocéntricos los cromosomas 13, 14, 15, 21, 22 y el Y. 2.1.7. Autosomas y cromosomas sexuales Las células somáticas humanas contienen 23 parejas de cro- mosomas que corresponden a 22 parejas de autosomas (1-22), cada miembro de la pareja es igual y están presentes en todos los individuos independientemente del sexo. La pareja 23 co- rresponde a los cromosomas sexuales o gonosomas, que son los cromosomas X e Y. En mujeres, ambos cromosomas de esa pareja son iguales, poseen dos cromosomas X iguales, mien- tras que en hombres son diferentes, poseen un cromosoma X y un cromosoma Y. Así, en la especie humana una mujer contiene 44 autosomas y dos cromosomas X y un hombre posee 44 autosomas, un cromosoma X y un cromosoma Y (figura 2.11). 2.1.8. Diferencia entre los cromosomas X e Y de mamíferos El cromosoma Y es un cromosoma acrocéntrico que tiene un tamaño mucho menor que el cromosoma X (figura 2.11). El cromosoma X es mucho más rico en genes que el cromosoma p q p q p q Metacéntrico Submetacéntrico Acrocéntrico Figura 2.10 Tipos de cromosomas dependiendo de la posición del centrómero y del tamaño relativo de sus brazos X Y X X Figura 2.11 Cromosomas sexuales en el hombre y en la mujer
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