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UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 1 ENZIMAS En los seres vivos se producen reacciones químicas para transformar las sustancias introducidas con los alimentos con el fin de obtener energía y materia prima para la síntesis de nuevas estructuras moleculares. Las enzimas tienen una extraordinaria velocidad y eficiencia en estas reacciones químicas y sin ellas la mayor parte de las reacciones transcurriría muy lentamente o no se produciría en lo absoluto; por otro lado repetirlas en el laboratorio solo sería posible suministrando calor, pH extremos o grandes presiones, todos ellos incompatibles con la vida. Un catalizador es un agente capaz de acelerar una reacción química sin formar parte de los productos finales, ni degradarse en el proceso; en los medios biológicos se denominan enzimas. Como todo catalizador, las enzimas actúan disminuyendo la energía de activación de una reacción. En comparación con los catalizadores inorgánicos son más efectivas, además muestran mayor especificidad ya que solo catalizan una reacción determinada por ej.: la glucoquinasa, enzima que cataliza una reacción con D-Glucosa y no actúa en absoluto frente a L-Glucosa. Características Actúan óptimamente entre 35° y 40° pues a 65°C se destruyen y a 0°C su actividad es nula. Son proteínas de alto peso molecular. Aceleran una reacción química sin intervenir en ella y sin transformación química durante la reacción Se diferencian de los catalizadores orgánicos e inorgánicos en que tienen especificidad por el sustrato. Sustrato: es la sustancia sobre la cual actúa la enzima transformándola en producto. Producto: es la sustancia obtenida después de la reacción química Nomenclatura y clasificación de las enzimas Existen distintas formas de nomenclatura: 1. Pueden designarse agregando el sufijo asa al nombre del sustrato sobre el cual actúan por ej. ENZIMAS SUSTRATO Amilasa Almidón Ureasa Urea Tirosinasa Tirosina 2. También suelen denominarse la enzima según el tipo de reacción catalizada por ej. • Hidrogenasas: son enzimas que catalizan la sustracción de hidrógenos. • Descaboxilasas: catalizan la eliminación de un grupo carboxilo del sustrato. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 2 3. Ciertas enzimas conocidas desde hace mucho tiempo tienen nombres arbitrarios que no siguen nomenclatura alguna, por ej. Ptialina en la saliva, pepsina del jugo gástrico, tripsina y quimotripsina del jugo pancreático, etc. 4. La confusión creada por el uso de nombres según distintos criterios llevó a proponer a la Unión Internacional Bioquímica (IUB) a proponer un sistema de clasificación, con normas para asignar a cada enzima un nombre descripto y preciso, y también un número que permita ubicarla inequívocamente. En esta clasificación se consideran 6 clases principales de enzimas según el tipo de reacción que catalizan, cada una de ellas se divide en subclases y en sub-subclases. El número de código utilizado para identificar a las enzimas consta de 4 componentes, por ej. Los 6 grandes grupos que comprende la clasificación internacional son: 1) Oxidorreductadasas: son enzimas que catalizan reacciones de óxido-reducción por ej. LACTATO PIRUVATO NOMBRE SISTEMÁTICO: L- lactato: NAD oxidorreductasa NOMBRE TRIVIAL: lactato deshidrogenasa NUMERO DE CÓDIGO: 1.1.1. 27 2) Transferasas: catalizan la transferencia de un grupo de átomos desde un sustrato a otro por ej. L-ASPARTATO + OXOGLUTARATO OXALACETATO + L-GLUTAMAT O NOMBRE SISTEMÁTICO: L-aspartato: 2 oxoglutarato aminotransferasa NOMBRE TRIVIAL: aspartato amino transferasa NÚMERO DE CÓDIGO: 2.6.1.1 Clase principal subclase Sub-subclase Orden de la enzima en la sub-subclase NAD NADHH LACTATO DESHIDROGENASA UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 3 3) Hidrolasas: catalizan la hidrólisis del sustrato, por ej.: L- ARGININA + H2O UREA + L-ORNITINA NOMBRE SISTEMÁTICO: L arginina amidino hidrolasas NOMBRE TRIVIAL: arginasa NÚMERO DE CÓDIGO: 3.5.3.1 4) Liasas: catalizan la ruptura de la molécula del sustrato por un proceso distinto al de la hidrolisis por ej: que divide la fructosa-1,6- bifosfato en dos triosas fosfato. FRUCTPSA-1,6-BIFOSFATO D-GLICERALDHEIDO-3FOSFATO + DIHIDROXIACETONA FOSFATO NOMBRE SISTEMÁTICO: fructosa-1.6-bifosfato-D-gliceraldehido-3-fosfato-liasa NOMBRE TRIVIAL: fructosa-bifosfato-aldolasa NOMBRE DE CÓDIGO: 4.1.2.13 5) Isomerasas: incluye a todas las enzimas que catalizan la interconversión de isómeros de cualquier tipo óptico, geométrico o de posición por ej. Fosfogluco isomerasa que cataliza la interconversión de glucosa-6- fosfato y fructosa-6-fosfato o bien la fosfotriosa isomerasa. DIHIDROXI ACETONA FOSGATO D-GLICERALDEHIDO-3-FOSFATO NOMBRE SISTEMÁTICO: D-gliceraldehido-3-fosfato cetol isomerasa NOMBRE TRIVIAL: triosa fosfato isomerasa NÚMERO DE CÓDIGO: 5.3.1.1 6) Ligasas: también llamadas sintetasas catalizan la unión de dos compuestos para formar otro más complejo por ej. La glutamina sintetasa que actúa en la reacción entre el ácido glutámico y amoníaco para formar glutamina. La energía es provista por la hidrólisis del ATP (adenosin trifosfato). L-GLUTAMATO + NH4 + ATP L-GLUTAMINA + ADP +Pi NOMBRE SISTEMÁTICO: L glutamato: amoníaco ligasa (ATP) NOMBRE TRIVIAL: glutamina sintetasa NÚMERO DE CÓDIGO: 6.3.1.2 UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 4 Cofactores Enzimáticos La actividad de algunas enzimas depende solamente de su estructura proteica, mientras que otras necesitan además uno o más componentes no proteicos llamados cofactores. Estos pueden ser: Una molécula llamada coenzima Un ión metálico (metaloenzima) Naturaleza química Algunas enzimas son proteínas simples formadas solo por aminoácidos, por ej.: las hidrolasas. Muchas están formadas por asociación de varias sub-unidades o cadenas polipeptídica, ósea que son oligoméricas teniendo importancia fundamental las reacciones mutuas entre las distintas subunidades. Hay enzimas que solo pueden realizar su función en asociación con otra molécula no proteica de tamaño pequeño que se llama coenzima, esta puede estar unida por uniones covalentes u otro tipo de uniones fuertes formando un complejo que no se separa fácilmente (en este caso algunos autores prefieren llamarlo grupo protético y reservar el nombre de coenzima para aquellas que se asocian más laxamente a la proteína) Las dos porciones proteica y no proteica son indispensables para la actividad de la enzima. El sistema completo se llama HOLOENZIMA y está formada por una proteína a la que se llama APOENZIMA y la coenzima que es una molécula no proteica de tamaño relativamente pequeño. Las Oxidoreductasas, transferasas, isomerasas y ligasas requieren participación de coenzimas. Las coenzimas intervienen activamente en la reacción experimentando cambios que compensan las transformaciones sufridas porel sustrato, por ej: las coenzimas de Oxidoreductasas actúan aceptando o cediendo los hidrógenos o electrones que se quitan o agregan al sustrato. Si bien siempre participa en un determinado tipo de reacción, una coenzima puede unirse a distintas apoenzimas y actuar frente a diferentes sustratos, por ej.: la lactato deshidrogenasa, glutamato deshidrogenasa y otras utilizan NAD que acepta los hidrógenos extraídos al reconocer con precisión al sustrato y dar especificidad a la holoenzima. COENZIMAS: son transportadores intermediarios de grupos funcionales, de átomos específicos o de electrones los cuales son transferidos en la reacción enzimática global. Si estos faltan (coenzimas) la enzima no actúa. Algunas necesitan ambos UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 5 Metaloenzimas Las enzimas que precisan iones metálicos se llaman metaloenzimas y en algunos de ellos el componente metálico por si solo ya tiene actividad catalítica primaria, incrementada a su vez por la actividad enzimática, por ej.: la catalasa es una enzima que cataliza la descomposición del agua oxigenada en agua y oxígeno necesitando un ion férrico, las simples sales de hierro también catalizan esta reacción pero a velocidad mucho menor. Los iones metálicos pueden actuar en las enzimas que los precisan como catalizadores de las siguientes maneras: Centro catalítico primario Como grupo puente para reunir el sustrato y la enzima formando un complejo de coordinación. Como agente estabilizante de la conformación de la proteína enzimática en su forma activa manteniendo su estructura terciaria o cuaternaria. En todas las metaloenzimas la eliminación del componente metálico lleva a la pérdida de actividad enzimática. Ejemplos de este tipo de enzimas: Mg ++: es requerido por las enzimas que usan ATP como cofactor. La forma activa del ATP es un complejo ATP-Mg. Fe +++: catalasas, peroxidasas y citocromos son hemoproteínas en las que el hierro es esencial para su actividad, etc. Catálisis enzimática Las enzimas aumentan la velocidad de reacción disminuyendo la energía de activación. De esta manera las enzimas pueden aumentar millones de veces la velocidad de una reacción. Durante el curso de la reacción, la enzima se une efectivamente al o los sustratos, formando un complejo transitorio. Las modificaciones que puede experimentar la molécula de la enzima durante dicha unión son pasajeras, ya que aparece inalterada al final de la reacción. Si una enzima ( E) cataliza la transformación del sustrato (S) en producto (P), primero la enzima y el sustrato se unen formando el complejo ES el cual luego se disocia en enzima y producto. Al finalizar la transformación, la enzima aparece sin cambio y puede nuevamente unirse a otra molécula de sustrato. Ello explica por qué muy pequeñas cantidades de enzima pueden acelerar enormemente la velocidad de una reacción. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 6 Sitio catalítico Para formar el complejo E-S , el S se fija a un lugar definido de la molécula de enzima llamado sitio catalítico, sitio activo, centro activo o lugar de sustrato y es el responsable de la acción catalítica. En general, se acepta que el lugar de sustrato posee sitios de unión y un sitio catalítico. El S al fijarse a los sitios de unión se dispone de manera tal que el enlace a ser modificado en la reacción quede ubicado exactamente en el sitio catalítico, para ello es indispensable una conformación tridimensional altamente específicos en el sitio activo con grupos funcionales definidos aportados por las cadenas laterales de restos de aminoácidos, ordenados espacialmente para que su conformación se mantenga con la disposición adecuada es necesaria a la contribución de toda su estructura (primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria) de la proteína. Hay siempre una gran diferencia de tamaño entre la molécula de la enzima y la del sustrato. Aun cuando el S sea una macromolécula, la zona esta que experimenta la acción de la E es un segmento pequeño, esto es debido a que si la E fuese una molécula pequeña sería muy difícil obtener una configuración tridimensional adaptable a un determinado sustrato y crear un nicho tan precisamente conformado, ósea que si bien el sitio activo es una porción reducida de la molécula, toda esta colabora en mantenerlo en la disposición adecuada. Zimógenos Ciertas enzimas son producidas en forma de precursores inactivos llamados zimógenos, proenzimas o preenzima la mayoría son proteínas simples que se activan por procesos de hidrólisis por agentes específicos. Ejemplos de zimógenos son algunos componentes de jugos digestivos que activan al llegar a la luz del tractogastrointestinal, otros son precursores de factores que intervienen en la coagulación de la sangre( plasma). UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 7 Factores que modifican la actividad enzimática 1. Concentración de sustrato: si se efectúan determinaciones de la actividad enzimática manteniendo constantes la concentración de enzimas y las otras condiciones de reacción excepto la concentración de sustrato y representamos en un sistema de coordenadas, con concentración de sustrato en abscisas y velocidad de reacción en coordenadas se obtiene una curva de tipo hiperbólico. Al principio, la actividad aumenta rápidamente con los incrementos de la concentración de sustrato, pero a niveles elevados del mismo, el incremento de la velocidad se va haciendo más lento tendiendo a alcanzar un máximo, del cual ya no pasa por más que se incremente el sustrato. Cuando la concentración de sustrato es baja la actividad aumenta en forma lineal al aumentar la concentración del mismo, en este sector de la curva existe proporcionalidad entre velocidad de reacción y concentración de sustrato, a medida que aumenta esta los incrementos de velocidad son cada vez menores y finalmente no hay más sustrato, a medida que aumenta esta los incrementos de velocidad son cada vez menores y finalmente no hay más aumento de la actividad por más que se eleve la concentración de sustrato. La curva tiende a una horizontal que corresponde a la velocidad máxima. La unión de la enzima al sustrato es una reacción reversible, que ocurre rápidamente, luego el complejo se disocia en una reacción más lenta y libera la enzima y el o los productos. A concentraciones muy bajas de sustrato parte de las moléculas de E estarán libre, cuando aumenta el S más moléculas de E van siendo ocupadas para formar E-S. Si sigue creciendo la concentración de S llega un momento en el cual prácticamente las moléculas de E están todas ocupadas, se dice que la E se ha saturado con sustrato. Si la concentración sigue aumentando y excede largamente a la E se alcanza un estado estacionario en el que la velocidad de reacción no varía. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 8 2. Temperatura: dentro de ciertos límites como consecuencia del incremento en la energía cinética, la velocidad de una reacción química aumenta cuando la temperatura asciende. La velocidad de muchas reacciones biológicas se duplica por cada 10 °C de aumento de temperatura. Si se mantienen constantes las concentraciones de E, S y otros factores, y determinamos la actividad a temperaturas crecientes se obtiene un aumento de actividad, pero se llegaa un valor máximo, que corresponde a la temperatura óptima. Por encima de esta la actividad cae rápidamente. La gran mayoría de enzimas de animales homeotermos, la T° óptima esta alrededor de 37° C y la actividad cae bruscamente a mayor T°, este efecto inactivan te a T° mayores a 40° C se debe a la acción del calor sobre la estructura molecular de la E que se desnaturaliza (pierde su estructura tridimensional). 3. pH: los cambios de pH del medio afectan el estado de ionización de ciertos grupos funcionales en la molécula de la E y del S. Para que se realice la unión, en el complejo E-S se necesita una adecuada distribución de cargas en ambas moléculas. El pH óptimo es aquel en el cual ciertos grupos esenciales poseen la carga apropiada para asegurar la formación del complejo E-S. Si medimos la actividad enzimática a distintos pH manteniendo contantes todos los otros factores obtenemos el gráfico del costado. Para la mayoría de las E, la actividad óptima es pH 6-8, por debajo o encima la velocidad de reacción cae más o menos rápidamente. Pero hay algunas excepciones, por ej.: la pepsina del jugo gástrico tiene un pH óptimo de 1,5. La tripsina tiene su mayor actividad a pH 7-8 y la fosfatasa alcalina de los huesos tiene una actividad máxima a pH 9,5. T° optima UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 9 4. Tiempo: esta curva muestra la variación a lo largo del tiempo de los distintos participantes de estas reacciones. Inhibidores enzimáticos Existen sustancias que inhiben la acción catalítica de las enzimas ya sea uniéndose a sitios o grupos funcionales esenciales de la molécula de E. La inhibición puede ser reversible o irreversible. Inhibidores irreversibles: son aquellas sustancias que producen un cambio permanente en la molécula de E que produce un deterioro definitivo en su capacidad catalítica por ej.: los venenos organofosforados producen una inhibición irreversible de la acetil-colinesteras, enzima muy importante para la función del Sistema Nervioso Central. Inhibidores reversibles: la inhibición reversible puede ser de tres tipos: competitiva, no competitiva y acompetitiva. ✓ Inhibidores competitivos: en algunos casos el inhibidor presenta similitud estructural con el S y ambos compiten por el sitio activo de la E. En otros casos, algunas moléculas actúan uniéndose al sitio activo de la E a pesar de no tener semejanza estructural con el S. Una característica de los Inhibidores competitivos está dada por el hecho de que puede ser revertida por el aumento de la concentración de S, si este predomina en la mezcla, tiende a desplazar al I de su unión con la E. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 10 Las reacciones que ocurren en presencia de un inhibidor competitivo pueden representarse de la siguiente forma: I y S solo pueden unirse con la E libre ya que se excluyen mutuamente. El resultado aparente es como si la E tuviese una disminución de afinidad por el S. ✓ Inhibidores no competitivos: son compuestos que se unen a la E en un lugar de la molécula distinto al sitio activo y provocan una disminución de la velocidad máxima. Este tipo de inhibición no puede ser revertida por el aumento de la concentración de S. Las reacciones pueden representarse con las siguientes ecuaciones: La unión del S con la E no está afectada y el I se une ya sea con la E libre o con el complejo E-S .Una vez formado el complejo E-S-I la E se inactiva por lo tanto la cantidad de E-S con posibilidad de liberar el producto se reduce y el resultado final es semejante al que se obtendría con menos E en el medio UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 11 Regulación El funcionamiento de las distintas vías metabólicas exige una delicada regulación. Así el sistema nervioso y el sistema endocrino cumplen este papel al asegurar el funcionamiento armónico del organismo. Como todas las reacciones químicas son catalizadas por E, la regulación es alcanzada modulando la velocidad de reacción específica, usando sustancias de bajo peso molecular que actúan como efectores alostéricos. Hay ciertas E claves en una vía metabólica cuya actividad puede ser modulada por estos efectores. Cambios en la concentración de sustrato, coenzimas, productos intermediarios o finales, etc., pueden afectar la actividad de una E, ya sea activándola o inhibiéndola. Un tipo muy común de regulación es la retroalimentación (feed-back) que puede ejemplificarse así: el producto final actúa como inhibidor de la enzima (1) de esta forma cuando se a producido suficiente cantidad del producto, este puede detener su propia producción evitando que nuevas moléculas de A se conviertan en B. La misma enzima podría ser activada en presencia de otra molécula actuando como efector alostéricos positivo. En vías ramificadas que se diversifican para obtener 2 o más metabolitos esenciales, cada producto final puede actuar como efector alostéricos negativo de enzimas que en los puntos de ramificación inician el camino de síntesis de ese producto particular. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 12 Modificación covalente: hay E reguladoras por agregado o sustracción de grupos unidos covalentemente por ej.: la fosforilasa enzima que inicia la degradación del glucógeno, está en estado de reposo o baja actividad (fosforilasa a ) por adición de restos fosfato, de la misma forma la eliminación de estos fosfatos la vuelven activa nuevamente. Metabolismo Se llama así a las reacciones químicas que tienen lugar en el seno de los tejidos. Llamamos metabolismo intermedio a las transformaciones químicas dentro de las células y a las reacciones que ocurren en el proceso de digestión previo a la absorción se llama pre metabólicas. El metabolismo intermedio abarca muchos procesos, algunos contribuyen a la degradación de sustancias con producción final de energía y desechos, mientras que otros usan esa energía para síntesis de estructuras. Los procesos degradativos corresponden al catabolismo y los de biosíntesis al anabolismo. UNIDAD 1: ENZIMAS APUNTES QUÍMICA BIOLÓGICA 2020 – TECNICOS UNIVERSITARIOS ASISTENCIALES EN SALUD UNC Prof. N. Mac Intosh / Prof. C. Viale 13 Los procesos degradativos catabólicos tienen naturaleza oxidativa y los anabólicos son reductivos. Ambos usan coenzimas como aceptoras de hidrógeno siendo en las etapas oxidativas el NAD el principal agente de transferencia de equivalentes de reducción y en el anabolismo es el NADPH, el proveedor de hidrógenos para síntesis. En el catabolismo se requiere ADP, el cual se fosforila y ATP, en cambio en el anabolismo hay reacciones endergónicas que usan ATP y producen ADP y Pi. Bibliografía 1. Feduchi. Bioquímica conceptos esenciales. 2° Edición 2015, Editorial Médica Panamericana 2. Blanco A, Blanco G. Química Biológica, 10° Edición2017, Editorial El Ateneo.
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