11_GuerreroAgustina

Vista previa del material en texto

Trabajo Práctico Integrador 
EUROPEPMC & GENBANK 
Agustina Guerrero | Taller de Manejo de Software y Base de Datos | Pamela Villalba 
PÁGINA 1 
•CONSIGNA 
Utilizando EuropePMC, Genbank 
 
Inventar una actividad que involucre la búsqueda de un artículo científico publicado 
por la Dra Sofía Valenzuela, donde trabajó con el gen F5H de Eucalyptus globulus 
(ferulate 5-hydroxylase) y, el uso de Genbank para encontrar la secuencia de dicho gen. 
Incluya una búsqueda de la publicación más citada en los últimos años sobre este gen 
en la base bibliográfica de EuropePMC. 
 
Actividad: 
1) Utilizando la búsqueda avanzada de EuropePMC busque un artículo de la Dra.Sofía 
Valenzuela dónde trabajó con el gen F5H de Eucalyptus globulus (ferulate 5-
hydroxylase). 
A) Nombre del articulo 
B) Fecha de publicación del articulo y su doi 
c) ¿El articulo cuenta con ABSTRACT? 
D) Busque la publicación más citada sobre el gen y realice una captura del mismo. 
 
2) Utiliza GenBank buscar la secuencia del gen F5H 
A) Realizar una captura de pantalla de la secuencia 
B) ¿Cuántas veces fue modificada la misma? 
C) ¿Cuál es el largo de su secuencia (bp)? 
 
 3) Utilizando Genbak, realice un BLAST con Rhodamnia argentea (taxid:178133) 
A) ¿Cuál es el mejor Max Score? ¿y su porcentaje de identidad más alto? 
B) Número de matches y total de gaps 
 
4) En Uniprot, realiza la búsqueda pertinente de E0WCK5 
A) ¿La evidencia es Swiss prot o TrEMBL? ¿Cuál es su puntuación? 
B) Captura de GO´s 
C) Captura de la secuencia proteica 
 
 
 
 
 
 
 
 
PÁGINA 2 
 
• RESOLUCIÓN 
 
1)
 
• Articulo: 
A) & B) 
• TITULO DEL ARTICULO: Generation and analysis of expressed sequence tags (ESTs) 
from cambium tissues cDNA libraries of contrasting genotypes of Eucalyptus globulus 
Labill 
• Fecha de publicación & doi: 
- 13 de septiembre de 2011, cuyo doi es 10.1186/1753-6561-5-s7-p108 
C) No cuenta con abstract 
 
D) Publicación más citada: 
• Las 5 publicaciones más citadas (de 2018 a 2020) 
PÁGINA 3 
 
 
 
2) • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FJ969838 
A) Secuencia de F5H 
 
B) Fue modificada una única vez: FJ969838.1 
C) Secuencia con 2335 bp de largo 
 
PÁGINA 4 
3) 
 
A) 
•El mejor Max Score es de 1147 puntos 
• Porcentaje de identidad más alto es 89.17% 
 
 
B) 
• Número de matches:2 
• Número de gaps: 4 de 923 
 
4) Uniprot https://www.uniprot.org/uniprot/E0WCK5 
A) La evidencia es TrEMBL y cuenta con la puntuación de 1 de 5. 
 
B) 
 
 
https://www.uniprot.org/uniprot/E0WCK5
PÁGINA 5 
 
C) • Secuencia completa