TP Integrador_2228-04

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Taller de Bases de datos y Manejo de Software Lic. en Biotecnología - UNM 
 
Trabajo Integrador - Taller Bases de Datos y Manejo de Software (2228) 
Modalidad “train the trainers” 
 
A cada alumno se le asignará un punto (ver tabla al final del pdf) en el cual va a tener que crear una actividad 
a partir de un dato o información brindada. La propuesta de este trabajo integrador es que hagan uso de las 
distintas bases de datos y herramientas que hemos visto en el taller, para crear una actividad original y con la 
complejidad adecuada para alumnos universitarios. En ella deben indicar qué herramientas han empleado para 
resolver la actividad propuesta, detallando bien los pasos para realizarla y cómo interpretar las salidas que obtuvo 
(presentar todo con capturas de pantalla). Se va a evaluar la originalidad de la actividad propuesta, la complejidad 
de la misma y, la capacidad de síntesis y claridad en la resolución de la actividad. 
Tienen tiempo de entregar el TP Integrador hasta el 15 de diciembre de 2020 inclusive. 
 
• Actividades a desarrollar: 
1. Uniprot y BLAST 
Usando la base de datos de Uniprot invente una actividad que incluya una proteína relacionada con el 
Síndrome de Werner (Werner's syndrome), su caracterización (gen del que proviene, función, localización 
subcelular, expresión, estructura, etc.) y, luego, adicione como parte del ejercicio un alineamiento de la 
secuencia proteica con el resto de las proteínas que hay en la base de datos. 
 
2. EuropePMC, GenBank y primer-BLAST 
Usando la base de datos GenBank y primer-BLAST invente una actividad que involucre el gen BRCA2 (BRCA2 
DNA repair associated) y el diseño de primers para amplificar ese gen (o parte del mismo). Para ser más 
restrictivo, diseñen primers de al menos 50 pb de largo. También, incluyan como objetivo el hacer una 
búsqueda que les permita identificar el Review más recientemente publicado, disponible en la base 
bibliográfica EuropePMC. 
 
3. Ensembl 
Usando Ensembl diseñe una actividad que implique identificar algún gen humano localizado en el 
cromosoma 10 que esté relacionado con la enfermedad fibrosis quística (Cystic fibrosis). Caracterice ese 
gen en términos de cuántos transcriptos genera, su función biológica, cantidad de polimorfismo de tipo 
SNP reportados hasta la fecha e identifique el número de SNPs relacionados con alguna consecuencia de 
su interés (ej.: ganancia de codón stop). 
 
4. EuropePMC, Genbank y Primer-BLAST 
Inventar una actividad que involucre la búsqueda de un artículo científico publicado por la Dra. Nahirñak, 
donde trabajó con el gen Snakin-1 de papa (potato Snakin-1), el uso de Genbank para encontrar la secuencia 
de dicho gen y el diseño de primers para realizar una PCR en tiempo real (teniendo en cuenta que para Real 
Time se amplifican fragmentos no mayores a 150 pb). 
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5. EnsemblGenomes y EuropePMC 
Diseñe una actividad a partir de algún gen HSP20 en Leishmania (Leishmania major) que involucre su 
caracterización (en qué cromosoma está ubicado, su posición en pb, cuál es la cadena de ADN que lo 
codifica, etc.) y, luego, como objetivo del problema emplee EuropePMC para incluir una búsqueda de la 
publicación más citada en los últimos años sobre este gen en la base bibliográfica y algún proyecto que lo 
financie (Grant). 
 
6. BLAST, Uniprot y EuropePMC 
A partir de la siguiente secuencia incógnita cree una actividad que involucre el uso de BLAST para 
determinar su homología a otra secuencia, y así inferir su función (Nota: Usted ya sabe que es una 
enfermedad humana). Incluya en la actividad el uso de la base de dato de Uniprot para caracterizar la 
secuencia y EuropePMC para determinar el Review más recientemente publicado de la enfermedad. 
VGAAGARRPREPPEQELQRRREQKRRRHDAQQLQQLKHLESFYEKPPPGLI 
KEDETKPEDCIPDVPGNEHAREFLAHAPTKGLWMPLGKEVKVMQCWRCKRYGHRTGDKEC 
PFFIKGNQKLEQFRVAHEDPMYDIIRDNKRHEKDVRIQQLKQLLEDS 
 
7. BLAST y primer-BLAST 
Tomando como punto de partida la siguiente secuencia incógnita, plantee una actividad que involucre usar 
al menos dos tipos de BLAST para averiguar si es homóloga a otra secuencia, y así inferir su función y/o a 
qué especie podría pertenecer (Nota: si bien es incógnita, sabe que pertenece a un insecto). También, 
incluya como objetivo en su problema que, usando primer-BLAST, se generen dos pares de primers que 
amplifiquen fragmentos en 70-100 pb, usando como “organismo” todos los insectos (insects (taxid:6960)). 
TGGaATTTGAGCAGGAATATTAGGAACTTCATTAAGTTTATTAATTCGAGCAGAATTAGG 
AACATCTAACTCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAACACAATTGTAACAGCTCATGC 
TTTCATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATT 
GGTACCTTTAATATTAGGAGCCCCCGATATAGCTTTCCCACGAATAAATAATATAAGATT 
TTGATTATTACCCCCATCTTTAACCCTACTAATTTCTAGAAGAATTGTAGAAAATGGAGC 
AGGAACAGGATGAACAGTTTATCCCCCATTATCATCTAATATTGCCCATGGAGGAAGATC 
TGTGGACTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCAATTTTAGGGGCTAT 
CAATTTCATCACTACCATTATTAATATACGAATTAATAATCTATCATTTGATCAAATACC 
TTTATTTATTTGATCAGTGGGTATTACAGCATTACTTTTATTACTTTCTTTACCAGTATT 
AGCTGGAGCCATTACTATATTACTAACAGATCGAAATTTAAATACCTCCTTCTTTGATCC 
AGCGGGAGGGGGAGATCCTATTCTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGgtca 
 
8. Ensembl y EuropePMC 
Diseñe una actividad con Ensembl que implique el gen CDK1 en el organismo modelo de Danio rerio 
(zebrafish, cyclin-dependent kinase 1). Describa este gen (ubicación cromosómica, posición, etc.) e incluya, 
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en la actividad, la utilización de algún ortólogo en primates. Por último, incluir una búsqueda de la 
publicación más citada en los últimos años sobre este gen en la base bibliográfica EuropePMC. 
 
9. EnsemblGenomes y primer-BLAST 
Invente una actividad que involucre la búsqueda (usando EnsemblGenomes) del gen correspondiente a 
coronatine insensitive en Arabidopsis Thaliana, su caracterización (en que cromosoma está ubicado, su 
posición en pb, cuál es la cadena de ADN que lo codifica, etc.). Luego, incluya como objetivo del problema 
el uso de primer-BLAST para diseñar un par de marcadores que pegue el primer Forward en el exón 1 y el 
primer Reverse en el exón 2. 
 
10. Ensembl 
Diseñe una actividad cuyo objetivo sea una comparación genómica entre distintas especies dentro del 
Ensembl para gen HBB (Hemoglobin subunit beta) de humano. Incluya en los objetivos de la actividad la 
descripción del gen y una posible patología. 
 
11. EuropePMC, Genbank 
Inventar una actividad que involucre la búsqueda de un artículo científico publicado por la Dra Sofía 
Valenzuela, donde trabajó con el gen F5H de Eucalyptus globulus (ferulate 5-hydroxylase) y, el uso de 
Genbank para encontrar la secuencia de dicho gen. Incluya una búsqueda de la publicación más citada en 
los últimos años sobre este gen en la base bibliográfica de EuropePMC. 
 
12. Uniprot 
Cree una actividad cuyo objetivo sea estudiar las distintas variantes (Natural variant) que están 
relacionadas con la Diabetes (Diabetes mellitus). Describa algunas de estas variantes (gen del que proviene, 
función, cambio que produce la variante, localización subcelular, expresión, estructura, etc.). 
 
13. EnsemblGenomes y prime-BLAST 
Usando EnsemblGenomes, diseñe una actividad que implique identificar el gen ADH5 (Alcohol 
dehydrogenase) en Levadura (Saccharomyces cerevisiae). Caracterice ese gen en términos de cuántos 
transcriptos genera, su función biológica, cantidad de parálogos y ortólogos posee, cantidad de 
polimorfismo de tipo SNP reportados hasta la fecha e identifique el número de SNPs relacionados con 
alguna consecuencia de su interés (ej.:ganancia de codón stop). Luego, incluya como objetivo del problema 
el uso de primer-BLAST para diseñar un par de primers que posean una temperatura de melting de 65°C 
para hacer un multiplex. 
 
 
 
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Tema asignado - Trabajo Integrador Final Taller Bases de Datos y Manejo de Software 
Comisión (2228-04) 
 
Estudiante Tema del TP integrador 
ALANIZ 6. BLAST, Uniprot y EuropePMC 
BALDEZ 11. EuropePMC, Genbank 
BARUA 2. EuropePMC, GenBank y primer-BLAST 
BIANCOFIORE 10. Ensembl 
BOSCH GENIS 6. BLAST, Uniprot y EuropePMC 
BOTTOR 13. EnsemblGenomes y prime-BLAST 
BUSTAMANTE 6. BLAST, Uniprot y EuropePMC 
CABRERA 4. EuropePMC, Genbank y Primer-BLAST 
CALIGARES 1. Uniprot y BLAST 
DOLDAN 12. Uniprot 
DURE 1. Uniprot y BLAST 
ESPINDOLA 10. Ensembl 
GAVIRA 4. EuropePMC, Genbank y Primer-BLAST 
GONZALEZ 3. Ensembl 
GRAMAJO 9. EnsemblGenomes y primer-BLAST 
GUERRA 7. BLAST y primer-BLAST 
GUERRERO 11. EuropePMC, Genbank 
LIZARDO 7. BLAST y primer-BLAST 
LOPEZ 5. EnsemblGenomes y EuropePMC 
MAYAL 7. BLAST y primer-BLAST 
MONTE 9. EnsemblGenomes y primer-BLAST 
MOTTA 1. Uniprot y BLAST 
ORDUÑEZ 12. Uniprot 
PEREZ 13. EnsemblGenomes y prime-BLAST 
PRADO 10. Ensembl 
PROCYK 8. Ensembl y EuropePMC 
RODIÑO 2. EuropePMC, GenBank y primer-BLAST 
RODRÍGUEZ PELLEGRINI 9. EnsemblGenomes y primer-BLAST 
RUEDA 13. EnsemblGenomes y prime-BLAST 
SALABERRY GONZÁLEZ 5. EnsemblGenomes y EuropePMC 
SANESE 12. Uniprot 
SANTARELLI 8. Ensembl y EuropePMC 
SERRANO 3. Ensembl 
SILES 5. EnsemblGenomes y EuropePMC 
SURIANI 11. EuropePMC, Genbank 
VINEIS 8. Ensembl y EuropePMC 
 
• Estudiantes que adeudan TPs (no incluido el TP IV – Uniprot): 
 
MONTE Adeuda TP III - Ensembl