Los ateos afirman que la historia de Jesús es una copia de otros dioses más antiguos como Dioniso, Mitra, Horus, etcétera. Entonces siendo así,...

Los ateos afirman que la historia de Jesús es una copia de otros dioses más antiguos como Dioniso, Mitra, Horus, etcétera. Entonces siendo así, ¿dónde podemos encontrar pruebas de las similitudes entre todos estos dioses?

No todos los ateos decimos eso. Los ateos que sabemos sobre religiones sabemos que esas comparaciones son erróneas y basadas en la ignorancia.

Las comparaciones con Horus realmente no tienen gollete y muestran un desconocimiento enorme de la mitología egipcia.

En cuanto a las otras dos, la cosa es más discutible, porque tanto el culto a Mitra como el culto a Dionisio son contemporáneos al cristianismo primitivo y todos ellos son religiones mistéricas, por lo que es esperable que hubiera un cierto "robo" — o "influencia"— entre ellas, aunque no podemos decir en qué dirección. Además que los temas y los motivos religiosos son limitados por lo que las repeticiones y las coincidencias son más que comunes.

Por otro lado, las historias contadas en los evangelios no son necesariamente ciertas y siguen la estructura narrativa del Gran Hombre. Esta misma estructura la siguen las biografías de Gautama, de Krishna y de Apolonio de Tiana.
Esto no quiere decir que la historia de Jesús esté copiada de las de Gautama, Krishna o Apolonio, sino que siguen el mismo molde narrativo y que hay elementos e "instancias" que se repiten.
El caso particular de la de Apolonio tiene sus bemoles ya que son notoriamente similares ambas biografías. Pero la cosa es que tanto Jesús como Apolonio fueron contemporáneos y también lo fueron los cultos alrededor de sus figuras. Quién se inspiró en quién es un misterio pero, la verdad, poco importa.
Lo que sí importa es que los evangelios son biografías altamente ficcionalizadas de personas históricas. Una comparación moderna serían las películas biográficas, las biopics. Uno no puede pretender que "Bohemian Rhapsody" sea una enumeración ajustada a los hechos de la vida de Freddie Mercury y de la banda Queen, uno sabe que hay un embellecimiento de las anécdotas, un reordenamiento de la cronología y una alta dosis de ficción. Y seguro que si uno compara a "Bohemian Rhapsody" con "Rocketman" va a encontrar un montón de similitudes en su estructura narrativa, elementos comunes y otras cosas por el estilo, pero nadie en su sano juicio va a decir que la vida de Elton John fue copiada de la vida de Freddie Mercury, ¿verdad?

Lo cierto es que en las historias y leyendas religiosas alrededor de "héroes" que pueden haber sido reales o no siempre hay elementos narrativos similares, reescrituras de historias atribuidas a diversos personajes según los intereses del narrador.
Por ejemplo, en la tradición judía existe una historia similar a la de la matanza de los inocentes por Herodes que aparece en los evangelios pero con Abraham en el lugar de Jesús y el Rey Nimrod en el papel de Herodes. ¿Quién robó a quién? ¿Importa acaso?
¿Importa que la historia del nacimiento de Moisés es una copia de la historia de Sargón de Acad?

Sí y no.

Lo que sí importa es darse cuenta de que todas las historias religiosas tienen un altísimo grado de ficción y que el intercambio cultural produjo que unas se influenciaran en otras y viceversa.

Lo que no importa es meterse en idioteces de copyright o no ir más allá de decir "Jesús es una copia de Horus". Ok, genial, ¿y?

Y lo que realmente importa, más allá de la originalidad o no de cualquier dios, semidiós o encarnación divina: todo lo que sabemos sobre ellos proviene de fuentes culturales —es decir, de la mente humana— y, por lo tanto, son seres imaginarios, construcciones culturales, no algo existente fuera de la mente humana, así que no vale la pena perder el tiempo creyendo en ellos.

Esa es la raíz y el meollo del ateísmo, que los dioses son imaginarios. Que sean originales o indistinguibles como pitufos innominados es secundario.