Las limitaciones del método de la microdilución en caldo incluyen:
El costo (es más costoso que la difusión en disco)
No se pueden adaptar los antibióticos cuando se usan kits preparados comercialmente
Las limitaciones de tamaño de las placas limitan la cantidad de concentraciones de antibióticos que se pueden analizar
La CMI exacta puede estar fuera del rango analizado (se informa como ‘superior a X μg/ml’ y no como una concentración definida)
Sólo se ha confirmado una bacteria anaerobia (Bacteroides) que produce resultados confiables en el laboratorio