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~ 1 ~ Transformación: transferencia de info genética de generación en generación Lectura del genoma: Dogma central de la biología Para Virus la cosa es al revés: Dogma central de la biología ampliado TRANSCRIPCION (núcleo de eucariontes) Proceso mediante el cual se copia un determinado fragmento (GEN) de la secuencia de nucleótidos de ADN a una secuencia de nucleótidos de ARN Mismo lenguaje (ácidos nucleicos) pero distinta forma química: ribosa en vez de desoxirribosa y uracilo en vez de timina El ARN es una cadena simple que puede plegarse. Dichos pliegues están estabilizados por puente H y fzas de van del walls y le dan funciones estructurales y catalíticas ARN + PROTEINA= función catalítica Tipos y funciones del RNA: Los genes se expresan con diferentes eficiencias según el tejido del cual provengan y la función que vayan a tener ARN Transcripción (núcleo) ADN Traducción (citoplasma) PROTEINA ADN Transcriptasa Reversa ARN ~ 2 ~ PROCESO: 1) Apertura y desenrollamiento de una zona del ADN 2) Una hebra funciona como molde para la síntesis de la hebra hija (ARN) 3) Incorporación de nucleótidos por complementariedad molecular 4) Elongación: ARN polimerasa (enzima) cataliza la formación de enlaces fosfodiéster entre ribonucleótidos para la elongación de la cadena La cadena de ARN no queda unida al ADN por uniones de hidrogeno (en la replicación sí) y son mucho mas cortas que las de ADN (copio un fragmento, no toda la cadena) ARN polimerasa: encargada de la transcripción in vivo/ cataliza la formación de enlaces fosfodiéster entre nucleótidos Sintetiza en sentido 5´→3´, pero lee al ADN en sentido 3´→5´, los ribonucleótidos se incorporan por complementariedad de bases, usando la energía de los enlaces pirofosfato, a través de un ataque nucleofílico (OH del extremo 3´ ataca y rompe el enlace fosfato en posición alfa del nucleótido a incorporar), a medida que se elonga la cadena y el sitio activo es donde se desenrolla la cadena de DNA. Tiene un error cada aprox 10.000 nucleótidos y no usa cebador. Lo más importante es que NO está estructuralmente relacionada con las DNApol, es decir, no pertenece a la misma familia. ARN mensajero: codifica para la síntesis de enzimas ARN POL VS ADN POL Cataliza la unión de ribonucleótidos Cataliza la unión de desoxirribonucleótidos No necesitan cebador SI necesitan cebador 1 error cada 10´4 nucleotidos 1 error cada 10´7 nucleotidos No están estructuralmente relacionadas Hebra hija= COMPLEMENTARIA Y ANTIPARALELA a la hebra molde INICIO DE LA TRANSCRIPCION: PROMOTOR: secuencia de nucleótidos del DNA (doble cadena), asimetría que se encuentra aguas arriba [hacia el extremo 3´] del sitio +1, que es donde comienza la transcripción. Orienta a la polimerasa, regula la velocidad de transcripción ej:caja TATA CICLO DE TRANSCRIPCION DE LA ARN POLIMERASA BACTERIANA: (PROCARIOTAS) La ARN polimerasa (1 solo tipo) se une al promotor con ayuda de un factor de inicio (factor sigma) formando el COMPLEJO DE INICIO. Se abre la cadena en el sitio activo de la enzima y comienza la transcripción de un fragmento de ARN (10 bases). Este es un proceso lento debido a que la ARN polimerasa está anclada al sitio del promotor por el factor sigma. Solo si 1 transcripción es eficiente se libera la enzima del promotor y del factor sigma, liberando a la enzima para que traduzca libremente y elongue la cadena hasta que lea la secuencia de ~ 3 ~ terminación de la cadena molde. Fin de la transcripción y desprendimiento de la cadena de ARN hija. En las eucariotas hay 3 tipos de RNApol diferentes, por lo que le proceso es más complejo TRANSCRIPCION EN EUCARIOTAS: 3 ADN pol que transcriben los distintos tipos de ARN Necesitan muchos factores generales de transcripción para el inicio y continuación del mismo. El empaquetamiento del ADN es un problema ya que van a haber genes que si se transcriban (zonas de eucromatina= cromatina menos condensada o laxa) y genes que no se transcriben (cromatina condensada= heterocromatina= genes enrollados sobre si mismos ) ~ 4 ~ FACTORES GENERALES DE LA TRANSCRIPCION: Ayudan en los procesos de la transcripción TRANSCRIPCION DE LA ARN POLIMERASA II: La TBP (Proteína de unión a la caja TATA) reconoce la caja TATA, se une al TFIID (factor de transcripción de la polimerasa 2D) y juntos se unen a la secuencia promotora en el gen (caja TATA) La unión produce una distorsión en la estructura del ADN que provoca su apertura Factor de transcripción de la polimerasa 2B (TFIIB) se une al complejo que se formó en el promotor e indica el sitio de ensamblado del Complejo de Inicio de la Transcripción La polimerasa 2 y el resto de los factores de transcripción se unen al sitio promotor y va a reclutar a otros factores de transcripción: TFIIF (estabiliza la interacción entre la ARN polimerasa y los factores de inicio de la transcripción), TFIIE (atrae y regula TFIIH) y TFIIH (desenrolla la cadena en el sitio de inicio) Polimerasa inicia: al principio la elongación es lenta porque está anclada al sitio de unión al promotor. El TFIIH fosforila la cola de la ARN pol y permite que se desensamblen los factores de inicio de la transcripción, dejando libre a la ARN polimersasa para que pueda avanzar y elongar la cadena de ARN ~ 5 ~ Dominio C terminal de la ARN polimerasa: 52 secuencias en tándem de 7 AA cada una que pueden fosforilarse en la serina 5 y serina 2 Fosforilación serina 5: recluta factores para la adición de la caperuza Fosforilación serina 2: recluto proteínas para la maduración del ARN mensajero (proteínas del splicing) Desfosforilación Serina 5: recluto proteínas que intervienen en la finalización del procesamiento del ARN mensajero en el extremo 3´ (poliadenilacion del extremo 3) Permite el desensamble de los factores de inicio de la transcripción y dirigen el proceso del pre ARN mensajero PROCESAMIENTO DEL PRE ARN MENSAJERO: Procariontes: 1 gen se transcribe a ARN mensajero que se traduce en proteína Eucariontes: 1 gen formado por intrones (región no codificante) y exones que se transcribe en ARN primario (se transcriben intrones y exones) que va a ser procesado para eliminar los intrones y terminar siendo una proteína funcional PROCESOS: 1) Adición de caperuza en extremo 5´ Fosforilación de la serina 5 Al extremo 5´del transcripto primario se le saca un grupo fosfato (fosfatasa) y se añade guanosina (guanosil transferasa) que se metila en posición 7 (metil transferasa) y se le agrega un complejo CBC (proteína de unión a la caperuza) que permite el correcto procesamiento y exportación al citosol Union G-Transcripto primario= 5´-5´ La caperuza protege de la degradación (enzimas o exonucleasas) , indica cual es el extremo 3´y 5´para el reconocimiento por parte de los ribosomas en el citosol para iniciar la traducción; y permite que se distingan los ARN mensajeros del resto de ARN 2) Splicing: cortar los intrones y empalmar los exones Necesita la fosforilación de la serina 2 y 5 Intrones: largas secuencias no codificantes SI los errores de la polimerasa caen en los intrones, los muta pero no afecta a la función de la proteína (si cayera en un axón si afecta a la función) Splicing alternativo: aumenta el número de proteínas expresadas por 1 único gen eucarionte. Los transcriptos de muchos genes se pueden cortar y empalmar para originar distintas proteínas a partir de 1 mismo gen (sin los intrones se perdería info) ej: la alfa tropomiosina tiene distintas isofromas según el tejido donde se encuentre ¿Como ocurre? Reordenamiento en el intrón→ adenina desapareada (punto de ramificación) con un OH en posición 2 expuesto→ OH ataca la unión intrón-exón 5´→ corte → exón 5´libre con un OH ~ 6 ~ expuesto → OH ataca a la unión intrón-exón 3¨→ corte→ desprendimiento del intrón y empalme de los exones 3´y 5´. Secuencias consenso: indican sitios de corte entre el exon y el intrón Proceso catalizado por ARN pequeños nucleares: ARNsn + proteínas= ribonucleoproteínas pequeñas nucleares (snRPN). Forman el ESPLICEOSOMA: complejo que cataliza el corte de intrones y el empalme de exones RNP U1 (ribonucleoproteina) reconoce y se une al sitio de corte entre el exón 1 y el intrón de forma energéticamente FAVORABLE (por complementariedad molecular) Proteina de unión al sitio de ramificación (BBP): reconoce la adenina y se une a ese sitio U2: desplaza a la Proteina de unión al sitio de ramificación y se une a ese sitio de forma energéticamente DESFAVORABLE (queda una A desapareada) U4, U5 y U6 se unen y ayudan a la formación del enlace A desapareada= sitio activo. Ataca al sitio de corte U5 permite la unión de los 3 exones mediante gasto energético El lazo se degrada en el núcleo y se reciclan las ribonucleoproteínas ELECCION DEL SITIO DE MADURACION SR (proteínas ricas en serina y arginina) protegen los exones de la degradación Complejos hnRNP (ribonucleoproteinas nucleares heterogeneas) evitan que los intrones se enrollen y le indican a la ribonucleoproteinas donde se tienen que unir. ~ 7 ~ ERRORES EN LA MADURACION: Salteo de un exón o introducción de señales de corte en el exón Dan proteínas anomalas que terminan en patologias 3) Poliadenilación en 3´ Serina 5´desfosforilada El ARN tiene una secuencia consenso rica en A y U y una secuencia de corte 10-30 nucleótidos después. Se corta y se librera el ARN de la polimerasa con la caperuza para evitar la degradación por exonucleasas El extremo 3´ una poliApolimerasa agrega una cola de adenina y a esta se le agregan proteínas de unión a la poli A que determinan la longitud de la cola (250 A aprox) y no están codificadas en el genoma pero sirven para evitar la degradación. La polimerasa sigue sintetizando ARN m (sigue unida al ADN) que va a ser degradado porque no tiene la caperuza y determina el final de la transcripción Se desarma el complejo y la polimerasa va a volver a iniciar el proceso con otro ADN ~ 8 ~ La transcripción esta mediada por ACTIVADORES Y MEDIADORES de la expresión génica, velocidad y patrón de la transcripción, etc ¿COMO SALEN DEL NUCLEO? A través del complejo del poro nuclear GASTANDO ENERGIA En el núcleo continua con la traducción: reconocido por ribosomas. Proceso por el cual se transmite la información contenida en un ARN (ácido nucleico) a una proteína (molécula formada por aminoácido). Cambia el lenguaje de la información y la composición química de la molécula que la contiene. ¿Cómo se resuelve la poca variabilidad del ARNm (tiene 4 bases, para codificar 20 aminoácidos diferentes)? Mediante el CODIGO GENETICO (conjunto de normas por las que la información codificada en el material genético se traduce en proteínas) ➢ Formado por CODONES/TRIPLETES: 3 nucleótidos consecutivos que codifican un único aminoácido específico. ➢ REDUNDANTE: al haber 64 combinaciones posibles, muchos aminoácidos son codificados por más de un codón, excepto la metionina (AUG) y triptófano (UGG) que son codificados por 1 solo codón ➢ UNIVERSAL: común a todos los organismos excepto las mitocondrias (tienen código genético propio) y organismos con aminoácidos modificados Codón de inicio (AUG): primer codón que reconoce el ribosoma para iniciar la síntesis de proteínas Codón STOP: (UAA/UAG/UGA): indica el fin de la síntesis de proteínas y no codifican para ningún AA Marco de lectura del ARNm (como se lee): la lectura comienza cuando el ribosoma detecta el 1º codón AUG (codón de inicio), a partir del cual, comienza a leer de a tripletes. Para llevar adelante la traducción, el ARNm porta la información, el ribosoma la decodifica y los ARNt se encargan de proveer los AA. El ARNm necesita del ARN de transferencia para saber que AA tiene que poner en la cadena polipeptídica que está sintetizando ARNt: cadena simple de 80AA sintetizada por transcripción por la ARNpol III. Tiene 4 zonas plegadas de doble cadena unidas por complementariedad de bases, fuerzas de van del walls y puentes de hidrógeno; y 4 zonas desapareadas: el brazo T, el brazo D, el extremo 3´(sitio de unión a AA), el anticodón (complementario al triplete del ARNm). Las 2 primeras bases del anticodón son posiciones restrictivas (si no son iguales no se pueden unir al codón del ARNm), en cambio la 3º base del anticodón es la posición de balanceo/ tolerancia (puede no ser complementaria) lo que permite que más de un triplete codifica para un mismo aa. Como sabe el ARNt que AA transportar? Hay 1 enzima especifica para cada AA (aminoacil- ARNt sintetasa) que cataliza la unión del AA con el ARNt que le corresponde, gastando ATP. Primero el AA se une a una adenina ribosa fosfato con gasto de energía, después ese enlace se rompe y se usa la energía liberada para que el AA se una al ARNt. Los aminoacil-ARNt sintetasa reconocen al ARNt por complementariedad molecular La unión del AA al ARNt es preciso, porque la enzima puede corregir la unión de un AA incorrecto (Edición Hidrolítica). Si el AA que se une al ARNt es el incorrecto pasa del sitio de unión al sitio de corrección donde se hidroliza la unión AA-ARNt y se suelta el ARNt para que se una al AA correcto. Si el AA es el correcto no puede pasar de un sitio a otro. RIBOSOMA: (ribozima) encargado de descifrar el mensaje del ARNm Complejos macromoleculares (ARNribosomal + proteína) con funciones catalíticas Sintetizado por transcripción en el núcleo, mediada por ARN Pol 1 2 tipo de ribosomas: 70S (procariontes) y 80S (eucariontes) Compuesto por dos subunidades: • Menor: soporte para el ARNm y el ARNt • Mayor: cataliza las uniones peptídicas. Cuando ambas se unen hay 4 sitios: ❖ sitio de unión al ARNm en la sub unidad menor ❖ A: donde llegan los ARNt con aa ❖ P: ARNt + cadena polipeptídica donde ocurre la catálisis del enlace ❖ E por donde se expulsan los ARNt vacíos. Proceso de traducción del ARNm: 1) INICIO La subunidad menor se une a un ARN Iniciador (ARNt-Met) y recluta a un factor de inicio de la traducción (elF2: proteína GTP asa), reconoce el extremo 5´y empieza a leer el ARNm hasta encontrar el codón de inicio. ARN Iniciador se une por complementariedad molecular al codón AUG, se produce hidrólisis de GTP, liberando el elF2 y permitiendo la unión de la subunidad mayor a la menor, quedando el ARNt-Met, en el sitio P. (sitio A y E libres) 2) ELONGACIÓN: Un 2º ARNt-AA y se ubica en el sitio A, se forma el enlace peptídico (NH2 - COOH) esto libera la Met/cadena polipeptídica del ARNt. El 1º ARNt pasa al sitio E y el 2º al sitio P por la translocación de la subunidad mayor y luego la menor. Las translocaciones están mediadas por FACTORES DE ELONGACIÓN, [EF-1] los cuales: • Impulsan la traducción • Chequean la unión codón-anticodón. • Controlan la unión aa-ARNt • Mejoran su precisión • Aumentan la exactitud. Se une al ARNt-AA en el sitio A y produce una distorsión que aleja al ARNt de la cadena polipeptídica impidiendo la síntesis. Se revisa si la unión codón- anticodón es correcta y si el AA es el correcto Si todo está correcto, se hidroliza GTP y el EF se disocia, provocando el acercamiento del aa entrante a la cadena naciente, y la subunidad mayor cataliza la nueva unión.Los ARNt mal apareados, se disocian Otro factor de elongación, el EF-G se incorpora al sitio A luego de la translocación de la S. Mayor, y con la energía de la hidrólisis de GTP, transloca la S. menor Cuando el ribosoma lee un codón STOP, recluta FACTORES DE LIBERACION (FL), π estructuralmente similar al ARNt, se une al codón STOP (por complementariedad molecular) , permitiendo que se rompa la unión entre la cadena peptídica naciente y el ARNt en posición P, y la misma se libere. A continuación se trasloca la S. Mayor, quedando el FL en el sitio A y provoca el desensamblado de toda la estructura y la liberación del ARNm. FIN DE LA TRADUCCIÓN. Existen AA modificados, entre ellos, la selenocisteína [SC] (serina unida a un grupo selenio), que forma parte de la estructura primaria de algunas π y de sitios activos de enzimas. Esto representa una de las variaciones en el código genético porque puede ser incorporada a la cadena polipeptídica ya que tiene su propio ARNt y anticodón su (ACU) es complementario con el codón UGA, pero NO TIENE una enzima aminoacil-ARNt sintetasa. ¿Entonces? La enzima seril-RNt sintetasa (enzima que cataliza la unión de serina) une la serina al ARNt de la SC, y luego por acción enzimática la serina se transforma en SC ¿Cómo diferencia el ribosoma cuándo el codón UGA es una señal de stop o no? DEPENDE DEL CONTEXTO DE LA TRADUCCIÓN: El ARNm tiene una señal especifica que indica que en ese codón "terminal", se debe agregar una SC. El ARNm tiene un sitio de unión para un factor de traducción FT, específico de SC con actividad GTPasa. Cuando el ribosoma lee el UGA el FT se une y permite que en el sitio A se incorpore el ARNt-SC. Esto es lo que se conoce como TRADUCCION RECODIFICADA: la información codificada en el ARNm puede cambiar el significado del código genético en un punto en particular Antes de salir del núcleo, el ARNm se une a un Complejo de Unión a Exones [CUE], que delimita los exones. Errores en el splicing: pueden quedar restos de intrones. Si contiene un codón stop y el ribosoma lo lee, se disparan señales indican que ese STOP es incorrecto. El CUE recluta π UpF desensamblan el ribosoma y la degradación del ARNm y de la π sintetizada. Si todos los mecanismos de control son atravesados correctamente, se obtiene la secuencia de AA correcta, lo cual no significa que la π sea funcional. Para ello debe plegarse correctamente. Si no lo hace, puede ser asistida por chaperonas moleculares [que reconocen regiones hidrofóbicas expuestas], si el plegamiento es incorrecto, se procede a la poliubiquitinación y posterior degradación por proteasoma. Si todos los mecanismos de control y eliminación fallan, se producen agregados proteicos que pueden desembocar en patologías tales como Alzheimer, Parkinson o Mal de la Vaca Loca