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Dogma Central Habla del flujo de información para que esta se llegue a expresar. Define el paradigma de la biología molecular. Los genes se perpetúan como secuencias de ácido nucleico, actúan al ser expresados en forma de proteínas. La replicación es responsable de la herencia de la información genética, la transcripción y la traducción son responsables de la conversión de una forma a otra. • ADN tiene la capacidad de replicarse • ADN puede transcribirse para producir mensajeros que se traducen • Retrovirus: son una excepción. Virus de ARN. ARN → ADN (cadena única) → transcripción inversa → ADN (doble hélice) → se convierten en parte del genoma de la célula → es heredado Ej: SARS-CoV2 y VIH REPLICACIÓN Mecanismo que permite al ADN duplicarse (sintetizar una copia idéntica) Antes de la mitosis. En la fase S de la interfase. Se da por la ADN polimerasa en conjunto con otras enzimas y moléulas. ADN está en cromosomas (líneas) → se debe replicar Características • Abre la α hélice. Permite el acceso de la ADN polimerasa (formación de la horquilla de replicación) • ADN pol. replica la cadena molde • Bidireccional • Semiconservativo Modelos de replicación • Semiconservadora: modelo correcto. En cada una de las moléculas hijas se conserva una de las cadenas originales. *Las 2 cadenas progenitoras son separadas y cada una sirve como molde para la síntesis de una nueva cadena. • Conservadora: se sintetiza una molécula totalmente nueva, copia de la original. • Dispersora: las cadenas hijas constan de fragmentos de la cadena antigua y fragmentos de la nueva. *No confundir promotor con origen Origen: es para la replicación (el promotor es para la transcripción) Lugar del cromosoma donde se inicia la replicación → ORI-C • Eucariotas: 6MPB, múltiples ORI’s. En humanos: 300 aprox. • Procariotas: 20KPB, en bacterias: 1 ORI *Humanos: inician de manera simultánea. En el ORI se empiezan a abrir las cadenas. Helicasas: separan a las 2 cadenas. En cada ORI llegan 2, una para cada lado. La abertura se llama burbuja de replicación. Burbuja de replicación: o bucle. Se divide en 2: horquillas de replicación. Cada una realiza la replicación de manera diferente. ¿Cómo funcionan los ORI? Sitio donde se empiezan a abrir las cadenas para que se monte la polimerasa y otras moléculas que ayudan para que empiece a trabajar. Fragmentos de Okazaki: segmentos cortos de polinucleótidos (ADN) • Se sintetizan en dirección 5’-3’ a partir de cebadores (primers) de ARN • Abarcan 100-200 nucleótidos • Se unen entre sí mediante ADN ligasa completando la nueva cadena PASOS DE REPLICACIÓN 1. En la cadena continua la enzima helicasa rompe por hidrólisis los puentes de hidrógeno del ADN, separando las hélices. 2. Quedan horquillas de la cadena superior (continua) como molde. 3. Primasa crea una cadena de ARN, llamada primer: fragmento de ARN de donde comenzará la construcción (donde empezará la síntesis de la ADN polimerasa 3) 4. ADN polimerasa 3 comienza la síntesis de ADN uniendo nucléotidos sl molde (cadena continua) en sentido 5’-3’ 5. En la cadena discontinua (rezagada), como iba en dirección opuesta a la otra, la ADN polimerasa 3 al solo poder actuar en sentido 5’-3’, sintetiza la cadena complementaria de forma discontinua en la rezagada 6. ADN polimerasa 3 sintetiza fragmentos de ADN entre un primer y otro formando un fragmento de Okazaki 7. Exonucleasa elimina todos los primers y la ADN polimerasa 1 rellena los espacios vacíos de los primers 8. La ADN ligasa une los fragmentos de ADN para que se forme la doble hélice 9. Topoisomerasa alivia la tensión del enrollamiento Ligasa: Cataliza enlaces fosfodiéster La síntesis del nuevo ADN se hace en las horquillas de replicación Horquillas: compuestas por 2 cadenas molde. Unión en forma de Y entre 2 cadenas de ADN cuando se está replicando • Se forman 2 horquillas por cada origen y cada una se mueve en direcciones contrarias, descomprimiendo el ADN a su paso 2 horquillas de replicación forman un bucle de replicación. El bucle se forma por la apertura de las cadenas por acción de la helicasa. Cuando 2 horquillas se topan, la cadena adelantada puede también ser una atrasada. Todo depende de si le conviene la síntesis en esa dirección a la ADN polimerasa 3. Proteínas SSB: proteínas de unión a cadena simple. • Hacen tracción a las cadenas separadas, para mantenerlas separadas. • Encargadas de la estabilización de la apertura del ADN de cadena sencilla generada por la acción de las helicasas durante la replicación • Evitan el autoapareamiento entre las bases complementarias de la cadena, protegiéndola de la acción de las nucleasas y de asociaciones intracatenarias Topoisomerasas: enredan y/o desenredan la estructura de la doble hélice • Son nucleasas, rompen el ADN antes que las helicasas y liberan la tensión de enrollamiento • Enzimas capaces de actuar sobre la topología del ADN, ya sea enredándolo para permitir que se almacene de manera más compacta o desenredándolo para que controle la síntesis de proteínas y para facilitar la replicación del mismo Helicasa: proteína que se va desplazando longitudinalmente a lo largo de los enlaces fosfodiéster del ADN, separando las 2 cadenas antiparalelas del ácido nucleico usando para ello energía (ATP o GTP) ¿A qué se debe la orientación de las horquillas de las nuevas cadenas en la replicación? • Una cadena se replica en sentido 5’-3’ → cadena continua o adelantada • La otra cadena se replica en dirección 3’-5’ → cadena discontinua o rezagada Orientación de la síntesis: 5’-3’ (así trabajan las polimerasas) porque el 3’ queda libre • Abajo → continua (líder) → termina primero • Arriba → discontinua (rezagada) → termina después. *Fragmentos de Okazaki *En la siguiente horquilla se invierten Dependiendo de donde vaya la helicasa se define cual es la líder y cuál es la rezagada (van cambiando) Hebras molde: de esta se forma una cadena complementaria A-T, C-G / T-A, G-C ADN independiente: mitad cadena madre y mitad complementaria Replicación → proceso semiconservativo • Bacterias: 1 bucle de replicación • Eucariotas: múltiples bucles → se encuentran → se unen → se separan 2 cadenas Primasa: es ARN polimerasa. Pone los ARN primer Polimerasa: sintetiza de 5’-3’ ADN polimerasa: capacidad de exonucleasa. Quita los nucleótidos de ARN, con ADN. TRANSCRIPCIÓN Primer paso de la expresión génica. En este se copia la información contenida en el ADN o ARN mediante la participación de una ARN polimerasa (transcriptasa). Mecanismos mediante los cales las células copian ADN en ARN (transcripción) y luego utilizan la información del ARN para fabricar proteínas (traducción) Localización: • Procariotas: citoplasma • Eucariotas: núcleo ARNr y ARNt se transcriben en el nucleolo. ARNm en el resto del espacio nuclear Lectura de la transcripción: 3’-5’, los nucleótidos se incorporan de 5’-3’ ARNm: producen proteínas Polímero de ácidos ribonucleicos. Se prorude de 5’-3’. La polimerasa utiliza la cadena 3’-5’ como molde 5’-3’: código 3’-5’: molde o templado El producto de los genes que codifican para proteínas es ARM (transcrito) Transcripción comprende una síntesis de una cadena de ARN que representa a una cadena doble de ADN Cadena codificadora: ARN tiene una secuencia idéntica a una de las cadenas de ADN, funciona como el código que debería ser decodificado para producir las proteínas Cadena molde: complementaria a la codificadora. Sirve para sacar copia del código Los genes se transcriben cuando es necesario producir una proteína Genes: poseen intrones, exones, promotor (algunos poseen +1), sitio de inicio de la transcripción • Río arriba: después del inicio de la transcripción • Río abajo: antes del inicio de la transcripción Transcriptoma: conjunto de ARN encontrado en la célula en un momento determinado, reflejaqué genes se están expresando en ese momento. • Depende de las necesidades celulares • Cambia a cada momento Para que suceda la transcripción se requiere: • ADN original: de molde para ser copiado (solo se copia una cadena) • ARN polimerasa: transcriptasa - Sintetiza ARN a partir de un molde de ADN - Identifica y se une a las regiones promotoras (indican el inicio de la transcripción y la cadena que se transcribe) - Lee la secuencia en 3’-5’ y añade en 5’-3’ - Utiliza ATP • Factores de transcripción: proteínas que participan en la regulación de la transcripción del ADN - Función: activar o reprimir la transcripción de diversos genes - No forma parte de la ARN polimerasa - Puede actuar reconociendo y uniéndose a secuencias concretas de ADN, uniéndose a otros factores o directamente a la ARN polimerasa - En forma trans En eucariotas se requiere 3 tipos de ARN polimerasa para sintetizar las diferentes clases de ARN • ARN polimerasa I: ARNr • ARN polimerasa II: preARNm (ARNm inmaduro) • ARN polimerasa III: ARNt PASOS DE TRANSCRIPCIÓN Iniciación • El factor de transcripción se une al promotor debido a la necesidad, eso da señal para que la polimerasa capte que ese gen debe ser transcrito. *Polimerasa busca donde hay 3 FT pegados para transcribir • Encuentra FT y se comienza a instalar la polimerasa, tiene varias subunidades y la primera de ellas reconoce a la caja TATA • La polimerasa en su punta es helicasa, abre la doble cadena en la caja TATA (porque T-A solo tiene 2 puentes de hidrógeno). Ya que se abre, se termina de abrir e instalar la polimerasa en el punto de inicio de la transcripción. *Señal de inicio funciona como andamiaje Elongación • La cadena de ADN (molde) actúa como plantilla para la ARN polimerasa • La polimerasa agrega nucleótidos y avanza hasta la secuencia de paro de la transcripción. Cambia su forma y frena a la polimerasa, se desensambla y se da la terminación • El transcrito tiene la misma información que la cadena de ADN contraria a la molde (codificante), *contiene U en vez de T Terminación • Las secuencias llamadas terminadores indican que se ha completado el transcrito de ARN. Se libera ARNm En transcripción no hay SSBP’s SECUENCIAS REGULADORAS DE LA TRANSCRIPCIÓN En cis • Promotor: región más próxima al inicio de la transcripción y está formado por la secuencia caja TATA. Los FT se unen al promotor, ayudan a la ARN polimerasa II a situarse correctamente en el sitio de iniciación • Enhancers: amplificadores. Sitios que apoyan positivamente a la transcripción. Están a la distancia a miles de pares hacia abajo. Hacen todo más eficiente - Secuencias en cis (están en el gen) - No todos los genes los usan. Se usa en genes que siempre se tienen que estar expresando • Silenciadores: se unen los factores represores de la transcripción que impiden la actuación de los factores activadores y disminuyen la velocidad de transcripción. Sitios donde llega una proteína (bloqueadora) y quita los factores de transcripción. *Antagonistas a la transcripción - En trans • Factores transcripcionales: se unen a regiones específicas promotoras/reguladoras de los genes y regulan el grado de transcripción desde el complejo de transcripción basal MODIFICACIONES POSTRANCRIPCIONALES En las células eucariotas, el ADN está en el núcleo, la transcripción se produce en el núcleo, pero • Síntesis proteica tiene lugar en los ribosomas • Antes de que un ARNm pueda ser traducido debe ser transportado fuera a través de poros en la envoltura nuclear Antes de abandonar el núcleo, 2 pasos de procesamiento que se producen solo en transcritos destinados a convertirse en ARNm son encapuchamiento y poliadenilación 1. Encapuchamiento o capping: • Modificación del extremo 5’ del transcrito de ARNm • El ARN es encapuchado mediante el agregado de un nucleótido atípico: un nucleótido de G con un grupo metilo • Se produce una vez que la ARN polimerasa ha producido alrededor de 25 nucleótidos de ARN, mucho antes de que se haya completado la transcripción de todo el gen *Proteger al extremo 5’ 2. Poliadenilación: • Proporciona una estructura especial en su extremo 3’ del ARN • Los extremos 3’ son cortados - Enzima que fragmenta la cadena de ARN en una secuencia particular de nucleótidos - Después son determinados por una segunda enzima que agrega una serie de nucleótidos A repetidos, al extremo cortado. Esta cola de poliA tiene pocos cientos de nucleótidos de longutid *Protege al extremo 3’ Estas modificaciones de capping y poliadenilación sirven para: • Aumentar estabilidad de la molécula de ARNm en eucariotas • Facilita su exportación del núcleo al citoplasma • Identifican la molécula como un ARNm 3. Corte y empalme del ARN: Mecanismo altamente regulado en el cual se eliminan las regiones intrónicas de un ARNm inmaduro por un sistema específico (spliceosoma) el cual reconoce secuencias cortas Después del capping a medida que la polimerasa transcribe el gen, comienza el splicing • Se eliminan del ARN pre-m se las secuencias de intrones y se unen los exones entre sí • snARN: partículas nucleoproteicas pequeñas (snurp), son las moléculas de ARN que forman el centro del empalmosoma (ayustosoma) • Empalmosoma: ensamblaje de moléculas de ARN y proteínas que llevan acabo el splicing • Splicing alternativo: permite producir muchas proteínas diferentes a partir del mismo gen *Unión de exones y eliminación de intrones Una vez que hayan pasado las 3 modificaciones, ya es una molécula de ARN funcional que puede irse al núcleo y traducirse a proteína 1. Capping 2. Splicing 3. Poliadenilación 4. ARNm sale del núcleo TRADUCCIÓN Cambio de la información contenida en la secuencia de los 4 nucleótidos de ARNm por la debida al ordenamiento de los 20aa en la estructura de las cadenas polipeptídicas. Después del proceso postranscripcional, los ARNm maduros transcritos de genes en ADN nuclear migran al citoplasma. Aquí se acoplan a los ribosomas para dirigir la síntesis de polipéptidos pequeños. *Participan ARNm y ribosomas • Ocurre en el citoplasma donde se encuentran los ribosomas, como también en el RER Código genético • 64 posibles combinaciones de 3 nucleótidos • 4 nucleótidos diferentes se combinan en grupos de 3= 64 • Es un código en tripletes ya que 3 nucleótidos codifican un aa (codón) el cual es reconocido por el anticodón (triplete complementario) en un brazo de ARNt Codón: triplete de nucleótidos • Inicio: AUG (metionina) • Terminación: UAA, UGA, UAG ARN de transferencia: moléulas adaptadoras entre el ARNm y el polipéptido que se está sintetizando. Se une al ARNm por apareamiento de bases codón-anticodón Transportan al aa; en un extremo poseen al aa. Tiene forma de trébol, el brazo de abajo tiene el anticodón que se complementa con el codón del ARNm • Acoplan aa a los codones de ARNm • Moléculas adaptadoras de aa para formar la cadena polipeptídica • Anticodón • Se une al codón complementario • Aminoacil-ARNt sintetasa: enzima que acopla cada aa con su grupo apropiado de ARNt. Acopla a los ARNt con su aa correcto. Hay 20, una para cada aa Ribosoma: compuesto por ARN y proteínas (ribonucleoproteína). Tiene una subunidad ligera y una pesada que antes de la traducción están separadas. Es la maquinaria que se desliza a lo largo del ARNm, captura ARNt complementarios, los mantiene en posición y une covalentemente los aa que transportan para formar la cadena polipeptídica. • Es donde se decodifica el ARNm • Subunidad ligera: hace coincidir a los ARNt con los codones del ARNm. El ARN ribosomal le confiere interaccionar y reconocer al ARNm • Subunidad pesada: parte más grande, tiene varios fragmentos de ARN que le permite interaccionar con el ARNt. - Cataliza la formación de los enlaces peptídicos que unen a los aa entre sí 1. Las 2 subunidades se reúnen sobre elARNm cerca de su inicio (5’) e inician la síntesis de una proteína 2. El ARNm es arrastrado como cinta por el ribosoma 3. A medida que se mueve el ARNm por el ribosoma, el ribosoma traduce la secuencia de nucleótidos a una de aa, codón por codón usando ARNt como adaptadores. 4. Se agrega cada AA en la secuencia correcta en el extremo de la cadena polipeptídica en movimiento 5. Las 2 subunidades del ribosoma se separan una vez terminada la síntesis de la proteína Sitios del ribosoma: A, P y E: espacios donde el ARNt puede encontrar sus codones correspondientes en la plantilla de ARNm y entregar sus aa • A: aminoacil. Punto de entrada para el aminoacil-ARNt (ARNt que lleva al siguiente aa que se agregará en la cadena polipeptídica en crecimiento). Queda libre cuando se mueve el ARNt • P: peptidil. Donde se forma el peptidil-ARNt • E: salida. Se une el ARNt descargado de su aa que saldrá del ribosoma Para añadir un aa a una cadena polipeptídica en movimiento: 1. Un ARNt cargado ingresa al sitio A por apareamiento de bases con el codón complementario del ARNm 2. Luego su aa es unido a la cadena polipeptídica, sostenido por el ARNt en el sitio P 3. El ribosoma se desplaza y el ARNt usado se mueve al sitio E antes de ser eyectado 4. Esto sucede cada vez que se agrega un aa a la cadena peptídica que crece desde su extremo amino a su extremo carboxilo hasta que encuentre un codón de terminación (secuencia de paro). El triplete ya no responde a ningún ARNt y se da el paro. RBS: sitio de reconocimiento de ribosomas Enzima peptidil transferasa o ribozima aminoacil transferasa: formación de enlaces peptídicos entre aa adyacentes durante la traducción de ARNm PROCESO Iniciación: Se crea el complejo de iniciación. • El ribosoma se ensambla alrededor del ARNm (el ARNm es reconocido por la subunidad ligera), se lee el ARNm y el primer ARNt con metionina (AUG). Esto es el complejo de iniciación -Ribosoma, ARNm, primer ARNt (lleva AUG) Elongación Se alarga el polímero • La cadena de aa se extiende • El ARNm se lee un codón a la vez y el aa correspondiente se agrega a la cadena creciente de proteína -ARNt correspondiente se une al codón del ARNm -Cadena de aa existente se une al aa del ARNt -ARNm se desplaza un codón por el ribosoma, exponiendo un nuevo codón para que lo lea Los ARNt pasan por los 3 sitios. El proceso se repite muchas veces conforme se leen los nuevos codones y se agregan los nuevos aa a la cadena. Terminación Cadena polipeptídica es liberada Sucede cuando el codón de terminación (UAG, UAA, UGA) entra al ribosoma, lo que separa la cadena de péptidos de su ARNt y la permite irse hacia fuera.
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