¿Existen diferencias entre las bacterias buenas y las bacterias malas o su acción positiva o negativa depende del medio o cualquier otra...

¡Vaya pregunta! Aquí la cosa es más complicada que decir que son "bacterias buenas y bacterias malas".

Vamos primero a entender que desde un punto de vista ecológico, las interacciones entre entes biológicos se clasifican según su interacción;

1. Parasitismo. Es la interacción de dos o más especies dónde una obtiene un beneficio metabólico, de protección o puede establecer un bicho ecológico siempre a costa del hospedero. Un ejemplo de esto puede ser la bacteria Listeria monocytogenes, la cual es un contaminante de los alimentos que invade a los animales y al hombre que fungen como sus hospederos. Una vez ahí adentro, invaden células tanto de defensa como epiteliales y aprovechan la protección que estás le brindan ante la respuesta inmune para reproducirse y cumplir su ciclo metabólico.
2. mutualismo. Aquí tanto hospedero como hospedador son beneficiados por la interacción. Un ejemplo podrían ser las bacterias ácidolacticas en el tracto digestivo del ser humano o la microbiota (termino correcto para referirse a la "flora intestinal") del rumen de una vaca.

Pero la cosa se complica. El que un organismo este establecido en su hospedero como mutualista o como comensal no significa que estás no puedan comportarse como parásito si las condiciones lo permiten… por ejemplo:

Las bacterias Escherichia coli son vitales en la síntesis de vitamina K en la gran mayoría de mamíferos; pero este mismo habitante del intestino delgado puede bajo estrés metabólico o en condiciones de abundantes recursos para su metabolismo, salirse de control e invadir las células del órgano en que se aloja, causando daños importantes al hospedero.

Del mismo modo, algunos organismos (bacterias Gram positivas) de la microbiota del rumen de las vacas, en algunas circunstancias, especialmente cuando la alimentación del animal no es buena, pueden modificar su metabolismo o incrementarlo, causando excesiva fermentación de los carbohidratos del forraje que la vaca consumió, esto va a producir mucho gas rico en CO2, y por consecuente va reducir la disponibilidad del oxígeno en el medio así como acidificar el pH del mismo; dicho estrés causará que otras bacterias (en este caso Gram negativas) mueran, y liberen un componente de su pared celular llamado LPS (lipopolisacárido), y esto es importante, pues el LPS causa reacciones inflamatorias muy fuertes; por lo que las células de defensa que viajan en sangre se van a dirigir hacia el rumen, y esto causa un efecto de vasodilatación en local en el rúmen (los vasos sanguíneos se dilatan para reunir mayor cantidad de células y proteínas de defensa en la zona que la necesite, así como facilitar su paso hacia los tejidos mediante un gradiente de concentración) pero al mismo tiempo vasoconstricción periferica. Esta construcción afecta especialmente a las extremidades, las cuales al carecer de suficiente sangre (ergo oxígeno) presentarán muerte en las zonas más privadas… generalmente las pezuñas. A este proceso se le denomina laminitis.

Pero ¿Qué tenía que ver todo eso? Bien, es otro ejemplo de como una bacteria "buena" (mutualista) puede convertirse en algo malo.

A lo que quiero llegar con esto es que no es solo que tengan una o dos cosas distintas… ¡Es que pueden ser totalmente diferentes! Anatómica y fisiológicamente; y del mismo modo una bacteria que se relaciona de una forma con su hospedador, puede cambiar en cualquier momento a ser un parásito dañino… ¿Y es esto algo que debiera preocuparme?

Por supuesto que no. A diario convives con miles de estos microorganismos, y de hecho, esa exposición capacita a tu sistema inmune, tanto para que no te invadan, como para que te invadan y no te causen daños… estudios modernos incluso postulan que de no existir estas interacciones ¡la vida no podría ser posible!

Sin duda es un tema fascinantes, pero yo podría estar aquí horas hablando del mismo y jamás terminar.

Espero que mi respuesta te haya sido suficientemente ilustrativa :)